这件事后不久，又发生了嘉兴总兵陈梧抢掠百姓财物，被知县王正中正法的事件。陈梧是在嘉兴兵败后逃退到余姚境内的，别看这批残兵败将在战场上一个个不是清兵的对手，但在老百姓面前他们却是毫不含糊，他们一到余姚就肆意劫掠，当地民众被害得叫苦不迭。这里的知县叫王正中，是黄宗羲的好朋友，伟人耿直刚正，他看到乱兵无道，百姓深受其害，于是就组织了民兵将纵容部下且带头抢掠的陈梧等人杀掉，二者自然也就引起了军界诸兵将的不满。当时方国安、王之仁等人坚持要将王正中治罪，并且都形成了廷议。这时黄宗羲再次挺身而出为王正中辩护。他在朝堂上义正辞严地指出：“（陈梧等）借丧乱以济其私，致千众怒，是贼也！正中守土，即当为国保民，何罪之有？”黄宗羲的举动得到了朝中正义人士的支持，鲁王也觉得黄氏的话很有道理，就废除了原来形成的所谓廷议，这才没使王正中遭到迫害。
不难看出，以黄宗羲个人的性格，做一个监察御史倒也挺合适的，只有他这样敢于触动权贵、敢于说公道话的人才能忠于职守，才能明察百官，整刷朝纲。只可惜他生在乱世，他根本没有那么多的时间和机会去施展自己的政治才华。清军攻至浙东，鲁王政权溃散，鲁王自己也是死里逃生，最后只能漂流海上。黄宗羲也被清廷作为反清武装头目来通缉、追捕。
黄宗羲在与鲁王政权失散后，自然是要苦苦追，甚至一度到过日本。后来又几经周折，才和已经流亡海上的鲁王行朝取得了联系。
清顺治六年（1649）四月鲁王在定西侯张名振的迎护下由闽反浙，中途驻扎在南田的“健跳所”，此时已过不惑之年的黄宗羲毅然抛家弃业，投奔已经没有希望的鲁王流亡政权，应该说这也是黄宗羲为挽救这个行将覆灭的小王朝所尽的最后一份忠心了。
他的到来也受到了行朝上下的一致欢迎，起初被授以左佥都御史之职，后来就擢升为左副都御史。就这样，黄宗羲和其他几个忠于故明的朝臣在极其艰苦的条件下苦苦支撑着这一份明祀残业。
只是这个小朝廷远比黄宗羲想象的糟糕。当时，这个所谓的海上行朝的防御力量，只不过是有几条大小船和一帮亡命的散兵游勇组成，他们困守在海中的几个孤岛上，没有供给，缺食少穿。更为糟糕的是这些士兵士气低落，武将们拥兵自重，文臣稍有异同便会招致杀身之祸。如黄宗羲的好友、世忠营时期的合作伙伴熊汝霖就是这样被害死的，这些人没有死在抗击清军的战场上，而是亡于自己内部的纷争，实在是这个政权的悲哀，也更说明了这个行朝的存在只能是苟延残喘，灭亡已经是必然的了。
此时黄宗羲虽身为左副都御史，但手无一兵一卒，虽苦心建言，却又有谁人肯听？所以黄宗羲在做这个官的时候十分烦闷，郁郁不得志。
在担任左副都御史其间，黄宗羲曾竭力推荐在四明山曾结寨抗清的王翊，想使其率领军队加入南明的抗清阵营。这个时候王翊的抗清武装有一万余人，应该说是一个难得的抗清力量，因此黄宗羲的这个举荐也得到了朝中一些人物的支持，大家都认为在目前困难的处境下，想王翊这样忠心于抗清事业的人物应当得到重用。但此时操纵行朝大权的是张名振，他与王翊有过私人的过节，因此出于个人私心，他坚决不肯接纳王翊的武装，也否定了黄宗羲的举荐。后来当鲁王对各地的抗清山寨封官晋爵时，王翊也仅仅得到个“河南道御史”，这于王立下的赫赫战功相去甚远。对此黄宗羲又向朝廷上书说，既然朝廷对抗清山寨中文武官员多授爵在三品以上，唯独在抗清力量上颇为强大的王翊却授不到三品之衔，这样可能对抗清大业造成严重的危害。尽管黄宗羲苦口婆心劝谏，但掌权者听不进半点意见，所以王翊这样的抗清中坚始终没能得到鲁王朝的重用。
其实这时候的黄宗羲更像是一个摆设，偶尔为那个鲁王讲讲学，如此而已。
这年八月份，清廷为了孤立和打击海上的抗清力量，又颁发了一个新的诏令，主要就是说凡是从亡海上的人其家属都要受到株连。
黄宗羲是一个出名的孝子，在家中他是长子，上有寡居的母亲，下有年轻的弟妹、妻儿，一家人的起居安危都要他操持。现在朝廷又下了诏令，他不能丢下家人不管。而且他现在虽身处海上行朝，却整日无所事事，要想依靠眼下剩下的这些人来实现反清复明大业已经根本不可能了。于是他做出了一项重要决定，他要向鲁王辞行，从此回家归隐。
在回家归隐和继续辅佐鲁王之间选择，这对希望能够忠孝双全的黄宗羲来说绝对是一个痛苦的选择。他曾经这样感叹：“主上以忠臣之后仗我，我所以栖栖不忍去也。今方寸乱矣，吾不能为姜伯约矣！”其实并不是他做不了姜伯约，而是他没有遇到诸葛亮。当初他是抛家弃业来追随鲁王的，那时他尚有辅佐鲁王、反清复明的一腔热血、壮志雄心，但他所面对的现实不断地冷却了他心中的热血，面对这样一个不堪朝廷，黄宗羲最终只能选择离去。
讽刺的是这个时候鲁王很爽快地答应了黄宗羲隐姓埋名、回家归隐的请求，不知道黄宗羲当时的心情如何，是该感激鲁王没有为难他呢，还是另有所想。
就这样，黄宗羲从此结束了他的“臣子”生涯，回到了家乡。此后一段时间，他仍冒着杀头的危险，与海上的抗清势力保持联系，并随时为他们通风报信，同时他还参加当地策反降清旧臣和营救被捕的抗清人士及其家属的活动。
游侠的幻灭
虽然在形式上黄宗羲已经脱离了鲁王政权，但这个时候他并没有真正地回家归隐。他一直密切关注着日益恶化的抗清形势，并且积极为其奔走，他想再为抗清复明大业做一些实事。
他游说过钱谦益共同去策反婺中镇将马进宝，他积极奔走营救“庚寅之难”中被捕的自己的兄弟黄宗炎以及战友的家眷。就在营救他的弟弟时，他曾经赤足在冰雪上行走，连夜去向朋友借救命钱，十个指头被冻得鲜血直流，同时他还冒着自己被捕的危险奔走于官府之间以打通关节救人。
清顺治八年（1651）夏秋之交，清军准备对浙东海上抗清武装展开一次大规模的围剿行动。在得知这一情报后，黄宗羲立即派人去鲁王行朝告警，让他们做好准备。但此时张名振却麻痹轻敌，他认为自己可以凭借海上天险，部下兵卒又熟谙风信，足以抵抗清军的进攻，因而就没有对黄宗羲的情报引起足够的重视。更为荒唐的是他这个时候还率领部队去吴淞海域作战，只留下了一小部军队驻守大本营舟山。因而当清军兵分三路进攻舟山的时候，城池很快就陷落了，朝中大多数的重要大臣也都死于城陷之时。此时张名振也只得带着鲁王仓皇南逃。但这次对抗请力量来说却是一次毁灭性的打击，从此鲁王政权再也没有了可以跟清军向抗衡的军事力量，因而这个政权也近乎是名存实亡了。
此后的几年，黄宗羲也一直参加各地的抗清斗争，也一直躲避着清廷的追捕，过着极其艰难的逃亡生活。清顺治十一年（1654）和顺治十三年（1656），他皆因参与抗清活动而被官府缉拿，幸而每次都侥幸逃生。
其实黄宗羲心里明白，这个时候的局势已经很难挽回，任凭自己再怎么努力，满清代明已成为历史的必然。在他身上，是一种明知不可为而为之的游侠精神在一直支持着他，让他不断奔走，不断斗争。只是不断听到的反清力量受挫的消息让黄宗羲不得不有所思考，寻求斗争方式的改变。
清顺治十七年（1660），五十一岁的黄宗羲作了一次为期长达百天的“匡庐之游”。可以说这次出游也是作为游侠的他的最后一次“游”。
借这次庐山之游，黄宗羲一方面可以排解心中长期以来积压的郁愤之气，二来可以藉此对时局有一个更为冷静、客观的认识。在这次游历过程中黄宗羲结交了像吕留良、方以智等隐居林间的抗清义士，还寻访了铜陵等抗清义士打过仗的地方。这次游玩也促成了黄宗羲数十年“游侠”生涯的终结。