逐步革除屠城杀掠的习惯法，免难民、降俘之死，大大促进了统一战争的胜利进行。蒙古统治者在初期的征服战争中，曾经下令：凡在攻城之时，敌人敢于武力抗拒者，城破之后，必加严厉惩处，杀之无赦。这种野蛮残暴的屠城杀掠政策，固然对敌人有一种威慑的作用，使之不敢抗拒，早日迎降；然而在事实上威胁的作用非常有限，抗拒者还是很多。残暴的杀掠政策不仅严重地破坏了社会经济，而且增加了抵抗者持续反抗的决心。元太宗三年（1231年），蒙古军将征河南，耶律楚材便请求不要残杀当地居民，可以把他们迁往山后之地，在那里开采金银、栽种葡萄，既可贷其不死，又可提供皇室所需。窝阔台汗说：卿言是也。采纳了这个意见。次年春，大军南征，陕洛秦虢等州的人民纷纷逃往山林洞穴躲避。窝阔台汗下诏：“逃难之民，若迎军来降，与免杀戮。”有些蒙古贵族反对这个诏令，他们说“逃民们急则降，缓则走，不把他们杀掉，终为敌人所用，还是不要宽宥，完全杀掉为好。”耶律楚材请求制旗数百面，发给逃民，让他们回到蒙古军控制的州郡去种田。据说，因此而活下来的逃民不可胜数。元太宗四年（1232年），蒙古军大将速不台攻打金国的南京开封府，即将攻下时，派人向窝阔台汗奏请说：“此城抗拒持久，我军死伤甚多，城破之后，应尽屠之，以示惩罚。”耶律楚材听说后忙向窝阔台汗说；“我军将士在外征战数十年，所想要得到的不过是土地和人民。如果得到了土地，却没有人民，又有什么用处呢？”窝阔台汗听了犹豫不决，耶律楚材又说：“制造弓矢甲仗、金玉器皿的能工巧匠，和官民富贵之家，都聚在这个城中，如果全都杀了，我们将一无所得，那这个仗就白打了。”窝阔台汗点头称是，于是下了一道诏令：“除皇族完颜氏罪大不赦外，其余皆免罪不问。”据说当时因避兵乱居于城中的有一百四十七万多人，都因此而免遭屠杀。从此以后蒙古对南宋用兵，攻取淮汉诸城，也都以此作为“定例”，不再“屠城”，只诛“首恶”。这当然是蒙古军事政策的一大转变，有着重要的意义，而耶律楚材在其中所起的作用，自然也应该给予充分的肯定。
二、谏阻“裂土分民”，建立军、民、财分治的中央集权制。自成吉思汗建国以来，蒙古统治者就实行“裂土分民”的分封制。窝阔台汗即位以后，也准备把新占领的中原地区分赐给亲王和功臣。耶律楚材说：“裂土分民，容易引起彼此间的不满和猜疑，使矛盾扩大化，产生尾大不掉的毛病，不如多给他们一些金帛。”窝阔台汗说：“已经答应他们了，怎么办呢？”耶律楚材说：“那就由政府派遣官吏到各州县收税，颁发诸王功臣，不让他们擅自科征，把向地方征税的权利收归中央，也可以收到同样的效果。”于是制订了“每五户出丝一斤以给诸王功臣”的政策，大大削弱了他们的实力。当时，诸路官吏均兼管军民财三个方面的事宜，权力极大，往往肆为不法，骄横异常，不仅生杀自专，而且各州郡地方之间，也常因争权夺利，彼此相攻，有时连皇帝也无法统摄。为了改变这种局面，耶律楚材建议：各州郡置长吏专管民事，设万户府总领军政，设课税所管理钱谷。他们之间势均力敌，不相统摄，力量有限，骄横的气焰就会受到遏止。窝阔台汗采纳了这个建议，制订了地方官军民财三权分立的制度。结果大大加强了中央集权的实力，压制了地方势力的滋长，避免了分裂因素的扩张。
三、尊孔用儒，始兴文治。蒙古帝国的建立，在很大程度上是依靠武功，因此在初期对文治是不够重视的。窝阔台即位后，耶律楚材对他说：“天下虽得之马上，而不可以马上治。”经常向他宣传“周孔之教”，他认为很有道理，便要耶律楚材推荐一批文臣到政府部门任职，试行“汉法”。耶律楚材于是把当时著名儒士陈时可、刘中、周立和、吕振等人派往燕京、宣德等地征收课税，后来都取得了很大的成绩，这是蒙古统治者试用文臣治天下的开始，耶律楚材创议之功是不应忽视的。此后，耶律楚材继续在这方面做了许多工作，最主要的有求孔子之后，得五十一代孙孔元措，奏请封为“衍圣公”，付给林庙地，世袭其位，以示尊崇。又下令招收因战乱而散亡的礼乐人才；还接受著名学者元好问的请求，把许多沦为俘虏的儒生解放出来分配适当的工作。到元太宗九年（1237年），更以“制器者必用良工，守成者必用儒臣”为由，建议“用儒术选士”，试图恢复唐宋以来的科举考试制度。这年八月，窝阔台汗命令刘中等人在各地考试，计分经义、词赋、论三科，儒人被俘为奴者也可参加考试，如果主人隐慝不遣，其罪当死。据说这次考试共得儒士四千余人。他们充实到各级政府机构中去，当然大大改善了官员的文化结构，对由武功向文治的转变，是有重大意义的。
四、立法执法，制止贪暴。蒙古建国初期，法制极不完善，各地州郡长吏贪暴之风十分严重。他们生杀任情，孥人妻女，劫取货财，兼并土地，胡作非为的事很多。耶律楚材针对这些情况请求窝阔台汗颁布法令：“州县非奉上命，敢擅行科差者罪之。贸易借贷官物者罪之。蒙古回鹘河西诸人，种地不纳税者死。监主自盗官物者死。应犯死罪者，具由申奏待报，然后行刑。”这些法令的颁布执行，对制止不法官吏的贪暴之风，稳定社会秩序起了一定的作用。为了使政府的法令得到认真贯彻执行，耶律楚材常常挺身而出，维护法律的尊严，与权贵作斗争。有一次，窝阔台汗的宠臣杨惟中等人包庇杀人犯，耶律楚材得知便把他拘留起来加以审问。窝阔台汗听信谗言，一怒之下，不辨真假，反而把耶律楚材抓了起来，既而又感到不对，有些自悔，命人把耶律楚材放了；耶律楚材却不肯罢休，说：“臣位至公卿，辅佐陛下处理国政。陛下下令逮捕我，认为我有罪，应当向百官宣布我的罪在哪里。现在却又释放我，说明我没有罪。这样轻易反复地处理问题，有如儿戏。如果国家真遇到什么大事，能够这样处理吗？”在场的大臣们不觉大惊失色，都为他这种“犯上”的语言捏一把汗。不过，窝阔台汗毕竟不是一般昏庸的皇帝，他对耶律楚材的耿直是信得过的，不仅没有发怒，反而温言相劝，“我虽然贵为皇帝，难道就没有一点过错吗！”这种君臣互相信赖的精神，是政治改革得以顺利进行的重要保证。
耶律楚材“以儒治国”的思想，表现在经济方面是促使蒙古统治者尽快适应中原地区高度发展的封建制度，恢复战乱的破坏创伤，制止苛重的赋敛剥削，把封建经济推向正常发展的轨道。他主要做了以下几方面的工作：
一、阻止将农田辟为牧地的建议。窝阔台即位之初，有个名叫别迭的蒙古贵族说：“中原地区的汉人不懂得畜牧业生产，对于我们没有什么用处，不如把他们全都杀了，好在那里开辟牧地。”这种变先进为落后的建议，反映了某些习惯草原生活的贵族的无知，这种人虽然可能只是个别的，然而如果不加阻止，一旦被采纳作为政策，后果将不堪设想。耶律楚材非常敏锐地发现了问题的严重性，及时指出“天下是广阔的，四海是富裕的，各地的人民都会勤劳生产，只要我们的政策好，他们就可提供大量的财富，怎么能说无用呢1”窝阔台汗说：“如果真象你说的那样好，国家收入增加了，又何必杀人呢！就按你的意见办吧！”一场破坏中原农业经济的灾难被制止了。
二、用课税的方式代替军事掠夺。蒙古立国之初，战事频繁，军费所需，多属“以战养战”。赤裸裸的军事掠夺，不仅给社会经济造成不必要的破坏，而且来源也极不可靠，妨碍了战事的顺利进行，元太宗二年（1230年）耶律楚材向窝阔台建议：“陛下即将南伐，军需应该早日筹措，如果建立税收制度，仅中原地区的地税、商税、以及酒醋盐铁山泽之利，每岁就可得银五十万两，绢八万匹，粟四十万石，军费就不成问题了。”窝阔台汗同意试行，于是在燕京、宣德、西京、太原、平阳、真定、东平、北京、平州、济南等十路设立课税所，选派汉人儒者担任其事。次年秋天，各路使者将征收到的粮仓簿籍和金帛实物进呈，窝阔台汗见了，高兴地对耶律楚材说：“你没有离开我的左右，却搞来这么多的钱粮，真了不起呵！”对他更加信任。不过，当时的税制尚未定型，税则税率各地很不一致，大体上是蒙古以马计，西域以丁计，汉人以户计，难免混乱与不便，急需改进。兀太宗六年（1234年），大臣忽都虎等人主张按人丁多少征收赋税，耶律楚材说：“自古以来，在中原都没有实行过以丁收赋的办法。如果强制执行，人民必将逃散，赋税就收不到了。”看来，耶律楚材是想要减轻人民的负担，但是不少入主张对人身课税，以谋求财政收入的增加，结果未能作出最后的结论。到元太宗八年（1236年），耶律楚材终于奏请制订了新的赋税制度，（一）户税：每二户出丝一斤交给国库，每五户出丝一斤交给诸王功臣。（二）地税：上田每亩三升，中田二升半，下田二升，水田五升。（三）商税：三十分之一。有人认为这个税率定得太轻了。耶律楚材说：“历史的经验证明，许多法最初定得轻，后来都变重了，如果开始就定得很重，后来的人民就无法过活了。”这种轻税的思想，对恢复发展生产是有好处的。
三、释放俘虏，提高劳动者的地位。蒙古灭金后，大批百姓掠为俘虏，北返途中，逃亡者十有七八。窝阔台汗下令严查：“停留逃民及资给饮食者，皆死。无问城郭保社，一家犯禁，余并连坐。”此令一下，立即引起了广大百姓的惶骇不安，虽是父子兄弟，一经俘虏也不敢相认，逃民无所寄食，多死于道路。耶律楚材对窝阔台汗说：“十多年来，我们执行存抚百姓的政策。因为百姓是很有用处呵！现在我们已经统一了中原，他们还能逃到什么地方去呢？岂能因为一个俘虏，便把数十百人连坐处死呢！”窝阔台汗顿然醒悟，立即解除了这个禁令。不过，当时诸王大臣将校在战争过程中，仍然将大批人民掠为驱口，动以万计。驱口的身份很低，任凭主人驱使买卖，毫无人身自由可言。这不仅是对劳动力的摧残，而且也减少了国家的财政收入。耶律楚材于是奏请下令括户口，凡属驱口“并令为民，慝占者死”。大批驱口被释为民，地位提高了，对发展农业生产当然是有好处的。
四、抑制高利贷势力，反对过分剥削。蒙古贵族为了获取巨利，曾委托回回商人发放高利贷，年息百分之百，一锭银十年后本利可达一千零二十四锭，时称羊羔息，为之倾家破产的很多。耶律楚材奏请：“子母相侔，更不生息，”使高利贷势力稍有抑制。当时政府官员为了增加财政收入，竟然允许商人“扑买”。商人们勾结权贵承包了全国的课税、差发，甚至连地基、水利、河泊、桥梁、渡口、猪鸡也承包了。这种把国家财政经济命脉全都交给商人的作法，是十分有害的。耶律楚材说：“这是贪利之徒，罔上虐下，想出来的恶主意，为害甚大，决不能干。”于是奏请窝阔台汗罢除了。此外，耶律楚材还在“衡量，给符印，立钞法，定均输，布递传，明驿券”等方面做了不少工作，都是有关发展经济的政策措施。由于这样，“庶政略备，民稍苏息，”收到了很好的效果。
六、极争巧谏大造中国
耶律楚材作为窝阔台汗的中书令，利用其有利的地位和权力，确实在促使蒙古统治者接受“汉法”，适应中原地区封建社会的要求，建立必要的政治经济制度，促进社会经济文化的恢复和发展等方面，做了许多有益的工作。史称窝阔台汗的统治，“量时度力，举无过事，华夏富庶，羊马成群，旅不赍粮，时称治平”。其中当然应该有耶律楚材的功劳和贡献。
耶律楚材取得成功的道路，是并不平坦的。他的政治改革一开始就遭到守旧贵族的反对。例如，燕京留后长官石抹咸得卜竟以旧怨，诬告耶律楚材“率用旧亲，必有二心”，务欲杀之而后快。窝阔台汗对耶律楚材也不是全都言听计从。有时耶律楚材发现某些事情做得不对，极力辩谏，声色俱厉，言与泪下。窝阔台汗不仅不体谅耶律楚材的好意，反而说什么“你想要打架吗？”“你就知道为百姓哭鼻子尸有时甚至下令把耶律楚材捆绑起来，这都是不够尊重与信任的表现，因而大大妨碍了耶律楚材“以儒治国”理想的彻底实现。
特别是元太宗十三年（1241年）窝阔台汗逝世后，乃马真皇后称制，宠信奥都刺合蛮，不少贵族畏惧其势，争往附之，耶律楚材更遭到排斥疏远。耶律楚材眼见政事日乱，不忍心撒手不管，只要发现有“不便于民”的事，还是站出来仗义直言，更引起了某些人的不满。一次，乃马真皇后将盖了御宝的空白纸，交给奥都刺合蛮，让他自行填写颁发。耶律楚材知道后说：“天下者，先帝之天下。朝廷自有宪章，必须遵守，不按宪章办事，就乱了法，这样的诏令我不敢奉行。”乃马真皇后又下旨：“奥都刺合蛮提出的建议，令史如果不办，断其手。”耶律楚材说：“国家大事，先帝全都委托老臣处理，令史没有责任。事若合理，自当奉行，如不可行，死且不避，还怕断手吗？”乃马真皇后听了很不愉快，耶律楚材仍然辩论不已，大声说道：“老臣跟随太祖太宗三十多年，没有做过对不起国家的事，我是无罪的，你总不会把我杀掉。”乃马真皇后听了更加不满，但终因他是先朝勋旧，不好轻易处理，便采取了敬而远之的办法，实际上是排挤他，不让他掌权。耶律楚材得不到信任，眼见奸邪当道，政事日非，心中很不愉快，终于在太宗后乃马真氏三年五月十四日“愤惋”而死。死的时候才五十五岁。在他死后，许多蒙古人痛哭流涕，如丧其亲戚，接连几天听不到奏乐唱歌的声音。全国各地的士大夫听说耶律楚材死了，也莫不涕泣相吊。当时的人们对他的死都感到非常悲痛和惋惜。