这次大会是在共产国际和斯大林的直接指导下召开的。会议的基调是1928年2月25日共产国际执行委员会通过的《关于中国问题的议决案》。该决议案对中国革命形势作了基本正确的回答，但没有得到中国共产党的认同。为此，在部分代表到达莫斯科后，斯大林于6月。9日亲自召集谈话会。他向中国代表说，"广州起义不是革命高潮的开始，而是革命的终结"。"目前我们不能说中国革命已经处于高潮"。继斯大林后，共产国际书记布哈林两次召集中国代表谈话，解释共产国际决议精神。
6月18日至7月11日，中国共产党第六次全国代表大会在莫斯科郊外的一座别墅举行。出席大会的共有142人，其中有正式代表周恩来、李立三、蔡和森、项英、瞿秋白、向忠发等84人，指定与约请代表58人。由于环境险恶，加上时间仓促，出席会议的代表基本上都为中央指定。受当时领导机关工人化倾向的影响，正式代表中工人出身者占52％，许多从事革命工作多年具有丰富斗争经验的同志，如毛泽东、***等都没能参加。共产国际、少共国际、赤色工人国际，以及苏联、意大利等国的共产党派代表出席了大会。
大会由向忠发主持。会上，共产国际书记布哈林作了政治报告，他具体地阐述了中国革命的性质、任务、形势等问题；周恩来作了关于组织问题和军事问题的报告；瞿秋白作了关于中国政治问题的补充报告；刘伯承作了关于军事问题的补充报告。大会通过了《政治决议案》、《土地问题决议案》、《农民问题决议案》、《职工运动决议案》、《军事工作决议案》、《苏维埃政权组织问题决议案》等一系列文件。
大会正确地规定了中国革命的性质。大会通过的《政治决议案》指出："中国革命现在阶段的性质，是资产阶级民主革命。如认为中国革命目前阶段已转变到社会主义性质的革命，这是错误的，同样，认为中国现时革命为’不断革命‘，也是不对的。"为此，大会提出了中国共产党在民主革命阶段的十大要求：（1）推翻帝国主义的统治；（2）没收外国资本的企业和银行；（3）统一中国，承认民族自决权；（4）推翻军阀国民党的政府；（5）建立工农兵代表会议（苏维埃）政府；（6）实行八小时工作制，增加工资，失业救济与社会保险等；（7）没收一切地主阶级的土地，耕地归农；（8）改善兵士生活，给兵士土地和工作；（9）取消一切苛捐杂税，实行统一的累进税；（10）联合世界无产阶级和苏联。并强调，"这十大要求，就是中国共产党现在争取群众，准备武装起义，以推翻地主豪绅资产阶级政权的主要口号"。大会正确地分析了中国革命的形势，指出当前革命的形势是处在两个革命高潮之间。也就是说，第一个革命浪潮已经过去，而新的浪潮还没有来到，反革命势力还超过工农。但凡是引起革命的矛盾，一个也没有解决。因此，"新的广大的革命高潮是不可避免的"。当前，党的"工作的方向必须坚决地从广大范围内直接的武装发动，转变到加紧组织和动员群众的日常工作的方向来"。
大会批评了党内右倾机会主义和"左"倾盲动主义。大会指出，现在必须继续反对机会主义的斗争，尤其要反对"左"倾盲动主义。因为盲动主义是"不要群众不顾群众的盲乱的瞎干"，是"少数人的军事冒险"。
大会根据当时的局势，还规定了一系列重大问题的政策。如关于苏维埃政权问题，大会规定，武装起义后，要"坚决而敏捷地成立政权机关"，最初形式可采取革命委员会的形式，而后过渡到正式的苏维埃政府。苏维埃"应在劳动群众直接选举的基础上组织起来"，代表的大多数应为工人和农民。关于农民和土地问题，大会规定，农民运动的中心口号，是没收地主阶级的土地，交由农民代表会议（苏维埃）分配给无地和少地的农民使用。农村斗争的主要对象是豪绅地主，基本力量是贫农，中农是巩固的同盟者。关于职工运动，大会规定，党的主要任务是争取工人阶级的大多数，要大力发展革命的工会组织。关于军事工作，大会规定，要把破坏军阀的军队和在政治上夺取军阀的军队，作为中国共产党目前严重的任务。党要注意培养军事人才，共产党员和青年团员都要接受训练。在工农暴动胜利及建立苏维埃政权的地方，要迅速将游击队改组而成立经常的红军。
大会对党的组织建设问题给予了高度重视。会议通过的《政治决议案》和《组织问题决议案提纲》，提出了加强党的建设的方针和各项任务。大会指出，在现阶段，党的方针是"加强自己的战斗力"和党的"无产阶级化"。具体任务是：（1）恢复被破坏的支部以及各级党部，建立和发展大工厂、大企业中的党组织；（2）积极地在工人中征求党员，继续引进工人中的积极分子加入指导机关；（3）实行真正的民主集中制，尽可能地做到集体讨论和集体决定主要问题；（4）肃清党内的地方主义、小团体主义及一切无原则纠纷；（5）加强对党员的政治教育，系统地宣传马克思主义。
大会选举产生了新的中央委员会和中央审查委员会。中央委员会有正式委员23人，候补委员13人。中央审查委员有正式委员3人，候补委员2人。会后，召开了中共六届一中全会，选举了新的中央政治局，苏兆征、项英、周恩来、向忠发、瞿秋白、蔡和森、张国焘等7人为委员，关向应、李立三、罗登贤、彭湃、杨殷、卢福坦、徐锡根等7人为候补委员。全会还选举苏兆征、向忠发、项英、周恩来、蔡和森等5人为中央政治局常委，李立三、杨殷、徐锡根等3人为政治局候补常委。在六届中央政治局第一次会议上，由于过分强调领导干部的工人出身，会议推举工人出身的向忠发为中央政治局主席和中央常委主席。但他实际上并没有起到应有的作用，后来被捕叛变。
中国共产党第六次全国代表大会的路线基本是正确的，对当时中国革命的发展起了积极的作用。但这次大会对中国革命基本问题的认识上，仍存在着缺点和错误。如对中国革命动力的认识上，六大认为，"中国革命的动力，已经只有无产阶级和农民"。不恰当地把民族资产阶级认作革命的对象，认为民族资产阶级是"最危险的敌人之一"，中国的资产阶级民主革命，"只有反对中国民族资产阶级，方才能够进行到底"。大会对于农村根据地的重要性和民主革命的长期性，也缺乏必要的认识。这表明，大革命失败后在党内滋生的"左"倾思潮尚未肃清。但从总体上说，中共六大的主要方面是正确的，大会后一个时期的工作是有成绩的。
改订新的运动
为了制造对外"自主"的形象，缓和全国各界民众的反帝情绪，1928年6月15日，在"二次北伐"告成，全国统一即将实现之际，南京国民政府发表了要求修改不平等条约的对外宣言，声称"中国八十余年间，备受不平等条约之束缚。此种束缚，既与国际相互尊重主权之原则相违背，亦为独立国家所不许"。因此，"今当中国统一告成之时，应进一步而遵正当之手续实行重订新约，以副完成平等及相互尊重主权之宗旨"。7月7日，为具体地实现改订新约，南京政府外交部又发表了《关于重订新约之宣言》。该宣言提出了废旧约、订新约的三条具体办法：（1）中国与各国条约已期满者，废而另订；（2）尚未到期者，应以正当手续解除而重订；（3）旧约已满期而新约未订者，应由国民政府另订适当临时办法，处理一切。7月30日，南京国民政府照会各国公使，敦促各国改订新约。所谓的改订新约运动由此开始。
南京国民政府的改订新约运动，其内容实际只限于关税自主和废除领事裁判权两项。
关于关税自主问题。当时与中国订有关税条约的共有12个国家，其中条约已经满期的有意大利、丹麦、葡萄牙、比利时、西班牙、日本六国，尚未期满的有英国、美国、法国、荷兰、挪威、瑞典六国。在这些国家中，美国为赢得中国政府的好感，以树立对华外交的优势，在与中国的关税条约尚未到期的情况下，首先响应南京政府，表示愿与中国政府重订新约。7月24日，美国国务卿凯洛格照会南京政府外交部，同意中国的修约主张。7月25日，美国与南京政府在北平经过谈判，签订了《整理中美两国关税关系之条约》。该条约承认中国"关税完全自主之原则"，但又规定双方"在彼此领土内享受之待遇，应与其他国享受之待遇毫无区别"。也就是说，美国在中国享有最惠国待遇。中美订约后，其他各国纷纷仿效。到1928年底，挪威、荷兰、英国、瑞典、法国等先后与南京政府签订了新的关税条约。比利时、意大利、丹麦、葡萄牙、西班牙等先后与南京政府签订了新的通商条约。在所有与中国订有条约关系的国家中，只有日本拒绝与中国重订新约。日本的行为，激起了中国人民的强烈抗议，全国由此掀起了大规模的抵制日货运动。日本迫于形势，也于1930年5月与南京政府签订了新的《中日关税协定》。
根据这些新的条约，中国方面改变了长期以来关税制度上的均一税和海陆关不统一的两种不合理规定，即把原进口货物一律征收5％关税的规定，改为货分7等，按类征收5％～30％的关税，1931年把最高税率提高到50％，033年则提高到80％。同时划一海关和陆关税率，废除了陆关比海关少纳税的规定。关税制度的改变，提高了税率，较大幅度地增加了南京政府的关税收入。据记载，随着关税税率的提高，1929年中国的关税收入由1913年的1697万元（占财政总收入21％）增加到27555万，1931年更为36913万元（占财政总收入51％），成为南京政府稳定财政的重要手段。另外，关税税率的提高，在一定程度上抵制了帝国主义列强对华商品的倾销，有利于中国民族资本主义的发展。
南京政府与各国签订的新的关税条约，虽原则上都承认了中国的关税自主。但中国得到的关税自主权是很不彻底的。如在《中英关税条约》中规定，对英国货物所课税率，应与1926年关税会议所议之税率相同，即在原定的值百抽五外，再征收不得超过5％一30％的附加税。根据最惠国待遇，这一规定同样适用于其他国家。这说明中国仍无权自定税率。另外，中国海关行政大权仍为外国人把持，中国的关税权远未达到自主。
关于废除领事裁判权是这次修约的又一重要内容。1928年7月7日，南京国民政府发表重订新约三项原则后，于9日又公布了临时办法7条，其中规定："在华外人应受中国法律之支配及中国法院之管辖"。当时在中国享有领事裁判权的国家共有16个，其中条约到期的有日本、比利时、意大利、丹麦、葡萄牙、西班牙等六国。对于中国废除领事裁判权的要求，日本表示坚决反对。南京政府只得与条约到期的其他五国谈判，签订了相关的条约。比、意、丹、西、葡等五国虽同意放弃领事裁判权，但都有保留意见：（1）中国对五国行使司法权的方式须经双方同意；（2）须多数国家同时废除领事裁判权时始废除。1929年4月27日，南京政府外交部向英美等国公使发出照会，要求各国及早放弃领事裁判权。各国以中国司法制度尚未完善为借口加以拒绝。1931年，南京政府为了在国民会议召开前实现其吹嘘的开辟"外交新纪元"的诺言，于5月4日公布了《管理在华外国人实施条例》12条，声称自1932年1月1日实施。后由于"九一八"事变发生，实施日期一拖再拖，最后不了了之。直到1937年抗日战争爆发，英、美、法、日等国也未表示要放弃领事裁判权。
南京国民政府发起的改订新约运动，要求与帝国主义列强修订不平等条约，这是它以前统治者未曾有过的举动。重订的新约，提高了中国的关税税率，对于增加政府的财政收入，保护民族资本主义的发展，具有一定的积极作用。但这次改订新约运动，并没有能从根本上取消帝国主义的在华特权，更没有能使中国成为真正的独立自主的国家。
国民政府始行五院制
6月，随着"二次北伐"告成，全国"统一"实现在望，南京国民政府宣布"军政时期"结束，"训政时期"开始。1928年8月召开的国民党二届五中全会接纳了胡汉民等关于训政时期"实行五权之治"的主张。会议通过的《政治问题案》，决定依据国民政府建国大纲，"设立司法、立法、行政、考试、监察五院"，并在行政院下设内政、外交、军政、财政、农矿、工商、教育、交通等部。同年10月8日，南京国民政府公布了《中华民国国民政府组织法》，正式构建了五院制的政府框架。
《中华民国国民政府组织法》共7章48条，规定：国民政府为"总揽中华民国之治权"的最高机关，有"率陆海空军"和"行使宣战媾和及缔结条约之权"；国民政府以行政院、立法院、司法院、考试院、监察院五院组织之。该组织法还规定了国民政府各院的具体职责：
行政院为国民政府的最高行政机关。设院长、副院长各一人。国民政府主席因故不能视事时，由行政院长代理。国民政府内凡"提出于立法院之法律案"、"预算案"、"大赦案"等，以及"荐任以上行政官吏之任免"、"行政院各部及各委员会问不能解决之事项"，均应经行政院会议议决。
立法院为国民政府的最高立法机关。设院长、副院长各一人，具有议决法律案、预算案等重大法规条约的职权。
司法院为国民政府最高司法机关。设院长、副院长各一人，具有司法审判、司法行政、官吏惩戒等职权。
考试院为国民政府的最高考试机关。设院长、副院长各一人，负责考选铨叙等事宜。
监察院为国民政府最高监察机关。设院长、副院长各一人，具有依照法律行使弹劾、审计等职权。
在《中华民国国民政府组织法》公布的当天，国民党中央常务委员会议决任命蒋介石、谭延闽、胡汉民、蔡元培、戴季陶、王宠惠、冯玉祥、孙科、陈立果、何应钦、李宗仁、杨树庄、阎锡山、李济深、林森、张学良等为国民政府委员；蒋介石为国民政府主席兼陆海空军总司令；谭延闽为行政院院长，胡汉民为立法院院长，王宠惠为司法院院长，蔡元培为监察院院长，戴季陶为考试院院长。