晚清幕府是在清王朝陷入困境、经世思潮复兴的历史背景下产生的一种新的幕府形态，具有经世的愿望和意识，在面对困局时总是能够因时而变，致力于发现问题和解决问题，与明清幕府处理常规的、一成不变的琐碎行政事务不同。它发端于嘉道年间，确立于太平天国时期，随着中国近代社会的演进，晚清幕府也不断发展变化，并在此过程中一方面逐渐完善其制度特征，另一方面又深刻影响着晚清政局以及近代中国社会的变迁。
一、社会背景
晚清幕府是从明清幕府萌蘖而出的一种新的幕府形态，它的出现是当时社会历史环境的产物，也就是说是由清王朝的衰落及随之而来的内忧外患所造成的。当时的嘉庆、道光两朝皇帝均是守成之主，缺乏开拓创新能力和意识，无力解决这些时弊和时病。
外患就是来自西方的侵略。自15世纪下半叶开始，随着经济的发展，西欧掀起了一股寻求新航路的热潮。新航路的开辟，一方面加强了西欧与世界各地区、各民族间的联系，另一方面也方便了其疯狂的殖民扩张活动。自16世纪起，葡萄牙、西班牙、荷兰、英国等殖民国家接踵而来，先后占据了中国周边的国家和地区，并开始在中国沿海通商。
二、应时而生
清代已有明清幕府形态之存在，晚清幕府能够取代明清幕府成为一种新的制度安排，是多种原因促成的。首先，明清幕府积弊丛生，幕府人员声名狼藉，败坏政治风气，使得幕府制度亟须变革，晚清幕府遂应运而生。
其次，由于晚清官场的腐败，清政府无法应对频频发生的内忧外患，这也为晚清幕府的异军突起提供了契机。
第三，地方大员的求才、用才、养才为晚清幕府的兴盛创造了条件。这些新式人才后来也有不少走进地方大员幕府。
第四，督抚权力的扩张，促使晚清幕府不断完善。清代为防止重蹈历史覆辙，出现地方割据的后果，对地方大员严加防范。
三、嬗变历程
晚清幕府是在清王朝陷入内外交困的窘境过程中应运而生的，它一方面应对所面临的变局，影响晚清社会；另一方面又随着晚清社会的激变，经历了一个从发端、确立、完善到转制的嬗变历程。
嘉道时期的部分督抚大员幕府已有别于当时流行的明清幕府，它们与时俱进，厉行改革，兴利除弊，其品格、职能与专为幕主处理刑名、钱谷等琐碎事务的明清幕府完全不同，而与太平天国以后各督抚幕府的大有兴作一脉相承。因而它们的出现标志着明清时期另一种幕府形态即晚清幕府的滥觞，是为晚清幕府发端期。
同治末年至光绪末年是晚清幕府的完善期。这时期，内乱虽然扑灭，但外患却正在逼来。英法联军攻陷北京给中国士人所造成的创深痛巨尚未平息，公使驻京、长江通商、内地游历的写入条约，又使西方人真正地来到了中国人的面前。在这种沉重的逼迫下，以自强回应西人遂成为当时中国士大夫的群体意识和自觉意识。
由于督抚事权的扩张，光绪初年以后，晚清幕府制度日益健全完备，不仅可以广纳包括朝廷职官在内的各种有用和可用的人才，而且还可以设立幕府机构来开拓饷源，位置幕僚，甚至还能够让他们叙功得保举。由此使从明清幕府制度中分化出来的晚清幕府制度，完全脱离其母体，而与传统幕府制度具有惊人的相似之处。
光绪末年至宣统年间是晚清幕府的转制期。这一时期，崛起光绪中叶的袁世凯幕府成为当时最具晚清幕府制度特征的幕府。由于袁世凯热衷权势，包揽专断，所以他将晚清幕府制度的特性发挥到极致，使其幕府机构衙门化、幕僚职官化，成为其张狂跋扈、扩展势力的工具，而有“霸府”之称。
至清末新政时，关于晚清幕府的转制问题被提上了议事日程。1906年，清廷宣布改革政治体制，准备仿行君主立宪制度。然而，由于政局动荡，几个月后，袁世凯幕府就促成了清王朝的覆亡。清廷转制不成，反遭其害，真是咎由自取。