1879年10月，3名衣衫褴褛的海外客匍匐在总理衙门门口痛哭不已，引起了众多过路人的围观。他们是谁呢？原来是做了“亡国奴”的琉球耳目官毛精长等3人，他们在国王尚泰被日本人掳走后，历经千辛万苦前来母邦求援，以“尽逐日兵出境”，但在他们的痛苦哀号声中，他们的母邦却无能为力，事后只能发给他们300两银子作为川资，让他们设法自行回去。求助无望之下，琉球国使者林世功悲愤自戕，希望以死来唤起母国的关注。
林世功曾留下一份“以死乞师”的请愿书，情极可怜：“琉球国陈情通事林世功谨禀，为一死泣请天恩，迅赐救亡存国，以全臣节事。窃功因主辱国亡，已于客岁九月，随同前往进贡正使耳目官毛精长等，改装入都……泣念奉王命抵闽告急，已历三年，敝国惨遭日人益肆鸱张，一则宗社成墟，二则国王世子见执东行，继则百姓受其暴虐。皆由功不能痛哭请救所致，已属死有余罪，然国主未返，世子拘留，犹期雪耻以图存，未敢捐躯以塞责，今晋京守候，又逾一载，仍复未克济事，何以为臣……”
林世功自戕后尚有后话。10余年后，江西名士文廷式在《闻尘偶记》中有这样一则记载：“甲午之役，有奏请缉奸细者，言其人住南城外羊肉胡同，谢姓。廷寄命给事中唐椿森缉拿之。唐至，令军役勿遽，先捡其来往书札，则琉球遣臣来救于中朝者，流寓京师十二年矣。每岁皆有表文，而总督不为达，其旅费则琉球遗民倾助，流离琐尾，备极可怜。”由此看来，这位谢姓人士并非“奸细”，而是琉球使臣求助团的成员，没想到流落京城街头巷尾十余载，实在可悲可叹。
从地图上看，琉球群岛像弯曲的胡子一样散布于东海，距中国浙江、福建千余里。《隋书·流求传》中将之称为“流虬”，其中就颇为形象地描绘了它的地理特征。中国古代出海打鱼的渔民，对这个海外大岛多有提及，其名字也因各朝而变化，或作流求，或作琉球，《元史》中也称之为“瑠求”。
元朝末年，琉球群岛形成北山、中山和南山3个独立王国。洪武五年（1372年），明太祖派杨戴出使琉球，分别册封了这三国国王，琉球也由此成为明朝的藩国。数年后，中山国统一南北两岛，中山王也就被明朝正式册封为琉球王，这种藩属关系一直保持到清朝。
琉球与明清的藩属关系，其间也出现过一定的波折，那就是日本的介入。明朝中后期，日本丰臣秀吉北侵朝鲜时，曾派诸侯岛津氏派兵3000征伐琉球，在俘虏了国王尚宁后，又令其向日本萨摩藩输送钱财粮食，以供军饷之需。直到50多年后，琉球王才摆脱了萨摩藩的控制，随后又主动遣使到中国，请求大清皇帝册封。当时的顺治皇帝应允其要求，将琉球王册封为尚质王，规定每两年进贡一次。
在地理位置上，琉球与日本也颇有关系，除了明末萨摩藩曾攻伐过琉球一段时间外，后来的日本也常假借琉球与中国交通。明清时期，琉球也与日本发展贸易，萨摩藩一度将之视为属下，由于古代航运条件的限制，清廷也未予过问，而日本也未做进一步要求。因此，这种“两属关系”维持了很长一段时间。
中日因琉球问题发生冲突，是近代以后的事。1871年，琉球所属的宫古岛、八重山岛渔民因风暴而漂流至台湾南部，后有54人被生番（即台湾原住民）所杀，剩下的12人死里逃生，回到琉球，史称“牡丹社事件”。事后，日本向清廷提出抗议，称琉球属民被台湾人所害，而总理衙门却以“台湾生番之地，置于化外，政教未逮”加以敷衍，日本人由此抓住把柄并在次年出兵征伐台湾。
当时的中国官员缺乏最基本的国际法概念，日本人很好地利用了这一点。事实上，琉球乃是中国的藩属国，琉球渔民被台湾原住民所杀，此乃本国内政，日本岂有干涉之理？即便琉球是“两属之国”，日本也无权独霸其管辖权。再者，即使中国官员称琉球渔民被杀系台湾生番所为，其所谓“化外”，也不过称其未经儒家教化，并非搁置不理，又岂能成为代琉球出兵的理由？日本之强蛮无理，由此可见一斑。
有一点必须指明的是，征伐台湾的并非日本政府，而是违抗政府命令的西乡从道，其行为只能算地方军阀所为。在中方的强大压力下，加上日军在台湾感染时疫，西乡从道不得不自行撤退，征台之举完全失败。
可惜的是，在此事件之后的谈判中，清廷犯下重大错误，那就是在1874年的《中日北京专条》（又称《台湾事件专约》）上，写有台湾生番“将日本国属民等妄加杀害”“日本国此次所办，原为‘保民义举’，中国不指以为不是”等语，从而造成了一种外交事实，即凸显了琉球与日本的特殊关系、日本有权保护琉球之后果。不仅如此，清廷还为日本此次出兵赔付了白银50万两，作为抚恤银和日军在台湾修路及营房的费用。
清廷在这次事件中的妥协，主要原因还在于当时缺乏可供出洋作战的战舰，而这也成为中国近代海军之发轫。从那一年开始，李鸿章便开始从英国和德国购买或者建造军舰，以期捍卫辽阔海疆。
打造一支近代海军，非一朝一夕所能成功，而日本抓住时机，加快了吞并琉球的进程，这就是所谓的“琉球处分”。1875年，日本权臣大久保利通以替琉球讨伐生番的名义，将琉球三司官池城安规等召至东京，要求他们停止向清廷朝贡，不再接受清廷的册封，撤销在福州的琉球馆，今后琉球的外交事务统由日本外务省负责等。琉球三司官以害怕冒犯中国的理由拒绝了大久保利通的提议，要求仍按传统习惯行事。
在日本的一再威逼之下，琉球一边遣使说理，一边派人到中国乞援。1877年4月，琉球国王密遣紫巾官向德宏来华陈情，告以日本阻止琉球朝贡中国之事。经闽浙总督何璟、福建巡抚丁日昌上奏后，清廷颁下谕旨，称“琉球世守藩服，岁修职贡，日本何以无故梗阻？是否借端生事，抑或另有别情？著总理各国事务衙门即传知出使日本大臣何如璋等，俟到日本后，相机妥筹办理”。
1877年底，首任驻日公使何如璋到达东京，随即就日本阻止琉球朝贡之事展开了交涉。而琉球官吏也分别拜会了驻东京的英、美、荷兰等国公使，以争取这些国家的同情与支持。日本政府得知此事后，随即对琉球藩吏下驱逐令，禁止他们继续在东京停留。受此侮辱，琉球官吏“全都面露愤然之色”，并赴日本官员私邸发泄他们的不满。
对于中方的抗议，日本外务卿寺岛宗则却借口何如璋的照会“言辞激烈”而屡屡纠缠不休，不予正面回复。究竟何如璋在照会中是如何强硬的呢？现在看来，不过是一说理帖子。试节录如下：“查琉球国为中国洋面一小岛，地势狭小，物产浇薄，贪之无可贪，并之无可并……我大清怜其弱小，优待有加；琉球事我，尤为恭顺。定例二年一贡，从无间断……又琉球国于我咸丰年间，曾与美利坚合众国、法兰西、荷兰国立约，约中皆用我年号历朔文字，是琉球为服属我朝之国，欧美各国无不知之。”这段是梳理琉球的历史。
接着，何如璋又称：“今忽闻贵国禁止琉球进贡我国，我政府闻之，以为日本堂堂大国，谅不肯背邻交，欺弱国，为此不信不义无情无理之事……今若欺凌琉球，擅改旧章，将何以对我国？且何以对与琉球有约之国？琉球虽小，其服事我朝之心，上下如一，亦断断难以屈从……务望贵国待琉球以礼，俾琉球国体政体一切率循旧章，并不准阻我贡事，庶足以全友谊，固邻交，不致贻笑于万国。”
日本外务卿寺岛宗则抓住“日本堂堂大国，谅不肯背邻交，欺弱国，为此不信不义无情无理之事”数句斥责之语大做文章，非要何如璋作出解释，实则是在回避“琉球归属”的问题。
李鸿章对于何如璋的强硬颇有点不以为然。之前，何如璋曾给李鸿章寄过一函，其中称：“如璋熟知中国此时决非用兵之时，即虑日人，亦我天恩宽大，必不因弹丸之地，张挞伐之威。口舌相从，恐无了局。然无论作何结局，较之今日之隐忍不言，犹为彼善于此。即终无了期，而日人有所顾忌，球人借以苟延，所获亦多。失此不言，日人既灭琉球，练之为兵，驱之为寇，转恐边患无已时，斯又度时审势，反复踌躇，而以为不得不言者也。”
李鸿章接信后，尽管其在复函中也痛斥日本“阻贡不已，旋改年号；改年不已，复欲锁港。无理已极”，但他又认为，“琉球以黑子弹丸之地，孤悬海外，远于中国，而迩于日本”“琉球朝贡，本无大利，若受其贡而不能保其国，固为诸国所轻；若专恃笔舌，与之理论，而近今日本举动，诚如来书所谓无赖之横，瘛狗之狂，恐未必就我范围。若以威力相角，争小国区区之贡，务虚名而勤远略，非唯不暇，亦且无谓”。
在交涉没有结果的情况下，何如璋致函总理衙门，提出“上、中、下”三策：一是遣兵船责问琉球，征其入贡，示日本以必争；二是据理言明，约琉球令其夹攻，示日本以必救；三是外交辩论，或援万国公法以相纠责，或约各国使臣与之评理。总理衙门在征求李鸿章意见时，李鸿章从功利的角度出发，认为暂时可用第三策应付。
清廷的妥协主要还是因清朝海军刚刚起步，外购军舰尚在询价当中，无力承担起对琉球的保护责任，对于日本的举动，当时能采取的方法也只能是外交羁绊。事实上，日本在1877—1878年的国内政局也极为混乱，先是西乡隆盛在萨摩藩发起叛乱（史称“西南战争”），最终失败战死。次年，被称为“东方俾斯麦”的大久保利通被人暗杀。可惜的是，清廷当时连一艘巡洋舰都没有，因而也就未能抓住这短暂的机遇。
1879年3月，日本政府对琉球下达“废藩置县”令，曰：“琉球藩旧服王化，实赖复育之德；今乃恃恩挟嫌，不恭使命，是盖舟程远隔，见闻有限所致。朕一视同仁，不深谴既往之罪。兹废该藩，移置尚泰东京府下，赐以第宅。且以尚健、尚弼置于华族之列，俱置籍东京府，着所司奉行。”由此，日本将琉球王尚泰抓到东京软禁，琉球群岛也被日本鹿儿岛县与新设置的冲绳县一分为二：北部数岛并入鹿儿岛县，余下诸岛则成立新的冲绳县。对于清廷的强烈抗议，日本充耳不闻。
作为琉球的宗主国，清廷始终不承认日本吞并琉球的事实，并向日本进行了多次交涉和抗议。由于琉球问题一直悬而未决，后李鸿章邀请来华旅行的美国前总统格兰特设法调解。在压力之下，日方提出将琉球群岛三分，北部归属日本，南部即宫古、石桓、八重山群岛在内的先岛群岛（当时已为日本控制）归中国，中间的琉球主岛仍划为日本之冲绳。更为居心叵测的是，日本在这份拟稿中加上了一个附加条件，即日本也要像英、美等国一样，取得“最惠国待遇”。
当时中俄因伊犁问题也在展开谈判，其间危机四伏。由于担心日本与俄国勾结起来，李鸿章主张对日本的拟稿采取拖延战术，等待中俄谈判结果的明朗化。日方急于骗取中国的“最惠国待遇”，多次催问签约事宜，但最终因中俄在伊犁问题上达成妥协，总理衙门拒绝在日方拟就的拟稿上签字，日本公使宍户玑最后只好悻悻离京，以示决裂。琉球群岛主权归属一案也就此搁置，最终未能了结。
直到中日甲午战争后，中国战败，清廷被迫签订了《马关条约》，中国台湾及澎湖列岛由此被日本割占，“琉球问题”也就不再是主要问题。1901年，琉球最后一位国王尚泰在日本死亡，随着时间的流逝，曾经的琉球国也就变成了日本的冲绳县，琉球的复国运动也日渐消失在历史的长河之中。