沙皇俄国在17世纪占领了西伯利亚的广阔土地后，开始接触我国边境，于是发生了两国的边界争端。清朝统一中国后，国势强盛，因而有效地遏制了沙俄的武装入侵。
1651年，沙皇俄国侵占了我国黑龙江沿岸重镇雅克萨，以此为据点，不断向我国黑龙江、松花江地区侵犯，遭到清军的抗击，俄军失败。但沙俄仍积极准备发动新的进攻。1685年5月，清军以水陆军包围雅克萨，俄军撤离，清军收复了雅克萨。但在清军撤回瑷珲后，俄军又重占雅克萨。1686年3月，康熙下令再攻雅克萨，战斗异常激烈。9月，康熙致函沙皇建议和谈，11月13日，在得到俄方同意谈判的复函后，康熙下令撤军。雅克萨战役以沙俄的失败告终。
1686年1月，沙皇任命费·戈洛文为同清廷谈判的全权大使，1689年8月18日才来到谈判地点尼布楚。清廷以内阁大臣索额图为首的谈判使团，已在7月31日抵尼布楚。
双方从8月22日开始正式会谈。俄方另一再提出各种蛮横无理的领土要求，但均遭到中国使团的严正驳斥。双方终于在9月7日签订了《尼布楚条约》。
条约共有6款，最重要的内容是划定了中俄东段国界，规定以格尔毕齐河、石兴安岭和额尔古纳河为两国分界线。
至于外兴安岭与流入鄂霍次克海的乌第河之间的界线将留待以后再议。俄人在克萨所建城障，应即尽行除毁，俄民之居此者，应悉带其物用，尽数迁入俄境。条约严禁彼此越界入侵，规定在订约以前已在对方国境内的人不必遣返，但订约以后两国不收逋逃。
条约对两国间的贸易也做了规定，凡持有护照的两国商人可过界互市。1689年的中俄尼布楚条约是中俄两国之间缔结的第一个平等条约。