春华秋实，转眼之间，已经过去几个年头了。万历皇帝已成青年，他的大部分的时间消磨在文华殿中，一天，他看着外面的景物，不觉心驰神往。想出去玩玩，又想着慈圣太后与自己同住乾清官，旦夕照看，管束甚严。心里不禁嘀咕：“管束如此之深，做皇帝有什么乐趣！”一会儿又想起母后的叮嘱“玩物不可丧志，国事才是第一”。一会儿又想着张居正平时的教诲，内心十分压抑。索性支开整日不离左右的“大伴”冯保，叫了几个平素惯熟的小太监游览西苑，西苑的美景让他顿觉天地宽阔，尤其是晚上，仿佛置身于蓬莱仙境。太液池上，画舫云集，灯火明明灭灭，宛如银河。万历皇帝在贴身太监孙海等人的陪同下，一边欣赏这良辰美景，一边喝酒谈论。酒过三巡之后，万历已是有些醉意。孙海在旁边提议到：“皇爷，想听曲儿助助兴么？”得到万历的首肯之后，一会儿张罗了两个会唱曲的太监，抱着响板，坐在下首，一阵轻敲过后，放喉咏唱，谁知万历听了半截，把酒杯一推，说到：“老调重弹！换个新的！”那两个太监赶紧拜伏道：“启奏皇上，奴才尚未学会……”万历一听，不干了，强睁醉眼，想起了曹操当年马踏青苗，割发代首的典故，不觉非常兴奋，借着几分醉意，他说：“你们几个，欺君罔上，本应死罪，现在头可恕，发不可恕！”遂令他二人脱下头巾，然后亲自取下佩剑，踉踉跄跄走上前，抓住其中一个太监的头发，齐刷刷从根上削掉，接着又照例把另一个的也削了，然后歪着头欣赏了一下他的“杰作”，把剑一扔仰天大笑起来当晚，冯保就知道了万历在西苑的作为，第二天就向慈圣太后作了全面汇报，太后听后异常震怒，当即命冯保传话张居正，一面又派人到乾清宫宣万历即刻来见。
此时万历刚醒，昨晚荒唐的情形，依稀记起，他情不自禁地揉了揉太阳穴，仿佛隐隐生疼，也不知道喝了多少酒……正想着，听到母后的急召，心中顿觉不妙。“昨晚之事定被太后知晓，这可如何是好？”瞬间急出一身冷汗。没有办法，他只好硬着头皮，一步一步来到慈宁宫。
却见母后已换上青色布袍，头上簪珥全部撤除，显然是用当年姜后脱簪待罪的故事，以示自责教子无方。万历急忙紧走两步，跪地求饶。慈圣道：“好你个不肖之子！先皇付你江山，是教你如此荒废游荡吗？”
万历头也不敢抬，口中只是喃喃道：“儿知罪，儿知罪，望母后息怒！望母后息怒！”
这时，冯保捧着急急送来的居正的谏疏，递给慈圣太后，太后约略看过，便丢给万历：“你且看来！”万历忙捡起张先生的谏疏细看，上面力陈游乐亵玩的种种害处，要他厉行改过，语气既简又直，万历看得羞愧难当。
又听得母后说道：“先帝弥留之际，内嘱两母教育，外嘱张先生等悉心辅导，真是煞费苦心。不料你这个逆子，胆大妄为，竟然纵酒使气，若再不改过，也管不得私恩情份。”说罢，吩咐站立一旁的冯保道：“你去阁中取《霍光传》来！”说起慈圣太后，她对于神宗，还正是一位最能干、最负责任的母亲。穆宗去世后，皇上所住的乾清宫由万历帝居住，慈圣太后因其年幼，仍陪着儿子住在乾清宫，直到神宗大婚为止，平时她督责儿子读书，在书没有读熟的时候，便罚在地下长跪。讲官门讲书以后，神宗回到宫中，慈圣太后又下令复讲。三六九的这几天是早朝的日期，天还没有亮，太后自己便起来了，把十几岁的皇帝从睡梦朦胧中喊起，宫娥给洗过脸以后，便得赶紧坐上肩舆上朝。
冯保听得吩咐，赶忙跑去。万历听着不禁打了一个冷战。汉代霍光辅助幼主期间废幼主的故事他也早就读过。现在母后命取《霍光传》，这不明明是为废掉自己而找依据么？他越想越怕。不一会儿，见冯保回来了，他告诉慈圣太后：“启禀太后，张先生央奴才代奏：皇上英明，但教自知改过，张居正拜伏在地，向万历行了君臣之礼。万历开口了，清亮的童音：『先皇在世多次提及先生，称忠良之臣。自先生辅朕以来，亦亲见先生为国操劳，多有辛苦。朕赐你蟒衣两件，锦缎四匹，略表慰劳之意。』将来必能迁善。霍光之事，未敢上闻，今，不如草诏罪己书！”
慈圣说：“张先生既如此说，就照此办理，你去叫他速速拟诏！”
未几，冯保又捧着居正拟就的一封“罪己御札”呈上，慈圣太后这才令万历起来，取纸笔自己誊写一遍。可怜万历皇帝已跪得膝盖酸疼，歪歪倒倒站起来，到一边去誊写这份自己骂自己的诏书。
随后，慈圣太后又命冯保立刻将孙海等人逐出宫门，永不叙用，并命令他对万历周围的内侍一一审核一番，凡行为不端者，一律换走。这边张居正又在慈圣太后的督促下，加紧了万历的功课，嘱翰林院编纂历朝宗训实录，分四十章，次第进呈，万历又被拖进了经山文海之中。其实，张居正内心也很明白，万历还是一个青年，年少气盛，正是好谀恶直的时候，慈圣太后动辄以“霍光”之事对万历，不仅万历受不了，就是自己也觉得难堪。平心而论，他还没有把自己比作霍光的意思。但为江山社稷着想，也只能是继续尽心尽责，不停地向万历灌输大道理，力劝他亲贤臣，远小人，慎起居，戒游侠；又劝他，罢节浮费，量人为出，裁汰冗员，严核财赋，并趁机把自己的“考成法”以及清丈全国田土、改进赋税、继续推行“一条鞭”法的种种计划向皇帝细细备叙，经过“西苑事件”的万历，凡事也再不敢造次，对张居正的计划自然一一允许，颁诏不迭。
推行“考成法”
万历元年六月，内阁上疏请求推行“考成法”。在张居正的一生中，这是一件重要的政治事业。张居正在疏中提到推行考成法的必要性：“……盖天下之事，不难于立法，而难于言之必效。若事而不考其终，与事而不加屡省，上无综核之明，人怀苟且之念，虽使尧舜为君，成皋为佐，亦恐难以底绩而有成也……”当时的明帝国，下达的政令、法令、章程经过“办公”人手之后，从衙门里发送到各个地方衙门，这些文件经过长短不等的公文旅行之后，最后到另一衙门归档，最终成为一纸空文，从此销声匿迹，不见天日。张居正是一个现实的政治家，他知道政务之所以行不通，不在于机构的缺乏，不在于法令的提出与否，所以他不主张增加新的机构，也不主张提出新的法令，他只要一个明确的答复。他曾经说：“法之不行也，人不力也，不议人而议法何益？”现在他创造了考成法。办法很简单，他把各衙门分置三本账簿。一本记载一切发文收文章程计划，这是底册。在许多项目中，把例行公事无须查考的，概行剔除，再同样造两本账簿，一本送各科备注，实行一件注销一件；如有积存时间长久尚未实行的，即由该科具奏候旨；一本送内阁查考。这三本账簿在综核名实方面发挥了最得力的作用。
张居正以六科控制六部，是明朝的祖制，但是以内阁控制六科，便是张居正的创新了。内阁本是皇帝的秘书处，事实上不负行政责任，更谈不上监察责任，实施考成法后，内阁的实权显然扩大了。
整理赋税
考成法的实施，影响最大的是在整理赋税方面。张居正当国之后，他的主张就是要富国强兵，要强兵得先富国。富国不外是开源节流，这两个方面，张居正都做了最大的努力。考成法主要是开源，考成法之外，当然还有节流。
按照前几年的国家预算已是大大的入不敷出了。每年国家收入二百五十余万两，支出四百余万两，这真是岌岌可危。所以节流必须从大处人手，皇帝和国防。居正在隆庆六年当国后，在节流方面更是锱铢必较。神宗开馆撰修穆宗实录，居正上疏请求免了旧例的赐宴，他说：“臣等夙夜皇皇，方切兢惕，岂敢为此饮食宴乐之事，非唯于礼有不可，于心亦实有不安也。且一宴之费，动辄数百金，省此一事，亦未必非节财之道。”
一年的冬天，居正在日讲的时候，请求皇上次年正月早开日讲，不必肴宴，并且免去元夕灯火。神宗虽然年少，但已经知道国事艰危的责任，他说：“早吩咐停止了。伺候圣母用膳的时候，都很简单，每逢节日，只有果宴。”
于是筵席停止了，又为明朝省去百余金。万历元年十月，居正进讲，提到了宋仁宗不爱珠饰，神宗立刻接到：“贤臣才是宝贝，珠玉有什么用处！”
“是啊，”居正说，“皇上英明！明君贵五谷而贱珠玉；五谷养人，珠玉饥不可食，寒不可衣。”
“正是”，神宗说：“宫人们喜欢珠玉，可是朕在岁赐上，没有一次不减省。”
居正听完神宗说的一席话，切实感到欣慰，感到少年皇帝的圣明：“皇上所言极是。真是社稷苍生的福泽！”他知道这样又可省去一些不必要的开支。不久，内务一位太监上疏请买金珠，奏疏发到内阁，居正看到后，立即封还，明确给了他一个否定的回答。
国防方面，居正也随时考量到国家的财政问题。宣大边外，俺答的伺题解决了，这五六年来，明朝与鞑靼的扶赏所费不过万余，而所省已有百万余。现在应当节省的都节省了。
但节流只是一个方面，主要的方面还是开源。考成法是一根鞭子，督促一切政务的进行，在财政方面，考成法的成绩最显着。居正曾说：“考成一身，行之数年，自可不加赋而上用足。”
当时，明朝对于江南和浙西的税额很重。但是，贫农生活困难了，便会把田地卖给富家，富家势力扩大了，可以坐食田租，因为地位优越，还可以获得减免的特惠权。这样一来，大地主慢慢形成，增多了。他们设法避免科役，任意拖延征税。所以，贫农益发贫困，负担益发沉重，大地主可以更多地获得利益。有的贫农索性把土地和人身自由一齐卖给地主，成为农奴。虽然平等没有了，但是从此不用再怕催租缴税的官差。国家收入减少了之后，不得不把赋税徭役分摊到别的一些小农身上，结果更把小农驱人佃农或农奴的地位，越发增加了大地主的势力。
隆庆三年的时候，海瑞作为应天巡抚，曾实行他的社会政策，目的是摧残大户，贫农的田并人大户的，海瑞设法替他们夺还。后海瑞去世，沿江号哭相送的人百里不绝。但海瑞因为以“鱼肉缙绅，沽名乱政”被弹劾。他看出了当时地主利益和小民利益的冲突，为了国家对付地主，又因为地主阶级的势力而失败。居正的时代，他用不着夺田还民，他用考成法，用国家的力量增加岁入，打击地主，同时也减轻贫民的负担。经过一系列的整理财政的计划，田赋得到整理了，国库渐渐充实了，经过嘉靖、隆庆两朝的耗费之后，从神宗即位到万历十年，国家称为富庶，有中兴气象，居正不可不谓立了一大功。
整饬学风
这也是张居正一个极大的改革。
明朝的学制，两京国子监是直辖中央的国立大学，与地方无干。各府州县有府学、州学、县学，生员有一定的名额，归各省提学官管辖。乡村中有社会、民间子弟自由入学，不受学额的限制，但也不强迫入学。当时的问题集中在地方学制的府州县学。