立窝尼亚战争指俄国为争夺波罗的海沿岸地区和波罗的海出海口与立窝尼亚骑士团，以及瑞典、波兰和立陶宛大公国进行的战争。波罗的海沿岸地区并入俄国，能够保证俄国经波罗的海与欧洲各国建立直接的联系。俄国贵族希望在立窝尼亚攫取已开发的土地，而俄国商人则希望获得经里加、列维尔和纳尔瓦通往波罗的海的通路。持续了25年多的立窝尼亚战争通常分为三个阶段。
1558年1月，俄军4万人在格林斯基和希格·阿利亚统率下进入立窝尼亚领土。1558年夏初，索伊斯基、特罗耶库罗维和合伊内指挥的俄军包围了涅伊豪津城。立窝尼亚骑士团团长福尔斯腾堡同2000名骑士军一起被俘。俄军占领了20个要塞，其中包括良好商港纳尔瓦，以及捷尔普特。同年秋，叔伊斯基的部队返回俄国，只留下少量卫戍部队守卫各要塞。1559年，俄国与立窝尼亚缔结停战协定。立窝尼亚封建主利用该停战协定同波兰国王西吉斯孟二世奥古斯都订立了协定。根据协定，骑士团的土地和里加大主教的领地被置于波兰国王的保护之下。福尔斯腾堡被撤职，主张亲波兰方针的凯特列尔为新任团长。同年，丹麦夺取厄塞尔岛和库尔兰的一部分。1560年1月，俄军在叔伊斯基、谢列布里亚内和姆斯提斯拉夫斯基的统率下开始军事行动，围攻并占领了一级要塞马林堡。8月，俄军在埃尔梅斯附近击溃骑士军，包围了费林，并迫使要塞中配备有约470门火炮的敌人投降。立窝尼亚爆发的反对德意志封建主的农民起义促使俄军行动成功。立窝尼亚骑士团终于解体。这样，俄军在3年战争中夺取了最重要的要塞，决定了立窝尼亚骑士团的命运。北爱沙尼亚的德意志封建主改入瑞典国籍，立窝尼亚骑士团的其余领地转入立陶宛大公国控制之下。
1561年前，出现了对俄国不利的国际局势。俄国被迫同波兰王国、立陶宛大公国，以及瑞典作战。在1562年12月以前，军事行动仅局限于小规模的冲突。而在12月，俄军5万人在伊凡四世皇帝的统率下，自莫查依斯克进入立陶宛，于1563年1月包围了重要战略城堡、波军在立陶宛的基地——波洛茨克，2月在先用炮火摧毁防御工事后将其攻克。这样就打开了通往立陶宛首都维尔纽斯和里加的道路。但是，反动贵族反对伊凡四世的政策的斗争加剧，以及一些军事首领叛变，致使俄军于1564年1月在乌拉河岸、7月在奥尔沙附近战败。同年秋，克里木汗杰夫列特·基列的鞑靼部队侵入俄国领土。复杂的国际国内形势迫使伊凡四世于1566年召开缙绅会议，支持沙皇为夺取里加而在波罗的海沿岸地区进行斗争的企图。1569年，波兰王国和立陶宛大公国统一为一个国家——波兰国。在北方，俄国同瑞典的关系再度紧张起来。在南方，克里木汗国和土耳其的军队包围了阿斯特拉罕。1571年，杰夫列特·基列毁灭性地袭击了莫斯科。俄军刚一在南方打退敌人的进攻，就把军事行动转到了西部，并再次取得胜利。1573年1月，俄军在伊凡四世的统率下，以强攻夺取了瑞军在波罗的海沿岸的支撑点——维依森什廷要塞。在1574年的战争中，俄军以成功的防御打破了瑞军对维津堡和托尔斯堡这两个要塞的包围。1574~1575年，俄军占领数城，其中包括彼尔诺夫。1576年的战争对俄国来说也是顺利结束的，因为除里加和列维尔外，所有东南沿海一带都转入俄国控制之下。1577年夏，俄军10万人在伊凡四世的统率下，夺取了柳钦、克廖伊茨堡、拉乌东、泽斯维根、别尔佐纳、科柳采瑙、文登等要塞。1576年即位的波兰国王斯蒂芬·巴托里签订了临时停战协定。
战争的负担和给俄国贵族分配被征服的土地引起了当地农民的不满。俄国陷入了新的内部困难时期，这内困是伊凡四世反对贵族的斗争，以及所谓的禁卫军大规模镇压带来的后果所造成的，因而影响了战争的进程。在这种情况下，波兰国王斯蒂芬·巴托里在撕毁停战协定并同瑞典、克里木汗国达成了相互支援的协议后，开始了军事行动。在罗马教皇的帮助下，巴托里使对俄战争成为一次全欧的十字军远征。全欧天主教军队都被集中到他的军队中，其中有德意志、匈牙利、波兰、立陶宛、丹麦和苏格兰等国的雇佣军。1578年，波军总数已达15万人，扎莫伊斯基成为总指挥。俄军此时已达30万人，但却分散在立窝尼亚各卫戍部队和国内各边境城市。在这种兵力部署的情况下，俄军统帅部认为唯一正确的是进行防御战，迫使敌人把兵力、装备和时间消耗在包围众多的要塞上。1579年8月，波兰国联军占领波洛茨克，遂后又占领了恰什尼基、涅维利、大卢基等要塞。瑞军夺取了纳尔瓦、科列拉等要塞。在战斗中，波洛茨克、大卢基和普斯科夫都英勇地进行了防御。普斯科夫1.6万人的卫戍部队和居民抗击5万人的巴托里王军长达5个月，迫使其放弃包围。这在很大程度上决定了战争的结局和1582年1月15日在查波尔·雅姆与波兰签订为期10年的停战协定。晚些时候俄国又与瑞典签订了为期3年的停战协定，把纳尔瓦、伊凡哥罗德、雅姆、科坡里耶等要塞割让给瑞典。这样，俄国失去了波罗的海出海口。从整个来说，由于俄国经济衰竭，国际国内形势对其极端不利，所以立窝尼亚战争是以俄国的失败而告结束的。但是，俄国的敌人也被迫放弃侵略计划和对普斯科夫、诺夫哥罗德和斯摩棱斯克的领土要求。俄国争夺波罗的海出海口的问题直到18世纪在北方战争中才得到解决。
立窝尼亚战争的特点基本是争夺要塞，它是在炮兵和步兵在战斗中的作用不断增长的情况下进行的。在攻破城门和打开要塞城墙的缺口时，广泛使用了地雷爆破性器材；在对要塞防御时，广泛采用了反地雷器材，并实施出击。俄军在立窝尼亚战争中表现出包围和守卫要塞的高超艺术。立窝尼亚战争的战略特点是：俄军在西、南两条战线作战，然而，俄军统帅部善于机动兵力，在多次战役中都取得胜利。