崇祯十四年九月一日，青枫带领一万五千镇军开始返回上海，去的时候何等雄壮，三万精锐，可惜回来只有一半，除了给卢象升留下三千镇军，镇军损失达到了一万二千人。目前整个朝鲜完全由朝鲜军改编的镇军、新招朝鲜汉人、投降满人、蒙人组成的镇军来守卫朝鲜的安全。
九月八日，青枫等人回到了上海，在上海召开了此次作战总结大会，整个横波府镇军的海军损失惨重，经过这次战役，恐怕没有二到三年很难再次外出作战，内河水师重新组建，仍然有左岩负责，海军的发展依旧交给李岩负责，一众将士各有封赏，尤其是左岩、李岩、红娘子三人更是获得了青枫收藏的蝗妖之肉，青枫也希望他们三人能够借妖兽之力晋级先天。
虽然此次对朝作战损失惨重，但是收获也是极大，朝鲜已经和横波府融为一体，这样横波府拥有了更大的发展空间和发展后方，完全掌控了大明东部海域的所有海权，可以直接完成与大清、俄罗斯、日本等国的贸易。沉重打击了日本的海军势力，东海区域西班牙、荷兰和郑芝龙集团的嚣张气焰，至少十年福建郑氏不敢入侵宁波以北区域。
日本方面对于此次惨败深刻反思，德川幕府派出了使臣来到了上海，表达了歉意，同时送上白银五十万弥补过错。
荷兰与西班牙舰队回到台湾之后，双方为了争夺台湾的控制权发生战争，荷兰最终战胜了没落的西班牙舰队，遂以胜者之师占据台湾，同时派出使者向上海方面表达歉意，送上各种西洋先进武器致歉，同时表达了互通贸易的请求。
对于大明登莱水师联合朝鲜水师攻击上海海军失败，崇祯皇帝为了安抚镇军，于崇祯十四年十月，下旨擢升卓青枫为中极殿大学士、进太傅，封金陵侯一等爵位。
此时的崇祯也是十分无奈，毕竟青枫还是大明臣子，还守着臣子的本分。而大明内外却是一片混乱，外面松锦战役明军大败，十三万九边精锐折损将近六万。还未交战，就自我踩踏疯狂逃跑，一路被清军追杀，而蓟辽督师洪承畴被困松山。大明内部，入了魔的李自成仿佛吃了兴奋剂一般，攻城略地，而官兵望风披靡，根本无法抵抗闯军的攻击。
崇祯十四年（1641）八月，总兵左良玉于信阳击败张献忠。张献忠自玛瑙山之败后，屡破数郡，颇为得意。遂再攻信阳。被左良玉击败，降将数万。张献忠受伤，乘夜东奔。左良玉急追，恰逢天下大雨，江溢路绝，张献忠得以逃走。将至英山又被左良玉副将王允成所击，所从者止余数十骑。张献忠遂投于李自成，李自成欲以其为部属，张献忠不从，连夜逃走。
九月，三边总督傅宗龙率军驻于河南新蔡，与保定总督杨文岳会师讨李自成，将趋项城，李自成则伏精兵于林中起而击之，官军大败。后至陈州，傅宗龙挖堑筑垒以拒敌，守八日，矢石俱尽，夜半突围而走，九月十九日，被俘而死。崇祯获悉后赠傅宗龙太子太傅，谥忠壮。
九月二十五日，李自成攻打叶县，副将刘国能守叶县。刘国能初为义军，绰号闯塌天，与李自成结为兄弟，后归顺明官军，李自成等深为仇恨，力攻县城，城陷，国能被俘，遂被杀。
十一月初四日，李自成攻南阳。时总兵猛如虎，年初从杨嗣昌下荆州，移驻南阳。猛如虎据城而守，杀敌数千，后食尽援绝，城被攻破，猛如虎与参议艾毓初、知县姚运熙俱死。又副总兵刘光祚自项城来，唐卫聿镆邀与共守，城陷，亦死之。
金碧辉煌的紫禁城建极殿内，廷议在一众群臣毫无建树的讨论下匆匆结束，大殿内只留下了一脸疲惫的崇祯皇帝，总是面带笑容的老太监王承恩以及官复原职的兵部尚书陈新甲。
年初，李自成打下洛阳、襄阳。福王和襄王两位藩王遇害，陈新甲贬官三级，继续任职。不过傅宗龙、孙传庭因为一点小罪被关在监狱里，陈新甲在召对时称赞他们的才干，又上书极力推荐。此时由于边境上秋防的战功，陈新甲恢复了贬下的三级，重新任兵部尚书。
崇祯皇帝揉了揉惺忪的眼睛，大声骂道：“这些无用的狗东西，说起朝廷内外形势一个比一个能说，但是说起如何解决问题，谁都不能帮朕，陈爱卿，你说朕要这些尸位素餐的大臣有什么用？”
“皇上息怒啊，微臣以为松山被围完全是洪承畴用兵有误，十三万大军增援锦州，洪承畴以兵分力弱，意主持重以待，然而逡巡不前，三月时间才走四十里，顾首不顾尾，最终被清军击破，困守松山。当然首责应该是微臣来担，毕竟臣是兵部尚书，请皇上责罚。”陈新甲说完后，跪地拜服，请求崇祯皇帝的责罚，其实这不过是做做样子罢了。
崇祯不耐烦的摆摆手，长吁一口气道：“陈爱卿，朕找你不是这些事情，是一件机密事宜，要你和承恩帮朕分析分析。”
看到陈新甲站起，崇祯转了转脖子，缓缓说道：“南京方面，史可法密奏南京之事，准备一举捕获卓党，尤其是抓住卓党首脑，横波府的四位夫人和其下五位大臣。横波府未经朝廷允许，私自开府设衙本就死罪，现在其吏部大臣柳如是、户部大臣顾媚、礼部大臣阮大铖、刑部大臣方岳贡、工部大臣陈洪谧全在南京，要是能一网打尽，倒也是解决了朕心头的一块心病。”
陈新甲一听是南京之事，立刻面露难色，说实话，对于横波府的情况，他早就派人详细打探过，单凭史可法、吴梅村这些个读书人恐怕胜局不大。“皇上，这南京如今十分太平，而且横波府答应的税收也都按时上缴，内外交困之际对横波府动手恐怕对大局不利啊！”
“朕也知道，横波府卓青枫虽然做事有些僭越，但总体还是很守本分的，不然朕也不会对他提升，以示抚慰。只是眼下，朕得到可靠情报，这横波府出征朝鲜，不仅受到了朝鲜的抵抗，而且在平壤与鞑子打了几仗，加上福建郑氏纠结日本、西班牙、荷兰突袭上海，镇军损兵折将，实力大损，恐怕连以前的一半都没有了，如今运河之内长江之上，镇军水师几乎绝迹。”崇祯仔细分析着各方面得到的消息。
“那南京史可法他们是什么计划，胜率如何，微臣担心，若是失败，这失败的结果将会很大，毕竟整个南直隶的税赋是我大明的根本。万一失败了，整个南直隶大乱，我大明无疑是釜底抽薪啊，将再无力保卫辽东和征剿流寇。”陈新甲小声说出了自己的担忧。
“这个无妨吗，我大明水师联合朝鲜水师袭击他镇军，不也是稍加安抚，便平息此事。朕想好了，南京之事秘密从之，若是失败，朕假装不知，到时候由朕下旨抚慰，派王承恩请往南京解决事宜；若是成功了，朕岂不是可以直接夺得横波府所有财富。朕可听说了，这卓青枫实力增长这么迅速，是因为得到了沈万三的藏宝。”一想到无数的财富，崇祯脸上竟然露出了笑容，“是啊，有了这些钱，朕就可以从容不迫的解决关外的鞑子和内部的流寇。”
看到皇上露出的笑容，王承恩却十分担心，对于横波府镇军他可是亲自接触过，尤其是在瓜州渡头，看到青枫身后的文臣武将，颇有一番龙气升腾之像，也许皇上真应该再看看卓青枫，他早已不是那个黄毛小子了。“皇上，老奴以为南京之事不必心急，当务之急还是怎么营救松山洪大人。”
“你个老狗，朕没问话，谁让你插嘴的，掌嘴。”对于打断他幻想的王承恩，他非常生气，朕好不容易燃起了复兴大明的火焰，被你一瓢水就浇灭了。“陈爱卿啊，如今南京城内有明军十万，而镇军只有一千防守横波府。以十万对一千，可以说百分百的胜率。只要挟持了横波府高层，这镇军还不是为我所用。”
王承恩用力的扇着自己耳光，回声回荡在建极殿内，陈新甲听得心中不由发出阵阵寒意。“皇上所言甚是，此事臣也以为可行，臣这就去办，至于如何行动由史可法他们自己便宜行事。”看到崇祯满意的点头后，陈新甲迈着沉重的步子向外走去，他内心始终认为：“这绝对不是处理横波府问题的好时机。”