1941年6月22日，法西斯德国向苏联发动突然袭击。6月29日，德军19山地步兵军在北极地区发起进攻，企图夺取摩·曼斯克和基洛夫铁路，进入白海沿岸地区并占领阿尔汉格尔斯克。作战一开始，苏联北方舰队竭尽全力支援第14集团军粉碎敌人的进攻。舰队用火炮和飞机支援防守部队的作战，在德军占领的海岸实施战术登陆和侦察佯动登陆，组织水兵分队加强步兵并保障军事运输的畅通。
6月29日，苏军守卫斯烈德尼半岛的第135步兵团遇到德军猛烈进攻，北方舰队的“古比雪夫”号驱逐舰炮击进攻的德罕达数个时之久。次日，“古比雪夫”号驱逐舰、“乌里茨基”号驱逐舰和两艘“MO”型护卫艇被派往莫托夫湾，向斯烈德尼半岛通道上的德军炮击3个小时。此后，“雷电”号和“旋风”号护卫舰、“MO”型护卫艇。炮击了进攻的德军。
从1941年9月起，数艘“轰鸣”型新式驱逐舰多次对德军进行炮击，支援了几乎没有大炮的第135步兵团。这对粉碎德军进攻斯烈德尼半岛和雷巴契半岛，起到了极为重要的作用。北方舰队的舰艇和岸炮还积极地支援了防守西利查河一线的部队，以掩护部队调整部署，保护从海上撤退伤员，压制德军炮火，保障登陆队登陆。1941年，北方舰队的舰艇为炮击敌岸上目标共出航63次，消耗102毫米至130毫米炮弹7344发。据不完全统计，舰艇部队共摧毁22个炮台、17挺重机枪、116个火力点和一些掩蔽部与土堡垒，炸毁6座弹药库，歼灭大量德军。战争初期，陆军航空兵主要参加坎达拉克沙方向的反击战，而在摩尔曼斯克地区的活动有限。
但舰队航空兵在支援第14集团军的濒海翼侧方面则起了很大作用。它们轰炸了进攻的德军和德军机场，进行了空战，以掩护己方部队和保卫摩尔曼斯克城。在1941年的6个月作战中。舰队航空兵共出动飞机1万架次，其中用于支援第14集团军作战的占70%。在此期间，北方舰队飞行员击落德机近150架，摧毁各种火炮阵地10个、仓库11座、汽车76辆、桥梁数座和一些渡口，并歼灭大量德军。
在摩尔曼斯克方向上战斗最激烈的时候，北方舰队在德军侧翼和后方实施了数次战斗登陆作战，以牵制德军，并使己方地面部队能够得到增援和固防御阵地。登陆队主要是由自愿报名的水兵或步兵部队临时组成的。在登陆作战中通常使用军舰，主要是护卫舰、扫雷舰和“MO”型护卫艇作为登陆工具。登陆时间一般选在白天，而且多在德军常握制空权的情况下实施突击上陆。这使登陆行动、登陆保障器材和登陆地域的选择受到极大的限制。登陆部队通常以较小的兵力，只携带步枪、冲锋枪和机枪等武器，在离前线数公里的地方登陆。保障登陆的，主要是驱逐舰、护卫舰和歼击机。
1941年7月6日，一支由529人组成的登陆队在涅尔皮奇耶湾成功地进行了首次登陆。7月7日夜，在安德烈耶夫湾又进行了有500人参加的第2次战术登陆，其目的是将进攻的德军引离主要方向。登陆队顺利地完成了任务，于第二天乘北方舰队的舰艇撤回。7月6日首次登陆的部队，上岸后向第52步兵师方向突进，与其会合后，对进攻的德军从陆上实施反击。当西利查一线的局势进一步恶化时，第14集团军和北方舰队指挥部决定使用更大兵力在德军后方登陆。第3次登陆的部队，由1个步兵团和1个海军独立陆战营组成，共1600人，用18艘各种舰艇输送。7月14日，在飞机的掩护和驱逐舰炮火的支援下，在大西利查湾西岸实施了登陆。德军从前线抽调大量兵力来抵抗登陆队，却未能将其赶下海去。7月16日，北方舰队又派遣1个步兵营增援已登陆的部队。登陆队虽未完成自己的全部任务，但对第14集团军粉碎德军向摩尔曼斯克发动的7月攻势却起了非常重要的作用。至1941年10月，在第14集团军濒海兵力集团和北方舰队的联合打击下，德军在濒海方向总共只前进了几十公里，其兵力和战斗技术装备受到了巨大损失。
1942年，北方舰队的冰面舰艇、海岸炮兵、航空兵和海军陆战队继续积极支援第14集团军在摩尔曼斯克方向的作战。尤其是在德军侧翼和后方组织的登陆行动，为己方在濒海地区作战的陆军部队提供了很大支援。
其中，4月27日凌晨在莫托夫湾南岸实施的全陆战斗。规模最大。这次登陆是卡累利阿方面军各部队在北方舰队协同下进行的4~5月进攻战役的组成部分。该战役的目的是包围并消灭团利查德军集群，以粉碎敌人企图对摩尔曼斯克发动的新攻势。位于莫托夫湾以南的第14集团军各部队担负主要突击任务。
北方舰队的任务是：在德军后方实施战术登陆，以配合主力在主要突击方向上突破德军防线。舰队参加该战役的有第12独立海军陆战旅和44艘舰艇。舰队司令A·T·戈洛夫科海军中将任参战海军部队的总指挥。
根据舰队司令部拟定的计划，预定从4月27日零时至2时30分在大西利查湾和提托夫卡湾之间的宽大正面上，从数个登陆点同时进行登陆。为了把德军的注意力从第12独立旅的登陆点吸引开，另派遣一支侦察队在提托夫卡湾区域登陆。
为了隐蔽企图，登陆准备分几个地点进行，还打算采用小舰艇护航，到指定区域集中。由“响亮”号驱逐舰、“雷”号、“旋风”号护卫舰和9艘护卫艇为登陆部队提供炮火支援。舰队和卡累利阿方面军的近200架飞机负责从空中保障登陆行动。数艘潜艇在雷巴契半岛以北海域展开，从海上掩护登陆地域。为了防止德舰的反击。主要基地内的驱逐舰作好了随时出海的准备。一切准备都佯作演习，舰艇出海后才向全体人员宣布战斗任务。
4月26日夜，舰艇起航。它们紧靠莫托夫湾的南北两岸，分成若干小队航行。夜幕降临时，舰艇已驶入指定区域。海岸炮兵和炮火支援舰艇向佯动登陆的提夫卡区域开火射击。与此同时，主攻部队按照预定计划未经炮火准备就在3个登陆点突击上陆。德军措手不及，无法组织抵抗。登陆分队，无一伤亡，迅速上岸。“MO”型护卫艇运送的首批登陆分队迅速占领了登陆场，携带战斗技术装备的后续部队随后登陆。第12海军陆战旅发起进攻，德军被迫投入预备队。德军前线指挥部乘苏第14集团军所属部队的反攻尚未奏效之机，从其正面抽调部分兵力同登陆部队作战。第12陆战旅迫于德军优势兵力而转入防御。
此时，舰艇部队和舰队航空兵加紧从海上和空中袭击德军，经陆战旅以极大支援。“轰鸣”号、“毁灭”号、“严厉”号和“响亮”号驱逐舰炮击了11次，向德军发射1312发130毫米炮弹。为了加强登陆部队，苏军又向登陆场增派9个分队，共2660人。但是，要固守已经占领的地区，人力仍感不够。在德军重兵的反击下，登陆部队开始逐渐撤向岩边，5月13日乘舰艇撤离。
尽管苏第14集团军和北方舰队所进行的这次登陆没有取得进展，但是，它牵制了德军的大量兵力，粉碎了德军准备进攻摩尔曼斯克的作战企图。德军由于在这次战役中损失严重，而不得不取消进攻摩尔曼斯克的计划。为了消灭德军设在莫托夫湾南岸的据点和海岸炮台，北方舰队继续在德军后方实施小规模的侦察佯动登陆。例如，1942年9月10日夜，海军陆战队373名官兵在岸炮和野战炮的掩护下，从皮克舒耶夫角登陆。由于“MO”型护卫艇和扫雷艇隐蔽航渡，登陆部队突然发起上陆战斗，德军未能组织强力抵抗，登陆队员彻底摧毁了德军据点，消灭其官兵近200名，俘虏了其余的敌人。
1942年7月，苏海军指挥部决定成立北方防区。该防区编有3个海军陆战旅、12个独立营和设在斯烈德尼半岛和雷巴契半岛上的海岸炮台。这个防区的成立，使该地区各种兵力的指挥更加得力，使北方舰队与第14集团军的协同作战更加富有成效。