杨秀清正要拍板同意石达开请求，洪秀全突然发表不同意见，否定了石达开任北伐主帅的请求。
洪秀全有自己的想法。他知道石达开年轻有为，文武双全，带兵打仗很有一套，让石达开担任北伐主帅，打北京则更有把握。正因如此洪秀全对他产生了个人猜忌。
洪秀全看过很多历史书籍，他记得西汉末年刘秀借绿林军、赤眉军力量发展自己的武装，在王莽政权瓦解之际，刘秀借口单独行动另树一帜，后又消灭绿林军、赤眉军，建立起自己的东汉政权。石达开主动要求带兵北伐，也确有刘秀虎入深山之嫌，不可不防。石达开的问题就是太年轻、太有才了。
洪秀全初次认识石达开就觉得他是个胸怀大志，不甘人下之士，为了干一番大业，他才投靠拜上帝会。对上帝教义他却不怎么附和。他只不过是在这武装斗争中，发挥自己的才干、锻炼自己的能力而已。谁又能证实他和上帝会是一条心呢？谁又能担保他没有夺取江山的野心呢？眼下满清王朝已是腐朽透顶，不堪一击了，捣毁妖穴并非难事，不必让石达开去节外生枝。洪秀全心里这么想，嘴上又是一种说法：“朕不忍心让达胞冒险北伐也！自永安封王以来，东西南北翼五王呕心沥血，辛苦倍尝。可叹南王升天于全州；西王升天于长沙，而今只剩下你我四位王爵了。既得金陵天下大定，达胞好好坐享清福吧！”
石达开恭敬道：“天王，小弟行动惯了，不耐闲散，您还是让我带兵打仗吧！”
洪秀全笑道：“达胞若要打仗，这天京四周自有你用武之地，不必冒险北伐了。”
杨秀清见洪秀全态度坚定，言之有理，也劝石达开道：“二兄将诸王留在天京也是好意。本军师看来，北伐可由几位丞相担任主将。出广西以来林凤祥、李开芳、罗大纲、吉文元等带兵有方，攻城略地无往不胜。取岳州、攻武汉、打南京已显神威。本军师想让这几位虎将带百战精锐组成北伐军，相信他们像以往那样迅猛疾进捣毁妖穴。另可让胡以晃主持西征，秦日纲继续统领水师。”
洪秀全首先点头赞许，韦昌辉跟着表示同意，石达开也只好说声：“小弟听命。”
建都守城、北伐西征几大事宜决定下来后，守城负责人韦昌辉想起一个具体问题，道：“向妖头率两万妖兵一直尾随我后，跟到金陵城下，现在驻扎东南频繁骚扰。我兵虽多，大半是两湖两江新兄弟。部队缺少中级将领，不知如何是好？”
杨秀清道：“此时我早已有所考虑。到岳州时我军尚不足十万人，顺长江一路东下，各界人士望风来投，现在已达百万之众。部队扩大后提拔带兵将领已成了一项迫切任务。人数太多，我们不可能熟悉每一个士兵的情况，提拔将领必须采取层层保举之法。”
在场的人都同意层层保举选拔将领。杨秀清接着又更详细地说道：“凡保举官员，必须查其平素历练老成、精明灵变，然后传该员前来亲自勘验，观其言行举止，进退趋跄，果堪胜任再行保举，禀奏回朝，勿得徇情滥保。”