万历皇帝觉得战争似乎就这样结束了，有大臣跟皇帝进言，说，如今朝鲜已经光复，朝鲜国王没有必要再回去，我们可以另立一个国王来主持朝鲜。我们说，这位大臣的意见真是英明的一塌糊涂。但他的这种主张显然违背了中国几千年来只对外族才有的狗屁的仁义道德，所以，万历皇帝坚决不能接受。他跟那个愚蠢如猪的朝鲜国王说，放心，虽然有人跟我讲，你已经没有必要再回国了，但我中华本仁义礼仪之邦，帮忙是帮忙，国王这个位子，还是属于你的。
我们无法想象，朝鲜国王当时的心情，肯定是想跪下给天朝上国的皇帝磕上一百个头的。
万历二十一年十二月，万历皇帝下令：在朝鲜的一切明朝军队全撤回。事实上，远在日本本土的丰臣秀吉在失眠的时候已经准备第二次开战了，而万历皇帝却得意洋洋地将所有明军全部撤回。万历皇帝之所以这样做，兵部尚书石星造的孽最大。此人是个完全主张与日本议和的人物，如果说他喜欢养老虎，一点都不过分。
那么好吧，万历皇帝也觉得对一个小倭寇斩尽杀绝有辱大国风范，就让石星去谈。石星给出的条件是：倭寇们要全部撤出朝鲜，大明帝国加封丰臣秀吉为日本国王。丰臣秀吉同意了。
石星高兴异常，报告万历皇帝，说倭寇也爱慕虚荣，花了这么大的代价进攻朝鲜，原来只是为了希望咱们封他为国王。
石星是个白痴！
当然，当时的明朝上下都有点白痴，他们不知道在丰臣秀吉上面还有一个天皇，丰臣秀吉就像是中国的大太监一样，权力无论多么大，也不会有凌驾在天皇之上的心。况且，天皇也不过是个摆设，是倭寇人民心中的一个活祖宗。真正的大权都在丰臣秀吉手上呢。
谈判似乎非常的浪费时间，近四年后，谈判还没有得到圆满的答案。万历二十五年，丰臣秀吉再度归来，比第一次入侵朝鲜更猛烈。
万历皇帝大怒，先把主张和解的石星扔进监狱，然后再处决。随之派遣两员大将再出朝鲜。万历皇帝原本想继续委派李如松任备倭总兵，但李将军当时正与辽东鞑靼作战，战事吃紧，在不久后，李如松一次捣巢作战中中了土蛮人的伏击殉国，这是那个年代里最不幸的事件之一，从此后，这位名将就不再被人提起。
第二次援助朝鲜，蔚山战役是一个重要的转折点。在此战役之前，两方都不敢有太大进攻动作，而在此之后，倭寇开始反攻。此战役发生在万历二十五年十一月，明军分三路围攻蔚山。左路是杨镐、李如梅；右路是麻贵、李芳春；中路高策主要有两个任务：一方面向南挺进，一方面采用打援战术，阻止倭寇的另一支来支援蔚山。
这是一个周密而必能取胜的计划，因为当时的明军无论是在数量还是在武器装备上都远远高出蔚山的倭寇。十二月二十三日，总攻开始。黎明前的一次突袭蔚山城成功，城内倭寇大半被歼。他们逃回岛山，坚守待援。第二天，明军开始围攻岛山外围，步兵连破日军新筑的外围三寨。这三道防线一破，日军坚壁据守，不敢复出。
中午十分，明军攻抵岛山寨下，裨将陈寅率领浙兵，在枪林弹雨中奋勇攻坚，连破岛山寨二重栅门，就在明军将要攻击最后一重栅门时，眼看平壤大捷再次重演时，总指挥官杨镐忽然命令立即停止，士兵们还不知是怎么回事时，杨镐派下的一队人开始在敌人的颤抖中于战场上割敌首级，为的是报功。
大家一乱，自然无法再组织进攻了，致使阵脚稍乱，攻击受阻，只好鸣金收兵。
日本方面就在此时传出了让杨镐心惊胆战的消息，五万陆军已经陆续从日本本土向朝鲜开过来。此时的明军减员非常大，弹药供应也渐渐捉襟见肘，明军只好由攻势转为守势。在这种不利的情况下，明军统帅部决定撤军。然而，在日本援军的追击下，明军撤军失控，阵营大乱，死伤无数。
万历皇帝大怒，咆哮。将总指挥官杨镐调回，顺便将他打进大牢，听候审判。这时明军的军事指挥大权完全落到了兵部侍郎邢玠手中。远在朝鲜的明军虽惨遭蔚山之败，但张居正改革整顿后的军队恢复能力却令人刮目相看。仅用了八个月时间，邢玠就开始了对倭寇的第二次攻击。
此次攻击从万历二十六年九月开始，分水陆两道，对沿海日军各处要塞同时形成压力，促使敌各处守军以及海路不能互相支援。九月底，陆军在海军切断了日本的大好时机下，先攻取了晋州，转眼又拿下临近大海的泗州。日本人此时被打傻了，居然临海设防。他忘了自己的海军已经被大明水师打得不敢在海上露一下面。
总指挥官邢玠派人调来大炮，准备把临海死守的倭寇打成炮灰。谁想，老天不长眼，明军的大炮突然炸膛，并引起大营火药库连番爆炸。倭寇趁势冲杀过来，将明军又赶出了泗州。
——和元朝东灭日本被海浪打翻军舰一样，明朝军队也遇到了苍天瞎眼的时候。
苍天瞎眼以后，两方又进入了拉锯状态。日本人龟缩在自己所占据的城市里，不露面。明军又攻不下来。一年后，战争形式发生了变化。先是大明水师进入对马海峡。日本海军消失的无影踪，日军的后勤补给就成了大问题。而万历皇帝源源不断地将粮食、军火、后续兵员送往朝鲜。
日本败局已定，一向爱面子的丰臣秀吉只好在日本匆忙准备死亡。万历二十七年八月十八日，这位想要把自己的住所挪到宁波去的日本人如愿的死掉了。日本趁势宣布，我们的首领死了，战争该结束了。不然，我们绝对要打到底。
——为一个死人吹牛或者是保全死人的面子，是人类的本事之一。
万历二十六年十一月十五日，倭寇全线撤军。万历皇帝下令，要痛打落水狗。所以，在日军撤退过程中，明军全线追击。陆军斩杀倭寇无数，海军全歼日本第五军。
万历二十七年四月，总指挥官，我们的民族英雄邢玠带着大部队回国，第二年十月，万历皇帝下令，大明帝国所有在朝军人全部回国。抗倭援朝战争在历时七年后正式结束，丰臣秀吉写给他小妾的那句“我定要在白发全生之前征服（大明）唐”则成了千古笑谈。
从大明朝和整个中华民族的角度来讲，抗倭援朝是绝对可以大书特书的。但从万历本人来讲，他的炫耀之心让大明帝国花去了七百多万两白银。另一方面，远在北方的努尔哈赤开始趁着明朝对自己不设防的情况下兴起。
万历二十七年四月十五日，万历皇帝来到午门城楼，接受朝贺，这是他许多年后第一次和大臣们遥遥相望。被俘的倭寇六十一名被就地正法，一个月后，万历皇帝下诏，通告此次东征的缘由。最后，他说，背信弃义者必戮！和当年汉武帝说的“虽远必诛”有异曲同工之处。
整个大明帝国为了一个吹牛皮差点吹破天的丰臣秀吉，付出了极为沉重的代价！
镇压杨应龙
杨应龙和他的祖先从唐乾符年间开始就在地处四川南端的播州生活，按照明制，在此地区设置土司，到了万历年间，杨应龙因为世袭的缘故，成了播州的最高领导人——宣慰使司。万历十四年，因为他总是帮助明朝镇压其他地方的叛乱，又经常挑选上好的木材给皇宫造房子，所以，万历皇帝就又授予了他指挥使头衔。
但此人的确不怎么样，十分喜欢杀人。当地百姓痛恨他的统治，可因为他手里有强兵壮马，不但是当地百姓，即使临近他的四川官员也不敢拿他怎么样。此人倒是个“给脸就登鼻子向上爬”的人，他看到周边没有人敢对他大声说话后，就有了想要当四川王的野心。
这显然就是想要谋反，万历十七年，他部下向朝廷告发他要谋反。在镇压鞑靼人叛乱中表现很好的的叶梦熊来了脾气，跟万历皇帝说，剿灭这厮。
四川方面不干了，因为它离杨应龙最近，一旦打起来，首先遭受损失的就是它四川。四川官员主张招安。争了一年后，贵州地方发生了叛乱，四川巡抚李化龙赶紧请皇帝不要征杨应龙，要杨带兵去剿灭叛乱。
万历皇帝觉得这件事有点古怪，就让四川方面把杨应龙弄到重庆审理一下，杨应龙倒是很合作，去了重庆，对簿公堂后，杨应龙忽然发现自己所犯的罪行是应该被斩首的。但他拒绝死，表示愿意以两万两银子买自己的命。万历皇帝得知后不想允许，可朝鲜方面却来了使者，说自己的国王被倭寇欺负了。杨应龙得知这个消息后，跟皇帝说，自己戴罪立功愿意去朝鲜打倭寇。
万历皇帝觉得这个主意不错，就答应了，杨应龙被放回了播州。但不知为什么，万历皇帝马上又翻悔了，下令不准杨应龙去朝鲜，又调黄继光为四川新巡抚。此人一上任，连下级官员准备的大餐都没有吃，就立即下令提杨应龙再次审理。杨应龙又不是傻子，所谓重新审理就是想直接砍他脑袋，他在播州，拒不去重庆。