会后，华北地区日人反战组织迅速发展壮大。1944年1、2月间，为适应新的斗争形势的需要，在华日人反战同盟华北联合会扩大执委会在延安召开会议，决定筹组日本人民解放联盟，并通过《日本人民解放联盟纲领章程》、《粉碎军部特务政策声明书》等议案，呼吁结束对华战争，撤退日军回国，严惩战争罪魁等。3月22日，以日本士兵觉醒联盟和在华日人反战同盟等团体为基础的日本人解放联盟在延安成立。其宗旨是：立刻结束战争，严惩战争责任者；实行彻底的对外和平政策；实行独立、富强、民族繁荣的经济政策；肃清军部在日本政治上的势力；确定民主的政治制度；改善、提高一般人民和士兵的生活；打倒战争政府，组织联合进步的各党各派的人民政府。日本人民解放联盟成立后，在华日人反战运动达到一个新的阶段，到1945年8月，华北和华中已发展到21个反战支部。抗日战争胜利后，因大多数盟员陆续回国，日本人民解放联盟乃告解散。
百团大战
欧洲战争爆发后，日军为加快南进步伐，急欲早日结束侵华战争，乃在中国华北地区推行"治安肃正作战"和"囚笼政策"；在华中地区发动枣宜作战；在西南地区压迫法、英封锁滇越铁路、滇缅公路，并加紧对后方城市特别是陪都重庆的空袭，企图迫使国民政府投降，消灭八路军。为打破日军的"囚笼政策"，克服投降危险，争取时局好转，八路军总部决心在华北战场开展较大规模的作战，以影响全国的抗战局势。于是，发起了大规模的百团大战。
年7月22日，朱德、彭德怀、左权等联名致电聂荣臻、贺龙、关向应、刘伯承、邓小平等，称为打击敌人"囚笼政策"，打击敌进犯西安企图，争取华北战局更有利的发展，决定大举破击正太路。战役兵力组成为晋察冀军区、第一二○师、第一二九师，共22至24个团。8月8日，朱德、彭德怀、左权联名致电聂荣臻、贺龙、关向应、刘伯承、邓小平，下达战役行动命令：晋察冀军区主力以10个团破袭正太铁路阳泉至石家庄段，重点为阳泉至娘子关段；第一二九师以8个团附总部炮兵团一个营，破击正太铁路阳泉至榆次段，重点为阳泉至张净段，另以一个团位于潞城、襄垣间，阻敌向正太铁路增援；第一二○师以4至6个团破击忻县以北同蒲铁路和汾（阳）离（石）公路，以主要兵力置于阳曲南北地区，阻敌向正太铁路增援，另以一个团进至榆次南北地区，配合第一二九师作战；总部特务团集结于下良、西营地区待命。上列各集团和总部特务团由八路军总部直接指挥，并限于8月20日战役开始。由于八路军参战兵力达105个团，八路军副总参谋长左权称之为百团大战。
月20日，百团大战开始打响。百团大战共分三个阶段。第一阶段自8月20日至9月10日，是交通总破袭战，以正太路为重点，向白晋路、平汉路、德石路及华北（除山东）地区各主要铁路、公路交通线展开总破击战。8月20日晚8时，晋察冀军区、第一二。师、第一二九师向以正太路为中心的华北日军交通线实行总破袭。晋察冀军区约有40个团兵力，在聂荣臻指挥下，向正太、北宁、津浦、平汉等铁路发起全面破袭，重点是破击正太铁路。破击正太铁路的兵力为19个团另5个游击支队和3个独立营，组成左、中、右三个纵队，分别向正太铁路东段的日军独立混成第四、第八旅团各一部攻击。右纵队攻克天险娘子关，中央纵队攻占井陉煤矿，左纵队攻击岩峰、上安据点，并破坏了平汉铁路正定以北铁桥。第一二九师部队计约46个团兵力，在刘伯承、邓小平指挥下，向正太、平汉、德石、同蒲等铁路和主要公路及日军据点进行广泛的破袭。重点仍为正太线，以8个团、3个独立营兵力组成左翼、右翼破击队和中央纵队，对正太路西段日独立混成第四旅团大部和第九旅团一部展开攻击，取得狮垴山和双峰战斗的胜利；另以2个团会同平定、辽县、榆社等地方武装，分别对平辽、榆辽公路进行破击。第一二○师20个团兵力，由贺龙、关向应指挥，对同蒲铁路北段和晋西北地区主要公路展开破击。至9月5日，共作战160余次，切断了同蒲铁路北段及汾离、太汾等公路。晋察冀军区和第一二九师还出动50多个团兵力，在游击队和民兵配合下，对平汉、平绥、北宁、同蒲铁路南段、白晋、津浦、德石等铁路线和一些主要公路展开破袭。9月10日，百团大战第一阶段作战结束，整个战役扩展到除山东以外的整个华北地区和主要交通线，共歼日伪军7000余人，攻击日军据点91座，破坏铁路300余公里、公路700多公里，其中正太铁路被毁2／3，使日本在华北地区主要交通线陷于瘫痪。
第二阶段作战自9月22日至10月5日。9月16日，朱德、彭德怀、左权联合发布百团大战第二阶段作战命令，要求各兵团扩大第一阶段战果，继续破击交通线，摧毁深入根据地内的敌据点。具体部署是：第一二。师彻底破坏同蒲铁路宁武至轩岗段；晋察冀军区破击涞灵公路，夺取涞源、灵丘，并以一部于同蒲铁路东侧配合第一○师作战；第一二九师进行榆辽战役，并以一部兵力破击白晋路北段。第二阶段作战主要是歼灭交通线两边和摧毁深入根据地内的敌军据点。
月22日，百团大战第二阶段作战开始。当天，晋察冀军区部队发起涞灵战役，以5个步兵团、2个游击支队、1个骑兵营、1个特务营组成右翼队，夺取涞源；以2个步兵团、1个游击支队组成左翼队，担任右翼队的掩护，并相机夺取灵丘及其附近据点；以1个步兵团为总预备队。9月22日，右翼队向涞源发起攻击，进展不顺，23日停止攻势，集中兵力拔除外围日军据点。至26日攻克涞源外围据点10余处。28日，张家口日军3000余人来援，八路军乃弃涞源改攻灵丘。10月9日，驻大同地区日军向灵丘地区进犯，八路军遂于10月10日结束涞灵战役。涞灵战役共歼日伪军1100余人。
为策应涞灵战役，1940年10月1日，冀中军区以主力10个营发起任（丘）河（间）大（城）肃（宁）战役。至20日战役结束，共歼日伪军1400余人，攻克据点29处，破坏公路150公里。
月23日，第一二九师发起榆辽战役。以第三八五旅附第三十二团为右翼，攻取榆辽公路东段各据点；以第三八六旅、决死队第一纵队两个团为左翼，攻取榆辽公路西段各据点；以新编第十旅为主组成平（定）辽（县）支队，破击平辽公路和顺南北地段，并钳制辽县之敌；以太岳军区第十七、第五十七团组成沁北支队，破击白晋铁路沁县至分水岭段，并钳制敌人从白晋铁路抽兵增援榆辽地区。23日23时，左、右两翼部队同时向预定目标发起攻击，经8天激战，攻克榆社、沿壁等据点。随后，第一二九师主力转攻辽县，但由于和顺、武乡之敌向辽县、管头增援，八路军总部遂决定结束战斗。10月31日，八路军第一二九师新编第十旅进攻辽县战斗尚未发起便告中止，榆辽战役结束。
第一二。师主力在同蒲线忻口、宁武、朔县间展开破击战。截至9月27日。第一二○师控制了朔县至原平之间的数段铁路，使同蒲路交通一度陷于瘫痪。
百团大战第二阶段作战，八路军共作战620余次，攻克敌据点123处，歼日伪军9000余人。
第三阶段作战从10月6日至12月5日，八路军主要进行反"扫荡"作战，主要作战形式是游击战，主要作战地域是太行、太岳、平西和北岳区。10月6日。华北日军在遭到八路军连续打击后，乃调集兵力对华北抗日根据地进行报复性"扫荡"，以独立混成第四旅团、第三十六师团各一部近万人，连续"扫荡"太行区榆社、辽县、武乡间的浊漳河两岸和清漳河东西地区，重点进攻中共中央北方局、八路军总部和边区党政机关所在地，企图歼灭第一二九师主力和党政军首脑机关。10月13日至27日，日军驻蒙军、第一军、第一一○师团、独立混成第十五旅团、临时混成第一○一旅团各一部共万余人，分10路对平西地区八路军进行合击。11月9日，日军第一一○师团等部1.2万余人，分路"扫荡"太岳区，合击晋察冀军区领导机关所在地阜平。面对日军的疯狂"扫荡"，八路军总部要求各根据地党政军民密切配合，坚决歼灭敌人一至二路，广泛开展游击战争，粉碎敌之"扫荡"。八路军各部遂转入反"扫荡"作战。在太岳区，八路军第一二九师部队通过关家垴、黄烟洞等战斗，粉碎了敌对太岳区的"扫荡"。在平西区，八路军主力部队协同地方武装，内外线相结合广泛开展游击战争，迫使"扫荡"之敌撤退。在太岳区，经过50余天的作战，粉碎了敌之"扫荡"。
月5日，百团大战宣告胜利结束。百团大战历时3个半月，共进行大小战斗1824次，毙伤日伪军25000余人，俘日军281人、伪军18000余人，缴获各种炮53门、各种枪支5800余支，破坏铁路470公里、公路1500余公里。八路军伤亡1.7万余人。百团大战是华北八路军在战略相持阶段进行的大规模战略性进攻战役，给日伪以沉重打击，坚定了全国人民抗战胜利的信心，提高了中国共产党及八路军在全国乃至全世界的声望；但这次战役过早暴露了八路军的力量，从而导致日军在华北实行更大规模的报复作战。
国民政府明令重庆为陪都
8月，日军发动对上海军事进攻后，南京成为日军随之攻击的重要目标，国民政府迁都势在必行。1937年10月29日，蒋介石在国防最高会议上作《国民政府迁都重庆与抗战前途》的报告，指出淞沪战事处境艰难，北战场形势亦不利，迁都重庆势在必行。但今天主动而退，将来可以主动而进。11月5日，日军在杭州湾登陆，上海战事急转直下。11月11日，蒋介石会见国民政府主席林森，决定迁都重庆。12日，上海沦陷，迁都重庆工作乃紧锣密鼓地进行。11月16日，国防最高会议决议迁都重庆，国民政府主席林森当晚乘舰西上。行政、立法、司法、监察、考试五院迁移重庆，财政、外交两部及卫生署迁往汉口，交通部迁往长沙，各军事机关仍设南京。
月20日，国民政府正式发表移驻重庆宣言。宣言称："自卢沟桥事变发生以来，平津沦陷，战事蔓延；国民政府鉴于暴日无止境之侵略，爰决定抗战自卫。全国国民同仇敌忾，全体将士忠勇奋发，被侵各省，均有极急剧之奋斗，极壮烈之牺牲。而淞沪一隅，抗战亘于三月，各地将士，闻义赴难，朝命夕至。其在前线，以血肉之躯，筑成壕堑，有死无退。暴日倾其海陆空军之力，连环攻击，阵地虽化煨烬，军心仍如金石。陷阵之勇，死事之烈，实足昭示民族独立之精神，而奠定中华复兴之基础。迩者暴日更肆贪黩，分兵西进，逼我首都。察其用意，无非欲挟其暴力，要我为城下之盟。殊不知我国自决定抗战自卫之日，即已深知此为最后关头，为国家民族生命计，为民族人格计，为国际信义与世界和平计，皆已无屈服之余地。凡有血气，无不具宁为玉碎，不为瓦全之决心。国民政府兹为适应战况，统筹全局，长期抗战起见，本日移驻重庆，此后将以最广大之规模，从事更持久之战斗。以中华人民之众，土地之广，人人本必死之决心，以其热血与土地，凝结为一，任何暴力不能使之分离。外得国际之同情，内有民众之团结，继续抗战，必能达到维护国家民族生存独立之目的。特此宣言，惟共勉之。"21日，蒋介石为迁都重庆电勉全国将领作更坚决与更勇敢之奋斗。蒋介石称，国民政府移驻重庆，实为进一步展开战略之起点。
国民政府宣告迁都重庆后，四川省政府主席刘湘致电国民政府主席林森，欢迎国民政府移驻重庆。11月26日，林森率国民政府文官处、参军处、主计处三处职员一行800余人抵重庆，重庆市民10余万人夹道欢迎。12月1日，国民政府在重庆办公；国民政府行政院电各省、市政府已迁渝办公。国民党中央党部也随之迁渝。12月6日，国民政府举行迁渝后首次扩大纪念周，林森主持会议。当天，国民党中央执监委员会常务委员联席会议举行，决议通告各级党部及各机关，即日起在重庆开始办公。武汉沦陷前夕，在武汉的军政机关也迁入重庆。
国民政府军政机关迁移重庆后，重庆成为国民政府之战时首都和军政中心。1939年5月5日，国民政府行政院明令改重庆市为行政院直辖市。1940年9月6日，国民政府明令定重庆为陪都，以成为战时军事政治经济之枢纽及战后西南建设之中心，并由行政院督饬主管机关参酌西京之体制，妥筹久远之规模。国民政府令称："四川古称天府，山川雄伟，民物丰殷；而重庆绾毂西南，控扼江汉，尤为国家重镇。政府于抗战之始，首定大计，迁渝办公，风雨绸缪，瞬经三载。川省人民，同仇敌忾，竭诚纾难，矢志不渝，树抗战之基局，赞建国之大业。今行都形势，益臻巩固，战时蔚成军事政治经济之枢纽，此后自更为西南建设之中心。恢宏建置，民意佥同，兹特明定重庆为陪都，着由行政院督饬主管机关，参酌西京之体制，妥筹久远之规模，藉慰舆情，而彰懋典。"抗战期间，重庆一直是国民党的军政和经济中心。抗战胜利后，国民政府于1946年5月1日颁布凯旋令，定于5月5日国民政府自陪都重庆凯旋南京。5月5日，国民政府还都典礼在南京中山陵举行。至此，重庆的陪都使命宣告完结。
黄桥决战
5月4日，中共中央向东南局发出《放手发展抗日力量，抵抗反共顽固派的进攻》的指示，要求新四军独立自主地放手扩大军队和根据地，向一切敌人占领区域发展。遵照中共中央指示，新四军军分会副书记、江南指挥部指挥陈毅率部于7月间渡江北上，执行开辟苏北、发展华中的战略任务，开创了以黄桥为中心的抗日根据地。陈毅坚决执行中共中央给东南局的指示，成功地进行了反顽斗争，争取了苏北地方实力派李明扬、李长江的中立。接着，将江南指挥部改称苏北指挥部，陈毅、粟裕任正副指挥，下辖第一、第二、第三纵队，共9个团7000余人。
新四军进占黄桥后，使苏北国民党顽固派、鲁苏战区副司令长官兼江苏省政府主席韩德勤感到莫大的威胁，企图乘新四军立足未稳之机歼灭新四军。