到了1988年春天，阿富汗的局势没有发生太大的变化：克霍斯特仍处于包围中，但是抵抗运动也没有能力将它攻陷，苏军的轰炸在持续——并不频繁，但每一次都很猛烈，这样的情况一直持续到苏联人开始撤军为止。最先撤离的是驻扎在巴里考特地区的部队——于1988年4月23日——撤向贾拉拉巴德，苏联人希望撤军能够井然有序，在平静的环境中进行。但是事与愿违，圣战者开始向贾拉拉巴德发起一系列的猛攻，造成了重大的伤亡。
5月间，苏联人开始从阿富汗南部和西南部撤出部队，但不是直接撤走，撤出的部队有很大一部分投入到了贾济地区的新战斗中，在那里活跃着很大一支抵抗运动的部队。6月24日，一小队抵抗运动的战士组织了一次完美的对喀布尔机场的袭击，摧毁了8架苏-25，在接下来的几天里，巴格拉姆空军基地开始受到经常性的火箭袭击。尽管如此，苏联人还是展开了对喀布尔政权的大规模援助，在接下来的几个月里，数百吨的武器弹药和其他物资被空运到阿富汗，而且，从1988年7月下旬开始，苏联飞机开始了对巴基斯坦境内抵抗组织营地的新的袭击。其中的一次行动以灾难而告终。
1988年8月4日下午，一队苏-25轰炸了米兰沙附近的一个抵抗运动营地。太阳落山前半小时，他们被发现，第14中队的两架F-16A——驾驶员是阿瑟·伯克哈里中尉和陶菲克·拉吉中尉——起飞拦截，到达汉古地区上空时，巴基斯坦飞行员被告知敌机转向飞回了阿富汗，于是F-16放慢速度，准备做数小时的晚间战斗巡逻，然而……伯克哈里中尉后来这样说道：“当我正要做300度的转弯时，地面控制员报告说在我左方30度发现目标，距离15海里。于是我向左转发现了目标，地面指挥官清楚地命令我一直向前飞并攻击。在7海里的高度，我用一枚红外追踪导弹锁定了目标。这时他向右转弯，一下子把我拉下了3.5海里。我打开加力，把我们之间的距离缩短了2.5海里。这时导弹的“最佳发射距离”指示灯开始闪烁，各种参数也符合，于是我发射了导弹，在显示屏的瞄准框里看着它朝目标飞去，片刻后就在瞄准框里看到了一个火球。我把飞机向左拉了120度，下降了5000英尺的高度以躲开碎片和火焰。这时我回头一看，发现8点钟方向有一团闪光，距离3~4海里，‘是导弹！’我的心跳都要停止了，然而地面指挥官向我保证说在附近没有其他的飞机。此后我就安全地回家了。”
根据苏联方面的消息，在遭到F-16攻击时，苏-25编队的长机，亚历山大·鲁兹柯伊上校做了一个难度很大的6.5G转弯进行规避，然而显然鲁兹柯伊上校没有观察到在漆黑的天空中，他的对手在他后面做了一个难度更大的转弯，发射了AIM-9L并击落了他。被击中的苏-25断成了两截，残骸在第二天早晨被发现，但座舱是空的，因此巴基斯坦组织了一个搜索队，第二天晚上鲁兹柯伊被当地人俘虏后交给了当局。有趣的是，这个苏联飞行员坚持认为他是被一枚来自前方的由雷达制导的导弹击落的，他拒绝相信伯克哈里中尉仅仅是用了一枚AIM-9L，而且是从后方击中了他。然而，有一个问题还没有搞清楚，那就是为什么在遭到F-16截击以后苏联飞机编队还坚持轰炸预定目标，这些目标并不值得他们冒这么大的风险，而且他们的地面指挥系统应该对他们发出警告。考虑到这样一个事实：当鲁兹柯伊上校被击落时，剩下的3架飞机距阿富汗边界还很远，也许上校试图与F-16周旋以争取一些时间让他的伙伴逃走。
对苏联人来说，鲁兹柯伊上校和他的苏-25被击落并不是当月全部的坏消息，4天以后，一名阿富汗飞行员驾驶他的米格-21叛逃到了巴基斯坦的帕拉其那。此外，鲁兹柯伊编队的战术运用——或者说是防御动作表现得很不清楚，这一点同样体现在一个月后发生的另一次空战中。
1988年9月12日晨6：06，第14中队的两架F-16A战斗机从卡马拉空军基地起飞执行在纳瓦卡伊地区上空的战斗巡航任务，它们的驾驶员是卡里德·穆罕默德和安瓦尔·侯赛因。6：40左右，地面指挥通知说在东方有两个高空目标正在接近巴领空，引导他们前去拦截。F-16编队很快到达了指定空域，但这时两个目标转向往北沿着边界线飞行。其实，当天敌机的数量不止两架，而是第120航空团的12架米格-23MLD，其中8架满载炸弹准备轰炸库纳尔山谷的目标，另外4架分为两个小组——瑟吉·布林中校和戈烈申科少校一组，佩特科夫少校和丹臣科夫上尉一组——为他们护航。此时除了先前的两个目标以外，地面雷达又发现了另外4个目标，于是他们迅速指挥F-16去截击这些新的威胁，而穆罕默德上尉的雷达发现了总共6架敌机，他前面的4架组成一个编队，另外2架在他的后方。
现在巴基斯坦人面临的问题是：他们飞机的高度只有3500米，而敌机的高度在1万米以上，而且他们后方敌人双机编队的速度比前方的四机编队速度快得多。实际上，苏军的地面雷达已然发现了F-16并命令佩特科夫和丹臣科夫拦截他们，另外4架向西返航。但是，巴基斯坦飞机的速度更快，在12千米的距离上，穆罕默德的雷达成功锁定一架敌机，然而由于苏联飞行员使用了红外干扰装置，F-16的“响尾蛇”导弹却没能锁定该目标。穆罕默德又作了3次锁定目标的努力，但都失败了，在与目标的距离减少到3千米以内时，他第4次尝试锁定敌机，这次终于成功了，以低至高/左至右模式，135度方向角，穆罕默德发射了一枚AIM-9L。他的目标——由瑟吉·普里瓦洛夫上校驾驶的编号为“金刚钻55”的米格-23MLD开动了红外干扰器，“响尾蛇”在他的上方爆炸，数十片炽热的导弹碎片击中了米格机的机翼和机身。苏联战斗机编队开始转向西飞行，普里瓦洛夫的飞机带伤，佩特科夫和丹臣科夫也跟了上来加入了编队，他们似乎并未试图使用他们的R-24来对付F-16，而从北方飞过来的布林和戈烈申科则曾尝试这样做。穆罕默德在敌机编队下方做了一个大幅度的左转弯，迅速咬住了敌机编队的队尾，他现在处于极佳的攻击位置，前方有至少有6架米格-23MLD！F-16的雷达立即锁定了一架敌机，但穆罕默德放弃了这个锁定而将武器系统调节为“自动锁定”方式，武器系统自动选择了AIM-9P导弹，这种导弹从后方攻击目标的性能良好。在3千米的距离，巴基斯坦人向佩特科夫少校的米格-23MLD发射了导弹，这时地面指挥警告他说有2架苏联战斗机在他的正后方！穆罕默德立即转身面对这个巨大的威胁，但他什么也没发现，而当他再向西转回来试图追击苏联战机编队的时候，敌机已经飞远了，于是2架F-16返回了基地。
根据巴基斯坦方面的报道，警告穆罕默德“后方出现两架敌机”是由于雷达操作员伊尔凡·乌尔·哈克上尉误将显示屏上出现的噪音信号误当成了敌机。而实际上，当时，瑟吉·布林中校和戈烈申科少校确实是在雷达员告警的方向向穆罕默德接近，然而，他们的“Sapheer-23ML”雷达无法捕捉到处于低空的F-16，这使他们没有用R-24导弹攻击的机会，此后，他们就向西追上了编队。普里瓦洛夫编号为“金刚钻55”的米格-23MLD成功地返回了巴格拉姆，而佩特科夫的飞机则根本没被击中。但是，经过对摄影纪录和雷达波段的分析之后，由巴基斯坦空军和一些美国专家组成的工作组声称，穆罕默德发射的两枚“响尾蛇”全都击中了目标。于是，对被击落的米格机残骸的大规模搜索开始了，据说其中一架的残骸在边界线巴方一侧被发现，而另一架则坠落在阿富汗境内，报道说，坠落在阿富汗境内的飞机残骸由于溅落的范围太广且位于布雷区域，因此不可能收集，但坠落在巴境内的那架敌机的导弹架被回收。因此，卡里德·穆罕默德上尉获得了两个击坠纪录，而苏联人则说他们根本没有受到任何损失。根据对当时情况的综合分析，这次战斗很可能是苏联人给巴基斯坦飞行员设下的圈套，但是当巴基斯坦人落入圈套以后，苏联人却没有能力捕捉住敌人。苏联飞行员当时的活动高度支持了这种推测，因为高空飞行可以有效地降低地面噪音对“Sapheer-23ML”雷达的影响。
空中爆炸场面
5.撤出战斗
很有可能，苏联人如此迫切地想击落至少一架F-16是受到了伊拉克的影响，伊拉克人说他们的米格-21ML击落了多架伊朗空军的“鬼怪”、“雄猫”和“虎”式战斗机，苏联飞行员当然也想击落一架敌机以显示他们的能力。对这种愿望的一个合式的注脚是发生在1988年9月26日的战斗，弗拉基米尔·阿斯塔霍夫少校和波利斯·加夫里罗夫上尉在辛佳德东南75千米处拦截并击落了两架伊朗的AH-1J直升机，所用的武器可能是R-24导弹。这也是苏联截击机在阿富汗战争中的最后一次行动，在那时，苏军已经从大部分阿富汗领土上撤出，留下阿富汗空军单独面对圣战者们，后者攻势如虹，一座接一座地攻陷政府军占领的城市。
在这种情况下，喀布尔政府显然不愿意再去触怒巴基斯坦人。然而……在1988年11月3日，第14中队的厄特沙姆·扎卡利亚上尉和卡里德·穆罕默德上尉驾驶两架F-16在克霍特地区上空执行战斗巡逻任务，地面指挥通知他们有6个目标正在接近巴基斯坦边界，其中3架进入了巴基斯坦边界，另外3架——可能是护航的米格-21——留在阿富汗一侧。两架F-16迅速靠近敌人，这时目标突然180度转弯向回飞，显然他们的地面雷达对他们发出了警告。在11千米的距离，扎卡利亚目视发现敌机，辨认出那是一架苏-22，飞行高度6000米。当两架F-16还在爬升时，苏霍伊战斗机已经向西飞走了，但是其中一架阿富汗战斗机突然掉头飞向F-16编队，不巧的是，在这时，扎卡利亚的“响尾蛇”导弹出现了问题，苏-22向F-16长机飞来，穆罕默德迎头直面敌机并在5千米的距离以“迎头”模式发射了一枚AIL-9L。导弹在敌机附近爆炸，一些碎片击中了苏霍伊战斗机，但是它显然未受重伤。这时扎卡利亚做了一个机动动作，试图用机炮攻击，而穆罕默德则以150~160的角度发射了另外一枚“响尾蛇”。第2枚导弹将苏-22击为两截，残骸坠落在巴基斯坦境内18千米处，飞行员阿卜杜尔·哈西姆上尉跳伞后被巴军俘虏。
这是发生在巴—阿边界的最后一次空战，此后巴基斯坦飞行员还有几次拦截飞行，还有一批阿富汗飞行员叛逃到巴基斯坦。比如说，在11月20日到21日夜间，阿瑟·伯克哈依上尉正要拦截一架阿富汗的安-26时，这架运输机突然在中空爆炸后坠毁。1988年12月8日，一名阿富汗飞行员驾驶他的米格-21MF叛逃到巴基斯坦的米兰沙。1月31日，一架安-24被卡里德·穆罕默德上尉拦截后坠毁于科霍斯特地区。在那时，尽管还发生了至少两次苏联空军图-22M-3的轰炸，阿富汗政府的命运已经无法预测，它现在仅能控制喀布尔周围的一些地区。就像地面部队一样，政府的空军出现了大批叛变者：1989年7月3日，一个米-24直升机机组驾驶他们的飞机飞向巴基斯坦，降落在吉卡附近地区，3天以后，一名飞行员又驾驶他的苏-22M-4K降落在白沙瓦，1989年10月29日，一架米格-21降落在同一空军基地。苏联从阿富汗逐渐撤出，至1989年底，巴苏战火趋于平寂。