北洋军在湖南的失败是直、皖两系矛盾分裂的结果，同时又进一步激化了直、皖矛盾。直系首领、代总统冯国璋一直同皖系首领段祺瑞争夺北洋派正统地位及北京政府中央大权。护法战争打响后，冯企图借助西南军阀势力对抗皖系，因而暗中主和；且对皖系利用直系军队打头阵的部署深为不满，正因此，王汝贤、范国璋二将在前线擅自停战撤兵，打乱了皖系夺取湖南的战略部署。对此，段祺瑞极为恼火，愤而向冯国璋提出辞职。冯索性暗示号称"长江三督"的湖北督军王占元、江西督军陈光远、江苏督军李纯于18日发表联名通电，主张南、北双方罢兵休战，和平解决南、北问题。11月22日，冯免去段祺瑞国务总理职务，任王士珍为国务总理。段祺瑞内阁再次倒台，直、皖两系公开分裂。25日冯国璋颁布南、北停战令。直系北洋军阀的主和政策，在护法阵营内部引起不同的反响。孙中山始终坚持护法，反对南、北调和，他在11月18日发表对时局的声明中坚决表示："舍恢复约法及旧国会外，断无磋商余地。"以程潜为首的湘军将领则要求乘胜攻取岳阳，巩固护法军在湖南的胜利。然而以扩张实力和地盘为目的的桂、滇两系，在分别控制了湘、川两省后，便不顾孙中山护法运动的宗旨，很快和直系军阀实行妥协。陆荣廷在11月24日，即冯国璋颁布停战令的前一日，就表示赞成"长江三督"的主和通电，带头发起南、北停战。28日又授意广西督军谭浩明以湘粤桂联军总司令名义通令响应冯国璋的停战令，命护法军"前敌各军遵照办理"。滇系军阀对和战问题采取两面派手法，一方面慷慨陈词，表示坚决护法，以敷衍孙中山；一方面又与陆荣廷沆瀣一气，彼此呼应，下令驻川滇军停战。
直系的主和政策违背皖系与北洋督军武力统一全国的既定方针，引起皖系与北洋主战派的强烈不满。在段祺瑞及其心腹徐树铮的策动下，吉、黑、奉、直、鲁、晋、陕、豫、甘、新、皖、浙、闽13省督军代表分别于1917年12月2日和1918年1月5日，连续召开两次天津会议，强烈要求冯国璋明令讨伐西南。冯被迫让步，于1917年12月15日任命直隶督军曹锟、山东督军张怀芝分别为第一、二路军总司令南下伐湘。18日任命段祺瑞为参战督办，皖系干将段芝贵为陆军总长，让皖系重掌中央军事指挥大权。1918年1月10日，又以参谋部、陆军部名义下达局部讨伐令，令北洋军进攻湖北荆州和襄阳。1月14日，吴光新率北洋军攻占荆、襄。桂系与湘军看到直系屈从主战派，也向岳阳发动进攻。1月27日护法联军攻克岳阳，俘敌1300余人。如联军乘北洋军兵力集中荆、襄之机直捣武汉，将会使护法战争出现重大转机。但桂系以保守湘境为满足，按兵不动，并提出"北不攻岳，南不攻鄂"为议和条件，从而丧失攻取武汉、会师北伐的大好时机。南军夺取岳阳后，北洋主战派反扑气焰高涨，胁迫冯国璋于1月30日下达对整个西南的讨伐令，命曹锟、张怀芝和张敬尧"即行统率所部，分路进兵，痛予惩办"。2月中旬，各路北洋军约10万人分别向湘鄂、湘赣边界进军。3月18日，北洋军"后起之秀"、署理第三师师长吴佩孚率部攻占岳阳。22日，张敬尧率第七师占领平江，长沙门户洞开，驻守长沙的联军司令谭浩明于25日撤离长沙，退守衡阳。北军军事上的胜利，使主战派气势更盛。冯国璋惊慌失措，又连发主战令。时而主战，时而主和，章法大乱，引起主战、主和两派的不满。3月19日，即北洋军占领岳阳的第二天，以曹锟为首，包括"长江三督"在内的十五省、三特区督军联名通电，要求段祺瑞重组内阁。3月23日，冯国璋被迫重任段祺瑞为国务总理，段立即组织北洋军大举南攻，护法军在湖南战场接连失利。26日，吴佩孚占领长沙。北洋政府旋即任命张敬尧为湖南督军兼署省长，命吴佩孚等部分左、中、右三路向湘南进军，并企图攻入广东。湘粤联军在弃守岳阳后采取守势，4月下旬，大部分军队撤回广东。4月24日，吴佩孚率北军中路占领衡阳，湖南大部分地区沦于北洋军之手。进攻湖南的第一路总司令曹锟及其部下、署第三师师长吴佩孚本为直系军人，挥师南下后连克岳阳、长沙、衡阳，战功最大，而段祺瑞政府竟把湘督兼省长一职授予皖派嫡系张敬尧，使曹、吴大为不满，直、皖矛盾再度尖锐。吴佩孚秉承曹锟意旨，占领衡阳后即停步不前。5月底，曹锟擅自离开汉口，回师天津。桂系陆荣廷鉴于湖南、广东均有反桂势力，又见吴佩孚实力雄厚，难于击退，便决定同吴讲和，撤回部队，力保广东，以稳定两广局面。于是，6月15日直系与桂系代表签订停战协定，息战言和。8月，吴佩孚通电主和，公开攻击段祺瑞的武力统一政策"实亡国之政策"。直系将领纷纷响应。8月下旬段祺瑞被迫命令前线各军暂取守势。
桂、滇两系军阀不仅在护法战争中勾结直系罢兵议和，破坏孙中山护法宗旨，而且还拉拢国会中的政学会分子和国民党稳健派破坏护法军政府，排斥孙中山，企图攘夺护法运动的领导权。桂系首先驱逐拥护孙中山的广东省长朱庆澜，强行收回由朱交由军政府管辖的20营亲军，引起孙中山强烈不满。1917年底，接替陈炳焜为广东督军的莫荣新竞无理拘捕大元帅府亲军连、排长各一名及卫士60余人，并拒绝孙中山的保释，诬为土匪，加以杀害。孙中山极为愤慨，1918年1月3日，毅然登上军舰，令海军炮击设在观音山上的督军署。莫荣新被迫派人言和，对孙中山表示歉忱。时人称此事件为"炮教莫荣新"。此事表明了桂系军阀对抗军政府的嚣张气焰，也表现了孙中山的大无畏精神。紧接着，1918年1月，由桂系军阀发起，成立护法各省联合会议，试图使之成为与军政府抗衡的另一政权机关。2月，又由国民党稳健派人士出面，正式提出改组军政府的主张，并拟定《中华民国军政府组织大纲修正案》七条，其中心用意在于改大元帅单独首领制为若干总裁合议制，以排挤孙中山。4月10日，滇系军阀唐继尧率先通电西南各省支持这一主张，提出护法各省现宜遥戴黎元洪或冯国璋为大总统，推岑春煊为国务总理，至于孙中山，"则宜游历各国，办理外交"。5月4日，在政学系及益友社操纵下，不顾孙中山和中华革命党议员的坚决反对，非常国会竟强行通过了《修正军政府组织法案》。当日孙中山即向非常国会提出辞呈，并发表大元帅辞职通电。他在电文中回顾了护法以来的艰难历程，愤然指出："顾吾国之大患，莫大于武人之争雄，南与北如一丘之貉。虽号称护法之省，亦莫肯俯首于法律及民意之下。"20日非常国会选举唐绍仪、唐继尧、孙中山、伍廷芳、林葆怿、陆荣廷、岑春煊7人为政务总裁，以岑春煊为主席总裁。改组后的军政府完全由桂、滇军阀及其附庸政学会所控制，护法成为空名。孙中山看透了西南实力派名为护法、实为争夺地盘的军阀面目，认识到依靠军阀不可能达到护法救国的目的，遂于次日离开广州，前往上海。护法运动宣告失败。
《蓝辛一石井协定》
第一次世界大战期间，日本的对华政策同美国在华利益发生矛盾。1917年9、10月间，日本特使石井菊次郎去美，同美国国务卿蓝辛谈判。石井要求蓝辛承认，日本与中国之间存在一种"特殊关系"，日本应在中国享有"特殊利益"，并对中国内部的发展具有"特殊权利和义务"。11月2日，蓝辛和石井菊次郎就有关中国问题签署了《日本和美国关于中国的换文》，一般称作《蓝辛一石井协定》。在换文中，"美国政府承认日本在中国，特别在中国之与日本属地接壤的部分，有特殊利益"。日本承认美国提出的对华"门户开放"和"在华工商业机会均等的原则"。《蓝辛一石井协定》（以下简称协定）是日美在华经过激烈争夺之后暂时妥协的产物，是日美为掠夺和宰割中国所进行的一笔政治交易。
第一次世界大战爆发后，日本乘机在华扩张殖民特权。它以恪守英日同盟为名，对德宣战，囊括了德国在山东省的全部侵略利益和特权；一年后，日本又向袁世凯北京政府提出"二十一条"侵略要求。由于欧洲列强正忙于战争，无暇东顾，使日本在远东成为实力雄厚的帝国主义国家。只有美国是在远东有力量和日本对抗的大国。1914年至1918年，欧洲列强对华输出普遍下降，日美两国却迅速上升，在中国输入总额中，日本所占比例由20.7％增至38.9％；美国由8.8％增至13％。日美为加强各自在华的垄断地位，排斥和打击对方，矛盾日益尖锐。如1914年，日本对德宣战，美国立即于8月21日照会日本政府："若在中国内地发生骚乱，为恢复其秩序，日本或其他诸国采取必要的措施时，希望日本政府在考虑此问题时，务必于其决定行动之前，和美国政府协商。"1915年日本向中国提出"二十一条"，美国于5月13日照会日本政府，声明："美国对于中日两国政府间已经缔结或行将缔结的任何协定或约定，凡有损美国及其在华公民的条约权利，或中华民国之政治或领土完整，或通称为门户开放政策的国际对华政策，一概不能承认。"这些都说明美国力图阻止或牵制日本在中国取得独占的特权。袁世凯为筹备帝制和对西南护国军作战，军政费用的开支庞大，使北京政府财政濒于崩溃，急需外国贷款。美国对华借款激增。1916年4月7日，北京政府与美国李希金逊公司签订500万美元借款合同；4、5月间，以整理山东、江苏境内运河为名，与美国广益公司签订600万美元借款合同；5月17日，交通部与美国裕中公司签订1000万美元借款合同；10月16日，北京政府向美国芝加哥大陆商业信托储蓄银行借款500万美元，以中国烟酒公卖为抵押，按合同规定，可再续借2500万美元。日本利用它在华实力地位及与皖系军阀的密切关系，竭力抵制和破坏美国在华的借款活动。如日本对中美签订的600万美元运河借款合同，即以侵犯日本在山东的权益为借口，抗议北京政府，使借款难以兑现。1916年12月，美国提出由日美合作承担这笔借款。经过谈判，日美双方于1917年3月9日，签订合作契约，规定运河借款（包括续借款）由两国分别承担。又如日本为破坏美国芝加哥大陆商业信托储蓄银行对北京政府借款，日本向中国提出：如停止与美国的借款交涉，日本将给予1000万日元借款，结果使美国对中国"续借美金2500万元"的计划成为泡影。1917年上半年日美两国在中国参战问题上发生矛盾，日本勾结段祺瑞，将亲美势力驱逐出北京政府，美国遭到失败。1917年4月，美国宣布对德参战，无暇与日本继续对抗，谋求与日本暂时妥协。因而有了《蓝辛一石井协定》的出笼。
年5月12日，蓝辛向日本驻美大使佐藤爱磨表示，希望日本派遣特使来美，就国际形势及远东问题会商。日本为缓和双方的关系，想在中国问题上与美国达成某些谅解。5月22日，日本内阁议决派遣特使赴美谈判。6月13日，派前外务大臣石井菊次郎为特使，随员中有海军中将竹下勇、陆军中将须贺野、外务省秘书永井松三等人。双方就日本人在美国的地位问题和协调日美两国在中国的行动问题进行谈判。6月15日，日驻美大使要求美国政府就1915年美国国务卿布赖安承认日本对中国有着特殊密切关系的声明，以适当方式重新加以确认，以消除日本人民对美国在华活动所产生的疑虑。日本意在试探美国现政府对布赖安声明的态度。7月6日，蓝辛在复照中指出：布赖安声明虽承认日本在与中国毗连地区有着特殊的密切关系，但绝不意味着美国同意日本对中国有"至高无上"的权力来扩充其在华的政治影响。
月23日，石井抵达华盛顿，9月6日与蓝辛开始谈判。蓝辛提议日、美就废除在中国的势力范围和保全中国领土完整以及机会均等诸问题发表宣言，企图排除日本在中国的独占优势。石井原打算以同意废除势力范围以换取美国承认日本在中国的特殊地位。日本政府因早已同俄国签订了互相确认两国在中国东三省和内蒙古地区的势力范围的第四次密约，因此不同意石井的方案，并指示石井说："放弃势力范围，影响甚大，所以不要涉及这个问题，而要只谋求其承认我之特殊地位。"美日双方经过谈判，1917年11月2日完成换文，分别于11月6日、7日在华盛顿、东京公布。日本政界把协定的签署看作是日本外交的一大胜利。美国向中国宣传说："这不仅对门户开放政策是一个重新的肯定，而且加进了不干涉中国主权与领土完整的原则。"《蓝辛一石井协定》一经公布，中国舆论哗然，一致遣责日、美帝国主义对中国领土主权的侵略行为。北京政府被迫于11月8日、12日分别照会日、美政府声明："中国仍保持向来之主义，中国政府不因他国文书互认有所拘束。"但这种做做样子的表态，对日、美帝国主义者来说，根本起不到任何效用。
《蓝辛一石井协定》是美国因参加第一次世界大战，无力在华与日本抗衡情况下的妥协产物。大战结柬后，美、日两国便展开更加激烈的争夺。双方在华的矛盾和斗争日益加深。1922年2月，日本修改"帝国国防方针"，把美国列为第一个假想敌国。1923年4月14日，日美换文废除了《蓝辛一石井协定》。