苻坚爱才心切，还是觉得对王猛的器重不够，升平三年(359年)8月，苻坚又迁升王猛为尚书令，太子太傅，加散骑常侍。王猛心知有愧，也觉得苻坚对自己期望过高，同时也认为自己的仕途过于平顺，也没有立过什么大功，自认为有些过分，所以多次觐见苻坚请求辞官，但是苻坚还是固执己见，没想到后来苻坚又加封他为司徒，录尚书事。王猛自认为没有什么功绩，不能胜任，不同意上任。苻坚也是个很有意思的君主，王猛越推辞官位，他竟然一次赐给他美妾五人，上等女妓十二人，中等三十八人，马百匹，车十乘。王猛更加认为自己才能不够，立即上奏坚决不接受。
三年八月，苻坚又封王猛为侍中中书令，统领京兆尹。当时氐族权贵大都聚居在京兆，很不好治理，当地的权贵仗势欺人，特进强德是苻健的妻弟，依仗自己是皇亲国戚，经常酗酒滋事。为非作歹，光天化日之下置王法于不顾抢掠别人的财货子女。老百姓敢怒而不敢言。有一天当王猛上任以后，正好碰见强德在大街上胡闹，王猛当即决定逮捕强德，斩首示众，陈尸街头。强太后听说以后，十分着急生气，赶紧找苻坚求情，苻坚无奈之下只得亲自下诏赦免强德。并下令派人赶到刑场放人。谁知道这个时候王猛已料到事情的发展，早已把强德斩首了。
当地有位御史中丞清廉刚直，耿直不挠，和王猛同心协力，惩治豪强。全面查处扰民乱政的权贵，短短的几个月之内，就接连诛杀了二十多个不法贵戚豪强，于是当地的所有的官僚都安分了很多。百官都震肃，从此以后豪强贵戚都特别老实守法了，社会风气大为好转。以至于当时的社会出现了路不拾遗，夜不闭户的良好秩序，老百姓都拍手叫好，大大加强了前秦的中央集权。苻坚看在眼里，喜在心头，感慨地说：“我今天才知道天下有法的好处啊！”
十月，苻坚又一次给王猛升官晋爵，王猛谦让，还推荐散骑常侍、杨评公苻融、光禄、散骑西河任群、处士京兆朱彤五个人，让他们一起来辅佐苻坚，代替他的职位，但是苻坚依旧不同意，另给苻融等人安排了其他职位。
兴宁三年(365年)七月，匈奴右贤王曹觳、左贤王刘卫辰背叛秦朝，曹觳率领部众两万人进攻杏城(今陕西黄陵西南)，而鲜卑部落首领乌延也起兵与匈奴相呼应。天下大乱，苻坚怎能坐视不管呢？于是亲自率领大军讨伐他们，肉搏杀场。并且让王猛和卫大将军李威留在宫中辅佐太子苻宏留守长安保存实力，可见苻坚对王猛和李威的器重和信任。这时，王猛也没有辜负苻坚的信任，在惩恶除奸的同时，也发现了很多人才，在灭掉燕国以后，他举荐了房默、房旷、崔逞、韩胤、田勰等一批关东名士担任朝官或是郡县官长。特别是梁琛，当时的燕与秦结好，总是相互派使者往来，燕国的散骑侍郎太原郝晷和梁琛先后到了秦国，郝晷和王猛早就认识了，王猛就向他询问燕国的事，郝晷知道燕国就快要灭亡了，于是暗中就对王猛说了不少情况，而梁琛则说了一些秦国的弊端。秦国灭掉燕国以后，梁琛仍然对燕国没有丧失信心，于是王猛就受他之托，请求苻坚让梁琛当主簿。
苻融为人聪敏明慧，文武出众，见识远大，曾经因为一件小事做错了而局促不安，王猛大度地宽恕了他，再也没有提起这件事而且对他的信任只增不减，依然对他器重。
王猛在治国施政方面也是一位很好的老师，帮助苻坚创立了举荐赏罚制度和官吏考核新标准，前秦的法治良好和这些措施的施行有很大的关系。在培养人才方面，他大兴教育，为了促进社会生产的发展，又采取了一系列措施兴修水利，奖励农桑，着重发展农业，努力发展社会生产。在处理民族关系上，也做出了很大贡献，为中华民族的大融合勾画了蓝图。在王猛的主持干预下，革新措施带来了一派崭新气象。据历史记载，“当时秦境安定清平，国富民足，从长安至诸州，皆夹路树树槐柳，二十里一亭，四十里一驿，旅行者取给于途，工商贩于道。百姓歌之日：‘长安大街，夹树杨槐，下走朱轮，上有鸾栖。英彦云集，诲我萌黎。”’(《晋书·苻坚载记》)至少可以相信这是魏晋以来难得的清明政治了。
在政治上，王猛一系列的改革措施使前秦政治清明，成为当时最繁荣的国家，而在军事上，王猛多次率军出征，也毫不逊色，为前秦统一北方立下了汗马功劳。
太和元年七月，王猛率将军杨安、杨武及将军姚苌等2万人进攻东晋荆州南乡郡。晋荆州刺史桓豁请兵救援。八月，进驻新野(今河南新野南)。秦军见形势不利于作战，于是就赶紧将东晋汉水以北的万余户人民掳掠走撤退了。当时，割据陇西(今甘肃陇县西南)的李俨举郡投降前秦，不久后又和前凉相勾结。太和元年(366年)十二月，羌人剑岐略阳(今甘肃泰秦安东南)的4000户人背叛前秦，向李俨称臣，李俨于是和前秦、前凉断绝关系。
太和二年(367年)二月，王猛带领陇西太守姜衡、南安太守郡羌、姚苌将军等率兵1．7万人讨伐敛岐。三月，前凉主将张天锡也派遣前将军杨通出兵金城(今甘肃兰州西北)，征东将军常据出兵左南(今青海民和西北)，游击将军张统出兵白土(今青海化隆回族自治县东南)，张天锡亲自率领步骑三万屯驻仓松(今甘肃武威南)，讨伐李俨。羌人敛岐不战而降，王猛于是轻松攻下洛阳。四月，张天锡率领步骑三万人攻下李俨大厦(治今甘肃临洮西北)，武始二郡。常据又在葵古(今甘肃永清境)打败李俨部众，张天锡进屯左南。李俨见状畏惧了，带领军队退回到桴罕(今甘肃临洮西南)，派侄子李纯向前秦谢罪，并请求支援。苻坚派前秦将军杨安、建威将军王抚率领2万骑兵，与王猛会合，救援李俨。随后王猛带领军队大破前凉军，俘斩1．7万余人，和张天锡在桴罕城下相持，但是王猛审时度势，并利用手段俘获李俨，苻坚随即封李俨为光禄勋，赏赐他爵归安侯。又命令力忠将军彭越为平南将军、凉州刺史、镇守桴罕。
五月，前燕太宰慕容恪去世，苻坚听说以后，野心又一次占了上风，于是就有了图燕之志。正当苻坚为伐燕全面做好准备时，出现了一件意想不到的事。
早在兴宁二年(364年)七月，秦汝南公苻腾谋反，被发现后派兵镇压并诛杀。这个苻腾是苻生的弟弟。当时苻生的弟弟苻腾还有晋公柳五个人一心谋反，王猛发现了就立刻劝诫苻坚说：“陛下，这五个人要是不赶紧赶尽杀绝，就一定会后患无穷啊！”岂料苻坚并没有接受王猛的忠告。在兴宁三年(365年)九月，在苻坚于朔方安抚匈奴归降的时候，征北将军、淮南公苻幼双于十月率众乘虚而人偷袭长安，但是被李威大将军及时击斩。当时的征东大将军、并州牧、晋公苻柳和征西大将军、秦州刺史、赵公苻双都和他同伙。但是苻坚念及血缘，认为苻双是他的同胞兄弟，苻柳又是明皇帝苻健的爱子，怎么能将他们灭绝呢？上天都难容啊。于是就把这件事情搁置了起来再也不过问。
放虎归山终将酿成大祸。后来苻柳、苻双又与镇东将军、洛州刺史、魏公苻庾，安西将军，雍州刺史，燕公苻氏谋反，镇东将军府主簿南安人姚眺劝诫苻庾不要挑起灾难，不然总有一天会惹上杀身之祸，但是权利诱惑实在太大，苻庾坚决不从，苻坚知道以后，宣诏苻柳等来长安。