万历看到这封奏疏，大怒。其实大臣所谓的学习就是希望万历允许皇长子接受帝王教育。他一怒，就打人。但打了一批，又来了一批，一直到万历二十一年正月，万历打不动了。此时，他已把断头政治运用自如，只在国本事情上动一动脑袋。可他觉得这样下去，有违自己的断头政治的宗旨。就跟大臣们说，这样吧，既然大家都对这件事非常的感兴趣。我也只好按照祖宗成法来办了。祖宗说：“立嫡不立庶”，现在王皇后虽然没有生育，但未必不代表她以后也不生育。如果他生了一个孩子，我就将其册立为太子。那么现在，我就将皇长子封王。
但同时，他又把三子朱常洵与五子朱常浩封王。消息一传出，大臣们哗然。有大臣跑回家就开始写奏疏，第二天就呈给内阁。大臣们的意思是惊人的一致：您封了三个王，那么，请问三王之间有差别吗？如果没有差别，皇长子的地位何在？
这种瞒天过海的计策没有取得成效，不得已，这年的二月，万历收回三王并封之命。并跟大臣们保证，如果王皇后在二三年之内还没有生子，那么，就册立皇长子为太子。
我们不得而知已经十三岁、却没有一点知识的朱常洛到底做何感想。似乎他许多以前祖宗们的好勇斗狠的血液并没有遗传给他。如果不是他太懦弱，或许，国本之争也不可能持续了十一年而仍旧还要继续下去。
万历二十一年八月，一颗彗星横穿夜空，照亮了大明帝国廷臣们的眼睛，也照亮了当时首辅王锡爵的眼睛。他趁机向万历秘奏：“您是天之子，太子是您的儿子。您如今不承认您有儿子，老天发怒了。”
万历躲在深宫里修炼他的断头大法，是年，皇太后生辰，王首辅又密奏：“皇上不要拖了，请立定国本。”
万历道：“万一皇后生子，该当如何？”
王首辅回答：“十年前，您这样讲还可。皇长子已经十三岁了。您听过哪一朝太子到十三岁时还大字不识的吗？”
万历忽然就抽了一下风，据史载，他“颇感动”。在这感动之下，他在同年的十一月二日，下令，要皇长子“出阁讲学”。万历二十二年二月四日，皇长子朱常洛正式出阁讲学。
大臣们见事情有了转机，马上发动进攻。万历二十四年二月，礼部上疏，皇长子年近十五，应行冠礼。这其实就是要让万历先立朱常洛为太子，然后以太子冠服行冠礼。
万历给出的回答是：“知道了。”
万历二十五年，无数大臣都提出这样的请求，月月不断，万历给出的回答是：“不报”。大臣们依旧坚持，一直到了万历二十九年九月，他才册立朱常洛为太子。
长达十五年的国本之争至此才告一段落，但并不没有彻底结束，这是后话。
万历与朝臣对国本你来我往的争斗告诉了我们这样一件事：皇帝虽然拥有至高无上的权力，但这种权力在祖宗成法与传统道德上面还是要受到多多少的限制的。特别是在废长立幼这种违背封建统治的传统规范面前，万历几乎找不出任何跳出这个层面的理由来加以抗争。他所能做的只是不理，也就是断头政治的另外一种表现。
从各种史料看来，万历之所以会认输，并不是群臣们打败了他。当初，他为郑贵妃写过立朱常洵为皇太子的字据，并且让她用金盒密封保存。谁知若干年后打开一看，居然被虫子把字都吃光了。他不由地感叹了一句：“这是天意”。另外，就在万历二十九年九月前，他与郑贵妃产生了矛盾。他感情一冲动，就下了册封朱常洛的心。
这场矛盾大概只是个误会，当时他得了病，喜欢天天睡觉。每次醒来时都发现是王皇后在自己身边，并且面有愁容。郑贵妃只是偶尔来侍寝，可总是神色如常。我们知道，人一得了病，神经就很脆弱，一点点小事在病人眼里看来都是很大的事。
郑贵妃从这件事上应该得到一个教训，就是以后在病人面前无论悲伤与否都一定要悲伤。这是万历的感情冲动，另外，他的母亲李太后曾经问过他，为什么不立朱常洛为太子。万历当时就把自己母亲曾经也是宫女的事忘了，说了一句：他是宫女的儿子。
李太后闻言大怒，道：你也是！
这些都是野史所载，至于是否真有其事，我们没必要探究。但从李太后曾与张居正合作过来看，这位肯为大明江山着想的皇太后肯定是站在大臣们与朱常洛一边的。
国本之争的确是一件万历朝的大事，这种“大”表现在：诸多大臣都不同程度地被惩罚，党争在这期间开始。最为严重的是，朱常洛在没有父亲的关怀下生活了近十五年，又没有受到太子该受的教育，其心理性格早已经严重扭曲，在心理性格扭曲的情况下，又没有知识的指导，就是因为他，促使明朝灭亡的党争如火如荼起来。其责任，就在他父亲万历，是万历在砍大明脑袋的同时也割掉了大明的生殖器。
梃击案后的惊鸿一现
朱常洛三十四岁那年的端午节前一天，气候宜人，他在自己的慈庆宫里看外面的宫女准备迎接端午的物品。到傍晚十分，忽然有一名男子手持木棍，冲进了慈庆宫。他顺利地冲过了第一道徽音门，因为门两旁根本就没有人。在冲第二道麟趾门时，他遇到了阻拦。阻拦他的是两个六十多岁的老太监。行动已非常不便，别说拦人，走路都不没有力气。该名男子见状，挥舞棍子将两人打倒在地，直接就冲到了慈庆宫大殿前，正要跨越石阶而上时，一位七十多岁的东宫当日值班太监发现了他。惊慌失措，他以为这位手使棍子的人是一位武林高手，连闯二门，又奔到了大殿。
他大声呼喊，从各个角落里冲出了七八个太监，将此人围起来。此人把棍子左挥右舞，太监们发现，他的棍法很潦草，若是会功夫，也是三脚猫，就发声喊，一起冲上去将此人活捉了，并立即送到了东华门守卫指挥那里。
这件事情发生在万历四十三年五月初四傍晚，这一年皇宫的端午节因为这位“十步打一人，百米被活捉”的张差而过得不是很欢快。
第二天，朱常洛把自己差点挨棍子的事情报告给了万历皇帝，万历皇帝觉得这真有点不可思议，一个人拿着一根棍子就闯进了东宫，武功高强啊。但即使武功再高，东宫也不是想能闯进就能闯进的啊。他下令赶紧查，于是，在七天内，张差经过把总官、巡城御史以及刑部等各级官员的审讯，得出最终结果：此人是个疯子。因为自己的积攒的柴禾被当官的烧了，他就来京城告状。后来遇到了两个男子，说，在这里告状必须要拿一根棍子，并且指给了他进入慈庆宫的路线。于是，他就冲进了慈庆宫。
试想，一个不正常的疯子凭着一根棍子就闯进了东宫。东宫虽然谈不上戒备森严，可也不是闲人想来就来的。这样的判决当然不能很想知道真相的官员满意。在这些人看来，这样的判决不是糊弄三岁小孩子嘛。
一位很想知道真相并且和张差接触过的官员在五月十二日当廷宣读了他所查明的真相。在这份他所谓的真相里，主要有两条，第一，他曾拿饭给张差吃，张差能吃能喝，根本就不像疯子，而且他还招出了有人给他饭吃，并且告诉他进东宫见一个打杀一个。第二，张差无论如何也不可能从东华门一直冲到慈庆宫，如果不是有人事先安排布置，把张差安排到慈庆宫附近，那么，张差就是神。
这份记录与分析材料宣读完毕，刑部参与会审的全体官员都默然无语，也没有人诽谤张差是疯子了。他们既然找不到证据证明张差是疯子，那么，索性，这些大臣就把“张差是疯子”当成了证据。
朝廷一时之间因为此案而引起了纷争，大家分成了两派。一派说，张差是疯子，另一派则说，这是有人在背后主使，张差根本就不是疯子。两派斗争的结果只能是，继续查。查的对象当然就是张差。在经过了近10天的审理后，想要知道真相的大臣们终于查到了他们希望要的真相。那就是，此事跟郑贵妃有关。因为据张差说，是郑贵妃宫内的两个太监庞保与刘成派遣他去刺杀太子的，所用的武器是一根棍子。
万历得知了被查出的事情真相后，大为恼火。他恼火并不是后人所谓的这件事情把郑贵妃牵扯进来，而是因为，他觉得这是自己的家事，何必要弄到这步田地？
他扣了大臣们的奏疏，但并没有扣住大臣们的嘴。大臣们依旧议论，并且屡屡上疏，要求还太子一个公道。这要求背后其实就是说，您想换太子。万历大怒，在给内阁的谕旨中说道：“张差就是疯子，就是疯子……”第二天，他又给刑部谕旨：“此案的张差是疯子。”