在调查研究的基础上，中共中央于1961年5月21日至6月12日在北京召开了工作会议。根据几个月来广大农村讨论的意见和试点的经验，对《条例（草案）》进行了修改，主要是取消了有关公共食堂和供给制的规定，扩大了社员的自留地和家庭副业等，解决了人民公社内部社员与社员之间的平均主义的一个大问题。从而制定了《农村人民公社工作条例（修正草案）》。会后，6月15日，中央将《条例（修正草案）》发到全国农村讨论，并确定在各地农村人民公社普遍试行。
在普遍实践和更大规模的调查研究后，毛泽东于9月29日，给中央政治局常委及有关同志写了一封信，提议将农村人民公社基本核算单位下放到生产队："我的意见是：‘三级所有、队为基础。’即基本核算单位是队而不是大队。""我们过了6年之久的糊涂日子（1956年高级社成立时起），第七年应该清醒过来了吧。"明确表示要对于从普遍发展高级社以来，特别是公社化以来，基本核算单位规模过大并由此而产生的生产权和分配权不统一的问题加以解决。
2月13日，中共中央作出《关于改变农村人民公社基本核算单位问题的指示》，《指示》决定全国的绝大多数农村人民公社，应把以生产大队为基本核算单位，普遍改为以生产队（即原小队，相当于初级社）为基本核算单位，实行以生产队为基础的三级集体所有制，至少30年不变。这样，便将组织生产和进行分配的单位统一起来了。为了做好这项工作，《指示》具体规定：生产队的规模一般以二三十户为宜。生产大队，一般仍以相当于原来高级农业合作社的规模组成；原来生产队使用的土地、耕畜和农具，一般不再变动，所有权原则上可以归生产队；生产队土地上的小片林木或者零星林木，原则上应归生产队所有，原来属于生产大队所有的大片集中的林木，可根据情况，仍归大队所有；水利设施，仍按原来的使用范围分别进行使用和管理，一般不再变动；在改变基本核算单位的时候，生产队和生产大队过去的一切债务，都要结算清楚，不能任意宣布废除。
8月北戴河中央工作会议，根据全国各地一年多的调查研究和试点的情况，对人民公社工作条例又进行了修改。修改后的《农村人民公社工作条例修正草案》经八届十中全会通过，发各地继续试行。
《条例修正草案》，保留了原草案关于人民公社集体经济的基本规定，继续贯彻各尽所能、按劳分配的社会主义分配原则，同时，也对原草案作了一些重要的修改和补充，主要是：（1）改变了原来以生产大队为基本核算单位的规定，确定以生产队为基本核算单位。（2）人民公社的规模，是一乡一社。各个公社的规模定下后，长期不变。（3）人民公社的组织，可以是两级，即公社和生产队，也可以是三级，即公社、生产大队和生产队。（4）人民公社各级组织，都必须厉行精简，尽可能地减少脱离生产和半脱离生产的干部，尽可能地减少对干部的补贴工分。生产队扣留的公积金和公益金，一般分别控制在可分配的总收入的3％一5％和2％一3％。（5）公社、大队在今后若干年内，一般地不办企业。（6）社员的自留地一般占生产队耕地面积的5％一7％，归社员家庭使用，长期不变。（7）人民公社各级监察组织，在工作中遇到阻碍和抗拒的时候，有权报请上级直至中央监察机关处理。（8）人民公社的体制和各级规模，工作条例中的各项重大规定，经过群众讨论，确定以后，长期不变。（9）国家征收农业税和统购粮食的数量，应该在适当的水平上，在一定时期内稳定下来。（10）国家应该根据等价交换的原则，逐步地规定工农业产品的合理比价。国家必须尽可能地提供越来越多的工业品来交换农产品，向国家交售农产品较多的地方，应该得到更多的照顾。
由于中共中央在困难面前，坚持实事求是，调查研究，改正错误，制定有效措施，改正了"大跃进"、人民公社化以来在农村人民公社体制上的错误，使我国农业在1962年底出现了好转，这一年粮食总产量达到3200亿斤，比上年增产250亿斤，结束了连续3年农业产量下降-的局面。
关于调整农村劳动力和精减职工城镇人口的工作年1月，中共八届九中全会确定了"调整、巩固、充实、提高"的方针，首先是调整农村生产关系，恢复农业生产。其中一项有力的措施是从各方面精简和节约劳动力加强农业生产第一线，一方面，尽量压缩各项事业占用的人力，挤出劳动力充实农业生产第一线；另一方面，压缩城镇人口、精简职工、动员一批流人城市的农村劳动力返回农村，以增加农村劳动力，为此制定了一系列政策，采取了积极有效的措施，取得了显著的成效。
4月4日，中共中央转发中央精简干部和安排劳动力五人小组《关于调整农村劳动力和精简下放职工问题的报告》。报告说：从去年秋天到11月底，20个省、市、自治区从各方面抽调到农业第一线的劳动力共有2913万人，扣除15％的虚数，农业第一线增加的劳动力约为2500万人，农村人民公社净增的劳动力约为600万人。农村劳动力占农村人口的比重，已经由去年上半年的38.3％（人口54500万人，劳动力20900万人），增长到39％（人口55100万人，劳动力21500万人）已经接近40％。农业战线劳动力的情况已经有了改善，但是还没有达到中央规定的三条杠杠的要求。因此，必须继续精简下放职工，动员部分在外的民工和流民回乡，增加农村的劳动力。
五人小组还提出下一步的精简下放计划：以1960年8月末实有职工人数为基数，从9月底到1961年年底，全国共计划精简下放职工528万人。考虑到农村需要增加劳动力，城市需要减少人口、压缩购买力的情况，拟将精简职工指标调整到800万人左右，其中不带工资减回农村的400万人（已减约250万人，还需减少150万人）；带工资下放农村的400万人（已减约150万人，还需减250万人）。关于下放干部的情况，五人小组在《报告》中反映，到去年11月底，全国已经下放干部1018000人，其中到农村的约占80％，即80万人左右。据11个省、市、自治区的统计，已经下放的干部达干部总数的14.8％。中央同意五人小组的意见，责成各级党委抓紧当前各级整风的时机，充分发动群众，进一步调整农村劳动力，尽量加强春耕第一线，进一步实行精简，克服浪费劳动力的现象。
6月16日，中共中央发出《关于减少城镇人口和压缩城镇粮食销量的九条办法》。《九条办法》规定：（1）城镇减人，必须造成声势。（2）全国城镇只许减人，不许加人。特殊需要加人的必须得到中央和中央局的批准。减少城镇人口，必须同压缩粮食销量结合进行。在1960年底1.3亿城镇人口的基数上，三年内减少2000万以上。1961年一1962年度，城镇粮食销量争取压缩到480亿斤一490亿斤，比上年度减少30亿斤一40亿斤。（3）中央和地方共同核实城镇首先是大中城市的人口，清查黑人黑户，做到人、粮相符，严禁虚报冒领和营私舞弊。（4）为解决粮食问题并且使国家和社、队都有粮食储备，三五年内全国口粮一般仍应实行"低标准、瓜菜代"的方针。（5）1961年7月到1962年6月粮食的产、购、销、调、存的数字只供各地研究讨论用，待8月中央工作会议再决定。（6）职工的升级、转正和工资调整，推迟到下半年后再进行。（7）中央各部门会同有关省、市、自治区提出各部门在该地区单位的精简计划。（8）城市征兵，重点放在大中城市适龄的中等学校学生和青年职工。（9）为在今后三年达到恢复1957年粮食产量的目的，应在整风整社和贯彻《十二条））、《六十条》、中央指示信的同时，拟定工商业支农计划、粮食增产计划。
为实现《九条办法》，1961.年6月28日，中共中央又发出了《关于精减职工工作若干问题的通知》。《通知》规定这次精减的主要对象是1958年1月以来参加工作和来自农村的新职工（包括临时工、合同工、学徒和正式工），使他们回到各自家乡，参加农业生产；1957年底以前参加工作的来自农村的职工，确实要求自愿回乡的，也可以准其回乡，原先就是城市居民的职工，不论新老，一般都不精减。通知还规定了精减职工的待遇和回乡安排等问题。这个通知得到迅速执行。到1961年底，城镇人口减少了1300万人左右，精减职工872万人，粮食销量减少了40亿斤，工资总额减少了15亿元。
5月27日，中共中央、国务院再次作出《关于进一步精减职工和减少城镇人口的决定》，《决定》提出，全国职工人数要在1961年末的4170万人的基础上，再减少1056万人到1072万人。全国城镇人口要在1961年末1.2亿人的基础上，再减少2000万人（包括从城镇减到农村去的职工在内）。上述精减任务，要求在1962年、1963年内基本完成。