其实，他的死是咎由自取。当时，张首辅要打击地主豪强，他就教唆豪强起来反抗；张首辅要稳定边境，他就派人去南部少数民族部落教他们作战方法。这样处处和张首辅作对，想不死怎么可能呢？我们不得而知何学者这样做的目的是想验证自己的预言还是活的不耐烦了，但从他对张居正的评价与预言来看，他是个很正常的人。后来的历史告诉我们，张居正的确掌握了国家大权，也的确是个非常之人。
张居正在大明的露面，应该是嘉靖二十六年（1547年）入翰林院，嘉靖二十八年，张居正上疏嘉靖帝，力陈当时社会的症结并提出解决方案。嘉靖帝给出的回答是：我在炼丹，有事问严嵩。
作为翰林院的小编修张居正知道，当时的内阁首辅严嵩专擅，刚直之士大多无好下场。比如三边总督曾铣、内阁大学士夏言，因为在上疏收复河套的同时，顺便弹劾了一下严嵩父子，就被严嵩处死。兵部武选司杨继盛弹劾严嵩，屁股上挨了整整一百杖。张居正很明白，自己一个小编修根本无法与首辅抗衡。
隆庆元年，首辅徐阶向隆庆帝推荐了张居正。他一跃而升入内阁，迈进了帝国的最高权力机构。经过二十多年的官场阅历与工作经验，他觉得似乎时机已到。隆庆二年，他上疏隆庆帝，陈述当时必须要解决的六件大事。这离他上疏给嘉靖帝时已有二十年。
这六件大事就是他后来各个的大政方针。第一条，省议论。就是让那些言官们尽量少说废话、空话。第二条，振朝纲。第三条，重诏令。第四条，要官员们名实相符。第五条，解决土地兼并问题，第六条，整边防。
隆庆给出的回答是：我无为。隆庆“无为”了六年后，去世。死前，在他床边的高拱、张居正与高仪被任命为万历帝的辅佐大臣。
作为首辅的高拱一直想控制张居正，确切地说，他想要掌握内阁大权为自己的目的服务。至于他到底有什么目的，我们现在也没有必要知道。因为隆庆帝死的半年后，他就被张居正与太监冯保联合驱逐出了朝廷。
其实，最有资格讲述张居正与冯保驱逐高拱这段历史的人应该是高拱本人。此人也的确不负重望，在《病榻遗言》中谈到了张冯二人驱逐自己的经过。他指出，发生于万历元年的王大臣事件，实是张居正与冯保的栽赃。
王大臣事件发生于万历元年，有一天，十岁的小万历在宫殿门口撞到了一个人。此人太监打扮，神色惊慌，万历身边的人急忙将其拿下，交予冯保。
后来的事就是高拱所言的了，据他说，此人本是张居正最得意的大将戚继光派来的人。可到了冯保那里后，冯保得知他是戚继光的人后很惊慌，他找到张居正。张居正就对他说，高拱总想让你滚蛋，我们现在机会来了，可以让他滚蛋。
在第二次审问的时候，冯保喝问王大臣：“你怀藏凶器欲行刺皇上，是谁指使？”
王大臣对冯保先前给自己的安排很不服气，就把真话说了出来，“不是你让我说是高首辅指使的吗？”冯保鼻子都气歪了。为了给歪了的鼻子报仇，冯保毒坏了王大臣的声带。在第三次审问的时候，他很迅速地就将案子结了，将王大臣处斩。并将王大臣的供词（其实是他自己的供词）呈交万历。
但这件事并不是高拱被驱逐出去的主要原因，最主要的原因是：冯保在李太后面前说了这样一句话：高拱曾说皇帝一个小毛孩子懂什么。
本来，高拱这个人一直就是个狂妄的人，这句话从他嘴里说出来也是情理之中的事。但是高拱虽然狂妄，却不是蠢货。他绝不可能在大庭广众之下这样讲，而且还被冯保听到了。
这话在李太后那里的意思大概有两层：第一：高拱瞧不起自己的儿子；第二：高拱你算什么东西，凭什么瞧不起皇上！
万历六年，张居正旅游到河南见到了被废乡居的高拱。两人相见，说来话长。张居正尽力弃嫌修好，并尽力让高拱想起在万历元年送他出京的情景。当时，他把高拱扶出宫门，又与另一次辅一起上书请求留下高拱。高拱回想起那一情景，并没有被感动，在他看来，张居正这个人除了阴险以外还有虚伪。
张居正选择了与冯保合作驱逐高拱，他借太监之势力并不是想压制儒臣，而是想要实施他的改革大业，这便证明了张居正确为非常之人。纵观历史，宦官与儒臣之间的矛盾就是“忠奸不两立”，而张居正打破了这种陈规。他是受过儒家教育多年的人，但却没有被儒家的那一系列陈规所束缚。儒家所谓的“君子小人”论，就完全可以把一个迂腐的儒生推进万丈深渊。
儒家太重修身，以至于把所有的精力都放在了做人上。儒生做事先不管这件事是否有利于天下，他们首先考虑的是在做事的过程中是否影响了自己的做人。但看天下诸多人物，能成大事者虽然标榜仁义，但其所行之手段实是法家那一套。张居正是儒生，而且不是愚儒，他深刻地明白孟子所言“夫大人者，言不必信，行不必果，惟义所在”的真谛。
许多年后，当张居正和冯保称兄道弟的时候，朝堂之上的儒生们咬牙切齿，想把张居正剥皮而后快。在他们看来，堂堂一内阁首辅与宦官为武简直是丢尽了士大夫的脸。而在张居正看来，跟冯保合作是最明智之举。他从明朝历史中得出这样一个结论：宦官之所以一直存在于大明朝就是因为他离皇帝近，皇帝不可能天天和大臣们在一起，但绝对有大部分时间是和太监在一起的。这些人的一言一行对皇帝来讲都起着不可低估的作用。简单来讲，皇帝们也要靠他们来为自己服务，他们是皇帝的御用工具。尤其是隆庆去世后，冯保的权力在如日中天之时还能亲近一个李太后。
他经常提到的一句话就是非常之事必是非常之人才可做得。在驱逐高拱这件事上，他让我们看到了他的确是个把理论与实践结合得这么好的一个混蛋。只是因为一个目标，他肯把自己置身于文人们的口诛笔伐当中。
历史，尤其是中国历史，一个人物随时都能依其意志的突然决定，对事变的形成添加一些意外的变化无常的力量，这种力量使事物的行程变更方向。张居正的意志决定了他必可改变大明的行程方向，在万丈深渊前掉转，向着光明平坦的大道奔驰而去。
张居正之死
万历十年六月二十日，张居正病逝于已躺了三个多月的床上。几年后，曾被张居正得罪过的清流文士王世贞以丰富的可以创作小说的联想力在《嘉靖以来内阁首辅传》中臆测道：张首辅之死，实死于春药过度。
由他的这种臆测，我们可以知道他是唯物主义者，不相信鬼神。不然，他不敢这样胡说。从当时明朝的风气来看，明人常常将房中术摆在枕边，为的是益寿延年，更为了纵欲而不伤身。王世贞肯定也是此类畅销书的忠实读者，推己及人，便认定张居正之死实死于纵欲过度。晚明士人风行房中，张居正不可能免俗，但王士贞说他“妻妾太多而无法满足她们，则每天以春药坚持”实在让人信不过。难道他有千里透视眼？
万历十年春节刚过，张居正就病倒了，病因很简单：痔疮。用中医的话来讲，痔疮之所以产生，是因为劳累过度，“久坐则血脉不行，久行则气血纵横，经络交错。久坐久行，劳累过度，使肠胃受伤，以致浊气瘀血，流注肛门而生痔疾。”另外，情志因素也是最主要的原因：“喜怒起，气血侵入大肠，结积成块，易生便血。”
多年的文牍生涯和改革中种种不顺心的事而常常火气十足让他得了很严重的痔疮。自担起改革大业以来，日作夜思、食不甘、寝不寐。他所忧虑的又岂止是改革大业？还有那些时刻想反对他的士大夫们！其时，已经是老毛病了。所谓“十人九痔”，每个人的肛门都或轻或重地有点不如意。在当时的医疗条件下，痔疮虽不是小病，但绝不是致人性命的大病。
“积习沉痼已久，非痛惩不能挽也。”这是他在改革中所持的思想，不幸的是，他把这种思想也带进了痔疮治疗上来。在床上痛苦了三个月后，万历十年的三月，他命令医生将自己的痔疮割除。就如他的改革一样，从根上祛除，连根拔起。
他把割除痔疮也当成了一项改革，但这项改革却立竿见影地失败了。从手术后，他就永远地呆在了床上，一直到死。他曾上疏万历帝说：“我的痔疮虽然根除了，但血气大损，数日以来，脾胃虚弱，吃不下喝不下，四肢无力，寸步难移……”
由此看来，病的大小或多或少地要因人而异。张居正性格中的果决、务实和意识中的“斩草除根”，让他毅然决然地选择了中医为其作西医的外科手术。
除了性格因素让他这样做之外，当时的形势也要求他不得不这样做。经过十年的改革，大明王朝俨然生机勃勃。而在王朝茂盛的背影下，张居正自身的未来已堪忧。
在他被痔疮烦恼、痛苦的时候，一直支持他的李太后已要“隐退”，好兄弟大太监冯保被众官弹劾而身危，权力铁三角已然欲崩溃！而且，昔日操控于掌上的小万历已成长为大人，反对派们更是蠢蠢欲动。在这样的形势下，他绝不能让自己因为一个痔疮而整日躺在床上。自己掌握的十年大权看似牢固不可破，但如果不亲自行使，这权力不过就是万历皇帝给自己扎的一只纸老虎而已。
事实也的确如此，他死后不久，就得到了万历对他的清算。他死了，永远也不知道身后到底发生了什么事。他似乎永远也不知道自己给大明朝留下了几十年的寿命外，还留下了一个万历皇帝。如果他泉下有知，他绝不会对万历念错的一个字而大声呵斥，如果他泉下有知，他绝不会对万历管束甚严，以至于把万历管教成了一个后来龟缩在皇宫里的瘪三。
早在张居正当国时，万历就对这位张先生与冯保对自己的严加管教而愤愤不平。但他绝不敢跟张居正发脾气，他的目标是张居正最好的朋友冯保。
后来首辅申时行的长子跟别人谈到一件事，从这件事上，我们就可以看出后来冯保与张居正的下场之惨也就不足为奇了。有一天，万历讲读完毕，兴致大发，书写大字赏赐辅臣以及九卿等。冯保在一旁伺候。突然，万历以笔饱沾墨水猛地向冯保的大红衣衫掷去。冯保根本就想不到会有此等事发生，先是一怒，接着就惊愕万分，在一旁的张居正也脸色大变。而万历却若无其事地书写完毕，起身回乾请宫了。
阳世似乎跟张居正开了一个玩笑，他苦心“经营”的一个小皇帝到后来却成了天下无二的懒虫。他精心编撰的《帝鉴图说》成了一堆废纸。他不惜得罪天下人而缔造的改革基业灰飞烟灭。他在三朝的忧患意识换来的却是死后差点被挖尸。
万历八年，当他丈量完毕全国土地数量时，数目之大让他不敢相信自己的眼睛。万历十年，当他闭上眼睛的那一刻，他是否能相信万历对他的尸体所做的一切？
学者黄仁宇曾感叹说，世间已无张居正。倘若这是一副对联的上联，那么下联应该就是，大明从此逝人间。当我们看到在张居正死后万历的所作所为，我们就会对这副对联感慨万千，并加以肯定。张居正的死并不仅仅是他躯体的消失和改革业绩的被彻底否定，他的死导致了一个最严重的后果，那就是给大明帝国留下了一个精神吸毒犯——万历皇帝。