4月30日，山东省主席沈鸿烈指使山东泰安专员秦启荣部在山东博山泰和地区袭击八路军山东纵队第三支队，惨杀指战员400余人，制造了博山惨案。6月11日，河北省保安司令、民军总指挥张荫梧率部袭击冀中深县八路军后方机关，惨杀400余人，造成深县惨案。6月12日，驻湘鄂边杨森第二十七集团军总司令部派特务营包围新四军驻平江通讯处，将参谋涂正坤及通讯秘书吴贤众杀害，夜半又将八路军少校副官罗梓铭等6人活埋，造成平江惨案。9月25日，鄂东游击总指挥程汝怀调第一七二师围攻新四军独立游击第五大队后方机关，惨杀干部、战士五六百人，制造鄂东惨案。11月11日，河南确山县县长许公超采取突袭方式，率部围攻竹沟镇新四军第八团留守处，惨杀未及撤退的新四军伤病员、家属及当地民众200余人，并将留守处财物抢劫一空。从1939年底至1940年春，国民党顽固派掀起了抗战时期的第一次反共高潮。
在国民党第一次反共高潮中，陕甘宁边区、山西地区、冀南豫北地区是国民党军队重点进攻的地区。在陕甘宁边区，1939年5月，国民党在边区周围修筑了五道封锁线，西起宁夏，南沿泾水，东至黄河，绵延千里。其中，宁夏和陕甘边境，由宁夏的马鸿逵、马鸿宾部队负责；绥南、陕北及晋西北边境地区，由邓宝珊、高双成、马占山等部负责；胡宗南部主力在黄河西岸，经陕西的秋林镇、宜川、洛川、宜君、同官（今铜川县）、耀县、口头镇、淳化、旬邑，接甘肃的宁县、西峰镇、镇原，入宁夏境，经固原、黑城镇至同心城，北面与宁夏的马家军部队衔接，构成一条长达700余华里的封锁线。在封锁线上，碉与碉之间相接，母碉与子碉进行纵深配备，并通过铁丝网、鹿砦向外延伸。除进行军事封锁外，胡宗南还配合地方行政系统，对边区实行政治上的封锁与破坏。1939年12月，胡宗南部袭占了陕甘宁边区的淳化、旬邑、正宁、宁县、镇原五座县城。国民党对陕甘宁边区的军事及经济封锁，给边区军民造成了空前的困难。
在山西，阎锡山以执行冬季攻势为名，于1939年12月1日令山西青年抗敌决死队第二纵队向同蒲路灵石、霍县境内破袭。当二纵准备执行破击命令时，阎锡山事先部署的部队在日军配合下，图谋夹击消灭第二纵队。第二纵队识破阎锡山的阴谋，断然拒绝执行命令。阎锡山即诬决死二纵队叛变，下令以重兵"围剿"。12月3日，阎锡山部队向隰县、孝义地区决死二纵及八路军晋西独立支队发动大规模进攻。12月7日，决死二纵队奋起自卫，双方发生激战，晋西事变爆发。阎锡山军队先后杀害隰县、蒲县、石楼、永和、洪洞等抗日县政府和牺盟会干部及晋西支队后方医院伤病员千余人。与此同时，阎锡山还命令部队进攻晋西北抗日决死队第四纵队和八路军彭绍辉八旅；又勾结日伪军夹攻上党地区抗日决死队第一、第三纵队和附近的八路军；在阳城、晋城、沁水、高平、长治、陵川等地摧残抗日民主政权和救亡团体，屠杀共产党人和人民群众。
在晋南豫北地区，1939年底，石友三第三十九集团军所部向冀南地区进攻；1940年春，第九十七军等部进攻八路军总部所在地太行区。
面对国民党顽固派发动的反共军事摩擦，中国共产党进行了有理、有利、有节的斗争。早在1939年2月10日，中共中央向全党发出《关于河北等地摩擦问题的指示》，明确提出对国民党的无理进攻，必须反击，决不能轻言让步。6月7日，中共中央在《关于反对投降危险的指示》中，要求全党准备自己、准备群众、准备舆论，给一切投降阴谋和叛变行为以坚决的斗争。6月10日，毛泽东发表《反对投降活动》一文，指出，必须用一切努力反对投降和分裂。7月7日，中共中央在《为抗战两周年对时局宣言》中，提出"坚持抗战，反对投降；坚持团结，反对分裂；坚持进步，反对倒退"三大政治口号，动员全党和全国人民为克服国民党的投降反共逆流，。争取时局好转而斗争。9月16日，毛泽东在和中央社、《扫荡报》、《新民报》三记者谈话中，痛斥了国民党顽固派反共活动的罪行，宣布"人不犯我，我不犯人；人若犯我，我必犯人"的自卫原则。12月23日，中共中央发出《对时局指示》，要求八路军、新四军准备对付局部突然事变；在华北、西北、中原一带，凡遇军事进攻，在有理有利条件下坚决反抗之，极大发挥自己的顽强性，绝不轻易退让。25日，朱德、彭德怀等通电全国，历数国民党制造的一个又一个反共摩擦事件，反对枪口对内进攻边区。
面对国民党的军事进攻，抗日根据地军民在中共中央领导下，奋起反击。陕甘宁边区军民克服国民党军封锁的重重困难，继续坚持抗战；八路军部队严厉打击进犯的国民党军，驱逐了绥德等5个县的国民党官吏，使陕甘宁边区和晋西北根据地连成一片。晋西北的八路军于1940年1月发起反攻，2月全部肃清该地区进犯的国民党军。晋东南新军除决死三纵队被反动军官拉走外，其余编入八路军第一二九师和第一二。师。太南和太岳区八路军恢复了失去的部分地方。晋察冀部队消灭了进犯阎北的阎锡山部队一个师，将另一个师赶出该地区。在冀南豫北，八路军第一二九师于1940年2月发起反击战，消灭石友三军一部，将另一部逐出冀南。3月5日至8日，八路军第一二九师主力及晋察冀军区一部发起磁武涉林战役，歼朱怀冰等部1万余人。山东根据地军民在鲁西和鲁中进行反击战，歼灭石友三、沈鸿烈、秦启荣军各一部。至此，国民党发动的第一次反共高潮被彻底打退。
在有力地打击国民党顽固派的军事进攻后，中国共产党以抗战大局为重，主动停止战斗，释放俘虏，并派代表先后同第二、第一战区司令长官阎锡山、卫立煌进行谈判，达成了划定驻区、分区抗战的协议：以临（汾）屯（留）公路和长治、平顺、磁县为界，以南为国民党军驻区，以北为八路军驻区；以汾河为晋东南和晋西南分界线，以汾阳经离石至军渡公路为晋西北与晋西南分界线，晋西南为阎锡山军活动地区，晋东南、晋西北为八路军与新军活动地区。
八路军反"扫荡"作战抗日战争进入相持阶段以后，日军决定在华北进行大规模"扫荡"作战，以维持华北治安，确保主要交通线。为此，日军抽调重兵，扩充汉奸武装团体，并在1939年1月至1940年3月，连续发动三次"治安肃正"作战，以达到彻底消灭敌后抗日根据地的目的。敌后抗日根据地军民，在党的领导下，展开了大规模的反"扫荡"作战。
在晋察冀边区，1938年11月至1939年1月，日军集中2万余兵力，从平汉、津浦线分兵多路，两次围攻冀中地区，占领大部分县城。1939年1月下旬，贺龙、关向应率八路军第一二○师主力驰援冀中，并组成以贺龙为书记的冀中军政委员会和以贺龙为总指挥、关向应为政委的冀中总指挥部，统一领导反"扫荡"作战。4月23日至25日，第一二。师主力和三纵队一部共7个团兵力，由贺龙指挥，在河间县齐会村举行齐会伏击战，歼敌700余人，首次取得平原歼灭战的胜利。第-一二○师在冀中区前后8个月，共进行大小战斗116次，歼敌4900余人，部队由6300余人扩至1.9万余人。9月27至29日，由冀中转移到北岳区的第一二○师主力，在灵寿县陈庄设伏，歼敌1200余人，取得陈庄大捷。陈庄惨败后，日军于1939年10月纠集精兵2万余人对北岳区发动大规模"扫荡"。11月7日，八路军在涞源附近黄土岭设伏，歼日军900余人，号称"名将之花"的日军独立混成第二旅团旅团长阿部规秀毙命，这是日本在侵华战争以来阵亡的最高将领。自10月至12月，八路军作战108次，歼敌3600余人，彻底击败了日军的这次"扫荡"。在冀察热地区，1939年1月成立了冀察热挺进军，统一指挥平西、冀东、平北地区武装斗争。从2月至6月，粉碎日军三次"扫荡"，歼日伪军2000余人，保卫和扩大了平西抗日根据地。到1940年，晋察冀边区已发展到正太、石德路以北，张家口以南，山海关以西，同蒲路以东广大地区，划分为北岳、冀中、平西、平北、冀东5个行政区。
在晋冀鲁豫边区，1939年1月，日军3万余人分11路对冀南进行大"扫荡"，占领了所有县城。2月，八路军第一二九师陈赓旅在威县香城固地区设伏，歼敌200余人。从1月至3月，八路军在冀南地区进行大小战斗100余次，歼日伪军3000余人，粉碎了日军的大"扫荡"。7月初，日军5万余人对晋冀豫中心区大举进犯。八路军第一二九师部队进行了西云簇和石匣村等战斗，到8月下旬，歼日伪军2000余人。12月，八路军发动邯长战役，歼日伪军700余人，攻克敌伪据点20多处，使太南、太北连成一片。1940年4月成立冀鲁豫军区。为打破日伪军对根据地的分割、封锁，八路军发动了白晋、武（安）沙（河）等战斗，对平汉、石德、白晋铁路和敌人所占公路进行破击战，打击了敌人的"囚笼政策"。1940年6月，成立冀鲁豫行政公署；8月1日，成立冀南、太岳、太行行政联合办事处，以杨秀峰为主任。到1940年底，边区已发展到西起同蒲路，东至津浦路，南临黄河，北抵石太、石德路的广大地区，总人口达2000余万人，人民武装达10万人。1941年7月，原山东的鲁西区与冀鲁豫区合并划人，正式成立晋冀鲁豫边区。
在晋绥边区，八路军第一二○师主力开赴冀中后，日军乘机于1939年3月对晋西北地区发动"扫荡"，八路军留守部队与晋绥人民武装英勇作战，粉碎了日军的"扫荡"。大青山地区留守部队组成大青山支队，后又改建成大青山骑兵支队，粉碎了日军的多次围攻。由于日军占领偏关、五寨等城镇，阎锡山又制造了晋西北事变，晋西北地区形势日趋严重。1940年初，第一二○师主力回到晋西北，肃清了玩军和旧政权，成立了晋西北军政委员会，由贺龙任书记，关向应任副书记，统一领导边区党政军工作。1940年6月，日军2万余人对晋西北发动夏季大"扫荡"，八路军进行了近一个月的战斗，共作战250余次，歼日伪军4400余人，粉碎了敌人的"扫荡"。1940年11月，晋西北军区成立，领导北起大青山，南至汾离公路，东至同蒲路，西到黄河广大地区的游击战争。
在山东区，为巩固和发展山东抗日根据地，1939年3月，八路军第一一五师政委罗荣桓率该师主力到达鲁西地区，首战告捷，拔除了郓城西北日伪重要据点樊坎。4月下旬，日军集中17个县的守备兵力6000余人，分7路包围八路军泰肥山区驻地陆房。八路军在极为不利的形势下，与敌激战，歼敌1300余人，于5月11日夜分散突围。8月，八路军在梁山地区设伏，歼日军一个大队。1940年1至5月，八路军作战30余次，歼日伪军2200余人，巩固了鲁西抗日根据地，开辟了鲁南抗日根据地。到1940年底，山东已有70多个县建立了抗日政权，并成立了山东战时行动委员会，作为山东区最高行政机关。全区有渤海、胶东、鲁中、鲁南、滨海5块抗日根据地。八路军总兵力也达12万人。
八路军在华北地区的反"扫荡"作战，沉重打击了日伪军，巩固和发展了抗日根据地，壮大了人民武装，为坚持抗战并争取最后胜利做出了卓越的贡献。