重新上任后的段祺瑞为自己的运筹帷幄得意之极。在新一轮组阁中，段祺瑞没有起用国民党的人，而是以交通系和研究系为主，引人注目的是，梁启超担任了新一轮内阁的财政总长。梁启超在就任财政总长之后，专门飞赴大洋彼岸，说服对中国停止贷款多年之久的美国对中国政府重新信任，希望美国能够加入银行团。段祺瑞对自己的执政思想进行了修正，在他看来，新的中央政府必须建立自己的权威，在对待南方反对派的问题上，不能手软，必须进行打击。坚持军队收归中央政府，那种属于各省督军、带有私家军队性质的局面，必须得到改变。段祺瑞上台之后采取了一系列强硬措施，比如向各省派遣省长，让各省裁军遣散自己的军队等。当然，所有行动的前提是钱，没有钱，地方对中央也不买账。这时候，能够给段祺瑞内阁以有力支持的，只有日本，不过日本显然希望有限的借款能在华获得更大利益。与此同时，段祺瑞费尽心机考虑着参战事宜。对于一战，中国能够做什么呢？在协约国看来，作为一个落后的农业大国，中国所能做的，就是源源不断地提供粮食和劳工。段祺瑞一方面积极组织参战军队，另一方面亲自参与对于日本兑现经费的谈判工作。在与协约国商议的宏大计划中，中国准备向一战提供数以百万计的劳工，以及五十万至一百万的军队。由于各协约国特别是日本的经费不能正常到位，中国的参战军启动计划一再推迟，一直到1918年底欧战接近尾声时，段祺瑞的参战军才算正式组成，共有三个师：第一师驻北京北苑，师长曲同丰；第二师驻济南，师长马良；第三师驻北京南苑，师长陈文运。三个师完全由日本支持成立，因而带有强烈的日本色彩——编制是日式的，教官是日本派来的，武器装备是日本的，连拖炮用的马，都是日本进口的。虽然一战行将结束，不过北洋军队还是象征性地向俄国东部海参崴地区派遣了北洋陆军第九师第三十三团参加战斗，北洋海军也派遣了海容号巡洋舰在日本海附近进行了巡航。
截至一战结束，中国对协约国最大的贡献，就是前后一共向欧洲派出了近二十万劳工。这些劳工绝大部分加入了协约国的后勤工作，有的在军工厂帮助生产弹药，有的帮助种地，有的直接在前线挖战壕、运弹药、救伤员，甚至还有一小部分人参加了战斗。《纽约时报》曾报道说：“毫无疑问，这些华工对增强战争期间的法国生产力意义重大。他们非常勤劳，尽管没有欧洲人那样充沛的精力，但他们愿意长时间工作，而且对个人生活的要求很少。这些精心挑选的中国劳工比普通中国工人要更聪明。可以这样说，在技术要求较低的行业，如弹药制造厂里，三名华工基本上抵得过去两名欧洲工人。而在农业领域，他们甚至比欧洲人更强。”
南北对峙
1917年张勋在京城重圆复辟梦，让蛰伏在上海的孙中山一跃而起。在此之前，孙中山发动二次革命失败，去日本成立了中华革命党。由于中华革命党带有极端的个人专属性，孙中山失去了很多国民党人的支持，比如黄兴、李烈钧、陈炯明等。袁世凯复辟，站出来打第一枪的，是蔡锷。支持蔡锷的，是梁启超的进步党。因此，在反对袁世凯“复辟”一事上，梁启梁的风头远远压过了孙中山。黎元洪段祺瑞当政之后，孙中山悄无声息废除了中华革命党，重新当上国民党总理事长。不过这个时候，孙中山身边只剩下陈其美、蒋介石一干武夫，很多致力于宪政的国民党人已与孙中山分道扬镳。
7月1日张勋拥清室复辟的消息传出后，3日，孙中山便召集在沪国民党要人讨论拥护共和、出师讨逆的计划。孙中山此时所能依靠的，只是两广巡阅使陆荣廷、唐继尧一帮南方力量。陆荣廷是绿林出身，依靠岑春煊起家，对于岑春煊的“敌人”袁世凯和北洋系，天生就有敌意。据说，段祺瑞就任内阁总理之后，陆荣廷有一次来北京办事，段祺瑞设家宴款待。酒酣耳热之时，段祺瑞向众人介绍陆荣廷枪法百发百中。陆荣廷当即掏出手枪来，对着段祺瑞厅堂鱼缸里的金鱼就是一枪。虽然一枪命中，喝彩一片，不过金鱼缸也碎了，水淌得段府到处都是。段祺瑞事后很不高兴，认为陆荣廷野性未改，对自己不够尊重。7月4日，孙中山公开致电已解散的国会参众两院议员，号召议员南下维护《临时约法》，维护中华民国的共和体制。7月6日，孙中山偕章太炎、朱执信、廖仲恺、陈炯明等，乘军舰沿海岸线南下。
7月17日，孙中山从上海到达广州时，张勋复辟的闹剧已被平定，不过孙中山仍坚持护法。同一天，段祺瑞新内阁组成：特任汤化龙为内务总长、梁启超为财政总长、林长民为司法总长、张国淦为农商总长、曹汝霖为交通总长、范源廉为教育总长。这一干人，大都是梁启超、汤化龙之“宪法研究会”的成员，也就是后来所说的“研究系”。研究系全面担当内阁大任，意味着段祺瑞与梁启超的全面携手。南方的唐继尧率先通电不承认段祺瑞之国务总理。孙中山以北京政府不恢复国会为由，发表演说，指出当今变乱，“实真共和与假共和之争”，认为“假共和之祸尤甚于真复辟”，只有打倒假共和，才能“得真共和之建设”，号召国会议员南下。
国会是否应该恢复，也即黎元洪解散国会是否合法问题，实际上是《临时约法》对此规定的空白所造成的。《临时约法》只规定了大总统任命国务员须得参议员的同意，对于参议院能否解散却未加说明。总统是否拥有解散议会权力的争论，不过是政府能否拥有解散议会权力的延伸。权力的不明确，在这一问题上充分暴露。也因此，北京政府和南方政权产生了难以调和的矛盾。7月18日，先期到达广州的国会议员一百三十人召集国会非常会议。之所以称为“非常国会”，是因为议员人数离实际八百人相差甚多。同一天，孙中山电促岑春烜、伍廷芳、唐绍仪等来粤。7月20日，日本内阁决定今后以援助段祺瑞为唯一对象，供给借款及兵器，拒绝支持南方。7月22日，海军总司令程璧光及海军第一舰队司令林葆怿上演了石破天惊的一幕，宣布海军自主，提出拥护约法、恢复国会和惩办复辟祸首三大主张，率领十几艘军舰，与国民党人唐绍仪、汪兆铭、伍廷芳一道自吴淞赴广东。
在此之后，孙中山等人由“非常国会”组织成立了中华民国临时军政府。军政府没有采纳《临时约法》规定的内阁制，而是采用了中华革命党《革命方略》中提出的党、政、军权合一的大元帅制方案。非常国会选举孙中山为军政府大元帅，唐继尧和陆荣廷为元帅。9月10日，孙中山在广州就任大元帅一职，宣布戡定内乱，恢复约法，奉迎元首黎元洪。广州非常国会通过了军政府各部总长：外交伍廷芳（９月２５日以前王正廷署理），内务孙洪伊（未就，由居正署理），财政唐绍仪（未就，９月２２日由廖仲恺代理，后由伍廷芳兼），陆军张开儒，海军程璧光，交通胡汉民（９月２５日以马君武代理），司法徐谦（翌日，由孙中山正式任命）。孙中山任命李烈钧为参谋总长、章炳麟为大元帅府秘书长、许崇智为参军长、林葆怿为海军总司令、方声涛为卫戍总司令、李福林为大元帅府亲军总司令。
军政府采取了大元帅制，树立孙中山在护法组织中的绝对权威，拥兵众多的军阀唐继尧和陆荣廷成了配角，引起了陆荣廷与唐继尧对军政府的不满。一段时间，唐继尧和陆荣廷坚持不肯就元帅职，孙洪伊、唐绍仪等人也不肯任职，孙中山于是任命了一批中华革命党的骨干和原同盟会或国民党的激进分子代理各项工作。经过一番斡旋，陆廷荣和唐继尧勉强就职。9月18日，非常国会开会讨论孙中山的咨询，来自二十一个省的八十三名议员出席，结果五十三人赞成维持交战状态。9月26日，南方军政府对德、奥宣战。
孙中山在南方另立政权，使得北方的代理大总统冯国璋异常恼怒，他一边指责孙中山非法召开“非法国会”，一边下令将广州军政府的成员一律缉拿严办。在得知日本明确的态度后，段祺瑞更是强硬表态要出师剿灭南方军队，决不宽恕。南方也不甘示弱，陆荣廷召开会议后提出四项主张：一是迎黎元洪复职，二是恢复国会，三是罢免段祺瑞，四是撤免湖南督军傅良佐。如果北京政府不肯答应，就将武力征伐。
南方提出撤免湖南督军傅良佐一事，也是有来由的——段祺瑞上任后，为了限制各省军人的权力，提出“军民分治”，将各省都督的权力分离，在各省分设省长和督军两职，省长管民政，督军专任一方安全，彼此分工合作，又有所牵制。因为湖南是南北势力的交界地区，北京政府特意将时任陆军次长的傅良佐派到湖南任督军，为武力统一南方落下一颗棋子，让文人出身的谭延闿专任省长。傅良佐也是湖南人，除了资历不浅外，跟段祺瑞私交很好，是段祺瑞的铁杆牌友。段祺瑞派傅良佐回老家署理督军一职，算是“湘人治湘”和“军民分治”的完美结合。没想到傅良佐入湘遭到了南方势力的极力反对，孙中山致电谭延闿，让其拒绝傅良佐入湘。受到撤换威胁的零陵镇守使刘建藩以及湘军第一师第二旅旅长林修梅也通电“自主”，宣布与段祺瑞政府脱离关系。
心高气傲的段祺瑞当然不能容忍这样的“独立”，当即命令部队声讨南方。冯国璋一开始还尽力避免战争，除了担心生灵涂炭负担增加之外，还担心段祺瑞借讨伐南方之际，扩大自己的势力。不过随着外部形势的毫无改观以及段祺瑞等主战派的施压，冯国璋最终同意向南方开战。征讨军队以第八师师长王汝贤为湖南军总司令，第二十师长范国璋为副司令，下分三路：第八、第二十二师从正面进攻衡山；从安徽调来的安武军为左翼进攻攸县；湘军第二师第四旅朱泽黄部为右翼进攻宝庆。甫一交火，弱小的湘军不是北洋军的对手，节节向边境撤退。陆荣廷立即派出了大队人马增援湖南。桂军的加入使战局发生了变化，原来作壁上观的湘军各部，也与桂军联起手来。北洋军虽有两个师的兵力，再加上曹锟部一个旅，阎锡山部一个旅，以及张勋旧部安武军的二十个营，不过这些北军相对战斗力较弱，加上想保存实力，一时间竟在战斗中处于下风。南方护法军趁势向北推进，很快收复长沙。
战局如此不顺，段祺瑞没有想到。段祺瑞没有想到的还有——战争期间，不仅属于直系的长江三督王占元、李纯、陈光远联名通电主张撤兵停战，要求撤回傅良佐改组内阁；连当事人傅良佐也通电和平，丢下长沙擅自北逃。各方通电在全国引起的激烈呼应，也让段祺瑞非常尴尬。除了湖南失利之外，段祺瑞在四川的行动也遭遇惨败——吴光新接到中央政府任长江上游总司令兼四川查办使后，率两个混成旅入川，没想到湖南战场的失利，让川军涨了士气，川军第五师熊克武部乘吴光新不备，将到达重庆的北洋军包围缴械。吴光新混乱之中乘船逃走。这样，段祺瑞以改组湖南、四川为目的的统一行动宣告失败。
除了湖南、四川、湖北行动失败，那一时期，伴随“武力统一”遇阻的同时，社会上各种事件频繁出现，也给段祺瑞内阁增添了巨大压力：杭州与济南火药库发生爆炸；安徽五河县城遭土匪占领；汉冶萍煤矿大火；北京模范监狱反狱；安徽当涂张勋旧部定武军哗变；福州大火焚烧两千余家……社会如此颠簸动乱，让人无法把握，段祺瑞眼见自己的努力一件件落空，想想那些各霸一方军人之间的明争暗斗，对待中央阳奉阴违；那些表面堂而皇之的政客落井下石唯恐天下不乱；加上向美国借款失败、日本借款又不能按时到位，以及陈锦涛受贿被判刑等等事宜，情急之下，段祺瑞干脆采取了“以退为进”的方式，于1917年11月15日向代大总统冯国璋提出辞呈。16日，段祺瑞在给北洋系将领的一份密电中道出了自己辞职的理由：自5月罢职以后，自己就已厌绝人事，闭门谢客；等到反对复辟以后再次组阁，已是“大违初衷”；对于用兵西南，段祺瑞声称初衷是“发挥我北洋同胞之实力，统一国家，奠宁宇内”，而湖南前线的突变是“奸人煽惑”。段祺瑞还以北洋领袖的口吻阐述了自己的主张，认为“今日中国，盗贼盈途，环顾国内，惟有我北方军人实力，可以护法护国”，特别强调北方军人要加强团结，以对付南方的挑战，“近日南方党徒亦知我北方军人根底深固，乃别出阴谋，始以北方攻北方，继以南方攻北方，终至亡国灭种而后快”。自己之所以辞职，是“为国家计，当先为北方实力计，舍祺瑞辞职以外，别无可以保全之法”。他希望以自己的辞职来达到“北方实力，得以巩固，艰难时局，得以挽回”的目的。
这一件心犹不甘的“辞职信”送达到冯国璋手中后，很快得到冯国璋的同意，不过力劝段祺瑞保留陆军总长职务，专心于“参战督办”，负责中国参加协约国一次大战事务。冯国璋通电北方各省，痛责此时“停战议和”动机不纯，声明将亲自督战。冯国璋以汪大燮暂行兼代国务总理，财政总长梁启超给假，令次长李思浩暂代部务。同时请自己另一个“老战友”王士珍出来救火。这样，段祺瑞第二次内阁才三个多月就宣布解散。12月1日，冯国璋公布了新内阁成员名单：国务总理兼陆军总长王士珍、内务总长钱能训、外交总长陆徵祥、财政总长王克敏、农商总长田文烈、司法总长江庸、教育总长傅增湘、交通总长曹汝霖、海军总长刘冠雄。这一个班底，很多都是段祺瑞甚至是袁世凯时代的老面孔。新旧交汇时期，从一个体制转到另一个体制，粉墨登台频率如此之高，现在看来，一切正常不过。
值得一提的是，从当年12月1日起开始，由于北京政府宣布参加第一次世界大战，列强允许中国的庚子赔款无利息延付五年。这样，北京政府每年将少支付两千四百万元赔款，使得负重过多的北京政府稍稍得到喘息。说到底，对于孱弱的北京政府来说，比社会压力更重的，其实还是财政负担。当然，缓解只是暂时的，巨大的财政负担，社会转型中各种矛盾的凸显，各省对于中央政府的不合作，以及他们之间的明争暗斗，使得北京政府依旧步履蹒跚、跌跌撞撞地行进在一条不知终点的道路上。
潜在的激流