他查阅资料做了大量笔记。这些笔记涉及大量名著：孟德斯鸠、罗兰、马布利、米拉波、马蒙帖尔、比隆等人的作品。他研究阿拉伯、土耳其、波斯、英国、瑞士的历史及欧洲乃至世界各国的地理。他对文学的兴趣也很浓，看过高乃依、拉辛、伏尔泰的剧本，还读过《德·科曼热伯爵》、《协斯蒂夫的同代女人》、《保罗与维吉妮》等小说。
拿破仑还常常写些有关炮兵的观测和报告。他曾向严厉而又和蔼的泰伊校长呈上一份关于炮弹射程的备忘录，其严密的逻辑性和计算的巧妙令将军喜出望外。
法国的局势变得动荡起来。1789年的法国大革命使巴黎接二连三地发生了震撼全国的大事件。三级会议、第三等级奋起反抗君主政体、攻占巴士底狱，搅得人心激荡。此时，拿破仑十分关心科西嘉的前途。他乘动乱之际，向上司请了假，匆匆返回阿雅克修。
回到科西嘉后，他发现这里什么也没有改变。只是法国的国民议会通过了一项决议：允许1768年以来流亡在外的科西嘉岛的爱国志士们回到家乡并全面享受公民权利。这项措施软化了许多科西嘉岛人对法国征服者的情绪。流亡在英国的保利便乘机又回到科西嘉并掌握了岛上的军政大权。保利回来后，拿破仑拜访了他。
拿破仑的假期满了，他带着弟弟路易回到了奥松。这时他已晋升为中尉。为了和科西嘉保持联系，他又给保利写了一封信，信中曾请求保利帮他提供一些材料，以便使他完成那部关于科西嘉的著作。但保利回信拒绝了，他说没有时间打开箱子，也没有时间寻找文件资料，并告诫拿破仑：“历史不是在青年时代写成的。保利的回信激怒了拿破仑，他将那部手稿藏在了箱底，但最终也没有完成它。
1791年秋，拿破仑再次休假回到科西嘉，一直住到1792年5月。他费尽心机，成功地在岛上的国民自卫军里当上了中校。然而，因为成功冲昏了头脑，导致他干了一些蠢事，企图让他所辖的志愿军营占领阿雅克修城堡。但驻军顶住不干，当地居民也反对拿破仑这样干，可枪也开了，血也流了，保利派出代表强行决定停火。拿破仑受到大多数岛民的谴责，保利也根本不承认他的官衔，于是他不得不又返回法国。到了巴黎之后，他加紧在各军事部门活动，熄灭了阿雅克修事件对他的不利影响，官方没有追究他的行为，重新任命他为上尉。
在巴黎，拿破仑又碰上空前的大动荡。他亲眼在6月20日目睹了群众造反的场面。那一天，大约五六千乱民涌进杜伊勒里宫，他看到国王路易十六出现在王宫的一扇窗前，面对着造反的暴民无所适从。路易十六想以其基督教的宽容对待造反的暴民，这在拿破仑看来是极愚蠢的举动。此时他情不自禁地大嚷道：“笨蛋，怎么不用大炮轰倒五六百人，其余的不就跑光了吗！”
拿破仑在巴黎观望徘徊，想寻求机会进取，但他的内心仍挂着阿雅克修。恰巧。一件家务事为他请假提供了借口。他的妹妹玛丽娅娜当时正在巴黎城里旅游，很不安全，他要把她送回科西嘉。于是他又回到了阿雅克修。
这时，驻在科西嘉岛的法国志愿军与岛上的国民自卫军正准备联合进攻撒丁岛。拿破仑一回来，就受命指挥一营兵力配合攻岛战斗。但此次作战，由于指挥官科洛纳·塞沙里指挥失当和“拉福韦特”号军舰的海军不执行命令而失败。这次出征，对于保利也很不利。国民公会委派的特派员萨利塞蒂正要组织科西嘉的防御，以对付英国舰队的袭击。他们后来发现。保利已经成了反叛者。他长期在伦敦居住，会不会与英国人有勾结还不能肯定。这时，拿破仑的弟弟吕西安·波拿巴在土伦俱乐部告发了保利，揭露他是暴君和叛徒。俱乐部当即致函公会，公会马上发出对保利的逮捕令。
不明真相的农民手持武器誓死保卫保利。波拿巴一家对吕西安的疯狂举动惊慌失措。吕西安却洋洋自得地写信给兄弟们：“我给我的敌人以致命的一击……你们是想象不到的！”波拿巴一家估计到保利人多势众，会来报复。果然，在拿破仑去巴斯提亚找萨利塞蒂商议问题时，半路上被一帮保利分子包围住，他费了九牛二虎之力才连夜逃脱。当天晚上，他坐上一条小船逃跑，沿海岸绕了一段，然后上岸，骑马跑到巴斯提亚通知他母亲：“你们准备走吧，这地方不是我们的安身之地。”莱蒂齐娅逃走的第二天，她在阿雅克修的房屋就被洗劫一空，烧为废墟。科尔特的议事大会，声明波拿巴一家为卑鄙无耻之徒。宣布把他们永远驱逐出境。
从此，拿破仑和保利彻底决裂了。他说服萨利塞蒂及其同事，带领400多步兵和20多名炮手，突袭阿雅克修，准备占领该城，但没有成功。最后，他不得不带着全家离开了科西嘉，登船逃往土伦。
1793年9月的一天，阳光灿烂，拿破仑满怀激情来到了土伦前线。当时的土伦攻城战指挥官是卡尔托将军。
拿破仑以他的军事知识和锐利眼光很快就发现了战场局势的关键所在。他不是以消极地等待或执行上级命令为天职，而是以主动地参与投入、争取胜利为天职。他认为，攻克土伦要塞的关键是控制土伦内外两港的拉塞因半岛，如果法军攻占这个半岛上的“小直布罗陀高地”，那么，就能控制土伦内港的入口，并且迫使英国军舰在内外两侧无法立足。而离开英国军舰，则土伦的保王党不攻自破。因此夺取小直布罗陀高地是法军攻击的重点。而要达此目的，必须攻克英国人在半岛根部朝内陆一面所构筑的坚固据点--“马尔格雷夫堡”，攻占了这个堡垒，全局就立即可以活起来。这样，全面进攻即变成了重点进攻，而炮兵在这场进攻中是可以发挥关键作用的。拿破仑毛遂自荐，建议改变原来的向心突击计划，改为集中所有炮兵向小直布罗陀高地发动重点进攻，并以步兵穿插相配合。
拿破仑的计划具有无可辩驳的优越性，他又通过自己时任法国马赛军事专员的哥哥约瑟夫认识了共和国土伦前线特派员萨利塞蒂和加斯帕兰，并获得了他们的支持，进而获得时任救国委员会主席的大罗伯斯庇尔的弟弟小罗伯斯庇尔的赞赏。由于有这些大人物的保举，所以尽管巴黎的一些门外汉轻率地斥责拿破仑的进攻计划为“一派胡言”，但最终还是被采纳了。救国委员会根据前线特派员的汇报撤掉了卡尔托的职务，改任老将杜戈米埃任前线司令官，加之前线的炮兵指挥官多马尔坦受了伤，另一个炮兵指挥杜特将军生病不能上阵地，于是根据前线特派员的举荐，拿破仑被任命为土伦前线的炮兵指挥。
拿破仑将前线所有的各种口径的大炮共100多门统统搜集起来，在英军阵地的当面构筑了13个炮兵阵地，准备集中火力轰击英军堡垒。由于许多人对大炮的使用没有经过正规的训练，拿破仑以其特有的精干作风和组织指挥能力在短时间内对炮兵进行了正规的训练，使一伙散兵游勇很快成为合格的炮兵。
当时暂任土伦指挥员的多佩将军赞赏拿破仑说：
“这个青年军官既有很大才能，又有不屈不挠的大无畏精神和不知疲倦的充沛精力。我视察军队时，发现他总是坚守在他的岗位上：当他需要休息时，他就裹着大氅，睡在地上，他从未离开过炮群。”
在土伦前线，拿破仑结识了许多青年军官：迪罗克、马尔蒙、维克托、絮歇、勒克莱尔、朱诺、德赛等。这些中下级青年军官，后来在拿破仑率领下。大多以战功显赫而成为法兰西元帅和将军。
12月16日，在经过周密的准备之后，土伦作战开始。拿破仑凶猛的大炮很快压倒了英军要塞中的火力。法军37万人开始进攻，向主攻方向小直布罗陀高地出动了6000步兵，直指马尔格雷夫堡。当时风雨交加，战斗非常激烈，英国、西班牙军队也非常顽强。出现了阵地夺而复失、失而复得的局面。拿破仑指挥炮兵轰击了48小时，大展神威。紧接着，他命令炮兵控制阵地，并跟进占领小直布罗陀高地，自己在危急时刻高举旗帜，带领步兵冲锋。他不顾腿部刺伤，战马被炸死，身先士卒，带领步兵冒着枪林弹雨，一举攻克马尔格雷夫堡，夺占小直布罗陀高地。然后马不停蹄，在高地上架起大炮，朝土伦港的英国、西班牙军舰猛烈开火。英、西两国军舰在法国炮火的直接瞄准下损失惨重，眼见大势已去，回天乏力，仓皇逃入地中海。土伦的保王党分子失去靠山，乖乖地向法军投降。
土伦战役以法军的胜利而宣告结束。这次战役沉重地打击了保王党分子及其反法联军，同时也使拿破仑的卓越指挥才能得到了显现。战役结束后，攻城总指挥上书陆军部称赞拿破仑道：“他拥有一颗充满智慧的头脑，知识渊博，性格坚定。这位非常优秀的军官的才能是无法描绘完全的。”另一位将军也写信给国民公会推崇拿破仑道：“请你们奖励并提升这位年轻人，如果不嘉奖他，他靠自己也会飞黄腾达的。”
由于众将军的一致推崇，年仅24岁的拿破仑，即被国民公会正式任命为炮兵准将，当时是1794年1月14日。