朝鲜战争发生了微妙的变化，豪格如今坚守安州半步不出，而镇军同样守住平壤，也不进攻。但在辽东地面上，大明和大清却正在进行一场决定生死的大会战，明军尽出九边精锐，共计十三万由洪承畴率领与十一万清军决战于松山、锦州地区。
崇祯十四年五月，祖大寿已被清军困于锦州，七月总督洪承畴率军往救。二十八日宣府总兵杨国柱先至松山，陷于清军的埋伏中。清军四面呼降，国柱奋力格杀，八月初二日中箭而死。
七月底，皇太极秘令阿济格突袭塔山，趁潮落时夺取明军屯积在笔架山的粮草十二堆。明军“因饷乏，议回宁远就食”，决定明日一早分成两路突围南逃。
大同总兵姜镶一回营便率本部人马首先乘夜突围逃跑，结果各帅争驰，马步自相蹂践，黑夜中，明兵且战且闯，各兵散乱，黑夜难认。总兵吴三桂、唐通等逃入杏山，总兵马科、李辅明等奔入塔山。洪承畴等人突围未成，困守松山城，几次组织突围，皆告失败，不久“转饷路绝，阖城食尽”，松山副将夏承德遣人密约降清，以为内应。此时洪承畴所率兵十三万，先后失亡五万三千余人。锦州之围益急，而松山外援亦绝。
清军在松锦会战中的胜利，让大清牢牢掌握了战局，于是皇太极秘密派遣蒙八旗三万，汉八旗一万，满八旗一万，共计五万精兵出征朝鲜，援助困守安州的豪格。
八月十日，随着平安道和咸镜道朝鲜伪军的补充，豪格重新整军八万，加上辅兵，号称十万精兵，准备效仿其父，在朝鲜平壤城与镇军展开一场大规模的会战，一举消灭镇军主力。
镇军方面，随着青枫、李岩等人的到来，镇军人数达到了二万二千人，朝鲜士兵也接近三万。如今的青枫两眼有些凹陷，显然是几日没有睡好。早在七月二十八日，青枫就已经收到了福建郑氏偷袭上海的消息，只是最近坏消息更是接二连三的到达。
崇祯十四年七月十五，福建郑氏纠结荷兰东印度公司、西班牙马尼拉总督府、日本德川幕府偷袭上海。郑氏出动战船三百六十艘，兵力三万四千人；荷兰出动战船三十艘，兵力三千五百人；西班牙出动战船十七艘，兵力一千三百人；日本出动战船一百一十艘，兵力一万五千人，这支这个时代最先进的联合舰队偷袭一只由内河水师拱卫的上海。
左岩做为水军大臣他牢牢记住保卫上海的重要性，记住了青枫下达的死命令，“科学岛就是付出生命也要保卫。”在发现福建郑氏闯入上海海域的时刻，他果断的命令驻守长江口的长江水师入海迎战。
郑氏的确善于海战，他们集结在宁波，然后向东绕过舟山，避开了上海沿岸的炮台，直逼崇明岛的长江入海口，他们的目的非常明显，就是抢夺上海的科学岛。如今科学岛内除了宝贵的人才就是宝贵的实验室和一些试验基地，一发炮弹落下都会是不可估量的损失。
郑氏海军直插崇明岛，在这里发生了持续十三天的拉锯战，此次海战的血腥程度远远超过了料罗湾海战、江华岛海战。
长江水师面对福建郑氏联合舰队，就如同一只蚂蚁去阻拦大象，一接触，长江水师就损失了一百所艘战船，并且根本无法阻止联合舰队的攻势，直到退到了长江口进入了崇明岛炮台的范围，才借助陆上炮台稍微有些阻挡，但是联军战船太多，而且十分先进，联军士兵又都是久经海战的海军和盗贼，很快就有炮弹落在了崇明岛的边缘。
在长江水师总兵曹能身负重伤，总兵力折损过半的情况下，左岩命令海军预备军全军出动，凭借六艘先进的海军一级舰和十多艘二级舰等共计七十三艘，以及长江水师的全体出动，总算击退了郑氏联军的进攻，郑氏联军退回海上三十海里修整。
左岩下令调运河、淮河二镇水师前往上海参加崇明岛海战，此时长江水师全部都集结在了上海，左岩曾命令一营水军留守南京，但是在横波府柳、顾二位夫人的坚持下，也全部开往了上海。
如果硬拼，上海方面肯定会丢掉崇明岛，科学岛的价值不可估量，经过上海镇军与水师的商议，决定在崇明岛前沿水域布置水上浮雷。浮雷的布置非常缓慢，尤其是在郑氏联军的不断骚扰下。
七月二十日，经过修整后的郑氏联军以排水量大的三桅帆船和武装帆船为先锋，开始强行推进，小船由两翼奇袭炮台。陆续到达的运河水师和淮河水师直接进入战场，与郑氏联军展开了接舷战，近战，随着镇军士兵的不断倒下，战船不断的沉没和烧毁，整个崇明岛水域染成了血红色。最后镇军的海军预备军开始了狠狠的撞击，虽然船只坚固，经过西夷战船的撞击后，最终也退出了战场，但是牺牲是值得的，他们为水上浮雷的布置赢得了时间。
随着浮雷的持续布置，郑氏联军最终在七月二十八日选择了撤退，持续十三日的崇明岛海战宣告结束，此战上海方面主力一级战舰被击沉四艘，二级战舰被击沉八艘，其余各种船共计千艘。兵力上长江水师90%、淮河水师70%、运河水师78%、预备海军74%，大约伤亡三万一千人，总兵曹能重伤，两名副总兵战死，七位参将战死，至于游击将军伤亡过百。
郑氏联军方面郑氏损毁战船一百九十艘，伤亡一万二千人；荷兰损失战船十三艘，伤亡一千五百人；西班牙损失战船七艘，伤亡六百五十人；日本损失战船九十艘，伤亡八千八百人，联军共计损失三百艘，伤亡共计二万三千人。
总的看来，上海方面损失远大于郑氏联军，但是上海伤亡人数至少有一半可以通过上海医院救治，重新回到战场成为一名合格的老兵，但是联军方面伤亡就是死亡。对于战船的损失，按照横波府一贯的主张，只要人能活下来，其他东西都可以舍弃，上千艘船只，就当提前更新换代了。
唯一值得欣慰的是黄河水师在总兵孙成栋的带领下，袭击登莱水师基地，全歼登莱水师驻地守军，从根本上消灭了大明水师在渤海、黄海地区的势力，最后黄河水师奉命放弃登莱水军基地，一部分退守山东济宁，承担运河水师的部分职能，一部分进入长江，承担长江水师的职能，待出征海军回归后再行调整。
八月四日，郑氏联军三万由嘉兴平湖登陆，不料被早已经埋伏好的上海镇军万福部与沈城部合围。虽然郑氏擅长海战，但是在陆战面对镇军中的两镇，基本上全军覆没，只有不到千人逃回海上，至此，才算真正解了上海之困。