在很久以前，有个十四五岁的男孩子，长着淡黄色的头发，像亚麻一样。他长得很瘦，个子很高。他每天除喜欢睡觉和吃饭，还很喜欢搞恶作剧。他的名字叫尼尔斯·豪格尔森。
一个星期天的早上，他的爸妈将家里的家务做完，就准备去教堂。这时，这个男孩很高兴，因为等他的爸妈一出门，他就自由了，还可以玩一会爸爸的鸟枪。他穿着衬衣站在桌子边正这么想着，他的爸爸好像知道他的想法，在出门前就命令他在家读福音书，他的妈妈又亲自走到书架前将书拿给他，并搬了一张椅子放在桌前，让他坐在那里看，临走又嘱咐了几句，便出了门。
“他们倒是好，走了还要我坐在这里读书。”他想。其实他的父母也并不轻松，因为自己这个孩子既粗野，蛮横，又不爱学习，还虐待动物，让他做什么他都不专心，这样下去总有一天会吃到苦头的。他们对这个孩子真是没有办法。
尼尔斯站在那儿好半天，想着自己到底看不看书，最后决定还是听话吧！于是他就坐在桌子前爬到椅子上开始读书。他很不高兴地读着书，无精打采地念了一阵儿，便觉得很困了，不知不觉就睡着了。
不知睡了多久，他被一阵很细小的响声惊醒了。他四下一看，突然发现妈妈那个不让别人打开的箱子不知怎么被打开了，那里面装的全是妈妈很喜爱的东西。真是奇怪呀！家里只有他一个人，而且箱子是妈妈临走时特意关好的，怎么会打开呢？他越想越害怕，一定是有小偷进来了，于是他一动也不敢动，怕被小偷发现。在他面前有一面镜子立在那里，就在这时，他从镜子中发现箱子边上有一团很黑的小阴影。他仔细一看，天呀，那竟是一个小精灵坐在箱子边上！
在以前，小男孩曾听说过有关小精灵的传说，但从未亲见。
仔细看去，小精灵穿着讲究，干净利落。他看上去年纪很大，长着满脸的皱纹。他正在专心地看一件绣工讲究的胸衣，并没有发现小男孩。
小男孩虽然很害怕小精灵，但他那充满好奇和捉弄别人的心理，使他顾不了那么多。他向四周环顾了一圈，最后决定用苍蝇罩来扣小精灵。
于是，他从墙上摘下苍蝇罩，小心而轻手轻脚地走到箱子近前，猛地将苍蝇罩往小精灵身上一罩，就把小精灵给网在了里面。这一下小精灵脑袋朝下，不能爬出来。小男孩捉到小精灵后，不知如何是好，就把纱罩摇来摇去。这时，小精灵说话了。他请求小男孩放了他，假如放了他，他就会给小男孩一枚银币和其它东西。小男孩想都没想就答应了，因为他觉得自己现在正和一个妖怪说话。他就将网住小精灵的苍蝇罩放在了桌子上。但是当小精灵正要爬出来时，小男孩突然改变了主意。他想：“这样太不划算了，他本可以从小精灵身上得到更多的好处，最起码应该让他施魔法把妈妈让自己背的东西装进脑子里去。”所以他又赶忙摇动纱罩想把小精灵再罩进去。谁知他刚要这样做，便狠狠地挨了一个耳光，接着他便什么都不知道，失去了知觉。
当他醒来时，他发现屋子里只有他自己，小精灵已不知哪儿去了，而那个箱子却人给关上了，苍绳罩也在原来的地方挂着。刚才发生的事情就好像一场梦一样。但自己的脸火辣辣地疼，让他知道这不是梦。他想还是快点念几页书吧，不然，一会爸妈回来，自己又该挨骂了，于是他站起来向桌子走去。可是他觉得不对劲，自己怎么看什么都那么大，难道是小精灵施了魔法，让屋子变大了？他终于很吃力地走到椅子旁边，又费力地爬到椅子上。尽管如此，他还是看不到书上的字。但他后来终于能看到书了。刚念一两行，一抬头忽然发现桌子上放着的镜子里有一个小矮人。他仔细一看，那个小人儿和自己竟然穿得一样，戴着尖顶小帽儿，穿着皮裤。他无意间将两只手放在了一起，而那个小人儿也将两只手放在一起。就这样，他做什么样的动作，小人儿就和他做一模一样的动作。他转了一圈，并没有发现其他的人。这时候，他才明白过来，原来镜子里的小人儿不是别人，正是自己！天呀！自己怎么成了这个样子！他吓得浑身发抖，自己一定是被施了魔法了。
他真的被吓坏了，难道自己就真的变成这个样子啦？他闭上眼睛，过了好几分钟，才睁开来，希望自己能恢复原样。但是一看镜子，自己仍然那么小。他想，自己不能呆呆地站在这儿，得去找小精灵。于是他从桌子上跳到地板上，在屋子的各个地方找了起来，甚至连老鼠洞都找过了，都没找到。他一边找一边哭。最后，他想起来妈妈曾经说过，小精灵常常住在牛棚里。
他走到了门口，正发愁自己那双大鞋怎么穿，一看自己的鞋却变得非常小了，看来小精灵想得真是很周到。这样一来，自己的倒霉日子不会很长了。
他一出门口就被一只麻雀看见了。麻雀高声叫道：“快来看，尼尔斯变成拇指大的人了！”院子里的鸡、鸭、鹅，全都围过来看他。有的说：“活该，谁让你平时欺负我们。”有的说：“太好了，你再也不能拉我的尾巴了。”
尼尔斯很奇怪，自己竟然能听懂动物们说的话。小动物们仍然在他耳边吵嚷着，弄得他很心烦。他大叫着：“别烦我，闭上你们的臭嘴。”他忘记自己已经变成一个小人儿了，没有人再怕他了。他们全都向小男孩冲过来，将他围住。他一看，吓得赶紧跑。公鸡、母鸡就在后面追他。恰好，这时候他家里养的一只猫出现了，鸡群被吓得赶忙装成是在啄地上的虫子。
尼尔斯赶紧上前去，问猫知不知道小精灵在哪儿。猫并不理睬他，半天才说：“我知道小精灵住在哪儿，但我不会告诉你的。别的不说，就看在你常常揪我尾巴这件事上，我也不会告诉你。”
听猫这样一说，尼尔斯气得火冒三丈。他把自己变成了小人儿一点力气也没有的事早已忘掉，大叫着：“我还要揪你的尾巴。”他叫嚷着向猫扑了过去。猫也不示弱，一个跃身就将他扑倒在地上，用锋利的爪子将他的衬衣都刺透了。尼尔斯大喊救命，他认为这下自己死定了。可就在这个时候，猫突然松开了爪子，说：“算了，看在女主人的份上，我这一次饶了你。我只是想让你知道，现在咱们两个谁厉害。”说完话，猫就得意得地走了。小男孩感到很羞愧，赶忙向牛棚那边跑去。
牛棚里只有三头奶牛，但当看到尼尔斯进来时，却闹成一片，听起来好像有三十头牛。它们七嘴八舌地说着：“好，太好了，让你再用木鞋打我！我非要让你知道，看看这世界还有没有公道。谁让你把马蜂放进我耳朵里，这是报应！你干了那么多坏事，现在就是惩罚你。有多少次你妈妈被你用腿绊倒，多少次你抽掉她要坐的那个小凳子让她挨摔。”听着他们的大声吵嚷，他知道这些牛是不会告诉他小精灵在哪里的。
他无精打采地从牛栏中溜了出来，爬上了那堵很厚的石头围墙。他想，以后的日子怎么过呢？人们一定会像看怪物一样来看他，来对待他。说不定爸爸妈妈会把他带到集市让大家开开眼呢！他越想越害怕。自己一切都完了，自己是变不回去了，不可能再过正常人的生活了。