二兄杀四弟，韦昌辉标榜杨秀清头为“老奸头”，洪秀全随即下诏，张贴四方，并贬骂为“东孽”
1856年9月，北王韦昌辉起兵杀死东王杨秀清，这就为太平天国史上有划时代影响的天京内讧拉开了帷幕。
天京内讧，也有称“杨韦内讧”、“洪杨内讧”，其实都不甚确切，因为这场内讧波及到太平天国领导集团和高层次的所有人物。共患难易，同富贵难。它也是小农固有的本性的必然走向和终结。
1856年6月，杨秀清直接指挥的太平军，在江西战场凯歌行进，控制了全省二十五个府州，湘军头子曾国藩躲在南昌孤城，岌岌可危；天京外围战场，顶天燕秦日纲和冬官正丞相陈玉成、地官副丞相李秀成的部队与镇江守将吴如孝内外夹攻，打败围城敌军，乘胜北上，打垮江北大营；接着石达开从西征战场回师，与秦日纲等军会师，摧毁江南大营，向荣又悲、又恐、又气、又急，走投无路，上吊自杀，于是解除了自建都天京以来的威胁，形势大好，太平天国的伟大胜利，达到了顶峰。杨秀清更是得意洋洋，以为都是他一个人的功劳。这时他对天王老兄越来越看不上眼了。
几天后，杨秀清假托天父下凡，召洪秀全到东王府问话。
他严厉责问洪秀全：“尔与东王均为我子，东王有这样大功劳，何止称九千岁？”洪秀全无可奈何，只得顺着他口气回答说：“东王打江山，亦当是万岁。”假天父得寸进尺，又说，“东世子岂止是千岁？”洪秀全也拎得清杨的用意，就顺着他的话答：“东王既称万岁，世子亦便是万岁，且世代皆万岁。”
杨秀清头脑简单，自以为“居功逼封”已得逞了，心中大喜，放松了戒备。他选择了9月23日（阴历八月二十五日）生日那天正式称万岁。
天无二日。洪秀全是天王，天王其实就是皇帝，称万岁。他当然是不允许有另个称万岁的“皇帝”出现的。
杨秀清的假天父传言、欺凌、威震人主，飞扬跋扈不知所忌，洪秀全早就怀恨在心了。就在此后不久，又有那位在东王府干事的佐天侯陈承珞悄悄地赶来告密：杨秀清要在称万岁那天，废除、软禁洪秀全，取而代之。他也是懂得“天无二日”的。
洪秀全终于下定决定，抛出最后的一着棋：铲除杨秀清。
天王送出密诏，要正在江西督师的韦昌辉和近在金坛前线的秦日纲星夜回京。他是知道韦昌辉、秦日纲常受到杨秀清莫名其妙的人身侮辱，敢怒不敢言。
杨秀清不学无术，凭小聪明，侮辱、欺凌天王和韦昌辉、秦日纲等。杨秀清常假托天父下凡要打洪秀全屁股，不给他一点面子；有次韦昌辉兄与杨秀清的一个妻舅争夺房屋，触犯了杨，要杀韦兄，韦昌辉只得装矮子认罪，甚至建议以五马分尸的酷刑，说不如此，不足以儆众；秦日纲的牧马人因见到杨秀清同庚叔没有起身行礼，即被鞭挞二百，同庚叔仍未息怒，竟要掌管刑部的翼贵丈黄玉昆加杖。黄打圆场，好心劝慰：“既鞭可勿杖。”同庚叔不服，向杨秀清诉说。打狗看主人。杨以为是触犯了他的威信，令石达开捕拿黄玉昆。黄闻而辞职，秦日纲、陈承珞闻悉也相继呈文辞职。杨秀清大为发怒，下令杖秦日纲一百，陈承瑢二百，黄玉昆三百，牧马人五马分尸。杨秀清喜怒无常，莫名其妙地发火，凭个人的感觉，就可定一批高干的罪。这件实在是不上台面的琐细事，因处理得如此荒唐如此草率，竞闹得满城风雨，以致城外的敌人也知道了。洪秀全当然也是一清二楚的。他对韦昌辉、秦日纲在诛杨中能站在自己同一战线上是深信不疑的。
韦昌辉在江西前线，因出师不利，屡战屡败。有次甚至连北王坐的黄轿子和黄罗伞都丢了，深怕杨秀清重罚，此时正坐立不安，刚巧接到天王密诏，正合心意，当即带三千将士昼夜兼程。9月1日，他在天京城外遇到奉诏回京的秦日纲。两人深夜抵达城下。当时，杨秀清有规定，出征兵将非要持有东王符信方能入京。但主持城防的陈承珞擅自打开了城门，也有说是天王直接下命令开门放进了韦昌辉及三千将士。
韦昌辉进城后就接到大驸马钟万信送来的天王诛杨密诏。很短时间里，韦部将士就控制了通往东王府的大街小巷，把东王府围困得水泄不通；随后，杀进东王府，将杨秀清家属和府中官员、卫士全部杀死，无一漏网，其中包括杨秀清的几十个妻子。
东王杨秀清是怎样被杀的，当时人记述，就有几种版本：
一说是韦昌辉由江西回来，“亦不准入，颇怀愤怨，得洪贼函，即晚率三千余人遽人南门，趋围东贼宅。自携数贼人杀东贼及其妻小”（《金陵省难纪略》）。
二说是韦昌辉率众见杨秀清，杨秀清告以洪同意他称万岁，韦以手加额，前席跪贺，杨大喜，赐宴。“北贼从者环侍左右。东贼问日：若辈何人也？北贼以麾下立功之众对。东贼遍赐以酒。群前叩谢。北贼以目示意，咸拔刀砍东贼，诛其首”（《瓮牖余谈》）。黄世仲《洪秀全演义》也宗此说。
三说是韦昌辉回到天京，以兵围东王府，“时东贼方屏人独自登台，仅守以一童子，盖视台度下偃，即东贼所谓天父下凡时也。唯东贼得以升台与语，乃即就台中斩其首。”此说源自外国人说，为王韬《瓮牖余谈》所记。
四说韦昌辉在率兵包围东王府后，与秦日纲率死士闯入府中，由秦下手将杨秀清当场刺死（《贵县志》）。
五说是杨秀清命亲信扎屯于前街，但韦昌辉却从后街攻进东王府，东贼急避登望楼，自去其梯，并在楼顶擂鼓，意在调党羽回巢自卫。北贼随目有伪北殿右二十承宣许宗扬者，即许十八，带刀缘楼柱而上。东贼见逼急，遂跳而下，潜匿厕坑间，许追至见履，捉缚北贼前，杨云：尔我金田起首，尔此时不能杀我。韦答云：尔欲夺位，我奉二哥令杀尔。今日之事不能两全；不杀尔，我即当死。乃拔剑欲自杀。随目环夺其剑，乱砍，遂将东贼杨秀清即时戕毙。（《金陵杂记》）
迅雷不及掩耳。当时夜袭东王府，杀死杨秀清，乃是乘其毫无警戒、突然袭击而完成任务的。可以肯定，此时此刻的杨秀清，是无论如何没有想到二兄洪秀全召来五弟韦昌辉等前来向他下毒手的。当时内情，讳莫言深，参与者或因多死去而失载。此处五说都只是时人所记道听途说，但也为后来者写意抒情提供了素材。
翌日清晨，即杨秀清被杀后几小时，韦昌辉把杨头送到天王府验证，并请标为“老奸头”以示众。此时洪秀全是何种心情呢？语焉不详。但他随即下诏，张贴四方，内称“杨逆窃据神器，妄称万岁，已遭天殛”（《吴煦档案》）；并贬骂杨秀清为“东孽”，这意味着要永远开除他的神籍人籍，打倒在地，踏上一只脚，叫他永世不得翻身。
韦昌辉被贬为“北孽”，还将他的尸体分割为方二寸许的一块块肉，悬挂城中各处木栅上，旁有告示说：“北奸肉，只准看，不准取。”
天京内讧的第一回合，是天王指使北王杀了东王。
消息传来，不胫而走，全城军民有欢庆的，有难以理解的，当然也有黯然的，那就是东王的部属。
天王也曾降诏，说杨秀清逆谋是上天泄露的，余党一概赦宥不问。
可是，当年在杨秀清专政时，东王部属多有仰仗杨的权威，欺凌他人的，现在靠山倒了，报复性的杀戮是难以控制的。
洪秀全、韦昌辉等对杨的部属也是不放心的。由韦昌辉出面主持肃清所谓“余孽”事。当时，杨秀清在天京的部属为了图生存，由东殿礼部一尚书傅学贤率领，自峨眉岭扎营至虎贲仓，韦昌辉即率党羽扎营于小仓至大行宫，两军对垒，巷战三天，不分胜负。
韦昌辉不能取胜。
这也使洪秀全不寒而栗。洪、韦大概此时又作密谋，仍由韦昌辉出面应付。
一个阴谋出笼了。
9月4日，即杀杨后的第三天，天王府女宣诏在天王宫殿前栏杆里宣布天王诏旨，因为韦昌辉、秦日纲血洗东王府，杀戮无辜，特惩罚其罪，令受鞭刑四百，由是东王部属都允诺前往观看韦、秦受罪行刑；在行刑时，行刑者故意尽力打击，响声可闻四方，木棍当场打断；东王部属五千人不知是假，全都徒手前来观看。他们都被关进两间大屋，接着就进行惨无人道的大屠杀，而且还涉及他们的家属，连婴儿都不放过。尸体随即抛进江中，其中很多是穿黄袍和红袍的中高级干部。
杀人如草不闻声。如此草菅人命，其规模之大，用心之恶，在太平天国史上是没有的。韦昌辉深知动用本部将士行刑，毕竟出于同根生，不甚利落。他就全都换了童子兵充作行刑队，“行刑者辄为小童，以杀人为嬉戏乐事”（《裨治文通讯》）。韦昌辉等就是利用头脑简单、天真无邪的童子兵张大他的屠杀力度的。
壮丽的东王府也在洗劫一空后，化为瓦砾场。
有人说这是韦昌辉假传天王诏旨设下的陷井，不确。洪秀全对韦昌辉血洗东王府没有指责，以至此次扩大暴行没有制止。当时他是唯一能左右局势的人。
天京事态仍在继续，每天仍有人被指责为东王的余孽而处死。
9月中旬，督师湖北的石达开闻有内乱之信，赶回天京。石达开也曾与韦昌辉商量杀杨和他的三个兄弟。洪秀全有否召石回来杀杨，语焉不详。石达开回京后，即对韦昌辉规劝，要他停止暴行；韦昌辉不听，反而对石产生怀疑，有杀戮之心。石达开风闻有杀身之祸，急忙和随员曾锦谦、张遂谋连夜缒绳吊城而出，回到安庆去了。杀红了眼睛的韦昌辉，就将翼王府亲属满门抄斩，无一幸免。
半月后，韦昌辉又命秦日纲率一万五千人乘船溯江西上，讨伐石达开。他在西梁山还歼灭了忠于石达开的一支小部队，但当得悉天京之外的太平军将士都同情、支持石达开，才掉转枪口对清军作战。
石达开在安庆，从武昌洪山前线抽调四万将士，连同安徽驻军，东进至安徽宁国，上奏天王要求处死韦昌辉、秦日纲等。否则他将清君侧，班师回朝平息内乱。韦昌辉负隅抵抗。他怕石达开军凭借聚宝门外的报恩寺塔作攻城的炮垒，竟然下令把这座建于明初，规模宏大向来有天下第一塔之称，并被欧美人誉为世界七大奇迹之一的建筑彻底毁灭。他真是已到了自作孽不可活的地步。
韦昌辉血腥屠杀，且殃及满朝非杨系文武，这使洪秀全局促不安，石达开讨韦上表，他没有驳斥，而对韦讨伐石持暧昧态度，不作赞同和支持，于是引起了韦昌辉的不满。他竟然怀疑洪石联盟。最后终于祭起了要杀洪秀全的屠刀。
11月中旬，韦昌辉利令智昏带领本部军队进攻天王府，天王府围墙高大，没有能攻下，他扬言要火攻。不料，天王府里随着一阵阵冲锋号声，墙头上突然升起翼王的红字蓝边四方军旗，旗帜飘扬下一群群雄赳赳气昂昂的将士荷刀持枪，装出一副准备出击的姿态，韦昌辉不禁胆战心惊，他的将士不明虚实，以为是石达开军队已经进入天王府守卫，一哄而散。其实他们乃是天王府里服役的广西客家妇女所扮装的。韦昌辉孑然一身，东躲西藏。洪秀全趁机发动合朝文武处理韦的罪行，传令北王部属一律不问罪，但在搜查北王府时，却把玠也杀死了；并严加把守各城门，张贴捉拿韦昌辉的布告。每日搜查各馆衙，各街巷口设木栅栏，至黄昏后派人看守，往来者必须张灯点烛，经口号属实方准通行。三日后，桥栅口有人偷偷在张望，引起了守栅人警觉，就问道是谁，要上哪里去？回答说：“往铅码街。”“为什么没有张灯？”回答说：“出来时候天色还早哩！”“今日口号是什么？”回答说：“馆长还没有告诉我。”守栅人感到奇怪，用灯火照亮，发觉来人有些像韦昌辉，大声呼唤多人前来捉拿，来人急忙腾身跳上屋脊，四街守栅人都赶来了，经多人团团围住，终于把他捉住，果然是韦昌辉。
洪秀全得悉韦昌辉被捉获，不作任何审讯，就下令将他五马分尸，他的党羽前后有两百人被杀。韦昌辉在死前，曾愤懑地说：“我为渠（洪秀全）除大害，今反责我而欲沽名耶！”（《金陵省难纪略》）他被贬为“北孽”，还将他的尸体分割为方二寸许的一块块，悬挂城中各栅上，告示说：“北奸肉，只准看，不准取。”
秦日纲也被天王诏旨召回天京和同谋的陈承珞一起处斩。
韦昌辉的首级被贮放在盐箱里，飞马解递到芜湖附近某村的翼王驻地，石达开亲视果然是真的。他便于11月底回到天京。
天京内讧历时两个月。
洪秀全及其家族是天京内讧最大受益者，他们成为太平天国最高的军国统治者，宗教的绝对权威，皇上帝唯一的代言人和化身。但是，自此之后，“人心改变，政事不一，各有一心”（《李秀成供词》），致使它所肇成的信仰危机，必然引起政治、军事危机的连锁反应。
每当洪仁发洪仁达俩在会上阔谈政务国事，无人要听；而当石达开每论时务时，人们全神贯注，环绕面听。
石达开出走是天京内讧后期的一件大事，也可以说是内讧的继续。