卫所制度中，都指挥使司管理卫所军队，大抵5600名军人为一卫，1120人为一所，一般每卫设左、右、中、前、后5个千户所；120人为一个百户所，百户所设总旗2个（每总旗辖50人）、小旗10个（每小旗辖10人）。南直隶49卫就有二十七万五千多人。
南京兵制改革，首要任务就是减少兵额，每一卫改为镇兵，留下编制两千五百人，这样每年节省各项开支将达到上百万两。基本是每一卫所裁撤冗员一半还多，所裁撤人员交由地方管理，变为巡检兵丁或是衙役护卫，若是有不愿在地方的，可以到南直隶兵部尚书府，统一安排。
留下的十二万人编为十二镇，按照要求布防，所需军饷不再要兵丁自行解决，而是由南京兵部统一安排，且不需要北京一分兵饷。
对于南直隶这些吃空饷，又不出力的卫所，崇祯本来就想裁撤，又怕引起骚乱和兵变，由青枫来背这个黑锅是再好不过，崇祯批阅“力促”二字。
南直隶的兵如今都是一些老爷兵，多年没有上过战场，何谈杀敌，至于苏州，松江这些卫所，全部上报满员，其实能有三成兵力就算是军官清廉了。
一方面打压，一方面优抚，所有军官均在南京兵部安排职位，最后大小军官上至总兵，下至把总，竟然有官员一千五百多人，青枫计划采用温水煮青蛙的方式，先养着他们，每年几十万两的银子好在自己还有，不好好干的，等到自己把这十二镇军队牢牢掌握后，这些人也就到了全部滚蛋的时候。
事实证明，镇东（上海）、镇北（徐州）军制改革后，眼下只剩下南京和西部地区的军改了，经过统计最终需要军改所涉及的兵力只有五万一千，各位守备、千总的私兵是不会接受统一安排的。
但是大量的空饷被取消，他们养私兵的经费受到限制，于是开始有人挑唆发生兵变，北京有人弹劾南京兵部尚书，南京、扬州、安庆等地军官骚乱和兵变，青枫下令南直隶各地兵马全部镇压，所有参与人员斩首示众，很快便平息了动乱，南直隶军改顺利推行。
横波府中由于青枫的耽搁，崇祯十二年的横波府年会没有进行，但是取得的成绩还是上报了青枫，至于崇祯十二年的计划还是等待他的回归，四女和青枫以及阮大铖商议后制定。
崇祯十一年，各类产业已经初具规模，并且在市场形成了一定的垄断地位，整个崇祯十一年，横波府净收入达到了五百八十万两，这些均为崇祯十二年的各项扩张打下了基础。
崇祯十二年的中心工作集中于军队建设和经济发展两个方面，经济上开始发行横波府纸币与大额银票，整个南直隶横波府票号发行通兑，并且不需要任何佣金。并扩大到整个浙江福建二地，建造局、镖行、市场等同时跟进。军队中提升单兵战斗力和装备制造业，优先发展海军，积极吸收西洋技术，尤其是吸收来到大明的有技术的洋人加入研究院。
重点工作是松江府镇兵设置于崇明和上海县两地，以此基础建立镇军海军。购买西班牙、荷兰战船，自己生产、改良、研发、配置重火器等。
横波府中，青枫、文忠、李岩、牛金星、宋献策等人密议如何布局并牢牢掌控整个南直隶兵马。众人都看了青枫呈报给崇祯的十二镇布局。
李岩环顾众人，一番感慨道：“没想到，公子布局如此精妙，这样一来南直隶就成为公子的囊中之物了。只是属下感觉这十二镇兵马是否有些少？”
十二镇对于风雨飘摇中的大明实在是不够，四大天王都在鼎盛之时，单靠明军是无法抵挡他们的，历史已经证明了最后的结局，青枫此时只能努力发展巩固南直隶，北边的鞑子还是靠崇祯自己吧，如果顾及北方的清廷，自己有可能会被猜忌，而且力量不够，还会患急功近利的问题。
青枫稳坐中间，眉头微微挑动，两眼炯炯有神，“当下，除了上海名义上是一镇，实际上是镇东方面陆军一镇，海军计划为两镇，这个事情红娘子只能暂管，具体的实行还要靠李岩来推进。徐州三镇不变，这方面暂时有卢象升负责，但是卢象升乃是崇祯旧臣，为防止练兵结果变成崇祯之兵，这镇北军稍后由宋献策掌管，南京和西边部署不变。”
“此外，襄阳岘山为镇兵练兵所、兵器研究院和兵工厂所在地，且襄阳为四战之地，乃是我镇军重中之重，目前为三镇，要继续巩固岘山防御，吸收流民扩大兵备，目标定为襄阳五镇。”
宋献策点头赞许，同时也说出了自己的担心，“我等皆是公子府上家臣，据属下所知，卢象升乃是忠臣，万一在掌兵之事上起了冲突，是否需要把他处理掉。”
青枫摇摇头，淡淡说道：“这个放心，卢象升即是忠臣，也是义臣、信臣，他如今是南京兵部官员，定然不会不听我的调令。你去徐州，一定要注意循序渐进的引导，让我镇军的理念深深扎根在他们的心中。卢象升、杨廷麟二人以后还有大用。”
最后，青枫再次强调了保密纪律和发展方向，只要再好好发展一年，自己就可以参与到明末这场绚烂多姿的舞台上去。
崇祯十二年（1639）三月，清军回师。此役明军失陷城镇六十余处。帝命杨嗣昌议文武诸臣失事罪。五月初一日，杨嗣昌奏失事五事：曰守边失机；曰残破城邑；早失陷藩封；曰失亡主帅；曰拥兵观望。
于是蓟镇总监中官郑希诏，分监中官孙茂霖，顺天巡抚陈祖苞，保定巡抚张其平，山东巡抚颜继祖，蓟镇总兵吴国俊、陈国威，山东巡抚倪宠，援剿总兵祖宽、李重镇，及他副将以下至州县有司，凡三十六人同论死。被贬削者为数更众。
崇祯十二年（1639）六月二十三日，明廷因东事愈重，乃决策抽练各镇精兵，复加征“练饷”。辅臣杨嗣昌定议：宣府、大同、山西、延绥、宁夏、甘肃、固原、临洮、辽东、蓟镇，及保定、畿辅、山东、河北各镇兵由各总镇、巡抚、总兵分练，东西策应，闻警即至。于是有练饷之征。
初增剿饷，期以一年而止。饷尽而乱未平，诏征其半。至是，督饷侍郎请全征。帝虑失信，嗣昌曰，无伤也，加赋出于土田，土田尽归有力家，百亩赠银三四钱、稍抑兼并耳。
于是剿饷之处复增练饷七百三十万。合辽饷、剿饷、练饷共增赋一千六百七十万两，民不聊生，使农民军队伍更加扩大。