清世宗雍正十二年（公元1734年），清世宗爱新觉罗·胤禛改组西路军营统帅部，命查郎阿署理宁远大将军印务，调汉军旗人、贵州巡抚张广泗为副将军；护军统领阿思海为前锋统领，管辖满洲兵；侍郎武格为扬威将军，统辖巴尔库尔满洲兵；副将军刘世明统领巴尔库尔绿旗兵；并命鄂尔泰督巡陕甘，经略军务。
此时，噶尔丹策零亲率大军由北路大举犯边，振武将军傅尔丹在乌孙珠勒迎战，大败而逃。准噶尔军越过杭爱山，长驱直入，先后攻占哲卜尊丹巴胡土克图、喀尔喀等地，抢掠了喀尔喀策凌的子女及牲畜。策凌为和硕亲王、额驸马，闻报之后割发誓天，决定反击。策凌亲率二万蒙古兵，半夜包围毫无准备的准噶尔军营，并会同顺承郡王锡保夹攻敌人，挥军斩杀敌人，敌人四处逃窜，被击杀万余人。噶尔丹策零率残部拼命逃跑，策凌紧追不放，并命人报知驻守拜达里克城的绥远将军马尔赛出兵截杀，谁料马尔赛竟不出战，擒获噶尔丹策零的机会就这样失去了。
战争胜利后，清世宗爱新觉罗·胤禛大赏策凌，赐号超勇亲王，授定边左副将军，屯兵科布多，经理军务。清世宗爱新觉罗·胤禛以贻误军机罪处斩马尔赛、李轶于军中，削傅尔丹公爵和官职，留军营效力，又以锡保调遣失宜，怯懦畏葸，罢靖边大将军，派平郡王福彭为定边大将军。
噶尔丹策零大败后，无力发动进攻，遂派人请和。清世宗爱新觉罗·胤禛深感财政耗竭过甚，再打下去恐怕也无济于事，于是决意议和。清世宗雍正十二年（公元1734年），派傅鼐、内阁学士阿克敦到准噶尔议和，并为喀尔喀蒙古与准噶尔蒙古划分游牧地，欲以阿尔泰山梁为分界线。策零要求以杭爱山为界，阿尔泰山为其牧地，后又派遣使者进京，改求以哲尔格西喇呼鲁苏为界。清世宗爱新觉罗·胤禛命策凌与他商议，策凌同意以此为界，但要求准噶尔人不得越过阿尔泰山。清世宗爱新觉罗·胤禛采纳策凌意见，噶尔丹策零又不满意，和谈相持不决。清世宗雍正十三年（公元1735年）上半年，鉴于双方形势有所缓和，清世宗爱新觉罗·胤禛下令两路撤兵，北路留蒙古兵、满洲兵，筑城于鄂尔昆河，屯田防秋；西路则用绿旗兵，驻哈密、巴里坤。到清高宗乾隆四年（公元1739年），双方几经反复，始达成协议，以阿尔泰山为界，准噶尔游牧不得过界东，喀尔喀游牧亦不得过界西，并答应双方互市，允许噶尔丹策零派人进藏煎茶，但限制其人马数量。
清世宗爱新觉罗·胤禛此次用兵虽屡屡失败，并且决策也有一定的失误，然而仍有一定的积极意义。首先是扼制了准噶尔的发展壮大，使其不能干预喀尔喀、青海和硕特和西藏的事务；其次，震慑了噶尔丹策零，策零出兵喀尔喀，虽然胜利了，但最终退去，终不敢留在这里，最后还得以阿尔泰山为界；第三，清世宗爱新觉罗·胤禛在喀尔喀西北部设乌里雅苏台定边左副将军，辖治阿尔泰山东边的科布多、唐努乌梁海等地，营造了科布多城，使喀尔喀人更加依赖于清朝政府，如清世宗雍正十一年（公元1733年），车臣汗垂札卜请求给予俸禄，清世宗爱新觉罗·胤禛欣然接受；第四，为清高宗乾隆时期最终解决准噶尔问题奠定了基础。
清朝后期著名思想家魏源讲到清朝经营西北、西藏问题时说，“圣祖垦之，世宗耨之，高宗获之”，道出了三代的各自贡献，相当中肯。总之，清世宗爱新觉罗·胤禛对西北边疆的经营有其成效，是值得肯定的。
剿抚西南叛乱清世宗爱新觉罗·胤禛是一位名副其实的大改革家，从登上帝位的那一天起，他的所有作为都是在整纲饬纪。在清世宗爱新觉罗·胤禛执政期间，强横的土司是西南边陲稳定的最大隐患，废除造成西南人民处于水深火热的土司制度成了执政的当务之急。对此，雍正进行了大手笔的改革，对横行西南的少数民族中的利益集团土司土舍予以沉重打击，推行“改土归流”政策，克服了西南地区自元、明以来因推行土司制带来的政令不一的弊病。历史上，只是在清世宗爱新觉罗·胤禛手中，改土归流才是有目的、有计划的大规模的改革，他的改革决心、改革力度由此可见一斑。
云南、贵州、广西以及同它们临近的湖南、湖北、四川等地都居住着许多的少数民族，仅就贵州苗族而言，就有红苗、黑苗、青苗、白苗、花苗之多，它们的服饰腰带不同，生活习俗各异，各据一方，各自为政。这些地区经济上非常落后，与中央政府的关系也很疏远。长期以来，中央政府对它们的管理实行的是土司制度。土司制度是元、明、清封建王朝在部分少数民族地区授予各族首领世袭官职，以统治原有地区和人民的一种政治制度。土司管辖该地人民，他们的承继行世袭法，然需中央政府批准；土司在内部自行征纳赋役，仅向中央进贡少许银物；土司自定成文的或不成文的法令，对属民生杀予夺，中央政府概不过问，在这里实现的是土司的意志，而不是中央的政策。还有一些少数民族，连中央政府承认的土司也没有，只受该族头人的统治（即土舍制），但它们往往受邻近的土司控制。
西南少数民族地区的土司制度渊源很早。远在汉武帝时，当时汉朝在西南少数民族地区设置了郡县，但限于各少数民族内部的具体情况，委派前往的汉族太守、县令对各少数民族无法进行直接的统治。于是汉朝政府就不能不对这些地区中原来的少数民族首领加以利用。汉代曾先后封了滇王、夜郎王、哀牢王、邛毂王、句町侯等，使其仍按原来自己民族内部的方式，管理自己原来管理的地方和人民，隶属于汉王朝。这些接受汉王朝封号的少数民族首领，就成了汉王朝在西南地区的“土官土吏”。所以，土司制度实质上也就是羁縻（“羁縻”是我国古代历代中央王朝对周边民族所采取的传统民族政策的重要组成部分，是指统治者对少数民族实行间接管辖的一种政策，即只要首领称藩，不改变其原有的制度及统治者的权威）之治，这自两汉至明代的文献记录中，也都无不称利用“土官土吏”对西南各少数民族进行统治为“羁縻”，这种政策被称为“羁縻政策”。自汉以后，很多朝代都沿用这一政策。南北朝时全国趋于分裂，西南地区也不例外，在部分少数民族地区，有左郡左县、僚郡俚郡等。唐、宋时期，南诏和大理国的统治者在云南及其附近地区进行相对割据，但有“羁縻”州县和土州土县以及峒等设置，多任当地的少数民族首领为土官土吏，只是没有统一西南加以全面推广而成为完备的土司制度而已。元朝统一西南后，终于给土司制度在西南少数民族地区的全面推行创造了条件。当时，由于元统治者需要通过土司统治西南少数民族地区，因而给予土司很多特权。土司实行世袭制，自行征纳赋税，对属民有生杀予夺之权。因而，土司在相当程度上是一批割据者。在这些统治地区，往往只有形式上的中原王朝，而实质体现的却是土司的意志，具有十分强烈的奴隶制色彩。土司们权力本来就很大，由于天高皇帝远，他们更可以恣意横行，对土民任意使役，任意杀戮。不仅如此，土司之间还经常发生征战，起因也往往只是为了争夺土地、属民或者牲畜。在这些半开化地区，朝廷驻兵很少，有时也只能任他们自相残杀。
明代在元代土司制度初具规模的基础上，已形成为完整的土司制度。在西南各少数民族首领归附的前提下，明朝先后就少数民族首领原来所辖的地区建政，他们的子孙一般也不调离其辖地，并授予他们各种官职，给以符印。他们通常都世袭职位。让原来的土司继续统治原有的辖区和属民，不改变这些地区的政治、经济及一切文化习俗。但也规定他们应遵守明朝为管理他们而制订的法规条例，如他们承袭九品官阶以上的必须由行省勘合，然后要亲自进京朝贡，最后必须得到朝廷的批准，朝廷有权力直接或通过行省对他们进行考核、升降、迁调和罢免；他们必须按规定定期或不定期向行省或朝廷承担各种经济义务，其武装力量也须听从朝廷的调动，若有犯法或彼此之间发生争执，也须听从朝廷的判决或仲裁。
土司、土舍都是割据者，只是实力大小有所不同，而中央要加强对他们辖区的统治，这就形成了土司、土舍与中央之间不可调和的矛盾。在明朝时，土司还发动过对中央的战争，清朝虽无这种事，但是土司、土舍到邻近州县抢劫、屠杀汉民的事却屡有发生，于是出现了双重矛盾：一是土司属民与汉民对立，土司属民往往成群结伙骚扰汉民，有的在夜间乘人不备，焚屋屠戮；二则他们又害怕汉民，一离开村寨，就怕被汉人追杀。土民、汉民问题从根本上说还是土司制度造成的。到清世宗爱新觉罗·胤禛统治时期，由于弊端的积累，暴露得就更清楚了。
土司、土舍和头人对属民任情役使，赋税是一年四小派，三年一大派，小派计钱，大派计两。他们掠夺的比向中央上贡的要多很多倍。如云南镇沅土知府刀瀚，于清世宗雍正初年起每年向朝廷进贡银三十六两、米一百石，而向土民征收的银子高达二千三百四十八两、米一千二百一十二石，强征的比上贡的多几十倍。
再者，土司恣意虐杀属民，对犯其法而被杀害者的家属，要征二十四两、六十两不等的银子，还名之曰“垫刀银”，实乃凶恶至极、惨无人道。属民们对土司无官民之礼，而有万世奴仆之势，子女财帛总非本人自有，他们的一切包括生命都是土司的。还有，土司之间的战争，常年不断，世代为仇。如广西隆州古隆地方土司王尚氏等，与贵州普安州地方的土司阿九等争夺歪染、乌舍、坝犁、鲁磉等寨，常年刀光剑影。清世宗雍正二年（公元1724年）时上告官府，因事涉两省，地方官互相推诿，到清世宗雍正四年（公元1726年）还没有得到审理解决。湖南永顺地方的诸土舍，也是如此相互仇杀，经年不断。
这些情况自然严重地妨害了国家的统一，造成政府与土司分立的局面，土司所属之地成为国中之国；而且，由于土司制的奴隶性质，严重影响和制约了社会的进步，使这些地区长期得不到足够的开发，始终是蛮夷烟瘴之地；同时，土司制不但危害本地的安定，也破坏汉民和少数民族的交流与合作，使它们彼此仇视，是民族矛盾的制造者之一，对民族大融合造成了极为不利的影响。
明朝以降，中央政府就决定取消土司世袭制，并在条件成熟的地区，设置府厅州县等地方政权，派遣一定时间进行调换的流官前往治理，这就是改土归流。这种办法，明朝和清初只是偶或实行，大部分少数民族地区仍然保留着土司制度。随着清朝对边远地区政治、经济统治的加强，中央政府再也不允许在自己的版图内存在许多不听号令、不服管束的独立王国，各族人民也愈加要求挣脱落后、残酷的土司制的压迫。清世宗爱新觉罗·胤禛在帝位坐稳之后，将目光放在了对“土司制度”的改革上，并开始了紧锣密鼓的筹划。对土司制度造成的这些危害，清初诸帝都了然于胸，他们深知改土归流的必要性。之所以迟迟不对土司制度大肆开刀，不仅在于土司制已经存在了一千多年，而且土司们的势力也十分强大。他们富埒王侯，奴隶成群，拥有士兵。无论是经济实力还是军事实力，都不可小觑。因此要革除土司制，必须具备两个现实条件：一是土司制引起本族人和汉人的公愤，自觉反抗，方可借机削弱；二是朝廷力量足够强大，使土司不敢作乱，即使作乱也可一举荡平。清世宗爱新觉罗·胤禛即位不久，幕客兰鼎先就曾建议削夺土司：依据土司犯罪轻重，削减他的村落里数，若罪行严重，则夺其位，将地方归流官治理。不便改土归流之处，可将大土司除去，将领地分散于诸子弟，众建土司，以弱其势。面对这一提议，一开始时清世宗爱新觉罗·胤禛认为条件尚未具备、时机尚未成熟，因而不敢贸然行事。
清世宗正二年（公元1724年）5月，雍正谕示四川、陕西、湖南、广东、广西、云南、贵州等省督抚：“朕闻各处土司，鲜知法纪，所属土民，每年科派，较之有司征收正供，不啻倍蓰，甚至取其牛马，夺其子女，生杀任情，土民受其鱼肉，敢怒而不敢言。莫非朕之赤子，天下共享乐利，而土民独使向隅？朕心深为不忍。”在这里，清世宗爱新觉罗·胤禛还只是提出问题，尚没有提出解决的方案，仅要求封疆大吏对土司加强管辖。而在事实上，加强管辖并没什么用，土司有兵有钱，他们并不怕朝廷大官，表面上以礼相待，暗地里该怎么干还怎么干。官员们明明知道这些，却往往束手无策，除非挑起兵端，但若挑起兵端，那就不是一家土司的事了，而是向所有土司发起挑战，这个问题谁都不能不予以考虑。
这种社会现实几乎成了历代封建皇帝们的心病，清世宗爱新觉罗·胤禛对此也一样是耿耿于怀。他明白，惟一的解决办法，只能是沿用明朝的“改土归流”制度。但是明朝的“改土归流”并不彻底，早在明朝洪武年间，明太祖朱元璋就曾经在云贵地区实行改土归流政策。当时著名的“奢香案”就是在改土归流的背景下发生的：有个流官欲一举清除土司制度，向少数民族挑衅，将当地土司之妻奢香剥衣鞭打，结果土民入京上告，朱元璋将那官员杀了。明朝的改土归流在明太祖洪武和明成祖永乐年间，实行得较成功，但碰到的阻力也不少。由于朝廷在某些方面不得不向土司妥协，尤其是需要通过土司统治少数民族人民，因而一直到清初，土司制度仍顽固存在，使得中央政府对少数民族区域政令不灵，难以实行有效管治。
鉴于此，尽管有很多封疆大吏奏请改土归流，清世宗爱新觉罗·胤禛起初仍不想轻举妄动，而以“柔远之道，安边为要，万万不可贪利图功，轻启衅端”以及“开疆拓土，好大喜功之念，丝毫不可存于胸中”为由，一一驳回。直到清世宗雍正三年（公元1725年），清世宗爱新觉罗·胤禛的统治地位渐趋稳固，朝廷官员的凝聚力也已经加强，清世宗爱新觉罗·胤禛便开始考虑改土归流问题了，而此时贵州刚好发生了长寨事件。这年，云贵总督高其倬在贵州贵阳府广顺州长寨地方仲家族村寨建立营房，遭到土司武力反对。高其倬卸任回京，向清世宗爱新觉罗·胤禛面呈土司问题的严重性。这时，鄂尔泰正好出任云南巡抚，到任就遇上这件棘手的事情。鄂尔泰看到事态严重，认为必须用兵，“穷究到底，杀一儆百，使不敢再犯”。于是，鄂尔泰上奏折，提出推行改土归流的建议。奏折要点是：
第一，阐明实行改土归流政策的必要性。土司相杀相劫，“汉民被其摧残，夷人受其荼毒，此边疆大害，必当解决者。”办法就是尽快实行改土归流，“将富强横暴者渐次禽拿，怯懦昏庸者渐次改置”。否则，不过是“临事治标”，不能从根本上解决问题。