日军于1944年7月上旬失掉塞班岛后，菲律宾、台湾、琉球和小笠原群岛都成了它的防御第一线，无法准确判断盟军的下一攻势将指向其中的哪个方向，甚至担心直指日本本土。
因此，大本营于7月下旬重新调整战略部署，制定一个称为“捷号”作战的计划。这项计划包活以下4个作战预案：1.盟军进攻菲律宾，则实施“捷1号”作战；2.盟军进攻台湾、琉球群岛和九州南部，则实施“捷2号”作战；3.盟军进攻本州、四国、九州以及小笠原群岛，则实施“捷3号”作战；4.盟军进攻北海道，则实施“捷4号”作战。
“捷号”作战有3个基本特点：1.陆、海军统一使用航空兵力；2.将主要抗登陆阵地从海岸适当后退，构筑纵深横宽的据点式阵地；3.开始正式使用自杀性“神风”机、“回天”艇等类特攻兵器实施“特攻作战”。
为了准备实施“捷1号”作战，日军大本营采取了如下措施。陆军在菲律宾地区成立第14方面军，下辖8个步兵师、1个坦克师、4个独立混成旅。
海军将全部作战舰艇分编为第1和第2游击部队、机动部队和先遣部队，分别配置在新加坡海域和本土有关海域。第4航空军将配备给第2和第4飞行师团的各战队从中国战场和日本本土陆续调往菲律宾，联合舰队则将第1航空舰队展开于菲律宾。鉴于菲律宾地域辽阔。不可能随时将地面部队送到所需之地，大本营则计划：若盟军进攻菲律宾的中部和南部，则仅以海、空兵力歼灭来袭之敌；只当盟军进攻吕宋岛时，陆海军兵力才全部出动，实施决战。
盟军原计划于1944年9月15日夺占加罗林群岛西部的雅浦岛和帛琉群岛，10月15日进攻摩罗泰与菲律宾之间的塔劳群岛，11月15日进攻菲律宾南部的棉兰老岛，12月20日进攻菲律宾中部的莱特岛。
但美海军上将哈尔西为了支援摩罗泰岛和帛琉群岛登陆作战而于9月中旬亲率快速航母特混编队对菲律宾中部进行袭击时，发现该地方防御薄弱，如同空壳，则建议尼米兹取消进攻雅浦岛和帛琉群岛的计划，应尽早攻占莱特岛。美国参谋长联席会议研究后决定，取消雅浦岛、塔劳群岛和棉兰老岛的登陆作战计划，责成尼米兹和麦克阿瑟组织一支联合部队，于10月20日直接进攻莱特岛。
为此，尼米兹将前去进攻西加罗林群岛的登陆编队全部交给麦克阿瑟指挥，以便进行夺取莱特岛的准备工作。
当进攻莱特岛的登陆编队在马努斯岛与霍兰迪亚进行集结时，盟国的岸基航空部队从新几内亚岛、比阿岛、摩罗泰岛等地机场起飞，不断袭击日军的南翼，而哈尔西则亲率快速航母特混编队长驱直入，驶往琉球，去压制日军的北翼：10月10日袭击了冲绳，11日轰炸了吕宋，12日开始对台湾各航空基地进行持续3天的空袭。日联合舰队初想保存航空兵的实力，按兵不动，后因被动挨打、屡遭损失而决心动用部署在九州至菲律宾一线的岸基航空部队进行反击，并由大本营公布了如下战果：击沉航空母舰11艘、战列舰2艘、巡洋舰或驱逐舰l艘击伤航空母舰8艘、战列舰2艘、巡洋舰等14艘。
实际上，美军只有两艘巡洋舰受到重创，后被拖回身利西基地，而日军在10~15日被空袭过程中却损失约350架飞机，使其提前丧失了从空中进行反击的能力。此后，哈尔西便率其航母编队向菲律宾以东海域驶去，以便支援和掩护莱特岛的登陆作战。
盟军进攻莱特岛的登陆编队于10月10日至15日间分批离开马努斯岛、兰霍迪亚北上，20日晨开始在莱特岛实施上陆战斗。
为这次登陆行动担任掩护和支援的海上兵力，除哈尔西率领的第3舰队外，还有金凯德海军中将率领的第7舰队。这两支舰队出动的兵力共有；快速航空母舰16艘、护航航空母舰18艘、战列舰12艘、巡洋舰16艘、驱逐舰和护卫舰100余艘，加上登陆舰、运输舰以及辅助船只共达650余艘。
20日后，第7舰队的运输舰大队、登陆舰大队以及舰炮火力支援大队均进入莱特湾内实施登陆作战和对登陆兵进行直接火力支援。金凯德第7舰队司令以“瓦沙奇”号登陆指挥舰为坐舰，麦克阿瑟西南太平洋战区总司令以“纳什维尔”号巡洋舰为坐舰也进至该地亲临着挥。第7舰队所属的3支护航航母大队配置在莱特湾外稍稍偏东的海面上，实施对空、对潜警戒，并对登陆部队进行航空火力支援。这时。哈尔西指挥的第3舰队则在吕宋岛以东海域活动，对整个登陆行动担任掩护和支援。
10月17日，盟军的先头部队开始在莱特湾口的苏卢安岛登陆时，日联合舰队所属主要兵力的配置如下：1.第1游击部队由栗田海军中将指挥，在林加锚地待机；2.第2游击部队由志摩海军中将指挥，在琉球群岛的奄美大岛锚地待机；3.机动部队由小泽海军中将指挥，在本州和四国之间的濑户内海待机。
10月18日，盟军开始对莱特岛实施舰炮和航空火力准备后，日军大本营断定这是主要进攻方向，便于当日傍晚发出实施“捷1号”作战的命令。
20日，盟军在莱特岛开始登陆，日陆海两军所属的航空部队本应最先出动，对来袭之敌实施反击。可是，已经部署在菲律宾的第1航空舰队将其兵力提前消耗殆尽，这时只剩下约40架飞机，而第2航空舰队的约200架飞机和第4航空军的约300架飞机均需于10月底才能飞抵吕宋岛，都来不及参加这次行动。于是，日军只好大力组织“神风特攻队”，实施肉弹攻击。
在这种情况下，日联合舰队不得不冒全军覆没的危险，以水面舰艇部队去袭击进入莱特湾的盟军登陆编队。
为此，坐镇日本本土的丰田副武联合舰队司令长官，命令第1和第2游击部队于10月25日从北南两面进击莱特湾之敌，另派机动部队出海佯动，将美快速航母特混编队诱离战场，以策应游击部队的袭击行动。于是，为了支援莱特岛的登陆和抗登陆作战，攻守双方的舰队在菲律宾附近海域连续进行多次海空交战。
大多数国家把这几次海战统称为莱特海战，而日本则将其称为菲律宾海海战。
在莱特海战中，日军损失航空母舰4艘、战列舰3艘、巡洋舰10艘、驱逐舰11艘，盟军损失轻型抗空母舰和护航航空母舰各1艘、驱逐舰2艘和护卫舰1艘。盟军的舰队不仅保障了这次登陆作战的顺利实施，而且再次重创了日本联合舰队，使其完全丧失了发动大规模海战的作战能力。