随着试点工作的深入推广，在社教中出现了许多关于具体政策的问题。为此中共中央于1963年9月6日至27日召开了工作会议，讨论了农村工作、1964年国民经济计划等问题，通过了《关于农村社会主义教育运动中一些具体政策的规定（草案）》，即《后十条》。内容包括：（1）社会主义教育运动的基本方针和主要内容；（2）领导社会主义教育运动必须注意的几个问题；（3）团结95％以上的农民群众；（4）关于贫、下中农组织；（5）中农问题；（6）团结95％以上的农村干部；（7）关于干部参加集体生产劳动；（8）结合社会主义教育运动，整顿农村党的基层组织；（9）对于地主分子、富农分子、反革命分子和坏分子的处理；（10）正确地对待地主、富农子女问题。
《后十条》虽然强调团结95％以上的干部、群众，并作了许多政策性规定；也强调必须分清敌我矛盾和人民内部矛盾的界限，要正确处理人民内部矛盾；必须团结中农，特别是正确对待上中农；要正确对待地、富、反、坏分子，也要正确对待地主、富农子女，并对这些问题规定了许多政策界限。但是，《后十条》仍然是在"左"的思想指导下规定的，继续不适当地强调了阶级斗争和防止修正主义，并明确提出"以阶级斗争为纲"的口号，要求大搞群众运动。这就使"左"的错误继续发展。
11月14日中共中央发出《关于印发和宣传农村社会主义教育运动的两个文件的通知》，将《前十条》和《后十条》同时下发全国，使全国家喻户晓，做一次伟大宣传运动。决定社会主义教育运动实行点面结合，后又派出大批工作队，在全国较大范围内开展了农村社会主义教育运动。
在"以阶级斗争为纲"的方针指导下，有少数地方和单位夸大敌情，严重混淆两类不同性质的矛盾。这些情况上报以后又进一步影响中央领导人的看法。1964年5月15日至6月17日在北京召开的中共中央工作会议，会上提出了许多过火的措施。毛泽东在会上谈防止修正主义的问题时说：在农村和城市大约有1／3的权力不在我们手里而掌握在敌人手里。他提出中国出了修正主义怎么办的问题。根据这样的认识，会议强调要放手发动群众，彻底革命，对烂掉了的单位要夺权，不仅要追"四不清"干部在下面的根子，还要追他们在上面的根子，把运动搞深搞透，认为这是铲除修正主义的社会基础，防止资本主义复辟的根本大计。会议还对运动作了新的部署，城市要增加划阶级的内容，整个运动要延长时间。
根据这次会议的精神，中共中央还对《后十条》作了重要修改。修改过的《后十条》，强调指出，阶级敌人"对干部拉拢腐蚀，实行和平演变，建立反革命两面政权"，是当前阶级斗争的主要特点；要求把放手发动群众放在第一位；解决群众中存在的问题，必须首先解决干部中存在的问题，团结95％以上的群众是团结95％以上的干部的基础；整个运动都要由工作队领导，领导人必须亲自蹲点；民主革命不彻底的地区，要认真进行补课，对于运动的部署，提出大体分为两个阶段，第一阶段主要是解决"四清"问题和对敌斗争问题，第二阶段主要是组织建设，整个运动大约需要五六年或更长的时间完成；并规定了毛泽东提出的衡量运动搞得好还是不好的六条标准。显然，修改过的《后十条》，进一步发展了"左"倾向。特别是不再依靠基层干部开展运动，而是完全由工作队领导。这是导致扩大打击面的又一个步骤。与《后十条》修改草案下达的同时，中共中央还批转下发了在"左"的思想指导下开展运动的典型经验，接连发出一些关于"反右倾"、对"已经烂掉"的单位和地区进行"夺权"等指示。这就进一步促使社会主义教育运动中"左"倾错误的泛滥。
从1964年5、6月间的中央工作会议开始，社教工作进入到问题最严重的一个阶段，在这个阶段里夺权斗争成为主要内容，广大基层干部受到冲击。这期间，从中央和各地领导机关组织了大批工作队，主要领导干部亲自蹲点，并且采取了集中力量打歼灭战的方法，集中大量工作队员到一地开展社教。在开展社教的地方，社教工作由工作队领导，在许多地方组织了贫下中农协会代替基层组织和基层干部，原来的干部大部被赶下台，而清查的内容也由清帐目、清仓库、清财物、清工分为主的"小四清"转为以清政治、清经济、清组织、清思想为主的"大四清"，许多干部受到伤害，严重混淆了两类不同性质的矛盾，扩大了打击面，开展了过火的斗争，形成许多冤、假、错案，并且出现了混乱、动荡的局面。
为了总结社教运动的经验，纠正这一时期出现的问题，中共中央政治局于1964年12月15日至1965年1月14日在北京召开了全国工作会议，研究讨论社教中出现的一些问题。会议在毛泽东的主持下，制定了《农村社会主义教育运动中目前提出的一些问题》，简称《二十三条》。《二十三条》部分地纠正了1964年下半年以来运动中一些"左"的做法，要求对待干部应一分为二，尽快解放大部分干部，逐步实行群众、干部、工作队三结合；在工作方法上强调要走群众路线，不要搞神秘化，反对"人海战术"、"繁琐哲学"。尽管《二十三条》对1964年下半年以来社教运动中的一些错误作法进行了纠正，对于保护广大基层组织和干部，克服运动中神秘主义、简单粗暴的作法、保证生产和日常工作有一定的积极作用。但《二十三条》依然在总体上是坚持阶级斗争扩大化错误的，对我国阶级斗争形势估计十分严重，提出了在整个过渡时期存在着阶级矛盾、存在着无产阶级和资产阶级的阶级斗争、存在着社会主义和资本主义两条道路的斗争，特别是提出了，这次运动的重点是整党内那些走资本主义道路的当权派，这些当权派有的在下面，有的在上面，甚至在省和中央部门也有一些反对搞社会主义的人。"走资派"的提出，为后来"文化大革命"提供了一个重要理论依据。
《二十三条》传达贯彻之后，运动中的混乱和紧张状况有所缓解，在实际工作中克服了1964年下半年以来的错误作法，农村中的社教大多放在农闲时进行，一直到了"文革"初期。到1966年春，全国有约1／3的县、社进行了"四清"。
历时3年的社会主义教育运动，是中国共产党发动和领导的一次大规模的群众性的政治运动。这次运动对于纠正干部中存在的多吃多占、强迫命令、欺压群众等作风和集体经济经营管理方面的许多缺点，起了一定的作用；对于打击贪污盗窃、投机倒把和刹住封建迷信活动等歪风，也起了一定的作用。但是，由于它是在"阶级斗争为纲"的方针指导下，搞阶级斗争扩大化，使不少干部和群众受到不应有的打击和错误的处理；在一些问题上还颠倒了是非，如把包产到户等适合农业生产发展的责任制形式，看成是"单干"、"走资本主义道路"，被强行制止，把自留地、自由市场、自负盈亏与包产到户合称为"三自一包"，作为"修正主义的国内纲领"加以批判；在工商企业中，对一些有利发展经济搞活流通及许多正确的规章制度加以否定；特别是在政治上使"左"的错误有了进一步发展。
"四清"运动虽然发生了严重偏差，但因为运动只在局部地区开展，而且是有领导地分期分批进行的，还纠正过运动中出现的某些偏差，特别是在运动中还强调不误生产，并把增产或减产作为衡量运动搞得好坏的标准之一。这些在一定程度上限制和减轻了运动的消极方面的损失。全国工农业生产尚未受到大的影响；社会没有发生大的混乱。
毛泽东批判"三和一少"、"三自一包"
5月22日和1964年2月9日，毛泽东两次同一个外国党领导人谈话，批评"三和一少"、"三自一包"。他说：我们党内有少数人主张三和一少。三和就是对帝国主义和、对修正主义和、对各国反动派和，一少就是少援助反对帝国主义的国家和党。这实质上就是修正主义的思想。他们联络部（指中共中央联络部）里就有少数这样的人（指中央联络部部长王稼祥）。另一个部是统战部，它是同国内资产阶级打交道的，但是里面却有人不讲阶级斗争，要把资产阶级的政党变成社会主义的政党（指中央统战部部长李维汉。）每个部都找得出这样的人。例如农村工作部里就有一个邓子恢，他是中央委员，还是副总理，却主张单干，实际上不要社会主义农业。这一股风，即三和一少风、单干风等等，在前年上半年刮得很厉害。从国外来说，被美帝国主义和苏联修正主义吓倒了，在国内由于天灾人祸，经济受到损失，于是修正主义就露头了。有一阵可猖狂啦。
2月29日，毛泽东同另一个外国党的领导人谈话时又说：1962年上半年我们党内有些人主张三和一少。这些人在国内也主张三自一包。三自是自留地、自由市场、自负盈亏，一包是包产到户。目的是要解散社会主义的农村集体经济，要搞垮社会主义制度。三和一少是他们的国际纲领，三自一包是国内纲领。这些人中有中央委员、书记处书记，还有副总理。他们在1962年上半年到处宣传。夏季我们开了一个会议，是工作会议，中央委员、省委书记都来参加，把这些问题都抖搂出来了。然后，又开了中央全会，开了两个月——8月到9月。这个会议开过以后，这些犯错误的同志都检讨了，说自己不对了。在这次谈话中，毛泽东还说：如果中国变成修正主义，天就黑暗了，你们怎么办？要作思想准备，要高举马列主义的旗帜反对中国的修正主义，这样中国人民是会感谢你们的。4月10日，毛泽东会见一个外国党代表团时又说：中国如搞修正主义，你们就不好混。如中国出了赫鲁晓夫，搞资本主义路线，你们怎么办？你们要帮助中国的马克思主义者，反对中国的修正主义。
王稼祥等根据当时中国所处的国际环境和党内在对外工作上的"左"倾偏差提出了调整对外方针的重要建议，强调对外援助要"实事求是，量力而行"，在国际斗争中要小心谨慎，注意策略，对外有必要采取缓和的方针，而不是采取加剧紧张的方针等，本来是符合当时中国对外关系的实际，意在纠正对外政策中的"左"的偏差。而邓子恢等在60年代初为了克服国民经济严重困难，支持一些地区根据中国共产党八届九中全会的精神，发还自留地，开放自由市场，农业上采取包产到户，有些工商业实行自负盈亏的政策也是正确的。毛泽东的这些谈话，反映出他认为中国已经出了或正在出修正主义的完全不切实际的错误估计。
中苏两党在莫斯科会谈年7月6日至20日，中共和苏共在莫斯科举行双边会谈。会谈是在这样的情况下举行的：1961年苏共二十二大第一次出现利用一个党的代表大会攻击另外一个兄弟党的做法后，中苏两党的分歧进一步发展。苏共二十二大后，在苏联的报刊上每年都要发表几百篇攻击中国的文章，并且利用兄弟党代表大会进行反华。从1962年11月到1963年1月，在匈牙利共产党的八大、保加利亚共产党的八大、意大利共产党的十大、捷克斯洛伐克共产党的十二大、德国统一社会党的六大等代表大会上，不断出现了这些党攻击中共的情况。为了回击苏共对中共的各种攻击，中共于1962年12月5日到1963年3月8日，陆续发表了7篇重要文章进行答辩，对苏共领导的错误理论进行了尖锐的批判，并且阐述了中共在一系列理论问题上的观点。但文章未点苏共领导的名，对某些事实也作了一些保留。在1963年1月，赫鲁晓夫曾在德国统一社会党代表大会上提出停止论战、举行中苏两党会谈的建议。3月9日，中共中央致函苏共中央，欢迎苏共中央关于两党会谈的建议，并表示主动停止答辩，保留权利，以创造良好的气氛。
3月30日，苏共致信中共，同意中共关于在各兄弟党会议之前先举行两党会谈的建议，并阐述了他们对国际共产主义运动一系列重大问题上的观点。中共于6月14日复信给苏共中央，提出了《关于国际共产主义运动总路线的建议》（即《二十五条》）。中共提出现阶段国际共产主义运动的总路线是："全世界无产者联合起来，全世界无产者同被压迫人民、被压迫民族联合起来，反对帝国主义和各国反动派，争取世界和平、民族解放、人民民主和社会主义，巩固和壮大社会主义阵营，逐步实现无产阶级世界革命的完全胜利，建立一个没有帝国主义、没有资本主义、没有剥削制度的新世界。"在复信中，中共同意派代表团到莫斯科举行中苏两党会谈。对于中共提出的《二十五条》，苏共中央表示不能接受，6月18日，苏共中央发表声明，说中共的建议是对他们的"攻击"，苏共以更大的规模展开了对中共的批判。还要求中国驻苏使馆的几名工作人员和在苏研究人员立即回国，使气氛更加紧张。
尽管中苏关系继续恶化，中国共产党还是根据已达成的协议，于7月6日至20日与苏联共产党在莫斯科举行会谈。中共以邓小平为团长，彭真为副团长，康生、杨尚昆、刘宁一、伍修权、潘自力为团员，吴冷西、范若愚、张香山、姚溱、王力、余湛为顾问。苏共代表团以苏斯洛夫为团长，团员格里申、安德罗波夫、伊利切夫、波洛马廖夫、萨丘科夫、契尔沃年科。顾问有阿祖曼夫等11人。会谈共进行了9次。双方在会议上各自阐述和坚持自己对一系列重大问题的立场态度，互不相让。在7月6日的第一次会议上，苏斯洛夫作了长篇发言，主要内容有：（1）阐述现阶段国际共产主义运动的总路线，大讲"和平共处"总路线。（2）进一步加强世界社会主义体系的威力和团结以及把世界社会主义体系变成人类社会发展的决定因素的斗争。阐述通过和平经济竞赛消灭资本主义的观点。（3）争取和平与和平共处，反对帝国主义侵略和战争政策的斗争。认为和平共处是"唯一正确和明智的原则"。（4）民族解放运动的问题。说和平经济竞赛能提供亚非拉国家向非资本主义过渡的前景。（5）现阶段革命理论问题。讲资本主义向社会主义过渡的形式问题，强调现在开辟了顺利进行社会主义革命的新的可能性。此外，还对中共对苏共领导的批评和中共的观点进行了攻击。7月8日，邓小平在第二次会议上发言，指出苏斯洛夫的发言在许多重要原则问题上歪曲了马克思列宁主义的基本原理，并就两党分歧从何而来进行了申辩。7月10日，苏斯洛夫在第三次会议上再次发言。7月12日，邓小平再次发言对苏斯洛夫的发言予以驳斥。此后苏方波诺马廖夫和安德罗波夫，中方彭真和康生相继发言，据理而争。会议由于双方各自坚持自己的观点，未能取得任何成果。