现在，欧文的心思切实脱离了灵里压抑的重担，很快恢复了活力；1642年3月，他出版了第一部作品《揭露阿民念主义》（The Display of Arminianism）。很可能是在菲利普·多玛爵士和拉芙蕾丝勋爵家时，他就一直默默地为这部作品耕耘着；更有可能他内心的压抑跟他错误理解了一些问题有关——阿民念派的争议涉及的就是这些问题——因此他更为彻底地考察了这些问题。看看当时教会政策长久以来意在培育的教义感情，再加上这种政策本身，就可以明白这部作品是在怎样重要的时机面世的。劳德一党对阿民念主义的教条充满热情，就同对天主教仪式和祭服以及被动顺服的热情一样，这些教理受到皇家青睐，因其提倡迷信仪式、维护专制统治。阿民念主义由此获得唯我独尊的地位，成了时髦的信条。一股教义浪潮涌入教会，教会正在迅速改变其事工的角色，离开安全的港湾，而正是教会的信纲和改教家使教会停泊于此。
欧文在序言中准确地描述了劳德的政策：“假如哪个可怜的清教徒违反教规之处达到其（劳德的政策）违背信纲之处的一半，就算没有丢掉性命，也定会丢了饭碗。”他在另一段中如此解释阿民念主义在英格兰的发展：“我认为主要原因就是恩尼亚·席维欧对于为何教皇高于议会而非议会高于教皇做出的解释——因为教皇授予大主教和主教权柄，等等，但议会诉诸‘较差的形式’，因此很难有支持者为他们的事业说话。近来，我们教会的管理权落入染上了这种毒药之人的手里，阿民念主义回来了，其强劲的论调大受青睐与赞扬，很快就把可怜的赤裸裸的真理挤进角落了。”
欧文的《揭露》一书竖起了反对流行观点的屏障。每一章都就讨论的问题给出阿民念派的教义，以及欧文的回应；而且每一章的末尾都用某些阿民念主义者自己的话来简要说明阿民念派的教义，在与之并列的一栏则贴出经文来反驳。无疑，有些对当时阿民念主义的指控其实属于伯拉纠派的谬误，今日虔诚的阿民念主义者也会毫不犹豫地驳斥。也不可否认，该书的某些部分并未脱离源于许多神学争议的错误。就个人的责任而言，人不仅是要为自己承认的观点负责，也要为由此得到的一切后果负责。但不管怎样，这本书内容的丰富定会令当时温文儒雅的神学家跌倒——这本书浑身上下披挂满了加尔文主义的军装。尽管比起欧文后来的大部分作品，这本书学究气更浓，却表现了清教徒特有的精神，尤其是欧文自己身上的。正是这种精神令清教徒如此虔诚，将一切事都与神联系起来，面对神的主权心存谦卑敬畏。
欧文将这本书题献给“宗教委员会的大人和绅士们”，他们要求议会下院负责规范图书出版印刷的委员会将这本书印出。此书的出版在另一层面也挺有趣——带给他第一份牧职。由于委员会清除教会的丑闻牧师，埃塞克斯的佛罕的牧师丢了饭碗，委员会邀请欧文赴该教区任职。他搬到福德汉姆不久，便同卢克女士结婚。关于这段姻缘，以前的传记留给我们的几乎全部信息仅仅是——妻子给他生了十一个孩子，除了一个女儿，其他都年幼夭折。这唯一的女儿嫁给一位威尔士的绅士；但这婚姻并不幸福，她“回到娘家亲人身边”，之后不久死于肺病。
欧文早期的牧师生涯似乎是他一生最为幸福的时期。佛罕是一个平静的村庄，位于肥沃美丽的斯道尔峡谷，它将萨福克郡与埃塞克斯郡分开。今日该地居民约有七百人，但在欧文那个时代不可能达到这个数目。在这个避难所，周围乡村人口并不太稠密[7]，欧文可以平安地履行乡村教区牧师的职责，不会烦心地担负令人分心的公共责任，他曾不情愿地承担这些责任，似乎也常常满意地放弃。由于他的前任忽略了教区的属灵的利益，他为自己制定了认真的措施，要撬开这片休眠的沃土，要传讲那些他脑海里仍像起初的爱那样新鲜的真理。这位善良的清教徒挨家挨户走访，进行教理问答，这赢得了教区教民的爱戴，同时他也弄清楚了他们的基督教知识水平。他坚实的讲道很快将教区居民聚拢在一起，甚至吸引了大量毗邻教区的人来听他有分量的布道。跟巴克斯特在基德敏斯特一样，人们看到了广泛、持续的改变，很快为他喝彩。只有热切传讲“钉十字架的基督”之外，这种改变才可能出现。
这个时期欧文笔下的作品尽显他的思想意识和他传福音的热情活力。第一篇文章叫作《牧师与会众职责的区别》，出版于1643年，目的在于“说明为了提高自己和他人的属灵知识，神的会众应使用的方法与教牧同工是不一样的”，同时表明“尽管神的子民并未失去基督徒的自由，但圣职仍然保有古老的尊贵”。这篇文章表明，有些神职人员想要像教会会友的代理人一样，在各样事上都颁布禁令，但欧文摒弃这种看法；有人想在教会内部实行散漫的民主制度，他们让“所有主的子民都成先知”的模式是要消灭固定牧职难以估量的益处，而欧文在这篇文章里专门批评了这种狂热分子。这是欧文的短论文中最早的也是最有用的，尤为出色的是巧妙地协调了权威与自由。下面这句话更体现了他不言自明的卓识：“真理向任何人揭示出来，都会不可动摇地令良心信服，因此应该将真理晓之于民！”而这句话里又有多少睿智的责备：“公开轻视忠信劳苦的牧师的人，不要自欺欺人地幻想私下里能得到祝福！不管他们怎么假装，其实对神命定的一切条例并没有平等的尊重。”如果博内特的《牧者的关怀》和巴克斯特的《改革宗牧师》可称为当时牧师的指南和智囊，那么欧文这篇文章可以作为信众手册与之并列[8]。
这位繁忙的牧者出版的下一本书叫作“基督显明的教义原则——两条要理问答”，第一篇针对少年人，第二篇针对成年人，可以帮助父母用于家庭指导。欧文很快就要参与当时那些巨大的神学议论，预备“婴孩吃的奶”。当我们定睛在这位坚定的清教徒身上时，不禁想起了约翰逊赞赏以撒·华滋的话：“为各年龄段的人——从口齿不清地牙牙学语者，到研读马纳勃郎西和洛克作品的博学之士——提供指导。”
多年辛苦而朴实的牧师职责为欧文赢得了良好的声誉。1646年4月29日，他受命在当月的禁食日为议会讲道。这篇讲道基于使徒行传16:9——“在夜间有异象现于保罗：有一个马其顿人站着求他说，请你到马其顿来帮助我们。”讲稿是按照流行的文风写的，并不是欧文通常的风格。芬纳先生和腓利·温特沃思爵士代表议会向欧文表达了谢意，讲稿也受命付印了。为了让国内缺乏信仰教导的地区——尤其是家乡威尔士——获得帮助，这位佛罕的牧师从头到尾贯彻着福音的热情：“主从天上降下吗哪时，人人平等，都有份。我不愿意看到现在这种人手所造成的巨大的不平等，有些人什么都有，有些则一无所有；有些羊天天可以在各个牧场享受上好的花朵，其他羊则在贫瘠的山岭上晃荡，既没有牧人也没有食物。”在向长期议会讲道时，他用的耀眼的词句，比如“整个世界都理所当然应当庆祝，本岛所有居民都应该永远纪念”，引来一些人的非难。但当时还有哪个人的意见得到后来的历史更公正的证明呢？有哪一届英格兰议会名单上面罗列着这样一群爱国者，有这样一群宪法卫士捍卫着人民的豁免权？就是休谟不情不愿的让步中也说他们的行为除了一件事以外，都“令他们应当受所有热爱自由的人颂赞”。
此后不久，欧文在佛罕的牧职就结束了。欧文的前任，那位“被停职的教区牧师”，已经去世，而他占据的职位正是此人的，因此他享有的俸禄权又回到保护人手中，并转授他人了。这件事却给他带来一个更为广阔的天地。距佛罕约五英里远、埃塞克斯郡的一个重要的商业城镇科吉歇尔的人一听说欧文被解职，就急忙邀请他来做牧师；该镇保护人沃维克伯爵也立即批准了邀请函。与佛罕不同，这一职位此前已经陆续有忠信的牧师殷勤做工，因此他的工作更多的是建造，而非立根基。他很快就聚拢了近两千会众，他们在信仰上的坚持及其基督教知识水平令欧文喜悦，后来发生的一系列事件中，他们也有了充足的机会证明他们对欧文强烈的感情。
职位变化的同时，欧文对教会治理的看法也发生了很大转变。他从科吉歇尔离任时，正值他摒弃长老制之际，他在那里的教会据说更接近独立教会或公理会的模式。
然而，欧文保留了治理教会的长老以及长老会议的原则——从下文会涉及的他后来的一些作品中可见一斑——表明他秉持的公理会原则在一定程度上有所改动，现在看来属于一种温和的长老制，虽然并不能吹嘘说跟他的观念完全一致，但至少表明他与公理会之间的鸿沟并非不可逾越。但是总体上说，欧文早年时代的长老会比当今的长老会走得要远得多，我们认为他拒绝遵从长老制也是他身上一处不小的闪光点。人们往往用一些荒唐之词来指责那个时代的长老会，对此我们并不认同。他们在短暂的掌权时期，为英格兰成就了许多事。如果我们恰当地评价《威斯敏斯特信条》和《威斯敏斯特要理问答》这些杰出的教义陈述，就必须感谢长老会，他们在制定这些文件的行动中发挥了突出的作用。见多识广、正派的其他宗派人士也都承认，英格兰实行长老制的教区在基督教知识和虔诚上都取得了明显的进步。长老会反对克伦威尔之际采取的许多措施往往被视为敌对自由之举，但实际上是为了恢复宪政而做出的努力。然而，在这一特殊的时期，他们心胸狭窄，容不得反对，这是无法推脱也不容否认的。
掌权之后，他们被不切实际的统一梦想冲昏了头脑，长老会的巴克斯特自己也哀叹，长老会太想借助世俗权力来实现这一野心勃勃的梦想。随着民众越来越自由，各种观念层出不穷，公众心里也普遍地骚动。长老会认为这表明了无限的宽容具有的危险，在如此不和谐的嘈杂声音中，真理肯定分辨不出来，甚至会消失。与此同时，欧文的思想远远超越这些狭隘的观点，比他们想象出来的恐惧高明多了。他对真理的活力有着无限的信心——他强烈地确信其属灵武器的力量，确信其余的一切都完全无能为力。迄今为止与他志同道合的许多人只是在光明和黑暗的交织中看到黑夜将至，而他却从中看到了黎明的曙光，这曙光将会成长成完美的一天。在给议会的讲道的前言“关于教会治理的实践——来自乡村的论文”中，他反复谴责一切强加的统一和用刀剑惩罚异端的做法。他说：“异端是溃疡，却是属灵的溃疡，需要用属灵的方法来制止。砍掉人的脑袋是无济于事的。”不奇怪，欧文会弃绝长老制当时那种狭隘、丑恶的形式。但是，要说他同样远离那种教会治理形式的一切特有的基本原则，令许多人更难以置信。同时，欧文在科吉歇尔的教会完全是按照公理会的方式来治理的，对此没人能提出合理的质疑。如果该教会在任何程度上与欧文出版的下一本书中的忠告一致，那定然是属于独立教会的优秀特点之一。巴克斯特对独立教会的优秀特点做出了出彩的评价：“我看到大部分独立教会在圣洁和律己的事上都很严肃，这是值得赞赏的。”这里说的欧文的书就是《以实各：根据福音的次序，圣徒在团契中的行为指导，1647》。书中，规则分为两部分——会友对牧者的责任和会友彼此间的责任，意在让人放下有关教会治理的争论，回想出于在福音里的共同团契应该怎样严肃谦卑地履行这些责任。这本书闪耀着非凡的圣洁智慧，但无法从中得出欧文是公理派还是长老派。
《以实各》是欧文作为牧师写的书；次年，他的作品《基督之死导致死亡之死》（Salus Electorum,Sanguis Iesu）则是再次作为神学家和基督教辩者写成的，该书是他长期默默耕耘所著。这篇论文的伟大主题在于基督之死的性质与程度，在讲论程度时特别提及了阿民念派的观点。该文题献给沃维克伯爵，就是这位保护人介绍欧文去科吉歇尔。该文受到两位长老派牧师的热烈赞扬，认为是“推倒阿民念主义的烂屋子，压在秉持此观点的那些非利士人头上。”[9]欧文自己则说，为写作该文进行了深刻的研究和长久的默想。在经过了七年多的认真考察，认真研读从古到今人们发表的所有反对真理的书之后，欧文才写出该文。因此，他请读者精读该文并非没有理由：“读者啊，如果你像这个虚假时代的许多人那样，定睛于神迹或名号，读书就像加图进剧场——就是为了再出去——那你已经享受到了，再见。”欧文的思想在这部著作中散发出卓越的光彩：视角高屋建瓴，令他看到该主题所涉及的方方面面，同时也极其耐心地考察该主题每一单独的部分；智力过人，令他乐于在诡辩和网罗的包围中扫清道路；他的判断公正可靠，尤其是在他的辩论性文章中往往显明了他有属天的灵及其能力：“（属天的灵）用精辟又富于想象的智慧之言表现了出来，令你既乐于阅读，也为了作者的缘故赞美神。”欧文对文章主题不仅是触及，还深入挖掘，尽管有时做得并不好看；再没有别的作者能让你感到，当他就自己的主题讲论完毕以后，关于该主题也再没有什么好讲的了。
在这篇文章中有一部分内容阐明了父、子、圣灵在救赎之工中荣耀的联合，表明基督的死是神计划的一部分，确保了带许多的儿子进入荣耀里，就在部分内容中，他展现了非凡的论证能力，以及他对关于启示的论题非常熟悉，甚至威丘思的同类文章也望尘莫及。其实，许多当代的加尔文主义者怀疑，这样奠定真理，是否整全；若是这篇精湛的文章在其更特别的意图之外，用跟他们一致的观点讲明基督之死满足了神公义的要求，为福音的普世呼召奠定了广泛而充分的基础，那么这一精湛的文章是否能更完整地展示《圣经》关于基督之死的教导？没错，该书的大目标是证明基督只为选民死，但欧文在一些段落中，跟其他配得加尔文主义者这一称呼的人持同样的观点，用最自由派的加尔文主义者都会谨慎使用的强烈、明确的话争辩说，基督献祭的内在真实的完全性和充足性为福音非区别性的邀请奠立了基础。这一伟大的作品引发了诸多争议，尤其值得注意的是，这是欧文第一篇引起理查德·巴克斯特注意的作品，让这两位伟大的清教徒最终较起劲来[10]。
现在，这片土地的多事之秋到来了，此间，特权与大众权利之间展开长期斗争，各有胜负。最终，欧文看到战火几乎烧到家门口了。查理一方突然在埃塞克斯郡起事，占领了科尔切斯特，监禁了受命来埃塞克斯郡管事的议会委员们。议会军首领费尔法克斯勋爵于是受命来收复科尔切斯特，营救这些委员们，把该城严严实实地围困了将近十周。科吉歇尔离科尔切斯特并不远，成了费尔法克斯的大本营，于是他和欧文之间有了交往，在此基础上，他们建立了长久的友谊。很快我们就会看到，他们之间的友谊带来了重要的果实。欧文说围城期间他成了“危险的观众”，围城结束时，他讲了两篇道，一篇是在为科尔切斯特投降感恩日在该城给部队讲的，另一篇是在拉姆福德，议会委员们得救时给他们讲的。后来，这两篇讲道合在一起作为《哈巴谷书》1:1—9的专论出版。
数月内，欧文就奉召主持无比重要的事。查理一世在最高法庭受审，被控叛国、暴君和谋杀，并且法庭大胆的判决也执行了，查理一世在白厅门口被斩首。这一可怕的事发生的次日，欧文受命给议会讲道。他执行这一找上门来的险恶任务的方式，往往被视为他公共事务中最容易遭人非难的地方。他证道的题目是“神的保护鼓励了正义的热情”，用的是《耶利米书》15:19—20的经文：“‘我必使你向这百姓成为坚固的铜墙。他们必攻击你，却不能胜你，因我与你同在，要拯救你、搭救你。’这是耶和华说的。”这段经文显然令他有了充分的机会评论近期的事件。然而，他自始至终都系统而又谨慎地局限于普遍的说法，即这句双关的话：“对那些喊着‘给我一位王’的人，神能在怒气中将王赐给他；对那些喊着‘除灭他’的人，神能在烈怒中将王废去。”[11]无疑，当时人人都明确地用这一最直接的典故来影射该事件。从欧文时代直至今日，人们基于欧文对这一事件的这种克制性的沉默，指责他是出于自私、怯懦的妥协。我们料想，甚至一位杰出的苏格兰历史学家也被诺克斯手拿《圣经》对玛丽女王讲话以及其他正气凛然的长老会人士驳斥国王的画面眩晕了，想象出如果这些人中有一位处在欧文的位置，会怎样无畏、刚正地向那些威严的议员——“即使他们的每一根头发都成了指向他胸口的矛”——讲话。
但这一切的非难难道不是严重得过分了吗？要求欧文这么做的人极有可能是为着相反的理由责备他，盼望这位声名显赫的、没有污点的神学家在他们做出极端举动之际，不仅仅是以不祥的沉默来表示态度暧昧的裁决，而是做得更多。但将他的沉默归因于胆怯，是在假定他私底下认为处死查理一世站不住脚，是犯罪行为。欧文一定这样认为吗？尽管送查理一世上断头台的一派违背了宪法，但欧文也确实有可能认为，对于登基以来都在阴谋反对宪法，十四年来背信弃义地谋求以武力毁灭民众自由、建立独裁暴政的君主，这样的惩罚是正义的。他可能会认为，背叛可以是针对君王，也可以是背叛宪法，完全是犯罪；而国王若完全拒绝法律约束，就不再有资格享有免责权。他可能认为查理一世之死是长久忍耐之后的最后手段——是面对这一问题做出的决定：谁要灭亡？一人，还是千百万人？我们不是说欧文真这么看，但众所周知，在那个认真的年代，一些最清白、崇高的人就这么看。就算欧文对这些看法——众所周知，弥尔顿就持这样的看法——竟有所迟疑，那么不仅出于谨慎，还出于诚实的缘故，尤其在一篇他说“就像约拿的蓖麻，一夜间长成”的文章中，他也该保持沉默。
无论对于欧文在这场证道中的做法持什么看法，我们觉得没人不会认为他的《论宽容》（Discourse on Toleration）一文——此文是证道的附录，跟证道一起提交给议会——是这位伟大的清教徒公事生涯中最光彩夺目的事。此文的首要目的是表明，信仰上的谬误不应由民事法官来惩罚，除非此种谬误本身——而非仅仅是有些人顾虑——扰乱了社会秩序。在任何意义上断言这条伟大的原则，信仰自由的基石，是欧文或者他所属的一派的发现，那都是奇怪地遗忘了历史记录的见解。甚至一些早期改教家的作品——比如慈运理——都跟欧文一样清晰有力地证明了这条原则。罗伯逊校长令人满意地证明，荷兰长老会在宗教改革诸教会中率先正式申明这条教义，在其权威文件中阐明并为之辩护。在荷兰宜人的海岸上，当地教会的怀抱中，英格兰避难者第一次学到真正的信仰自由原则，并将其作为宝贵的酵带回祖国，这可不仅仅是猜测而已。要说欧文及其一派的人对这一原则的坚持远远地走在了同时代人的前面，是有充足根据的。他们当受赞扬，因为当他们掌权的时候，跟他们还是弱小受逼迫的教派时一样，对宗教宽容同样热心。要是说杰里米·泰勒、弥尔顿、维恩和洛克等人在英格兰挑旺了——如果不是引燃——“靠着神的帮助，不会熄灭”的火焰，那么欧文也绝对是他们中的一员。欧文所属的教派是一个伟大的信仰派别，而他是其中最杰出的人，具有绝对的影响力。当我们考虑到在那紧要关口，欧文就这一重大议题的看法对于自己一派的影响，还有当时政治领袖和爱国者对他的尊敬，那么把欧文与这些人同列也并不为过。在公众思想一片混乱、人云亦云之际，他们将自己的思想加给公众，教导人民良心之权利，为信仰自由之原则在英格兰如同日光与空气一样家喻户晓、大有裨益做出了贡献。
4月19日，欧文再次受命给议会讲道，军队领袖也在场。这一次，他传讲了著名的证道，基于《希伯来书》12:27的“震动天地”。奥利弗·克伦威尔也在场，很可能是初次听欧文讲道。证道还没结束，克伦威尔就下了决心，而第二天就有机会付诸实践了。欧文为表达对费尔法克斯的敬意，念及他们最近在科尔切斯特的交往，而去拜访他家。仆人来告诉欧文，将军很激动，已经谢绝了几位要人的访问。科吉歇尔的牧师通报了姓名，还在等待时，克伦威尔和其他许多官员就进来了。欧文高大魁伟的身材很快吸引了克伦威尔的目光，这正是头一天讲道令他非常愉快的那人，于是他走向欧文，把手搭在他肩上，亲热地说：“阁下，您是我必须要结交的人。”欧文谦逊地答道：“跟您结交我更荣幸。”克伦威尔则如此作答：“很快我们就会看到了。”并挽着欧文的手，一起去花园，告诉他，自己打算去爱尔兰，希望欧文能担任随军牧师，并协助他调查、安顿都柏林大学的事务。对于这一出乎意料的建议，欧文自然拒绝了，理由是要看顾在科吉歇尔的教会。但克伦威尔提醒欧文，他将要让亲爱的弟弟在这支军队中担任旗手，他不愿听到欧文的拒绝。他甚至写信给科吉歇尔的教会，敦促他们同意；当他们表明不希望与自己的牧者分离时，克伦威尔的语气由恳求变成了命令。欧文请求了一些牧师的建议，最终听从劝告，慢慢准备出发。
出发去爱尔兰之前，欧文在平等派[12]覆没之际又一次给政府官员和议会下院讲道。8月中旬，军队准备启程去爱尔兰。出发前一日，出现了国家历史上无与伦比的景象。一整日都用来禁食祷告；三位牧师——无疑包括欧文——陆续郑重地呼求神的保护和祝福；然后高夫上校、哈里森和克伦威尔本人阐释了一些相关的经文。整支部队没有人起誓，一万二千士兵用闲暇时间来读《圣经》，唱赞美诗，进行信仰聚会。这支惊人的军队就是这么训练出来的，对他们来说，胜利看起来是板上钉钉的事。这支部队的士兵既有古罗马军队的勇气，也有作为公民的私德，人们说他们“军纪严明，斗志昂扬，装备精良，同时燃烧着最狂野的十字军般的狂热”。对于军队的组成，很少有资料涉及。“读者以为他们都疯狂吗？疯狂距离人一生中最高的智慧总是很近。但这不是疯狂！这一黑暗的要素会带来耀眼夺目的光辉；确实是这样吧？”
本书没必要详述克伦威尔“雷神之锤”一般临到爱尔兰的迅猛可怖的战役进程。通过在德罗赫达城下几次巨大且几乎灭绝性的冲击，恐惧在爱尔兰军队中蔓延开来，但如果克伦威尔采取更软弱、犹豫的措施，那么就会有更多人流血。他在爱尔兰的政策有两个原因：其一，他认为自己是作为公义之神的器皿来报应流十万以上无辜更正教信徒的血的罪；其二，他确信，镇压威胁新生的英格兰联邦[13]存续的叛乱时，就是最严厉的“铁拳”也是最仁慈的，可以避免进行更大范围、更长期的报复。但我们要说的是欧文，他此时在都柏林友好的氛围中向“大群他遇到过的最渴慕福音的人”讲道，调查大学的境况，为其扩张和提高效率谋划。他的讲道“不是徒然”，而他给议会的报告导致当局采取措施，令大学从半毁灭状态中复苏，为其赢得了一些最有价值的豁免权。九个月后，克伦威尔——他在爱尔兰的工作是电闪雷鸣之后又一阵雨，既恐怖又慈悲——就回到英格兰接受议会和人民的感谢，受命出任联邦军队的大元帅。而哀叹“爱尔兰每一座有城墙的城里都找不到一个传讲福音的人”的欧文则喜乐地回到科吉歇尔的群羊中。
但轻松的时间很短暂。克伦威尔刚从爱尔兰回来，苏格兰的局势就需要他出面了。该国开始抵抗斯图亚特王朝的暴政，以及罗马教廷更糟糕的暴政，但他们几乎一致反对处死查理一世，现在嫉妒地敌视英格兰联邦的统治。查理一世在布雷达放荡度日时，他们曾邀请他去做他们的王。查理一世签署了盟约，欺骗了苏格兰人，于是他们试图恢复他的王位。这一切克伦威尔看在眼里，在苏格兰人民身上，他看到了诚实而又被误导的热心，目的实质上是跟他一样的。但他更是从中看到了对英格兰的自由、信仰和道德最急迫的威胁，急于在苏格兰建立起联邦的权威。同时，议会下院下了一道命令，要求约瑟·卡瑞尔和约翰·欧文作为牧师随总司令从征。因此，欧文又一次被迫将教牧计划和学术研究搁置一旁，投身军营，置身于围城和战场的喧嚣和大屠杀之中。根据对于克伦威尔品格的普遍看法，已经有许多人讲述了他让当时伟大的传道人聚集在自己周围的动机。我们相信他在信仰上的真挚，并不怀疑他跟其他虔诚的人一样，感到与他们相交非常有吸引力。此外，因为那个时代以信仰的热忱而著称，所以用这种方法令人们确信他跟宗教界的头面人物相交甚密，也是不错的政策。此后，他还确保约翰·豪在白厅工作，并且试图一再努力压服巴克斯特的不羁。我们不能怀疑，后一动机在促使他带卡瑞尔和欧文去苏格兰一事上发挥了作用；此外，很可能他因对神学争论的热情，预见到在同苏格兰教士的讨论中，要解开他们肯定要拿出来的难题，有这些清教徒伟人的帮助是大有裨益的。
对于欧文在苏格兰，只能追溯少许踪迹了。他似乎是在伯立克跟克伦威尔会合，在那里，他根据《以赛亚书》56:7“我的殿必称为万民祷告的殿”讲了一篇道。根据克伦威尔的一封信，“其他一些敬虔的牧师”协助欧文起草了对大会宣言的回复，这份宣言在克伦威尔越过国境之前就送到他手里了。然后他从穆塞尔堡写信给掌玺委员之一的李思尔，信里说克伦威尔的一些部队同“谨慎的”莱斯列的部队发生了一次摩擦。接下来，邓巴战役打响。克伦威尔占领了爱丁堡，但城堡还在抵抗，该城的牧师都躲在里面。爱丁堡的讲坛相应落入克伦威尔的传道人手里。欧文多次在老圣盖尔教堂讲道，听众一开始惊讶、妒忌，后来慢慢地陶醉，因为众人从他的话中尝到了基督的甜蜜。许多人认为，就允许牧师在安息日出来重回讲台这一点，克伦威尔写给爱丁堡城堡守将的信，显然可以看到欧文的手笔。当对方多心，生气地拒绝后，克伦威尔给他们写了那封精彩的信，对于这封信，凯雷说：“苏格兰教士自从接受按立以来，从未受到过这样的训斥。”无疑，信中内容与欧文的观点，尤其是《质询》（Queries）一文——该文充满了“带着高贵意味的沉重判决”——惊人的相似。接下来，欧文跟着克伦威尔去了格拉斯哥，在那里，扎卡里·博伊德在老座堂对克伦威尔咆哮，但后者心平气和地听他讲，而欧文和苏格兰的众牧师展开了论争，据说其间发生了这样一件趣事——一名年轻的苏格兰牧师，不到二十六岁的休·宾宁，令欧文和其他英格兰神职人员大吃一惊，主导了这场争论。会议结束后，克伦威尔半是惊讶半是愉快地问，这个大胆的年轻人是谁。听到这人名叫宾宁后，他说：“他跳起来了，确实很好，但是这个东西，”他把手按在剑上，“会再次让一切都松开。”这场争论以宾宁的胜利告终，并非难以置信。但这一糟糕的双关语和夸张的威胁不像克伦威尔的风格，因此定然跟其他“克伦威尔在格拉斯哥逸事”是一路货色，对此凯雷说，“这些话除了三岁小孩外，没人会信。”
在克伦威尔的苏格兰征途结束前，最后一场战斗——此战为其赢得了“伍斯特桂冠花环”，迫使苏格兰服从联邦宽松的管控——不久，欧文就获准回到埃塞克斯著书立说，平静地牧养群羊。然而，欧文在科吉歇尔的牧者生涯永远结束之前，这不过只是短短地喘了一口气罢了。一天早上，他在当天的报纸上惊讶地读到这一命令——“1651年3月18日，议会考虑到皇后学院文硕士约翰·欧文的价值和才干，任命他代替雷诺兹博士担任牛津基督堂学院院长。”很快，基督堂学院主要的学者就来信，表示他们对这一任命十分满意。此前，克伦威尔已被选为牛津校监。次年9月9日，克伦威尔写信提名欧文担任牛津大学校长，因此，他成了这一伟大而古老的学术机构的首脑，而十年前，他却因良心的缘故被逐出此地。[14]