皇十三子爱新觉罗·胤祥，怡贤亲王
皇十四子爱新觉罗·胤禵，恂勤郡王
皇十五子爱新觉罗·胤禑，愉恪郡王
皇十六子爱新觉罗·胤禄，出继承泽亲王硕塞之后
皇十七子爱新觉罗·胤礼，果毅亲王
皇十八子爱新觉罗·胤祄，幼殇
皇十九子爱新觉罗·胤禝，幼殇
皇二十子爱新觉罗·胤祎，简靖贝勒
皇二十一子爱新觉罗·胤禧，慎靖郡王
皇二十二子爱新觉罗·胤祜，恭勤贝勒
皇二十三子爱新觉罗·胤祈，诚贝勒
皇二十四子爱新觉罗·胤秘，诚恪亲王
清世宗清世宗爱新觉罗·胤禛即位后为避讳，诸皇子名中“胤”字辈的，改为“允”字。
除了这些儿子之外还有一些由于过早夭折而为排序，按照出生顺序：爱新觉罗·承祜、爱新觉罗·承瑞、爱新觉罗·承庆、爱新觉罗·赛音察浑、爱新觉罗·长华、爱新觉罗·长生、爱新觉罗·万、爱新觉罗·允禶。
如此众多的儿子，出现旷日持久的储位争夺也就不足为奇，按照嫡长子立嗣的原则，清圣祖康熙十四年（公元1675年）十二月十三日，清圣祖爱新觉罗·玄烨册立了两周岁的爱新觉罗·胤礽为皇太子，胤礽为皇二子，但是他是嫡长子。立襁褓之中的胤礽为皇太子，有人说是孝庄太皇太后的提议，也有人说是清圣祖爱新觉罗·玄烨请求祖母而致，为什么这样说呢？其原因可能有以下几个方面：
首先是立胤礽为皇太子的主要原因——政治需要。清圣祖爱新觉罗·玄烨帝在位时，历经内忧外患之苦：宫廷内部，皇子众多，一个储君的位子牵动着许多人的欲望，所以清圣祖爱新觉罗·玄烨帝内心极为不安，为了避免外戚的企盼，才将孤身一人的胤礽立为太子；而宫廷外部，由于军事形势的恶化，朝廷军队在南部和西部与叛军交战时接连受挫，为了对付这些挑战，清圣祖爱新觉罗·玄烨接受了熊赐履等汉族大臣的意见，全面采取汉化政策，加快了满族政权的汉化进程，立太子便是清圣祖爱新觉罗·玄烨沿袭明朝的一个重要制度。总之，政治斗争的需要，是清圣祖爱新觉罗·玄烨帝决定立太子的主要原因，其目的至少有三个。一是意欲笼络其统治范围内的汉人之心（清圣祖爱新觉罗·玄烨帝采取的是汉民族的嫡长子继承制。嫡长子继承制是汉民族宗法制度的核心，即至高无上的皇位应该由正皇后所生的嫡长子继承。如嫡长子早死，则由嫡长子的嫡长子继承，即皇太孙继承。明太祖朱元璋的皇太子病故，即由皇太孙继位。如嫡长子无子，则由嫡次子按顺序继承。只有在正皇后无子的情况下，才考虑庶生的长子。如皇帝无子，则依昭穆亲疏的顺序选立继位之人），为削藩平乱、巩固政权打下基础；二是试图避免前两朝时代不预立继承人带来的皇权交接的麻烦，以求垂万年之统、系四海之心的目的。
其次，是尽孝心。有人认为清圣祖爱新觉罗·玄烨“恪守懿旨”，才决定立胤礽为皇太子，如果不立太子，意味着对祖上不孝；如果不消弭内战，安抚庶民，同样意味着不孝。因此，内战、孝敬太皇太后、培养皇太子这三件表面看来互不相关的事情，在清圣祖爱新觉罗·玄烨帝心中搅成了一团。当时，清圣祖爱新觉罗·玄烨虽无时无刻不全神贯注于军国要务，但他还是抽时间亲自教皇太子读书、骑射等，同时命令大学士张英、李光地做太子的专职教师，又命令大学士熊赐履对太子讲授各种书籍，为培养胤礽付出了相当多的心思。
再次，是感情上的因素。清圣祖爱新觉罗·玄烨喜爱胤礽的生母，但她却难产而死。因此，有人认为清圣祖爱新觉罗·玄烨将自己对皇后的感情转移到了胤礽身上，爱屋及乌。决定立胤礽为皇太子，一方面可以断绝六宫谋位的念想，另一方面寄托着清圣祖爱新觉罗·玄烨心中的愿望。在父皇所营造的良好学习条件之下，皇太子很快便掌握了满汉两种文字，并且娴于骑射，每当随清圣祖爱新觉罗·玄烨外出巡行的时候竟能与其“赓词斐然”。毫无疑问，清圣祖爱新觉罗·玄烨帝在相当长的时间内都是很喜爱皇太子的，对继位人胤礽的培养，是清圣祖爱新觉罗·玄烨帝教育后代的重中之重，并与预立太子的政治目的息息相关。然而，这个被清圣祖爱新觉罗·玄烨给予众望的太子却经历了二立二废的磨难，并最终也没有当成皇帝。
清圣祖爱新觉罗·玄烨立胤礽为皇太子是依照汉族皇帝的方式，中国封建社会皇位的嫡长子继承制，是一个成功并成熟的继承制度。这个继承制保证了政权的平稳过渡，使人心稳定，政权稳固。它是符合封建社会实际的行之有效的继承制。清圣祖爱新觉罗·玄烨帝是一位深受汉民族文化影响的皇帝。在皇位继承上，他采取了全盘接受的拿来主义。但是，汉族的立太子制度却没有给清圣祖爱新觉罗·玄烨带来方便，反而使他焦头烂额。
清圣祖爱新觉罗·玄烨皇帝帝册立胤礽为皇太子，是清朝第一次，也是惟一的一次公开册立的皇太子。当时，清圣祖爱新觉罗·玄烨帝只有22岁，也只有2位皇子，皇长子4岁。但皇长子的母亲尚无封号，地位也低微。而皇二子是皇后所生，为嫡长子，因此被定为皇太子。清圣祖爱新觉罗·玄烨帝对皇太子的教育极为重视，皇太子也聪明过人，学啥会啥。经多年的精心培养，皇太子精通汉、满、蒙三种文字，且娴熟骑射之艺。清圣祖爱新觉罗·玄烨对皇太子胤礽的智育教育是成功的。但遗憾的是，清圣祖爱新觉罗·玄烨帝忽略了皇太子的德育教育，从而酿成了不可收拾的重大隐患。
皇太子自2岁起就养尊处优，无人敢管，所有的人都惧着他，让着他，宠着他。因此，在他看来，除皇帝外，所有的人都是他的奴仆，所有的物都是他的私产。他广收贿赂、私用库币、贪得无厌、予取予求、野蛮凶狠、肆恶虐众。胤礽甚至毒打过平郡王纳尔赛、贝勒海普、公普奇等王公贵族。随着年龄的增长和环境的熏染，皇太子逐渐由一个纯真的童稚蜕变成了冷血动物。甚至在清圣祖爱新觉罗·玄烨面前他也没有做到儿子该做的事情。清圣祖康熙二十九年（公元1690年），37岁的清圣祖爱新觉罗·玄烨帝亲征噶尔丹时，因患病滞留在塞北行宫。他十分想念17岁的皇太子，于是召其前来行宫。不料，从京中赶来的皇太子对病中的皇父毫无关切体恤之情，神态冷漠，行同路人。这使热望中的清圣祖爱新觉罗·玄烨帝非常失望，于是，清圣祖爱新觉罗·玄烨帝立即命其回京。
从此，清圣祖爱新觉罗·玄烨开始逐渐发现了皇太子胤礽身上的致命弱点。但是，他并没有在这时废掉太子，而是用打击太子党羽的方式，来警告他，希望太子可以有所转变。太子党羽中最主要的人物是曾经在智擒鳌拜中立下大功的索额图。清圣祖爱新觉罗·玄烨认为索额图“议论国事，结党妄行”，将其逮捕监禁，后死于狱中。然而，索额图的遭遇并没有使太子警醒，清圣祖康熙四十七年（公元1708年）九月初四，清圣祖爱新觉罗·玄烨帝于行猎驻地，召集群臣于行宫前，命皇太子跪于地，愤怒地训斥他，斥他“专擅威权，纠集党羽，窥伺朕躬，起居动作，无不探听”。当即将其拘执，将其党羽6人正法，4人发配盛京。回京后，诏告全国。清圣祖爱新觉罗·玄烨帝是一个感情很丰富的人。他对皇太子是又爱又恨。颁布上谕时，他痛心疾首，“痛哭扑地”，“涕泣不已”。此时的清圣祖爱新觉罗·玄烨帝心力交瘁，痛不欲生。清圣祖爱新觉罗·玄烨想不明白皇太子的表现，他甚至“连续六日未曾安寝”，最后堕入了迷信的深渊，他认为，皇太子的所有表现是“为鬼魅所凭，蔽其本性”。
废掉皇太子之后，储君空缺，为诸位皇子争夺储君提供了一个千载难逢的大好时机。清圣祖爱新觉罗·玄烨看出了皇子们的心思，于是，不断地召见诸皇子，对他们谆谆告诫，让他们“勿令生事，安分而行”。但是，在巨大的皇权的诱惑下，各个皇子党不但不收束脚步，反而变本加厉，铤而走险。他们明争暗斗，造成了政局动荡，使清圣祖爱新觉罗·玄烨帝陷入了极度的苦闷之中。但是，众多的儿子中，并没有能让清圣祖爱新觉罗·玄烨满意的人选来担当重任，使得在废掉皇太子只有两个多月后，清圣祖爱新觉罗·玄烨帝萌生悔意。他想把原来的皇太子再立起来。为了重新将胤礽立为太子，清圣祖爱新觉罗·玄烨他不断地说明自己的意图，向下灌输。后来，清圣祖爱新觉罗·玄烨帝又说孝庄太皇太后给他托了一个梦，说孝庄太皇太后“殊不乐”。然后，清圣祖爱新觉罗·玄烨借机下令释放了皇太子。再后来，就说皇太子病好了。就在清圣祖康熙四十八年（公元1709年）三月初十日，复立了皇太子。也就是说，在废掉皇太子6个月后，又重新复立了他。这又是一个惊人之举，在中国历史上是唯一的一次。但是，之后的实事证明，清圣祖爱新觉罗·玄烨这时的举动是完全错误的。
清圣祖爱新觉罗·玄烨为了能将自己看好的胤礽培养成才，不再出现之前的情况，于是总把他带在身边，但是，复立的皇太子实在是一块不可雕的朽木，他很快就忘记了自己复位前发下的誓言，依然我行我素，放荡不羁，沉湎酒色，结党营私。甚至对父皇清圣祖爱新觉罗·玄烨常发出怨恨之言，他竟然说：“古今天下，岂有四十年太子乎？”清圣祖爱新觉罗·玄烨经过3年零7个月的观察和等待，认为胤礽“怙恶不悛”、“毫无可望”。于是，在清圣祖康熙五十一年（公元1712年）再次废掉了皇太子。此时，清圣祖爱新觉罗·玄烨帝59岁，皇太子39岁。这位皇太子在中国历史上也是独一无二的，不仅当了37年皇太子，最终没有成为皇帝，而且被二立二废。
在二废太子后，清圣祖爱新觉罗·玄烨帝心神皆伤，万念俱灰。之后，一直到他去世之前，他再也没有公开立过皇太子。为了不勾起对不堪往事的回忆，他自己不谈，也不让大臣们再议论这一敏感的话题。一直到临死的当天，他才把皇四子立为皇太子，是为清世宗。
千秋功过
为政勤勉，严于律已；下令开海禁，大兴文字狱
为政勤勉，严于律已清圣祖爱新觉罗·玄烨皇帝一生勤于政务，“未明求衣，辨色视朝”，御门听政成为常朝制度。他每日清晨至乾清门听取各部院衙门官员分班启奏政事，与大学士等计议处理折本，也能倾听臣下意见，鼓励各官大胆直言。清圣祖爱新觉罗·玄烨亲理国政，遇到问题总是反复思考，务必要考虑周详之后才决定如何做。所以，在他中年以前，在国政方面并无大的失误。清圣祖爱新觉罗·玄烨也很注重实务，并较为崇尚节俭，他多次拒绝群臣疏请加上尊号。在宫中用度也俭约。
清圣祖爱新觉罗·玄烨十分注意恢复和发展生产，与民休养生息。清朝初年，由于长期战乱，社会生产凋敝。清世祖顺治年间奖励垦荒，但收效甚微，于是，下令停止清初圈地弊政来缓和阶级矛盾，发展社会生产。清圣祖爱新觉罗·玄烨执政期间，为招徕垦荒，修订顺治年间的垦荒定例，由原来最高限六年起科，改为“通计十年，方行起科”。还规定地方官能招徕垦荒者升迁，否则罢黜。实行“更名田”，将明藩王土地给与原种之人，改为民户，承为世业，使耕种藩田的农民成为自耕农。实行蠲免政策，以鼓励农业生产。蠲免的种类大体上有免征荒地田赋、灾荒蠲免、普免钱粮等。清圣祖爱新觉罗·玄烨在位期间，蠲免次数很多。清圣祖康熙二十四年（公元1685年）至清圣祖康熙二十六年（公元1687年），清圣祖爱新觉罗·玄烨先后将河南、直隶、湖北等九省田赋普免一年；清圣祖康熙五十年（公元1711年），又将全国各省钱粮分三年轮免一年。这在以往的历史朝代是非常罕见的。清圣祖康熙五十一年（公元1712年）二月，清圣祖爱新觉罗·玄烨又宣布“滋生人丁，永不加赋”，从而将全国人丁税固定下来，减轻了农民负担。经过几十年的努力，全国垦田面积由清世祖爱新觉罗·福临末年的五亿五千万亩到清圣祖爱新觉罗·玄烨末年超过了八亿亩，生产发展，阶级矛盾得以缓和，人口迅速增长，出现了所谓的“康乾盛世”。
黄河的治理在中国历史上一直是个大问题，清圣祖爱新觉罗·玄烨年间也不例外，仅清圣祖康熙元年（公元1662年）至（公元1677年），黄河大的决口达六十七次，因此，河南、苏北广大地区深受水患之苦。清圣祖爱新觉罗·玄烨十分重视对黄河的治理，将“三藩”、河务、漕运列为三大要务。清圣祖康熙二十三年（公元1684年）至清圣祖康熙四十六年（公元1707年），先后六次南巡视察河工，与河臣讨论治河方案。他任命靳辅为河督，识拔和重用水利技术专家陈潢协助治河，这两人勤劳任事，治河十余年大见成效。清圣祖爱新觉罗·玄烨皇帝自己究心于治河历数十年，“凡前代有关河务之书，无不披阅”，有时亲自进行试验。他多次视察经常泛滥的永定河，通过治理永定河取得经验。