1603年，德川家康任征夷大将军，在江户设立幕府，史称“德川幕府”。德川幕府对日本的统治一直延续到1867年，历时264年。
它的统治方式称幕藩体制，幕藩体制是幕府控制大名和统治广大民众的封建统治体制。幕府的直辖领地约占全国土地总面积的1／4强，称为天领。
所以，将军以雄厚的经济力量压倒其他大名，并且控制全国的军事指挥权。其他大名，按亲疏关系，分为亲藩、谱代、外样大名3种。大名在自己的藩国里有一定的自主权，但又必须受幕府的控制。
大名要为将军履行种种义务，如：服兵役、工役等，还要轮流到江户参谒将军，并把家属作人质，长期留住江户。幕府的组织机构到第3代将军德川家光时才日臻完善。
中央机构：德川家世袭的历代将军是日本的最高统治者，在将军之下，设大老、老中和若年寄3个执政要职，此外，还设立了大目付、目付和三奉行等官职。
地方机构：设有京都所司代、城代、远国奉行和郡代等官职。幕藩体制有着森严的等级制度和身份制度，它把居民划分为“士（武士）、农、工、商”4个等级，士是统治阶级，其余为被统治阶级。农民是幕府的主要剥削对象。农民被束缚在土地上，向领主交纳年贡，并负担各种徭役和杂税。德川幕府初期，日本经济有所发展，工商业繁荣，对外贸易增加。
从18世纪初起，幕府财政开始困难，农民不断发动起义，虽进行了享保、宽政、天保3次改革，也未见成效。
此外，从1633年起，日本颁布锁国令，控制对外贸易，禁止天主教在日本传播。这种锁国体制共维持了250年之久，1853年，美国舰队来日本，强迫日本放弃了锁国政策。日本政府相继与欧洲列强签订了一系列不平等条约，引起全国各阶层的不满。在资产阶级化的下级武士领导下，全国形成倒幕派，1867年，倒幕派发动政变，宣布“王政复古”，迫使将军德川庆喜把政权交给天皇睦仁。
1868年，德川庆喜在戊辰战争中战败，从此，统治日本200余年的德川幕府彻底被推翻。