明历十年十一月二十日，廉政公署就李存义受贿案正式向南京按察司提起诉讼，此案牵连甚多，计有商人二十五人，司政官员十一人。经过审理合议，二十六日，南京按察司做出判决，李存义受贿罪名成立，判处劳役二十年，非法收入全部没收，并处以一万五千圆的罚款，其余人等获刑不一。
消息一经传出，大明为之震惊，而江南学子则蜂拥上书通政司和资政院，弹劾李存义兄长李善长和亲家胡惟庸，说他们纵亲枉法，似有庇护。刘浩然这次没有留中，而是将上书转给了都察院查办。都察院左都御史韩宜可自领副都御史周观政等人，细察案卷，询问罪人及证人，累经十余日，终究查无与李善长、胡惟庸相连的证据，然后如实上禀，并昭示资政院。
韩宜可，字伯时，浙江山阴人，初任上海监察御史，海内外商人无不称其行事公正，后历任苏州巡察御史、安徽佥察御史，副都察御史，陶安去职后就任左都察御史，执掌都察院。其人弹劾不畏权贵，地方但有废事，军中略有不法，韩宜可敢在御前全体会议上直指李善长、冯国用，责内阁、枢密院不职，两人往往汗背而立，不敢托言。
周观政更是一位“猛人”，他也是山阴人士，从监察御史做起，曾任南京江宁巡察御史，一日行至宫门外，见内廷总管黄公公带女乐戏子入宫，观政止之。黄公公曰：“有圣命”，观政执意不听。黄公公算是厚道人，只是愠而入宫，顷之出报曰：“御史且休，女乐戏子已罢不用。”周观政又拒曰：“必面奉诏。”已而刘浩然亲出宫，谓之曰：“内廷后妃意欲赏乐听戏，又恐入戏场不便，故而召之。朕已悔之，御史所言是也。”左右无不惊异者。
这两人经过一番调查做出的结论，众人自然信服，刘浩然便下诏说“罪则一人当，不及家人。”暂时平息了这场风波。
十二月二十日，御前“扩大”会议如期召开，李善长代表内阁做了总结报告，并展望未来五年大明的发展，而冯国用代表枢密院做了大明军事总结报告，这份报告只是讲成绩就，没有指出大明未来的战略，毕竟这涉及到军事机密。
接着是韩宜可代表都察院做报告，王濂代表按察院做报告。王濂，字习古，定远人，李善长妇兄也。才嗜学，事亲孝。初在刘福通麾下，及刘浩然克江宁，乃渡江来归。善长为言，得召见，除执法官，谳狱平允。后出为浙江按察使，治行著闻，升任按察总使，秦从龙逝世后便执掌按察院。
接下来几天便是各部尚书做报告，总结成绩，其中包括监察局夏煜。
二十四日，便是审核第二个五年计划，有了第一个五年计划在前面，第二个五年计划基本上是照部就搬。如果说第一个五年计划为大明打下了重工业基础，第二个五年计划则是在巩固这一成果的基础上开始大力发展化工业、纺织业、制药业等轻工业。而且还在继续推行国民基础教育、社会福利保障和基础建设，以及普法宣传和新文化运动，总之是在第一个五年计划的基础上更进一步。
李善长刚做完第二个五年计划，便在会议上提出辞呈，他的理由很简单，为相已经十几年了，加上又出了李存义这档子事，他也无颜再为相，而同时提出辞呈的还有周祯、陈遇、冯国用三位大学士和王濂按察总使，这三位是年纪大了，身体有些吃不消了。
刘浩然看来与他们做过沟通，知道无法挽留他们了，于是便准允了，但是提出要他们再坚持一两个月，待接任者交接再正式卸职。
散会完毕，众人的心思便活泛开了，他们没有想到中枢的变动会这么大，五位大学士一下子去了四个，十一个直学士听说也有几个人提出辞呈，加上各部尚书、侍郎和地方布政使、参政参议的调整，要动很大一批人。
接下来的日子里，刘浩然没有什么举动，而是安安稳稳地过完除夕、元旦和上元节。到了明历十一年正月二十，刘浩然开始频频召见重臣，大家都知道，皇帝陛下开始为中枢调整做准备了。
“二哥，看来西北的风霜如刀啊！”刘浩然看着傅友德那满是皱纹的脸，不由感叹道。
“陛下，臣为大明守西北乃是职责所在，吃些风沙倒是不要紧。”
“那边的情况好了些吗？风沙少了些吧？”
“自从陛下执行西北封土植树政策以来，情况好很多了，以前荒瘠的沙地开始看到一些绿色，军中儿郎无事的时候也多以植树为乐，估计再过个数十年，当有好转。”
刘浩然点点头，西北的情况如何，陕西、甘肃省布政司的报告写得很清楚，而且他的耳目也将情况摸得一清二楚，刘浩然只是顺便一问，通过另外一个途径去了解情况，做一个核对。
“陛下，只是西北本来就贫瘠，人口不多，现在再一执行封土植树政策，产粮就更少了。军中儿郎们军屯之下还能自余，一旦对西部用兵，恐怕就不足了。而且西北路途遥远，粮食物资运上去耗费不少，难啊！”傅友德转言道。
“这个我知道，但是封土植树是百年大计，耽误不得。事情有利必有弊，二哥可有什么良策？”刘浩然知道这个矛盾，对西部用兵，后勤是第一位，但是现在大明在西北的政策又使得陕西、甘肃的粮食仅能自给。
“陛下，依臣只见，只能通过多兴骑兵来缓解这一矛盾。骑兵所乘战马，可以西北遍地的绿草为食，军中儿郎们则以牛羊为食。我这些年做过一些尝试，从漠北、漠南引入大批战马牛羊，训练步兵上马能骑，下马能战，习蒙古人逐草而行，效果不错，不仅可以缓解部分粮食压力，而且西北地域广袤，光凭儿郎们的一双脚，是跑不过来的，有了战马之后，将士们的机动能力也提高不少。”
“那就好，总有找到解决问题的办法。对了，二哥，青海方面的情况如何？”
青海与西藏关系密切，而现在的西藏叫做乌斯藏，其实际统治权控制在第悉（sDesrid，译言摄政）的帕木竹巴派首领章阳沙加监藏手里，由于大明在西南战事未定，所以没有对西藏采取强硬措施，而是采取用兵经略青海，招抚西藏的政策。
早在明历五年，傅友德就遣兵进入青海东部地区，前元在青海的大小官吏，有的向西退去，有的归附明朝，到了明历七年，傅友德控制了大部分青海地区。由于这里情况复杂，刘浩然就没有设省，而是直接交给甘肃省一并治理管辖。
大明在青海一方面拉拢宗教人士，一口气册封了四位法王，并按照漠北例，习行汉字，将其与西藏宗教人士割裂开，一方面则依仗强大的军事力量大规模地执行改土归流，收编当地的部落，迁移头人首领，设立府县政权机构，执行保甲制度，此外从陕西北部、甘肃等地迁移大批的蒙古部落过来，再将当地藏人迁移出去，改变民族比例，进行整编混居。
明历九年，章阳沙加监藏看到前元已经复辟无望，大明如日中天，于是遣使向大明入贡，刘浩然封其为灌顶阐化王，并邀请诸多上师喇嘛入京受封。而西藏已有数位上师喇嘛准备动身入京，大明招抚西藏的政策暂时获得功效。
“陛下，青海已无大事，大明用大量的铁器、茶叶、棉布换取牧民的牛羊皮毛，百姓们倒也安居了。”
“那就好，二哥，现在国用已经辞职，你看谁当这枢密院主事人比较好呢？”
“陛下，此事不该问臣。”傅友德连忙摇摇头道。
“二哥你是军中大将，枢密院乃军中主事之人，当然要问问你的意见。”刘浩然笑着说道。
“陛下，臣还想在西北待几年，为陛下西征辟疆。”傅友德默然了一会说道。
“我就知道二哥不愿意回来坐镇枢密院。不过西北、漠北乃中原两大毒瘤之一，现在漠北一去，我大明的重点当在西北了，看来二哥还想着如何驰骋沙场，而西北也离不开你呀。只是这国用辞职，枢密院缺乏坐镇之人啊！国胜如何？”
“国胜还年轻着，心比我还热，怎么肯来养老？再说了，国用是他兄长，为了避嫌，国胜怎么可能愿意接任枢密院呢？不如让大哥回来。”
对于傅友德这个建议，刘浩然不由心头一动，都承旨签枢密院事是武将的最高荣誉，一般担任这个职位后就只能等着致仕退休，通常情况是不会再挂帅出征的。把傅友德、冯国胜这两员当打的大将弄回来养老，刘浩然心里也有些不舍。大哥丁德兴倒是个合适的人选，他在军中的威望够高，压得住阵脚，虽然他的谋略不及冯国胜、傅友德，但也不是有勇无谋的鲁莽之人，而且现在枢密院的指挥权和调兵权已经集中在参军总署和军令司这两个部门手上，只要完善好这两个部门，丁德兴堪当此任。
“陛下，臣有个不情之请。”
“二哥只管直说。”
“陛下，陆军部和海军部现在除了管理军籍之外，最重要的是调配军费，采办军辎，帷幄谋略倒是次要的，因此臣想请陛下为陆军的儿郎们找一个善于理财之人执掌陆军。”
刘浩然看了一眼傅友德，笑意更浓了，拍了拍傅友德的手道：“还是兄长明白我的心思。”
二十二日，刘浩然宣布对枢密院的调整，首先他下诏将各省都指挥使改为提点xx省军务都督，负责一省军务，海军则改为提点xx支舰队都督和xx舰队大都督，与陆军相齐；接着刘浩然改参军总署为参军都指挥司，下辖两个部门，分别为陆军指挥司和海军指挥司。陆军指挥司负责陆军方面的战略策划和指挥，海军指挥司则负责海军方面的战略策划和指挥，明确分工，而参军都指挥司则负责全军的战略策划和指挥。
参军都指挥司主官为都指挥使，陆军指挥司主官为陆军指挥使，海军指挥司主官为海军指挥使，两人均兼任参军都指挥司副都指挥使。
而枢密院其它各部门不变，依然如故。刘浩然诏令丁德兴大将为都承旨签枢密院事；邓友德上将为副都承旨同签枢密院事领参军都指挥使；缪大亨致仕退休，改任荣禄资政大夫，其职副都承旨同签枢密院事兼都镇抚使有刘存孝接任；副都承旨同签枢密院事兼军政司录事总长由杨璟接任，军令司都司由刘存忠接任，军情司由侍卫长刘存玄接任。
陆军指挥使由新授衔的陆军上将徐达出任，徐达不愧是一代名将，经过南京陆军学堂学习以及战火洗礼之后，在明军中迅速崛起，其指挥才能和谋略为众将所称赞，傅友德更是对这位副手赞不绝口，夸他为大明第一参军。
海军指挥使则由廖永忠海军大将出任。廖永忠相比俞氏兄弟而言，更长于计谋策划，所以出任此职是理所当然的事情。其余大都督和都督各有转迁。
军方大调整，众人并不在意，枢密院历来是刘浩然和军方的自留地，别人想插手也插不进，而且也不敢插手。大家都把注意力放在了接下来的内阁和地方调整。
谁知道刘浩然在军方调整之后首先召见的是陆军部尚书刘基。
“伯温先生，你看谁可为相？”刘浩然开门见山道。
刘基心头一突，连忙拱手答道：“回禀陛下，此关系国之重器，臣不敢擅言。”
刘浩然笑了笑道：“伯温先生真乃谨慎笃实之人，你算得上我的老师，学生向老师请教问题是天经地义的事情，既然如此，不如我说，你只管答好与坏。”
“臣遵旨。”刘基无可奈何地答道。
“汪朝宗可为相否？”
“汪大学士处理机要，屡献忠谋，是为大才，然为相似为浅薄。”
“胡惟庸可为相否？”
“胡大人志向远大，臣不敢揣摩。”
刘浩然眼角跳了跳，但依然面带微笑，继续问道：“杨希武如何？”
“杨大人才能甚高，然器量似小。”
刘浩然便不再说了，只是点点头：“我知道了，多谢先生的金玉良言。”