万历三年（1575年），张居正的案头上堆满了驿递扰民的报告，他决心对混乱不堪，祸害民众的驿递制度进行整顿。张居正当然明白，整顿驿递就是要剥夺那些特权阶层的权利，而那些人大多是中央和地方的高官显贵，遭到他们嫉恨，很可能自己会丢官去职。但他不顾及这些，他要利用手中权力这把快刀，去割除这块祸国殃民的毒瘤。他在给总宪李渐庵关于解决驿递弊政的信中说：“治理之道，最重要的莫过于安民。锄强戮凶，剔奸厘弊，势不得已必须用势，这只是为了安民而已。”
经过一番准备，张居正在万历三年（1575年）制定了整顿驿递的制度。制度规定：
1.所有各级官员，不是军务，不得擅自使用金鼓旗号，违者或清查敷衍者一同治罪。
2.巡抚、巡按及各司、府所属的官员，不许借故远行，参见拜谒，骚扰驿递。
3.由驿站按规定供给过往使客物资，当地州、县不许另送下段路程的费用。若有乘机勒索者，由巡抚、巡按纠察处治。
4.对持有勘合的使客，人、马所需只由驿站应付，不许擅派附近村民的差役，增加百姓的负担。
这些制度对那种滥用驿递的状况，不失为一次严格的整顿。对于规章制度，重要的不是制定什么样的条文，关键是能否执行。不尚空谈，着实去做，这是张居正为政的一贯作风。他认为，能否执行驿递制度，不能仅仅去要求驿站的官员应该怎样。要想真正贯彻政府的法令，就要落实在各省巡抚、巡按的头上，由他们监督实行。再有违犯者，唯他们是问。在整顿驿递中，一切都从大官做起。由于积弊日久，官员无视规定，常有违制之举。万历五年（1577年）正月，张居正对违制官员严加惩处，才引起了较大的震动。
对驿递的整顿，张居正责令有司要坚持常年抓，一抓到底。他本人也带头遵守驿递制度。经过多年坚持不懈的整顿，改变了驿递的腐败混乱状况，既保证了军国要务的畅通，又节省了大量的开支，大大地减轻了交通沿线穷苦百姓的负担。
（十）丈田亩，打击豪强
为了限制豪强兼并土地，增加国家税收，从万历六年（1578年）起，张居正对全国的田地占有状况，进行了一次比较彻底的大清查。
孟子说：“仁政必自经界始。”是说只有合理分配土地，明确疆界，抑制兼并，才是确保国家安定的良好政治。自古以来，国家的治乱兴亡，都是与土地的分配形式及占有状况联系在一起的。明代中期以后，皇室、官僚、地主等大肆兼并上地。至嘉靖年间，田赋弊端百出。豪门有田不赋，贫民却仍然要承担各种赋役。土地兼并的发展，不仅减少了国家的财政收入，而且也激化厂阶级矛盾，多次引起了大大小小的农民起义。
张居正清醒地认识到，若再不下决心解决土地兼并问题，势必要造成更严重的经济、政治危机，将动摇明王朝的统治。因此，万历六年，张居正不顾豪强地主的强烈反对，抱着“苟利社稷，生死以之”的大无畏精神，下令重新丈量全国的土地，清查漏税的田产。限制豪强兼并土地，使小民获得生路。这一工作，责成户部尚书张学颜主持进行。张学颜制定了《清丈条例》共八条，主要有规定清文的政策与范例；审议委派进行清丈工作的官员；重新分配田、粮数额；重新核查各类田地所征之税等等。清丈工作即按照这一《条例》来进行。
由于清丈工作触犯了宗室、官僚、豪强地主们的利益，遭到了他们的抵制和反对。有些地方官对清文工作很不认真，要么不敢得罪当地的豪族权贵，要么出于地方主义，故意少报、降等。清文工作迟迟打不开局面，阻力重重。但是，张居正知难而进，坚定不移。他深信，清大田亩这项工作虽然对官宦豪强之家不利，但对小民确实有好处，对国家确实有好处。于国于民有利，就要坚持，就要一于到底。为了打开局面，推动清丈工作的开展，张居正相继采取了一系列有力的措施。一方面给主管官员写信，要他们树立信心，认真负责，坚持到底，同时又向他们表示，自己决心趁在位之机，彻底解决这百年积弊，宁肯蒙垢致怨也在所不惜。另一方面，下令各级地方官必须严格执行政府的法令，不许消极抵制，以考成法督责，违者查办。
在被清丈的对象中，阻力最大的是那些位高势重的勋戚。万历七年（1579年）六月，张居正奏请皇帝特别下诏：“核两畿（即北京与南京附近地区）。山东、陕西勋戚田赋。”对他们的田地进行清丈，有超过限制及隐占者，依法处置；。张居正不畏权贵，依法清丈了山东阳武侯自置的田产，他不询私情，清丈了恩师徐阶的田亩。这样，清大田亩工作，终于冲破重重阻力，在全国范围内推广开来。
经过三年的艰苦努力，各省的清文工作陆续完成。在清丈工作中，张居正运用考成法，罚过赏功，推动了清文工作的进行。经过这次大清文，田赋得到较彻底的整顿。地主豪强所隐占的土地被清查出来，普通农民减轻了负担，国家的财政收人大大增加了。所以清丈田亩这项工作，不仅当时受到人们的赞誉，而且在张居正死后若干年还有人追述他清大田亩的功绩。
（十一）行鞭法，改革赋役
万历九年（1581年），全国性的清文田亩工作基本完成了。为了进一步改变严重的赋役不均，减轻无地或少地的农民的赋税，适应社会经济发展的新形势，张居正在清丈田亩的基础上，下令在全国范围内推行“条鞭之法”，又称“一条鞭”法，全面实行赋役制度的改革。
在一条鞭法实施之前，明朝传统的赋役制是将赋和役分开征调的。赋以田为对象，分为夏税与秋粮，向田主征收；役的对象是人丁，官府需要力役，按户出了，轮流应役。明初实行休养生息政策，徭役比较合理，人民尚可承受，但明中期以后，由于政治日趋腐败，隐占上地、人口的现象越来越严重，户等的划分，徭役的分配，已经失去了公平的准则，而目。各种苛捐杂税也越来越多，致使许多农民倾家荡产，离乡逃亡。这就造成了国家征发摇役困难，赋税减少，财政危机。农民四处流亡，又激化了阶级矛盾，使社会动荡不安。
深知赋役旧制之弊的张居正，经过认真研究，认为宁国知县甘澧创行的“一条鞭”法便民利国，决定推行。为慎重起见，他指示先在湖广地区试点。经过一年的时间，试点成功。张居正通过总结历年来各地推行“一条鞭”法的经验、教训，对“一条鞭”法的认识更加深刻了。他信心十足地对人说：“条鞭之法，是从实际出发的，合情合理。衡量法令的合适与否，应该以是否适合广大群众为标准。只要民众认为方便适宜，就应该推广。”
张居正认为“一条鞭”法具有普遍适用性，但是，由于官员们认识不一，阻力仍然很大。至万历九年（1581年），张居正认为全面推行“一条鞭”法的条件成熟了。一是考成法已经推行了8年，各级官吏已经养成了严肃执法。令行禁止的作风，这是推行“一条鞭”法的保证；二是全国性的清丈田亩工作基本完成，户口也重新编查核实。这是赋役制度改革不可缺少的基础。于是，在正月间，张居正奏请皇帝“尽核天下徭赋”，下诏在全国范围内推行“一条鞭”法。其基本内容为：
1.赋役合并，化繁为简。将各地日赋和逐役总归起来，统一征收，所以叫“一条鞭”法。
二。差役合并，役归于地。将各项徭役合并，全部折合成银两征收。所征役银按照丁数和地亩来出。即把丁役部分地摊入地亩中，按亩征收。这就是所谓的“役归于地”。至于丁、地各占多少比例，由各地自己规定。
3.田赋征银，官收官解。田赋的征派，除漕粮纳实物外，其他一律折合成银两征收，这样便于储存、运输，所以将过去由粮长征收、解运改为由地方官吏直接征收和运交国库，称为“官收官解”。
4.以县为单位计算赋役数目。将原来的税额按一定比例分摊到土地和人丁上，即所谓“总括一州县之赋役，量地计丁”。
“一条鞭”法是赋役制度的一次重大改革，不但在当时是一项利民益国的措施，从长远来看，也大大有利于中国社会的发展与进步。
“一条鞭”法将赋役合并，化繁为简，减少了官府、豪强对小民骚扰和盘剥的机会；田赋征银，官收官解，不但减去人民长途运粮之苦，也免除了大户豪强欺压小民、损公肥私的弊端；以银代役，使农民有自己支配劳动的时间，可以更灵活地创造财富。这些便民利民之处，受到了人民的欢迎。
“一条鞭”法的推行，安定了人民生活，缓和了阶级矛盾，激发了农民生产积极性，同时，量地计丁、计亩征银等措施，使一些富户及权贵再难以隐产瞒了、逃避赋役。生产的发展，赋役漏洞的堵塞，增加了国家的财政收人。万历皇帝批准了张居正上疏请求免除自隆庆元年（1567年）至万历七年（1579年）间各省积欠的钱粮，这反映了国家财政全面好转的事实。
“一条鞭”法以国家法律的形式，把以银纳税、代役肯定下来，推动了商品货币经济的发展；以银代役使封建国家放松了对农民的人身控制，为手工业提供了劳动力；摊力役入田亩，使部分商人把资金更多地投入工场手工业和商业，相对减弱了投资土地的兴趣。这些都为明代中后期资本主义萌芽的产生创造了良好条件，客观上促进了社会历史的进步。
当然，张居正的赋役制度改革，只是对封建生产关系的局部调整，不可能解决封建社会的固有矛盾。日久之后，又会产生新的弊端，明王朝灭亡的命运是不可避免的。
五无畏斗争
整顿和改革，虽然是为了维护统治阶级的根本利益，但是它不能不触犯某些集团的既得利益，因而必然要遭到反对派种种形式的抵制与反对。随着改革的深入，改革与反改革的斗争也更加激化。张居正为实现富国强兵、固民安民的目的，以坚韧不拔的毅力和“苟利社稷，生死以之”的大无畏精神，坚决斗争，并注意以自身的表率作用，推动改革事业的发展。
（一）罢刘台，坚持改革
张居正进行的一系列改革已经初见成效，更加增强了他除旧布新的信心。万历四年（1576年）正月里，他将人情往来，官场应酬一概全免，与内阁大学士吕调阳、张四维、户部尚书王国光筹划如何减免全国历年来陈欠的赋税，如何增加国库的储银。又请来吏部尚书张瀚，研究如何进一步肃清吏治，推广考成法。一年之际在于春，张居正要在新年伊始，有一个全盘的计划。可就在这时，发生了一件震惊朝廷上下的大事，辽宁巡按御史刘台上疏皇帝，弹劾张居正。
刘台的奏疏，一是攻击张居正的整顿吏治、推行考成法等措施是背叛“祖宗之法”；二是指责张居正专擅大权，作威作福，目无朝廷；三是诬陷张居正有接受边疆武将贿赂之行。他请求皇帝抑损张居正的权力，不要让他坏事误国。
张居正的每一项改革措施都受到了反对派的阻挠与非议，对此他是早有领教，但对于刘台的弹劾却出乎意料之外。刘台是张居正所取之士，从名分上讲刘台是张居正的门生，而且刘台为御史又是张居正的推荐。自己的门生，一手提拔的人，还不能体谅自己一心为国的苦衷，相反倒成了自己的政敌，这对张居正来说是一个异常的刺激。况且刘台所言也不全是凭空的捏造。想到改革的艰难，他的内心中泛起阵阵难言的痛楚。
刘台指责张居正的改革是“背叛祖宗之法”，确实是揭到了要害。可是推行了200年的祖宗之法，早已被发展变化了的社会现实撕得支离破碎。时异则势异，势异则法异。面对新的社会形势，考虑到“守成”、“法祖”等历代的古训，所以张居正的改革总是打着“吾守祖宗之法”的旗号，实行若干的变通。刘台说张居正“专擅大权”也是事实。改革是统治阶级自上而下地清除积弊，实行新政的措施，自己是代行王政，若无权威力口何推行得了？
张居上很快从痛苦中镇定下来，而今大明朝正处于主少国艰之时，自己应当以伊尹、周公为法，安国家，定社稷，利人民。主政三年以来国家发生的巨大变化，使张居正确信自己所推行的新政是正确的，他不能放弃对国家和人民的责任，因而也就不能放弃手中的权力。他要给刘台以沉重的打击。这倒不仅是因为刘台对他的攻击与背叛，更主要的是张居正看清楚了，刘台不是孤立的，而是跳出来的守旧派的代言人。如任其扰乱朝政，混淆是非，不予严惩，就会使反对派更加猖狂，形成反改革的气候，也会使那些坚决推行新政的官员受到压抑，动摇改革的信心，从而使改革前功尽弃而归于失败。张居正决定采取以退为进策略，使皇帝给刘台以严厉的制裁，以此表明对改革的支持和对自己的信任。于是按明朝惯例，张居正去进见皇帝，请求致性。万历皇帝诚心慰留，但张居正感到“专擅大权，作威作福”一事，还必须向皇上奏明，否则不但今后难以行政，恐怕还会引起皇上的猜忌。因此他再次上疏，表明自己现在是身居险位，自己代王行政，不是作威更非作福。自今以后，如果自己改变过去的做法，柔顺悦下，则难逃负国之罪；如果还如过去一样，竭忠事上，则又难逃专擅之讥。所以，考虑再三还是请求赐归。万历皇帝当然不会答应放归，再下圣旨，表示完全理解张居正“负重处危”的苦衷。并表示要以祖宗法度严办刘台。张居正得到了皇上的全面支持与肯定，重新出来辅理国政。
对于刘台，皇上传下圣旨“廷杖一百充军”。张居正看到儆戒反对派的目的已经达到，不可以酷刑而激化矛盾。于是他一再具疏论救，最后使刘台免去廷杖，只得一个除名为民的处分。张居正的宽宏大度赢得了人们的赞誉。连万历皇帝也为这种雅量所感动，可见张居正确实是不计个人恩怨，有古大臣之风的辅国良臣。