每当康德忆及在家中得自父母的教育，内心“总是充满至高的感激心情”，但他在“腓特烈中学”的岁月则是充满恐怖的回忆。康德最要好的朋友之一，希佩尔，有如下记载：康德虽然与父母同住，就读的也是公立学校，即当时人称“敬虔会馆”的腓特烈中学，仍然尝遍了年轻人的各种苦头。他常说，他只要一回想到被奴役的年轻时代，就不由得感到恐惧与害怕。康德的一个同学鲁恩肯也有类似的感受，他在1771年3月10日写给康德的信中，开头第一行便说：“30年了。30年前我们一同在狂热分子们严厉而有益的、而且不算过分的管教下苟延残喘。”
康德的说法则不像鲁恩肯这么客气，对于“敬虔会馆”的道德教育，他实在是不敢恭维。在《论教育》讲义里，他语重心长地指出：“许多人认为少年时期是黄金岁月，但是或许是个错觉。那是最难受的时期，有令人喘不过气的纪律，朋友寥寥无几，自由则更难得。”或许我们可以说他是语带保留地藉此总结自己的少年时代。他认为他经历过的那种纪律会导致特别严酷的奴役方式，不仅“无甚”益处，而且相当有害。“学校里弥漫着压抑而机械刻板的气氛，以及一箩筐的规定。经常会使人失去独立思考的勇气，并且断伤天才。”显然，他后来对教育改革的热情，特别是对于在巴塞多夫主持下的德绍研究所的全力支持，证明他有多么厌恶腓特烈中学的教育方式。
埃马努埃尔接受的是什么样的教育呢？他首先在郊外的一所所谓的“医院附属学校”入学。这所学校与圣格奥尔格救济院相连，有教师一员，通常是未领圣秩的执事，其任务包括每周探访一次市属监狱。康德的老师是路德维希·伯姆，一位任此职相当久的神学学位候选人。康德与邻近的小孩一同跟随伯姆学习基本的“阅读、写作与算术课”，但留在这个学校的时间不久。1732年夏季，时年八岁的他进入了腓特烈中学。据传舒尔茨是第一个发现康德天赋的人，并说服其父母把他送入腓特烈中学，以便为将来攻读神学作准备。虽然舒尔茨当时还不是校长，但与该校已有紧密的关系。再者，舒尔茨很有兴趣吸收能力强的学生。所以如果他确实注意到康德很有天分的话，他当然会希望康德尽快走上正确的道路，亦即成为为教堂服务的神职人员。
前面提到腓特烈中学是敬虔会附属的机构，以哈勒的弗兰克机构为原型，目标有二。一方面要防止“精神的颓废”，在其牧民年轻时，便“将正确的基督宗教植入其心中”。另一方面要透过人文学科的训练，增进学生在现实世界的成就。该校兼收贵族与平民的小孩，并为他们将来在政府或教会任高级职务做准备。对于像埃马努埃尔一样的平民小孩而言，该校的入学许可意味着有出人头地的机会。
腓特烈中学大部分的学生在学校里寄宿，但也有些学生允许与父母同住，康德便是一例，虽然他必须长途跋涉徒步往返。学校里的课程排得很紧，所以康德整天都在应付学校的功课。第一堂课在早上七点开始，放学时间是下午四点，午餐的休息则是从十一点到下午一点，每周固定上课六天，从星期一到星期六。假日相当少，包括复活节、圣灵降临节与圣诞节，再加上公定考试的次日。因此，埃马努埃尔每个礼拜有六天大部分的时间都不在家，回家后还得花很长的时间写功课。即使在星期日，他也不会有太多自己的时间，因为他必须上教堂，然后还得上主日课。直到他在十七岁到哥尼斯堡大学就读后，这个长期的束缚才获解除。
课程的安排也与当时一般的学校不同。上课的班别完全是根据学生的各科程度来编定，以至于同一个小孩可能上一年级的拉丁文，二年级的宗教课，三年级的希伯来文。在这样的安排下要交朋友十分不易。
每一门课程有固定的教室，上下课都有铃响。正式上课之前老师会念一段“简短而有启发性的祷词”，好让课堂“圣灵充满并为上帝所降福，却不损失分秒的上课时间”。午餐与放学之前各唱一段圣歌。虽然不是一直都清楚形诸文字，但每一门课的“主要目的”都是把学生引向“上帝及其荣耀”，教师则必须时时谨记自己是在“全在的上帝”的监督下上课。
学生每一个小时上不同的课。七点到八点有五个神学的班级；八点到十点有六个拉丁文的班级，十点到十一点，有三个最高年级上希腊文，其他人则继续上拉丁文（字形变化练习）。十一点到十二点之间学生在指定场地用餐，同时有一个教师为他们朗读“有益的东西”。接下来有一个小时的时间，学生在老师的监督下在大天井中游戏。一点到两点之间有不同的选择，有人上逻辑，有人上哲学史、地理、教会史或者书法。两点到三点有希伯来文与数学课。每个星期三和星期六，有兴趣的学生可以在下午的头两个小时学习数学与声乐。
宗教课的第一年里，学生必须背诵路德的小教理问答。另外他们也接触经过改编以适应其程度的圣经故事。第二年则复习小教理问答，辅以部分路德大教理问答的内容以及更多的圣经故事。在第三年里，“教过的所有内容重复一次，并不时作重要的补充”。第四年的宗教课主要的根据是克里斯托弗·施塔克的《救恩次序图表》。此外，每个礼拜还有两个小时的新约圣经课。在第五年，也就是最后一年里，则进一步“深入新约圣经”，再加上两个小时的旧约圣经导读。学校给教师的指示是必须让学生明白“一切都可以成为祈祷的主题，并且应用于基督徒的生活与转变”。最后两年则完全用来准备大学神学系的学业。这一点该校的老师皆能愉快胜任，因为他们大多是哥尼斯堡大学神学系的高年级学生。
对埃马努埃尔而言，神学似乎不太容易。在1735年复活节，也就是他人学后的第三年开始时，他参加三年级的拉丁文与希腊文课，算术课与宗教课则是二年级。尽管如此，他离开学校时已有意无意地作好了攻读神学的准备。因为他到晚年都保有惊人的记忆力，我们可以相信早年被灌输的神学思想从来没有被遗忘。
其他的课程也是神学教育的准备工作，特别是希伯来文与希腊文。一个学生上过希伯来文三年的课程之后，应该有能力阅读摩西五书、历史书以及大卫诗篇。四，五年级的希腊文课程不仅是为文法的复习而设计，更是为了要能够阅读新约圣经。学生得先读完“整本”希腊文的新约圣经，然后才有机会欣赏其他的古典希腊文著作。他们使用的教本是盖斯纳的《选集》，初版于（1731年），收录有亚里士多德、恩披里柯、希罗多德、修昔底德、色诺芬、奥弗拉斯特、普鲁塔克、琉善与希罗狄安的文选。另外学生还可以读到荷马、品达与赫西俄德的作品。虽然他们可以藉此得到一些古典希腊时期的概念，真正的重点仍是在为神学研究打基础。
拉丁文乃腓特烈中学的教育重点。不仅学生把大部分的时间花在拉丁文上，而且就其重要性而言，拉丁文远高于其他的科目，拉丁文的课程有六个年级，所占的钟点从低年级的每周18个小时到高年级的6小时，大部分用在训练字汇、动词变化、字形变化以及文法的规则上。上过三年级的课程，学生应能阅读奈波斯的作品。四年级的拉丁文是奈波斯的复习、西塞罗文选以及诗选。五年级的内容是恺撒以及更多的西塞罗，六年级则为西塞罗（《论义务》以及其他文选）、穆瑞图斯、库尔提乌斯与普林尼的作品。课程的重点是拉丁文的说与写。在最高的两个年级里，上课时甚至以拉丁语交谈。
埃马努埃尔的拉丁文很杰出。与他熟识的人甚至认为他会选择主修古典语言学。鲁恩肯说在1739年复活节到1740年9月之间，他自己最感兴趣的是哲学，而埃马努埃尔则最热中于古典语言。埃马努埃尔、大卫以及另一个密友库德一起阅读课外的古典作品，以补学校贫血的书单之不足，书本则由较为有钱的鲁恩肯购买。由于他们有自己著书的野心，所以决定使用拉丁文的名字：康蒂乌斯、鲁恩肯尼乌斯与库德乌斯。康德一直很重视古典文学，终身阅读不辍。塞内加、（或许令人有点意外）卢克莱修以及贺拉斯是他长期的最爱，不过他对其他的拉丁文作家也知之甚详。博罗夫斯基等人都提到，康德即使在晚年都能背诵他特别喜好的著作里的大段文字。他对古希腊文学的兴趣则稍淡。在他的著作里甚少出现希腊字，他也从未引用希腊文句子作为书里的题词。这并不表示他不读希腊文，也不意味着他不在乎希腊哲学。事实正好相反。我们将发现，在他的哲学发展中的一个重要阶段里，他对古希腊哲学的再发掘帮助他厘清自己的观点。
难怪康德最喜欢的老师，就是他的拉丁文教师海登赖希。康德虽然对其他的老师一般不予置评，直到晚年却还是非常敬重海登赖希。这个“好”人不仅培养了康德对古典拉丁文作家的爱好，同时也为他提供了丰富的古典时期的知识。康德尤其感谢他教导自己学习清晰的思考。当康德后来抱怨学校应该着重作者的“精神”而非“辞藻”时，他的批评对象当然不是海登赖希。这个老师相当接近康德心目中的理想，影响所及，康德与他的朋友们甚至在课外阅读拉丁文著作。
学校里另有地理课与历史课，但不特别重要。再者，既然历史课以旧约与新约圣经里的历史作为主要的教学内容，学生多半把它看作是宗教课的延长。书法课似乎不获康德的青睐，这是惟一让康德遭到降级的科目。
法文不是必修课，它是总共三个年级的选修课，排在星期三与星期六，而康德也的确选修了法文。法文课的目标不是让学生说一口流畅的法语，而是让他们大致能够阅读一切法文著作。据此我们可以推测康德能够阅听法文，即使口语能力可能不是很突出。值得注意的是，康德登记了法文课，而且这门课有额外的收费。英文没有出现在课表上。事实上，它甚至在哥尼斯堡大学也不是一个专门科目，这个情形到康德在那里任教以后，都迟迟没有改变，所以康德似乎没有受过正式的英语训练。他或许可以猜测出某些段落的大意，但没有完整的理解能力。
算术一般也认为不如拉丁文重要，总共也只有三个年级上，并没有超出基本常识的范围。较为高等的数学也只是选修课（因此也必须额外缴费），其课程目标为介绍算术、几何与三角里的数学基本原理，所用的教材则为沃尔夫的《一切数学科学的根本原理摘要》在这门课程里，学生也不可能有深刻的钻研，因为老师的责任只是让他们掌握、证明与题解该学科中“最重要的部分”，教学的目标是传导学生“对于数学训练的认识，以使他们具备学习其他自然科目的基础与能力”。但即使是这样的基本目标仍然远超过一个一般神学系学生的能力范围。上过这样的课以后埃马努埃尔的数学程度或许略高于普鲁士的平均水准，但以后来的标准来衡量的话，他早年在这个学科上的所学反而是捉襟见肘。
在哲学方面也是相同的情形。虽然那是正规课程而非选修，但似乎只有一年的课程。如果从教师的图书馆可以推测教学的情形的话，那哲学课完全走的是沃尔夫的路线。哲学是可以让学生在课堂上互相“辩论”的科目之一。康德后来曾向他当时的同学库德表示，他认为“那些先生没有办法点燃我们内心里的任何哲学火苗或数学火苗”。据传当时库德回答说：“他们倒是有把火苗吹熄的本领。”
该校的教育精神可以用校长席费尔特的话一言以蔽之：“复习为学习的灵魂，以便学过的不再忘记。”他们每周都有固定时数的复习课，而每堂课一开始都是复习上过的内容。考试前的三周，还会复习一次半年来所学的内容。席费尔特相信同样的事物重复三次之后，“将牢牢地印在脑中”。或许他的说法没错，但这个方法显然很难为教室带来蓬勃的生气。康德本人在他的晚年则赞同这样的做法，认为“记忆力的培养是必要的，而我们所知的便是我们的记忆的全部”。此外，针对字汇或类似的学习内容，他也不反对死记。然而他同时相信“理解能力也应该重视”，同时“知其然”应该渐次地与“知其所以然”接轨，而数学在这方面便是最好的训练。然而腓特烈中学的数学教学不尽理想，可以确定的是，康德并不认为它在理解能力的提升上有杰出的表现。
敬虔会并不反对体罚，但也不认为这是约束学生最好的办法。如梅尔顿所言，纪律“在弗兰克的学校里反映了敬虔教派的精神方向，亦即将管制主观化，由个人的外在移往内在”。的确，敬虔教派十分强调“内省作为加强自制的工具”。在腓特烈中学里，每个领圣体的学生必须事先“撰文报告其灵魂的状况”。报告必须交给一个训导人员，由他来审核当事人是否有资格领圣体。有时这样还不够，学生另外还必须交一封由教师所封笺的报告给训导人员，其中列举可能令当事人不适合领圣体的种种问题。若学生本身的报告与老师的报告出人过大的话，学生将会遭到训斥。
成年的康德非常厌恶对于学生的内省要求。他认为这种“自我观察”或者“自我观察者用以作为日记簿素材的内在知觉方法，可能导致狂热思想甚或精神异常”。毫无疑问，他对这种内省的敬谢不敏，源自于少年时期密集的“灵魂状况”的报告。
虽然该校以学生的自制为其教育理想，实际的作为很可能又是另外一套。早期的康德传记作者默特兹菲尔德谈到了充满整个校园的“被管死的沉滞气氛”。康德自己也证实这点。他告诉雅赫曼说，他所有的老师虽然都很严格（只有一个例外），但达不到管教的效果。因为康德十分用功上进，并且几乎每一门功课都拿第一名，所以想必很少接受处罚。”叫但他曾经因为缴不出作业簿而受罚：他在下课游戏时弄丢了。康德在晚年时讲过一个故事：“当他还是一个小学生的时候，曾有一个无礼的小孩闯入了训导员席费尔特的办公室并问道：‘这里是敬虔会的学校吗？’训导员一听之下，立即给他一顿痛打，接着告诉他：‘现在你知道敬虔会的学校在哪里了吧！’”虽然康德没有接受体罚的亲身经历，却早已经看惯了。
康德便是在这个时候失去他的母亲。她在他毕业的三年前过世，从此以后，他与兄弟姊妹们只有父亲可以依靠。除了学校的“沉滞气氛”以外，现在又加上家中忧伤的色调，无怪乎康德不太愿意回想他在腓特烈中学的日子。