杨昌济自幼深受中国传统文化，主要是儒家典籍的熏陶，服膺孔孟程朱的学说，接受了宋明理学中有益的个人修养和治学方法；同时又深刻研究了船山学说，继承并发挥了船山对儒家思想所作的批判总结。他的思想基本属于儒家。不过，他毕竟在外国留学10年，接触到了西方近代思潮和西方哲学，考察了欧洲资产阶级民主社会制度和社会风气，因而他能够联系欧洲学术思想来重新解释孔孟程朱陆王的学说，他的思想已经不同于传统的儒家。尽管杨昌济在思想史上远没有康有为、谭嗣同那样显赫的地位，但就其思想的倾向和分野来说，他也属于近现代新儒家的一员。《达化斋日记》中记有这样一段：“为生徒讲教育学史，至培根之倡实验派哲学，与笛卡儿之倡推理派哲学，因言朱晦庵之学近似培根，王阳明之学近似笛卡儿：一则求理于事物，一则求理于吾心。子曰：学而不思则罔，思而不学则殆。学则有实验之意，思则有推理之意。又《大学》八条目中之格物致知，亦可作如是观。格物则实验之事也，致知则推理之事也。王船山《读四书大全说》辩格物致知之义甚详，船山时时辟象山阳明，而其所论致知之功夫，乃与陆王之说合，亦当注意之事也。培根以前之学问，多研究社会问题。培根乃一转其方向，使学者之心力，专用之于研究自然现象，乃启近世科学之门径，其有功于人类者不小。有治身治心之学，伦理学是也；有治人之学，政治学是也；有治物之学，理化博物诸科是也。吾国前此学问，于治身治心治人之学，未始无所研究，独缺于治物之学，此物质文明所以不能发达也。”（1914年3月18日）这样从中国重精神文明而论述物质文明不发达，“独缺于治物学”，即自然科学自古不发达，这种观点是非常切实非常深刻的，中国确实产生不出而缺一个培根。由此可见杨昌济学术思想之一斑。
杨昌济的新儒家思想，是不是可以这样看：一方面，他继承了王船山、谭嗣同的遗产；一方面，他又接受了西方近代思潮民主与科学的影响，而加以抉择批判融会贯通，自成一种比较有进步性的伦理思想和讲究实践的人生观。在哲学思想上，他虽然是一个信仰进化论的唯心主义者，过于夸大主观能动性的作用，认为人类社会的进步决定于英雄人物的活动，主张所谓人才救国、教育救国，他的伦理学见解中的唯心主义成分很重；但是由于他是一位具有强烈的爱国主义和民主主义思想的教育家，他的某些在当时具有进步意义的观点和主张，特别是追求新思想和躬行实践（前者使他区别于迂腐的守旧学者，后者使他区别于言行不一的所谓“理学先生”），对于当时受教的青年曾起过很大的积极作用。最主要的是，他总是谆谆教导他的学生，要具有崇高的理想和改革社会、国家的伟大抱负，以及实事求是、刻苦实践的精神。
从《达化斋日记》中可以看到，在出国之前和回国之后，杨昌济一直在读《船山遗书》，精读过的有《读通鉴论》、《宋论》，他认为船山的史论“胜于御批与司马氏之评论”（指《御批通鉴》与《资治通鉴》中的“臣光曰”）。其他还有《春秋家说》、《春秋世论》、《博子正蒙注》、《读四书大全书》等10余种，摘记语录，分析比较，常有体会与发挥。例如说：“吾国人不惑于风水之说者鲜矣，虽朱子犹惑焉。近世如魏默深、曾涤生、郭筠仙、刘霞仙，皆有此迷信；船山独卓然不惑，力排五行术数之说，此其所以为卓绝也。”（1914年6月25日）“船山一生卓绝之处，在于主张民族主义，以汉族之受制于外来之民族为深耻极痛，此是船山之大节，吾辈所当知也。今者五族一家，船山所谓狭义之民族主义不复如前日之重要，然所谓外来民族如英法俄德美日者，其压迫之甚非仅如汉族前日之所经验，故吾辈不得以五族一家，遂无须乎民族主义也。”（1914年6月24日）当时能够把对民族主义的理解从反清发展到反对帝国主义，不能不说是杨昌济的远见卓识。
杨昌济教书不是照本宣科，往往将自己的心得，如《论语类钞》和《达化斋日记》中的有关篇章，向学生讲解，以启发学生触类旁通，独立思考。《达化斋日记》里记下了一次讲课的内容：“余尝教人以有胜于无，动胜于静，乃是为太无作为之人而立论；其实有为固不易，有不为亦不易。社会时时要求我做事，欲拒斥其不合为者，非有十分之果断与定力不能。船山尝言：‘动固动也，静变动也；动则使静者动，静则使动者静，皆非用力不可。’此说正与力学惯性之法则相合。”（1915年3月17日）杨昌济征引王船山的意见而加以发挥。这种动静观给了毛泽东很大的影响，他完全赞成杨昌济的“动胜于静”的观点，杨昌济自己多年实行冷水浴、静坐、废止朝食三种健身法，毛泽东对后两种则并不盲从老师。他在1917年写的《体育之研究》一文中说：“人者，动物也，则动尚矣……动以营生也，此浅言之也；动以卫国也，此大言之也；皆非本义。动也者，盖养乎吾生、乐乎吾心而已……愚拙之见，天地盖惟有动而已。”好动，强调运动和斗争，不仅在哲学观点上，后来几乎成了毛泽东性格的一部分，终其一生都是如此。
《达化斋日记》中常见对谭嗣同的推崇。日记里回忆了当年同谭嗣同的接触：“谭复生于戊戌年在湖南创立延年会，其命意在于省去无谓之应酬，以所省出之精力时候读书办事。谓计人寿命之修短，不以其年龄之多少，而以其作事之多少；如作事多则虽中年亦可云寿考，如作事少则虽耄耋亦可云天亡；省去无谓之应酬，则人人可多办事，人人延年益寿矣，故曰延年会也。”（1914年6月2日）“戊戌岁曾在南学会发一问（如何理解‘天地之大德曰生’）。谭复生答云：‘于圣贤微言大义晦盲否塞之秋，独能发如此奇伟精深之问，此岂秦汉以下之学者胸中所能有哉？兹事体大，余亦何敢论断，总之以民为主，如何可以救民，即以如何为是，则头头是道，众说皆通矣。’”（1914年10月15日）
在谭嗣同那里，杨昌济不只是接受了他的维新主张和“以民为主”的民主思想，还改变了自己对佛学的看法。《达化斋日记》里从谭嗣同的《仁学》中摘引了两大段谈论佛学的文章，其中有这样两种意思：“天下治也，则一切众生，普遍成佛。不惟无教主，乃至无教；不惟无君主，乃至无民主……”“夫惟好学深思，《六经》未有不与佛经合者也。”接着说：“援儒入释，昔贤所讥，然沟通儒释之巧，未有过于以上所钞之二段者。余习闻儒者之言，颇不甚满意于佛说；谭浏阳乃重佛若此，使我意为之一转。余现虽尚未研究佛学，已确认其哲学上之价值矣。”（1914年6月19日）由此杨昌济对佛学也产生了若干兴趣，似乎也接触了一些佛教典籍。日记里记下了友人的一段谈话：“《四十二章经》似《论语》，《圆觉经》、《楞严经》似《大学》、《中庸》，《大乘起信论》似《孟子》，《六祖坛经》似《传习录》，《华严经》似《周易》，《祖宗八要》似伦理心理。”（1915年4月7日）这种影响甚至也传递到了毛泽东的身上，1920年6月7日，他在给黎锦熙的信中就表示了“文字学、言语学和佛学，我都很想研究”。我们不清楚他是否作过直接的研究，但《仁学》中间谈到的某些东西似留下了痕迹。例如，《仁学》中说的“佛之所谓眼耳鼻舌身，孔皆谓之身”（转引自《达化斋日记》1914年6月18日）。后来毛泽东在《人的正确思想是从哪里来的？》一文中说：“无数客观外界的现象通过人的眼、耳、鼻、舌、身这五个官能反映到自己的头脑中来”。这五个字，至少这个“身”字，就是从那里借来的。
谭嗣同的《仁学》中，吸收了佛学“灵魂不灭”和王船山物质不灭的思想。杨昌济化为自己的语言：“势力亦常住不灭。”他生前发表的最后一篇文章《告学生》中说：“物质不灭，势力不灭，独患无诚耳。阳气发处，金石亦透；精神一到，何事不成！”这也就是《仁学》中所鼓吹的“心力”说：“夫心力最大者，无不可为。”杨昌济认为：“天之力莫大于日，地之力莫大于电，人之力莫大于心。”这是他在讲堂上向学生极力灌输的一种思想。毛泽东写过一篇《心之力》的文章，被老师大加赞赏，打了100分。
在杨昌济心目中最大偶像应该说是曾国藩。这一位湖南老乡是中国近代史上关系极大的人物，他所创建和统率的湘军是清王朝扑灭太平天国起义的主力军，他因此得到“汉奸刽子手”的称号。如果不是只看这一个方面，那么，他的办事精神以及治学和文章等方面，都有过人之处，在道德方面也是个律己很严的人，因而在旧时士大夫阶层中博得了广泛的尊敬。杨昌济对曾国藩的尊崇，可说是一种时代潮流，他无论治学乃至立身行事，都是以曾国藩为自己的楷模。这些都对他的学生产生深刻的影响。《达化斋日记》中关于曾国藩的记载很多。例如，1899年8月18日：“日内又萌停看《通鉴》（指《资治通鉴》）专看《文编》（指《皇朝经世文编》）之念，此大不可也。昔曾文正自定课程，每日读史十页，终身不间断，此可师也。”1914年9月12日：“昨日将曾文正公家书钞完，颇自以为喜，已做成一事矣；此后仍当节钞其家训与日记，拟合刻之，名曰曾氏嘉言。”1914年10月23日：“曾文正在营中读书如常，云借此以养心。”1915年3月4日：“今日从周印昆处借来曾文正手书日记，共四十本。观文正之所以自克者，如多言、好名、忿怒等，余幸无之；又如好谐谑，亦非余之习惯。”同月11日：“文正在宿松时，每日出看营墙。”同月12日：“文正扎营，每以罗盘定周围地方之方位，查各营所掘濠沟，用竹竿量验。每营皆步行亲量，观其果掘自一丈五尺否。文正又亲点各营兵勇之名。”“今日看文正咸丰九年十二月日记，兼看同时之家书、家训，于文正为事益为了然。惜无书札奏牍耳。”
由此可见，有关曾国藩的读书、治学和治军、行政，乃至为人处世等方面，杨昌济无不关心和师法。他不只是下了一番工夫研读曾国藩的日记，在他自己写的日记中，人们也依稀可见模仿曾国藩的态度，常常可以遇到自我反省的地方。例如：“日内忽忽不乐，实为非理。平心自问，有何不足之处耶？若大局危急，则所谓他人之事，天意主张者，尽吾一人之心，一日之心而已，徒忧何益乎？子曰小人长戚戚，传曰无忧而戚忧必雠焉，不可不戒也。”（1899年8月20日）又如：“予恒有自满之过，形于辞色，二三益友，往往微示风旨以警动之。此大病痛，宜痛加克治者也。人莫不自智而愚人，不知人之窃笑其愚也。负质愚鲁，虽竭力学问犹不免于笑焉，是诚莫可如何之事；惟勿好自用以益人之笑，斯为极不可忘者。曾子曰：十目所视，十手所指，其严乎！诗曰：人之多言，亦可畏也。反顾生平，不胜愧悚。”（同月24日）又如：“人在社会之中，不能绝无交际，要不可过于脱略，使人生恶感情。余今日赴席，散席后即归，未与座客一一告别，似乎简傲，此后宜留意也。”（1914年3月18日）又如：“昨与人谈话，有讥议人之处，此大不可也。盖乘兴而流，未及检点耳。”（1914年7月18日）又如：“闻生徒之言，似有谓我之教授无味之意，不可不力求进步。”（1914年9月12日）又如：“中华书局为扩张销路计，请多人签名介绍，余以未见其书，未肯漫然署诺。”（1914年12月19日）又如：“昨日又读斯宾塞《感情论》，英文书字小，有伤目力，惟白昼光明时乃读之，晚间只能读中国书。余思当务为急，余现在教授心理学，则多读此种书，乃余之职务有益者，当少看他书，而以全副精神注之如此。”（1915年3月26日）这些日记，真是处处可见真心诚意、修身齐家的工夫，显出一个正襟危坐、目不斜视的圣人之徒的形象。正如他的学生毛泽东说的，他是“一个道德高尚的人”，他也“努力鼓励学生立志做一个公平正直、品格高尚和有益于社会的人”。
曾国藩的事迹和著作，也列入了杨昌济修身课的讲授范围，在他为学生拟定的修身问题中，就有：“曾涤生自课卫生之事，能言之与？”“试言曾涤生教弟之事。”“曾涤生以求阙名斋，何意？”曾国藩的书斋叫“求阙斋”，“阙”就是“缺”，所追求的不是完满无缺，而是有所不足，还有缺陷；也可以有发现自己缺点的意思。这种谦虚谨慎态度，杨昌济也是赞赏的。
毛泽东是杨昌济极为看重的学生，在《达化斋日记》里留下了先生对学生的好感，而且正是以曾国藩为榜样来勉励：“毛生泽东，言其所居之地为湘潭与湘乡连界之地，仅隔一山，而两地之语言各异。其地在高山之中，聚族而居，人多务农，易于致富，富则往湘乡买田。风俗纯朴，烟赌甚稀。渠之父先亦务农，现业转贩；其弟亦务农，其外家为湘乡人，亦农家也，而资质俊秀若此，殊为难得。余因以农家多出异材，引曾涤生、梁任公之例以勉之。毛生曾务农二年，民国反正时又曾当兵半年，亦有趣味之履历也。”（1915年4月5日）
在杨昌济的影响下，当时毛泽东对曾国藩也确是五体投地的佩服，他在致黎锦熙的信中说：“愚于近人，独服曾文正。”
杨昌济极其关心时事，这是同他的爱国主义精神，天下兴亡、匹夫有责相一致的。他极力提倡“日日看报，则心目中时时有一社会国家之观念，而忧世爱国之心自愈积而愈厚。积累久之则深明世故，可以应无穷之变，投其所向而无不如志。此真精神知识之营养，如饭食之不可缺者矣”。他对日本欲吞并中国早有所感：“余前在日本东京高等师范学校听其西洋历史讲义，谓中国人与罗马人同，唯宝爱其文化；虽外人入主其国，苟不伤其文化，即亦安之。私心揣测，谓日人不怀好意，颇有继满洲人入主中国之思想，此吾国人所当深念也。”（1914年6月24日）当时日本正逼袁世凯接受二十一条，《达化斋日记》涉及此事时说：“外人之谋我者着着进步，而我之所以自卫者毫无进步，甚可忧也。”（1915年2月27日）袁世凯屈于日本压力接受二十一条，日记写道：“此国民之耻也。”（5月10日）可见他对国事的忧虑。“五七”国耻激发了全国人民的爱国怒潮，杨昌济“至第一师范学校，为国事而讲演，余以‘不死求己、猛进、坚忍’八字勉诸生”。（同月27日）在反对袁世凯阴谋称帝时，第一师范的爱国师生是一致行动的，毛泽东曾以学生会名义，集康有为、粱启超的反袁文章，印发过小册子。对于正在进行的欧战（第一次世界大战），杨昌济也很关心。《达化斋日记》中有多处涉及了战事，报纸上关于交战双方武器装备的情况，他都择要摘记。他对时局的关心毫无疑问也影响了他的学生。