明历十年七月十五日，大明与日本幕府正式在九州博多港签订该条约，根据条约规定，大明迅速做出了反应和相应动作。
四国岛三千起事的退伍雇佣兵与甲七十一师迅速退回到九州岛，在那里重新开始工作，其余诸部队相继回撤九州岛。而九州岛大名，除菊池正光代表的菊池家，其出身的山贺家由于与大明关系密切，被牢牢绑在了一起，故而与九州商人集团和部分地方豪族支持九州岛纳入大明版图，其余大友家与超过三十五家的地方豪族即不接受九州岛被纳入大明版图，又不愿意与大明开战，于是便根据大明与日本的协议，这些人被转封到本州四国，刚好接替大内、山名等大名空出的守护位置。少贰家、伊东家、相则家则打出了誓死捍卫九州岛的旗号，准备与大明决一死战。毕竟九州互保自身是一回事，“祖上封地”被“出卖”又是另外一回事。
大明在九州已经驻扎了两个常备步兵团，四个守备步兵团，先巩固了平户、长崎、博多、鹿儿岛等重要据点，随着大明海军切断九州岛与本州岛之间的联系，甲七十一师、甲四十一师、甲四十二师、甲七十七师、甲七十八师回到九州岛，明军便对九州岛的乱军展开了围剿。
战场主要集中在日向、丰后、丰前三国，少贰家的少贰赖尚被推为首领，自称西海探题，八月十一日，少贰赖尚集中少贰家、伊东家、相则家三家的主力约两万五千人在日向国的天平山与明军两个陆军师对战，被打得大败。少贰赖尚以下及少贰家、伊东家、相则家四十多为家主、将领战死，九州乱军开始崩溃，日向、丰后、筑前落入大明之手。
此后，九州乱军改变策略，他们一边渡过对马海峡，潜至长门，请当地守护向幕府递交血书，请求增援，另一边他们将余下的军队化整为零，潜入到阿苏山、雾岛山等山区，与明军展开周旋。
而明军对付这种“游击队”在越陈时就积累了丰富的经验，他们借口向日本政府归还九州岛居民，采取了大规模的迁移，将各山区的日本百姓全部迁移下山，集中居住，然后根据他们的意愿，愿意留下的就留下，另行安排，依然想回到日本国王怀抱里的就装船，运到本州和四国去，据统计，九州岛百姓大约有一百五十万（这个数字是估计的，日本的人口调查始于德川幕府享保11年（1726），人口总数2655万。而十六世纪丰臣秀吉时代大约有1500万人口，老曾就按这个数字估算，按照现在九州岛占日本全国人口比例十分之一强，所以得出这个数字），据大明内政部资料统计，在长达三年的迁移期中，有超过九十万的人口迁出九州岛，回到了日本，而只有大约不到六万人口流回到九州岛。
这主要是大明执行了宽松迁出，严格迁入的迁移政策，这六万人口有一半是原退伍雇佣兵及其家眷，还有一半是本州、四国等地的工匠、艺人。
留下来的六十万原九州居民，有大约三十万被迁出到琉球岛、台湾岛、吕宋岛进行开垦拓荒，剩下的三十余万人口则大部分居住在沿海地区，并采取了严格的保甲制度，严禁与山区的乱军联系，于是乱军活动的中部山区几乎成了一个无人区。
没有百姓提供粮食和兵源等补给，加上大明海军死死地封锁了九州岛与日本本州岛、四国岛的联系，乱军经过一年多时间的煎熬，几乎个个都成了野人，从明历十一年开始，便有乱军不愿忍受这种折磨和煎熬，下山投降，被大明军按照俘虏条例被移交给了日本幕府。到明历十三年，最后一支乱军队伍走下深山，向明军缴械，原九州乱军已经没有成建制的军队，剩下的也只是零星的抵抗力量，被明军称之为山贼。明历十三年开始，明军在九州岛展开大规模的“剿匪”运动，共计打死山贼土匪六百五十七人，俘虏一千二百六十一人，而有记录的最后一个走下山区的九州山贼土匪是在明历十六年。
在同时，第二海军陆战师和第七海军陆战师在相摸湾登陆，向镰仓公方军队发起进攻，八月十九日，足利氏满带领关东联军九万，在小田横川与明军展开决战，激战三天，明军凭借强大的火力和海上支援和掩护，重创了关东联军。是役，关东联军死伤超过五万，足利氏满逃离镰仓，躲入甲斐国。
八月二十五日，腾出手来的足利义满命接替兄长为管领和细川家主的细川赖基为总大将，率领十一万大军向南朝军发起总攻，明军派遣了一个军官参谋团和师属炮兵团助拳。在大明军官参谋团的策划下，北朝军队先是以一部进攻，与南朝军主力-楠木正仪部激战，然后假装不支，开始撤退，将楠木正仪部引至鸟饮川，结果遭到明军炮兵团的火力伏击，死伤惨重，细川赖基乘机指挥埋伏好的北朝大军一涌而出。楠木正仪再骁勇此时也是回天无力，其本部一万两千余人以及南朝军最后的一点家当一万三千余人顿时做了鸟兽散。
细川赖基逼近吉野行宫，南朝长庆天皇无计可施，只是与北朝开始谈判，几经商议，长庆天皇以日本诸国国衙领（当时各国从属于国衙的庄园）归大觉寺统，皇位继承继续实行“两统迭立”，立其弟小仓宫元中亲王为下一任储君的条件，带着象征天皇权力的“三神器”离开吉野行宫，前往京都投降北朝。
足利义满逼降南朝之后，准备带着大军开始东进，征讨被明军打得伤筋动骨的关东，在此之前，他发布了御教书，痛斥了斯波义经、今川贞世、山名氏清、土岐赖康、山名师义、大内弘世、赤松义则和京极高秀“误国”，活人死人一块骂，并削减他们的封地，并勒令还活着的回到各自的封地上。而斯波义经则被训斥一顿后依然留任管领一职，不过有心人明白，此举是足利义满准备执行一国一守护的国策。
其他家还没有怎么，山名家和土岐家觉得自己受了天大的委屈，自己出头反赖抗明，还不是你幕府将军默许和怂恿的，现在败事了，你就把全部责任推到我们的头上，是可忍，孰不可忍。于是他们两家开始串联，在暗地里搞小动作。
土岐赖康原本就任美浓、尾张和伊势三国的守护，在东海道极有势力，其回到美浓后拉拢了大批的土著武士，组成“桔梗一揆”（桔梗是土岐家纹，一揆则是同心协力之意），虽然被削减了伊势一国的守护，但是手里还有两国之地，依然强劲。
而山名家更加强势，足利尊氏起兵之刻，当时的山名族长时氏，背离了新田一族，选择效命于足利尊氏，在对南朝武将名和长年的战事中多立战功，被授予西国伯耆守护之职。时氏便以伯耆为中心，构筑了强大的山名武士团。 “观应扰乱”中，时氏投靠了直义、直冬一方，处处与尊氏为难，幕府虽有意除之，但山名家实力过于强大，故而安然不倒。细川赖之掌权时，山名再度归顺幕府，此时其已强占山阴十一国守护之职——当时全日本共分六十六国，所以山名时氏得名“六分一殿”。
山名时氏于应安四年（1371）死去，其遗产分配如下：长男师义任丹后、伯耆守护，次男义理任纪伊守护，三男氏冬分得因幡，四男氏清分得丹波、山城、和泉，五男时义分得美作、但马和备后三国，师义之子满幸又领播磨守护之职。
山名家主山名师义在兵库津战死，由于师义的几个孩子义幸、氏之尚且年幼，于是山名家主之位传给了时氏五男山名时义。早先师义还有个儿子叫满幸，自小过继给了时氏四男氏清当了上门女婿，并担任了播磨守护。现在时义接过了家主位子，山名氏清和满幸便觉得异常不爽，但是在对抗足利义满这个大敌前，他们暂时联合在了一起。
足利义满知道国内是暗潮涌动，他一边加强与大明的合作，通过大明的手将石见银山和生野银山间接控制在自己的手里，这样每年可以获得“回输”白银一百万两左右。接着又以内大臣的身份接管了明军交还的兵库津、难波、堺港，并与京都的行政权和财政权一起紧紧地抓在手里。然后利用这笔财富向大明购买了大批精制的“太平”铠甲和刀剑以及东北、漠北的良马，组成了精锐的“御马回”。
所谓“御马回”就是室町将军的禁卫军，人员来自诸国大名家族次子、庶子或忠勇善战的国人子弟，这些人平时从事政务处理，战时便组建成拱卫将军的卫队，负责与各地守护对抗，在大明的鼎力帮助下，御马回总人数达到了三千骑。
日本国内如何的暗潮涌动，风云变幻，已经与大明无关，大明在帮足利义满逼降南朝，重创关东联军后就全部撤回，第七海军陆战师退回到原驻地台湾岛，而第二海军陆战师则从原耽罗岛移驻琉球岛。大明一边与幕府联手，接管了石见银山和生野银山，全力扩大产量，一边全力经营九州岛。
刘浩然则忙着与内阁沟通，对大明第一个五年计划进行总结。大明的第一个五年计划早在明历九年年底就已经提前完成，内阁要做的事情就是统计各地的报表，总结整个计划中的经验和教训，然后根据这些开始制定第二个五年计划。
“有一些学子文人准备上书通政司和资政院，弹劾成都大都督蓝玉？”
“是的陛下，”监察局都事夏煜拱手答道，“臣接到一些传言，说这些学子文人不满蓝将军在西南指挥不当，使得师老兵疲，靡费民膏。”
刘浩然不由皱了皱眉头，尽管李文忠已经灭了白古国，但是蓝玉还在阿瓦国与明吉斯伐修寄进行拉锯战。明吉斯伐修寄几经打击，已经失去大部有生力量，现在与明军还在周旋游击的却是民风彪悍的阿拉干当地居民，明吉斯伐修寄几乎已经丧失了对这些地区的控制。
而根据枢密院的安排，蓝玉和李文忠将阿瓦王国和白古国大部分地区交给了出力的云南土司，明军只控制阿瓦王国的阿瓦城、蒲甘城、阿谷真城、西边的诺干港和白古国的白古、达贡、勃生港等重要城镇。
由于云南土司急于捞回成本，开始横征暴敛，而阿瓦国和白古国军民是口服心不服，云南土司这么一折腾，顿时四处开始揭竿，跟云南土司的兵干上了。面对这种局面，明军却不管了，这是你土司搞出的局面，你自己去收拾。明军只是固守城池，利用河道海运的便利，往来自如，那些云南土司却是陷入了一片苦海之中。
到了这个时候，聪明的云南土司开始明白了，大明的便宜也不是这么好占的。但是事到如今，就算云南土司明白现在的处境，他们也不愿轻易放弃到手的利益，只得频频从辖地里征集兵马，前来“平叛剿匪”。所以从表面上，阿瓦国和白古国的战事还打得如火如荼，不可开交。难道国内有些人想以此为借口，再次向淮西集团发难，甚至矛头指向更大的目标？这些文人的智商应该不会那么低，夏时安事件刚过去才多久？他们又忍耐不住了？
“夏卿，他们还有其他的动向吗？”
“回禀陛下，除此之外更无太多的动静。据臣所知，这些人弹劾夏将军倒是非常谨慎，用词言辞都是再三考究。”
不容他们不谨慎，夏时安的例子还摆在那里。只是他们这么做的用意是什么？弹劾蓝玉，多半不成事，毕竟蓝玉是在执行枢密院参军总署的战略部署，难道是在做一种试探？
“陛下，根据安排，监察局也要在今年十二月的御前全体会议上做一份报告，臣斗胆请陛下垂训，臣该说些什么？”夏煜弯着腰问道。
刘浩然嘴角不由一笑，当至年终了，而今年不比往前，除了是高级官员五年一度的磨堪大计，按照惯例，也是进行中枢和地方大调整的一年，看来夏煜也有些心动了，其他人恐怕也是如此。
“说说你的本职就是了，关键是监察局对大明吏治做出的贡献。”
“臣铭记在心。”夏煜眼睛一亮，心怀暗喜地答道。