光绪二十一年，荣禄擢兵部尚书，二十四年六月十一日，光绪帝正式颁布“明定国事”的诏书，下令全国开始正式实行“维新变法”，这不禁引起了荣禄等人的极大恐惧与忌恨。当时人们把朝中跟随慈禧和光绪的两派人物分别称为“后党”和“帝党”，荣禄是为“后党”出谋划策的中坚人物，而光绪的老师、户部尚书翁同和则是“帝党”的中坚人物。维新派之所以能够和光绪帝接触联系，完全是由于翁同和的推荐介绍。这样一来，荣禄反对维新一则可以铲除异己，二则可以报复翁氏曾弹劾过自己的旧仇。于是他向慈禧建议，应该赶快赶走翁同和，以剪除光绪帝“变法维新”的羽翼。在慈禧的一再逼迫之下，光绪不得不下旨将翁免官回籍，同时按慈禧旨意，授予荣禄文渊阁大学士，令其署理直隶总督兼北洋大臣。于是，京城附近兵权就全部落入荣禄手中。也就在此时，口蜜腹剑、两面三刀的荣禄，按捺下满心的喜悦，又煞有介事地演出了一场悲悲切切的离别戏。他送给削职回乡的翁同和相当多的银两，并拉着翁的手放声痛哭，假惺陧地问他究竟是什么原因得罪了皇上，以致落到如此地步。其悲伤同情溢于言表，连翁氏本人也大受感动，更不用说那些不明真相的人们了。他们看了这些表演，都以为荣禄是“变法维新”的支持者。殊不知，荣禄这场离别戏只不过是猫哭老鼠式的假慈悲，洒下的也是几滴麻痹维新派、遮掩世人耳目的鳄鱼眼泪而已。
荣禄上任后，即抓紧操练新兵，培养爪牙亲信，建立自己的军事武装力量。他邀请当时顽固派大臣怀塔布、杨崇伊等来天津，密谋策划，叶付当时已大成气候的维新派。当时，有人曾问荣禄：“皇上听信新党之言，尽变祖宗法制，怎么办？”荣禄阴险地说：“大家不必担心，暂时让这帮新党猖狂几个月，等到恶贯满盈、罪状成立了，那时再下手不迟。”他又亲往颐和园谒见慈禧，试探慈禧对光绪帝的态度。荣禄说：“康有为尽变祖宗的规矩，皇上又一味听信他们，国家混乱不已，这样闲下去，恐怕要出事，眼睁睁看着祖宗的江山保不住了，如何是好？”慈禧心中已经非常恼恨光绪，但还是碍着母子情面，听荣禄一说，也乐得趁机行借刀杀人之事，就连声长叹说：“皇上虽是我一手抚养大的，但如今孩子大了，羽翼丰满，哪里还认得做娘的？他如果这样偏信他人之言，一意孤行，我哪有办法。再说，我还是不管为好。你荣禄忠心耿耿，我很信得过，你又身为总督，有职有权，你自己相机行事吧。”
荣禄得了慈禧旨意，心中有数，就更加抓紧部署镇压维新党人。他一边磨拳擦掌，一边在寻找机会，为了向光绪帝和维新派下毒手，他想出了一个引蛇出洞的阴谋。他先调聂士成五千兵驻扎天津，又调董福祥部队驻扎在距北京彰德门外四十里处的长辛店。一切准备就绪后，就呈上奏折，请光绪帝和慈禧来天津检阅新军。他想等慈禧进入军营后，立即宣布废黜光绪帝，另立新君，然后下令捕杀维新派，将他们全部剿灭，慈禧看到奏折，自然心领神会，非常高兴，就准备动身去天津。光绪深知荣禄是慈禧的忠实走狗，此番上奏请自己离开京城，其居心难以臆测。于是就赶紧来到勤政殿与维新派诸谋士商量，大家都说其中一定有诈，极力阻止先绪帝去天津，然而由于慈禧一再催促，光绪不好公开表示不去。
此时形势真是危如累卵，顽固派势力掌握了军权，反扑迫在眉睫。光绪心急如焚，他连下两次密诏，令康有为等人设法救驾。当时维新派考虑到正在天津小站操练新兵的直隶按察使袁世凯曾经参加过维新人士组成的团体“强学会”；翁同和革职还乡路过天津时，袁不仅向他表示同情，而且还申述了自己对光绪皇帝的无限忠诚。袁氏手中又掌握有军队，如若他肯起兵反对荣禄，助行新政，那事情就好办得多了，于是决定由光绪帝亲自召见他，奖掖他的忠心，并破格提升他为兵部侍郎。嗣后由谭嗣同连夜走访他的寓所，说出维新派的计划：命袁世凯速回天津，杀掉荣禄，然后带兵入京，包围颐和国，软禁慈禧，拥戴光绪，事成之后，由袁世凯接任荣禄一切职务，袁世凯听了，慷慨激昂，满口应承，说“请转告皇上尽可放心，我杀掉荣禄就如同杀一条狗那么容易！”谭嗣同怕他不可靠，故意试探说：“你要不想干也可以，假如向西太后那边告发了，照样有你的荣华富贵。”袁世凯听了，生气地瞪大眼睛说：“难道你们还不相信我袁世凯吗？你们把我看成了什么人！”谭嗣同见他态度这样坚决，便放心地走了。但等谭一走，袁世凯心中便犹豫起来，他想到此事非同小可，万一事机不密，不仅自己生命难保，而且还有灭族之灾。他思前想后，考虑再三，觉得“帝党”的力量，到底还是斗不过“后党”；投靠“帝党”肯定会要吃亏的。何况自己是荣禄一手栽培起来的，此人足智多谋，跟着他走迟早会有出人头地之日。看来今日之事，倒应该是自己为“后党”立功取信的极好机会。想到这，他决定火速去天津向荣告密，这是九月二十日的事情。
荣禄接到袁世凯的密报后，大惊失色，连声喊道：“冤枉！冤枉！我荣禄若有半点侵犯皇上之心，天诛地灭！”他命令袁世凯替他暂守天津，然后马上乘火车赶往北京来见慈禧。当时天色已晚，太监通报进去，回复说慈禧已经休息，有旨明日见驾。荣禄急得喊了起来，说：“这样紧急的事，还能等到明天吗？”执意硬要进去。正在争吵不休时，恰好有个慈禧面前的亲信太监出宫办事，一见是荣禄，就让他进去了。荣禄的脚本来有点跛，此时性急，一路上跌跌撞撞，摔了好几跤，才来到后宫。一到后宫，他就捶门捶户喊起太监，太监们睡得正香，听见如此急切的呼喊，猛然坐起，大家都以为是宫中着了火。等到出门来，只见荣禄没穿官服，一身普通百姓打扮，深更半夜地站在门外，大家更加惊诧万分，忙问何事，荣禄答道：“我要速见太后，有急事相告，刻不容缓。”当时慈禧也已经睡下，听见事情紧迫，急忙起了床，宣布即时传见，荣禄踉踉跄跄跑了进去，一见慈禧，便伏地放声大哭。慈禧见状大惊，忙问：“到底发生了什么事，如此紧急？”荣禄一面哭，一面将袁世凯告密的内容一一讲来。慈禧气得浑身颤抖，脸上一阵红一阵白，她咬牙切齿地说：“这小子竟做得出这样忘恩负义的事来，看来我们不得不先下手了。”即命荣禄赶紧召集自己亲信的大臣们速来颐和园商议。
荣禄进宫时，行动虽然鬼鬼祟祟，但神态慌里慌张，这时光绪帝的一位贴身心腹太监也正好在慈禧这边，他瞧见这一切，心想：这荣禄乃是直隶总督，驻军天津，为何轻易离开职守，深夜进宫呢？神态又如此慌张着急，想必一定有什么重大变故。他就悄悄跟在荣禄后面，只见荣禄见了太后，失声痛哭，心里便明白了几分，他想这事很可能与皇上有关。于是便躲在窗外窃听。荣禄与太后的谈话内容，他虽听不十分明白，但太后怒不可遏的情形，他却是看得一清二楚的。等荣禄一出来，这太监就连忙跑到光绪那里报告。光绪帝一听，情知大事不好，一定是袁世凯告密，事情被发觉了。光绪想，自己的性命问题倒还不大，只是那些维新党人物恐怕是难以保全了。当下便派人火速通知康有为，叫他赶快逃走；康有为得知消息后，连行李也来不及收拾，只身逃出京城，乘轮船到天津，然后转往上海，亡命海外。
此时荣禄奉了慈禧之命，召集了刚毅、塔怀布、许应接等一批保守派大臣来到慈禧殿前。这些大臣们听到消息，无不惊惶失色，面面相觑。大家痛骂维新党人之后，便请速诛康有为、梁启超等人，并请慈禧再度出来垂帘听政，以挽救颓局。慈禧准奏后，即命荣禄带兵保卫宫廷，荣禄答道：“奴才恐事生不测，此次来京前已命数千亲兵随后，想必此时已经到达京城。”慈禧连忙称赞荣禄做事周全，想得周到。随即命令把宫中原有侍卫调出，一律换上荣禄的亲兵。次日，慈禧把光绪帝囚禁于中南海瀛台，命荣禄派兵把守，自己则宣布再度训政。同时，在全国范围内捕杀维新党人。四天之后，将谭嗣同、杨深秀、康广仁等六君子斩于菜市口，将一大群与“变法维新”有关的大臣们充军的充军，革职的革职，降级的降级，一场轰轰烈烈的“百日维新”运动就在慈禧与荣禄的联合密谋中残酷地镇压下去了。在这场摧败“戊戌变法”的阴谋活动中，荣禄再次为慈禧立下头等功劳，得到慈禧更大的宠信。她将荣禄升任为军机大臣，同时执掌兵部大权，节制北洋海、陆各军。此时的荣禄，正如梁启超所说的是“身兼将相，权倾朝野”，以致“得太后信仗眷顾之隆，一时无比，事无细巨，常待一言决焉，”可以说，荣禄的发迹再起，升迁直到爬上高位，无不是靠他的权谋狡诈、心狠手辣的一系列卑鄙行为取得的。
四、两面讨好一心卖国
光绪二十六年，义和团运动兴起，慈禧原先是想利用义和团杀洋人，后又利用洋人杀义和团。在这场斗争中，荣禄再一次表现出他不寻常的老奸巨猾。本来，慈禧在“戊戌变法”失败后就着手确立皇储，以便伺机取代光绪皇帝。她选中了端王的儿子薄伦。但荣禄告诉她，此事不能操之大急，应首先取得洋人的同意才能行事。根据荣禄的主意，慈禧在元旦那天，邀请各国公使前来道贺，以征询对立储这件事的支持。但是，公使们纷纷拒绝参加宴会，原因很明白，他们反对废掉光绪皇帝。慈禧不能忍受外国人对她进行政治干预，她刚想发火时，荣禄劝告她，这事万万不可惹怒洋人，只能慢慢商量，小心谨慎，见机行事；关于皇储溥伦的名分，不要弄得太明显。慈禧听从了荣禄的意见，便改称溥伦为大阿哥。这样一来，溥伦的父亲可不干了，他认为是洋人作梗，才使得他的儿子当不上皇帝。他联合刚毅、徐桐等一批大臣，上疏奏请慈禧利用“法力无边”的义和团反对洋人，以收两败俱伤之利。在此同时，以兵部尚书徐用仪、户部尚书立山为代表的大臣则坚决反对这种做法，认为惹怒了洋人一定会引来大麻烦。慈禧为出心中的恶气同意了端王、刚毅等人的主张，下诏“宣抚”义和团，命其进攻东交民巷各国使馆，并将一再进谏劝阻的徐用仪、尚书立山等三大臣杀了头。结果导致八国联军入侵，北京很快就陷落了，慈禧只得仓皇逃往西安。在逃跑的路上，慈禧为了表示和洋人作对的是别人不是她本人，又下令将刚毅、徐桐等人杀头。在这一场翻手为云覆手雨的宫廷斗争中，深于心计的老狐狸荣禄尽量不使自己卷入漩涡，而他心里是始终明白这些利害关系的。他在不忤逆慈禧意思的情况下，也给慈禧准备了后路。他奉承旨意调遣董福祥的部队进攻东交民巷外国兵营，却又不给他们发炮弹，而且暗地里还派人给洋人送去水果、食物，以示友好和慰问。当八国联军进入北京后，慈禧急得哇哇直哭，荣禄道：“事已至此，太后不必悲伤，速图善后事宜为要。”慈禧狼狈出走陕西，荣禄先是留京，后又赶赴西安。临走时，他授计负责议和的李鸿章和奕勋，在与洋人谈判过程中必须掌握一条原则，即只要不追究慈禧的责任，不让慈禧归政于光绪，无论什么苛刻条件都可答应。在荣禄的授意下，李鸿章、奕勋和八国联军签订了连本带息近十亿两银子的赔款、允许外国军队在京城驻兵的《辛丑条约》。可见荣禄的企图只是要保全慈禧一个人，这样也就保全了自己的荣华富贵，对于国家的利益，他是置诸脑后的。
对于荣禄不惜出卖国家利益保全自己的做法，慈禧当然感激涕零，因而对他也格外“宠礼有加”；不但赏赐他黄马褂，而且以“保护使馆，为主剿匪”有功，赏戴双眼花翎及紫貂皮袍，甚至还加封荣禄太子太保转文华殿大学士头衔。除此之外，为了奖赏荣禄的一片忠诚，慈禧还将荣禄的女儿指婚给醇贤亲王的儿子载沣；载沣是光绪帝的弟弟。慈禧这样做，一来是为了表示对荣禄的特殊恩典，二来也是稳定光绪家人的心，使他们不致对自己造成不满。荣禄的女儿与载沣结婚后，即生下儿子溥仪；这个溥仪后来做了清朝最后一个皇帝，这就是宣统。
光绪二十九年，荣禄病死家中，终年67岁。慈禧听到消息，悲哀地说：“荣禄死了，今后还有谁能像他那样忠心耿耿、足智多谋呢？”旁人见慈禧过于伤感，赶快劝慰，慈禧说：“你们哪里知道，荣禄是我一生中最信赖的大臣，数十年来一直同我患难与共，好几次难关都全仗他的胆识谋略渡过的，如今他这一死，令我想起无限往事，怎不叫我格外伤心呢？”
为了褒奖荣禄的忠诚，也为了鼓励别的奴才也效法荣禄忠于自己，慈禧诏谕对已死的荣禄格外抚恤。除晋封一等男爵，赐予陀罗经被外，还特赏三千两银子治丧。又旌表其功绩，人贤良祠，并且把他的平生功绩，付与国史馆立传。复赐祭席一桌，派恭亲王溥伟前往祭奠，以示恩宠殊荣。