农民战争的第三个时期，起义已扩展到伏尔加河中游地区、伏尔加河中下游左岸地区、塔姆博夫希纳、乌克兰自由村区的广大地区——封建土地所有制日益发展的地区。与此同时，一些小的起义队伍在俄罗斯中部的许多县内进行活动。农民骚动已席卷俄罗斯中部、乌拉尔和西西伯利亚的许多县。拉辛呼吁给黎民百姓自由的“具有诱惑力的文告”传遍了直至西部边界各县的全国各地。阶级斗争已达到白热化程度。城乡普遍建立了哥萨克自治机构。起义军夺取了约25个要塞。10月中旬前，伏尔加河中游地区的绝大多数城市皆处于起义军的控制之下。他们与沙皇讨伐军进行了40余次大规模的战斗。阶级斗争的这种规模和特点取决于成千上万的俄罗斯农民、农奴、中下层市民、“低级”军职人员、伏尔加河流域各民族的代表的参加，他们中间涌现出了许多有才干的军事首领。
镇压农民战争需要动员相当多的兵力。多尔戈鲁科夫公爵统率的讨伐军中编有最精锐的部队——莫斯科团、雇佣骑兵团、龙骑兵团、精选士兵团、莫斯科射击军的6个团、莫斯科城郊和乌克兰各县的贵族义勇军、斯摩棱斯克小贵族。1671年1月，与起义军作战的军队共有3.2万余人。
1670年9月15日，巴里亚京斯基公爵率领的强大的部队由喀山出发前去增援被围在辛比尔斯克的沙皇军队，沿途与起义军交战4次，直至10月1日才抵近辛比尔斯克。
1670年秋，许多起义队伍活动在伏尔加河流域。9月16日，奥西波夫的部队攻占了阿拉特尔，接着又攻占了库尔梅什、亚得林和瓦西里苏尔斯克。这时，哈里托诺夫和其他首领的部队在辛比尔斯克以西活动。9月19日，他们占领了萨兰斯克，接着又占领了奔萨，哈里托诺夫与费多罗夫两军在此会合。10月，起义军占领了纳罗夫恰特、上洛莫夫、下洛莫夫、克连斯克、捷姆尼科夫和卡多姆，包围了集中在沙茨克地区守卫通往莫斯科道路的大量沙皇部队。邻近各县也爆发了起义。起义军经10天围攻之后，占领了马卡里耶夫修道院。起义烽火遍布尼热戈罗德、库尔梅什、亚德林、齐维利斯克和切博克萨尔各县。10月1日，伊万诺维领导的起义军占领科兹莫杰米扬斯克，在此建立了波诺马廖夫的部队，他们在伏尔加河中下游左岸林区点燃了武装斗争的烈火。在这种情况下，多尔戈鲁科夫公爵的讨伐军被迫在阿尔扎马斯停止前进，在那里，发起攻击的起义大军从四面八方包围了多尔戈鲁科夫所部。但由于沙皇军队在武器装备和训练上居优势，各起义部队之间行动不协调，致使起义军于9月底至10月初在阿尔扎马斯附近连续4次交战皆遭失败。
10月之前，拉辛率领的起义军主力在辛比尔斯克附近发生了重大变化：人员虽然增多了，但战斗素质却下降了。经验丰富、装备精良的士兵的数量锐减，由俄罗斯农民、市民、农奴，以及伏尔加河流域的各族代表补充的部队的新人员，一般都没有武器，又缺乏作战训练和纪律素养。坚定的阶级意识和英勇顽强精神只能部分地弥补军事训练上的不足。10月1日，起义军与进抵辛比尔斯克的巴里亚京斯基公爵部队的战斗中，起义军尽管开始得利，但由于讨伐军在炮兵上居优势而最终失败。战斗中拉辛两处负伤，一度造成了起义军士气低落。结果巴里亚京斯基进攻辛比尔斯克，于10月3日与米洛斯拉夫斯基会合。当天傍晚，政府军合击在尖柱城堡设防的拉辛部队。起义军用部分兵力击退了进攻，夜间突然调动精锐部队强攻内城。然而，讨伐军于10月4日在辛比尔斯克城下最后打败了起义军。拉辛部队乘船沿伏尔加河而下，退到顿河对岸。
10月14~17日，在沙茨克附近的激战中，其他起义部队也被击溃。10月22日，在穆拉什金附近，尽管起义部队进行了英勇抵抗，最终还是战败了。
10月底，讨伐军在多尔戈鲁科夫统一指挥下转入进攻。巴里亚京斯基所部在辛比尔斯克解围后，便活动于辛比尔斯克防线一带。讨伐军经多次大规模战斗，于11月占领了阿拉特尔。政府军在向萨兰斯克推进途中多次与起义军进行新的激战，一个月后，才夺取该城。巴里亚京斯基公爵的部队在喀山西北一带围剿起义军。起义军占领的城市要猛攻才能夺取。11月，起义军在这一地区转入进攻，重新占领科兹莫杰米扬斯克。直到12月，起义军在苏拉河和伏尔加河之间的重要中心地带的抵抗才被镇压。多尔戈鲁科夫的主力在11~12月镇压了捷姆尼科夫和卡多姆两县的起义。希特洛沃的部队由沙茨克向克连斯克推进。12月13日，讨伐军在伏尔加河中下游左岸地区追上并击溃了波诺马廖夫的部队，12月20日奔萨——起义军在伏尔加河中游地区的最后一个堡垒陷落。
在这一时期，起义席卷了塔姆博夫希纳，并且在此持续时间最长。起义军于1670年9月首次包围坦波夫。10月，爆发了以梅谢里亚科夫为首的坦波夫士兵和哥萨克的起义。他们再次包围了坦波夫。11~12月初，起义军作了夺取该要塞的第三次尝试。沙皇军队重兵开来，迫使起义军退入森林。哥萨克部队由霍漂尔河赶来增援他们。12月4日，起义军巧妙地设置埋伏，一举击溃讨伐军2000人的先遣部队，并再度包围了坦波夫。到1671年1月底，多尔戈鲁科夫部队大批兵力的到来才使沙皇军队处于优势地位。在2月3日的激战中，起义军彻底失败。清剿伏尔加河流域农民战争策源地的军事行动，一直持续到1671年春。
在乌克兰自由村区有一些规模较小的武装斗争。9月9日，科尔切夫领导的一支不大的起义部队占领了奥斯特罗戈日斯克，接着，在该市居民和驻防军的帮助下，又占领了奥利尚斯克。切尔卡舍宁的部队在沿北顿涅茨河的远征中取得了最大胜利。起义军依靠盐场“普通”工人和乌克兰普通哥萨克于10月占领莫亚茨克、查列夫·博里索夫、兹米耶夫、楚古耶夫等要塞。科萨戈夫率领的讨伐军的征讨，当地哥萨克头人的背叛行为，迫使起义军退却。11月初，起义军在莫亚茨克附近遭到惨败。至1671年春起义军被镇压下去。据不完全统计，讨伐军杀害了1.1万余人，许多村镇被夷为平地。
农民战争的第四个时期——结束时期，包括1671年3~11月发生的事件起义军控制了伏尔加河下游地区和顿河流域部分地区。拉辛的失败使哥萨克头人开始了公开的敌对行动，促使动摇不定的哥萨克转到头人的阵营。1670年12月，拉辛的拥护者在切尔卡斯克被杀害，拉辛在卡加尔尼茨克镇内的驻地亦遭袭击。政府向顿河哥萨克头人许诺，以交出斯杰潘·拉辛和弗罗尔·拉辛兄弟二人并积极参加镇压起义作为换得宽恕的条件。1671年4月，由于以军事统领雅科夫列夫为首的哥萨克诸头人的部队的第二次征讨，拉辛被俘，并被押往莫斯科。在莫斯科被拷打和审判后，于1671年6月6日被处死。
然而，军事行动仍在继续。1671年5月，舍卢佳克和康斯坦丁诺夫率领起义军相当大的一支部队由阿斯特拉罕出发进行了一次新的远征。在对辛比尔斯克进行了三次无成效的攻击后，起义军于6月初返回阿斯特拉罕。8月底，沙皇军队近3万人包围了阿斯特拉罕。尽管粮食弹药不足，起义军和市民仍英勇抗击讨伐军的进攻达3个月之久。由于防御首领舍卢佳克在谈判时受骗被俘，由于沙皇许诺给予起义军和市民宽恕，阿斯特拉罕才在11月27日交给敌方。政府却未履行自己的诺言，从1672年夏开始拷打和屠杀起义参加者。
起初，沙皇政府低估了拉辛领导的起义的力量和规模，只派了少量兵力前去镇压。在起义军节节胜利，战争扩展到伏尔加河中游地区和乌克兰自由村区后，政府才动员和投入了大量兵力来对付起义军。政府讨伐军的军事学术是力图在对起义军实施主要突击的方向上造成兵力兵器上的优势。在同起义军作战中，沙皇军队的指挥人员采取了极端残酷的镇压手段。例如，根据督军们的指令，在战场上大肆屠杀起义者。
农民战争失败的主要原因是：农民起义的自发性、其行动的局限性和分散性、缺乏统一的集中指挥、领导上的战略错误、对沙皇制度的幻想；起义军在军事方面不如自己的阶级敌人，起义军的装备较之政府军差得多；他们的军事训练和纪律也较差。在战斗中，起义军表现得英勇顽强。拉辛及其战友们掌握了哥萨克军事学术的方法，在确定完成任务的期限和方法时，能考虑到社会、政治、军事和地理等各方面的因素，起义军的许多战斗都具有物质准备充分、进展神速、由进攻迅速转入防御以及战术方法灵活多变等特点。起义军十分重视书面和口头的宣传鼓动。
在俄国的历史发展过程中，1667~1671年的农民战争同17~18世纪历次农民战争一样，在俄国各族人民反对农奴制的斗争中起了重要作用。