八宗窝阔台生前，曾指定三子阔出（又作曲出）为继承人。但1236年，阔出死于征宋军中。阔出长子失烈门年幼聪慧，为窝阔台所钟爱，加之对其父的感情与怀念，窝阔台将失烈门养于宫中，准备让他做大汗的继承人。
1241年十一月，窝阔台死于“欢饮极夜”之际，长子贵由尚在西征返回的途中，皇孙失烈门尚幼，皇后之一的乃马真氏脱列哥那按照蒙古人素有的传统主持了朝政。窝阔台长后无子，且在窝阔台死后不久便离开人世。脱列哥那是他五个年长儿子的生母，又是个权欲极强、惯耍权术的人。一旦大权在握，她就开始改变窝阔台生前的安排，废黜失烈门，另立新汗。在诸子中，她属意于长子贵由。因此，她一面向各宗王派遣使者，报告窝阔台的死讯，一面筹备新的忽里勒台，为贵由即位做必要的准备。而在忽里勒台召开之前，她在察合台和一些王公的支持下取得了摄行政事的全权。
窝阔台死后，推举新汗的忽里勒台没有及时召开。原因之一是贵由西征未回，脱列哥那大权在握；其二是西征期间，拔都与贵由间曾发生纠纷，感情不合①。当脱列哥那遣使商议召开忽里勒台时，拔都已得知宗亲贵族的选汗倾向。他不愿拥戴贵由，故借口有病，拒绝出席大会。作为宗族近属中的长者，拔都的态度是有一定影响的，他的缺席使忽里勒台迟迟无法召开，汗位虚悬达四年之久。这期间，国事皆决于脱列哥那。脱列哥那宠信来自呼罗珊（今伊朗霍腊散省）的女厚虏法迪玛（又作法提玛）和商人奥都糊合蛮，在他们的排斥、打击下，窝阔台时期的老臣镇海、牙剌瓦赤被迫逃到窝阔台次子阔端处，受到后者的保护；契丹人耶律楚材则因国事日非，已志不得行，“愤悒而死”；河中地区的长官马思忽惕伯则投靠了拔都；宗王们也各行其是，趁机向各方签发旨令和牌符，发号施令。
古代铜器汗位的空缺，局势的混乱，使有势力的宗王再次萌生觊觎之心。成吉思汗的幼弟斡惕赤斤想趁此时机以武力夺取汗位。1243年，斡惕赤斤率军西向，引起了脱列哥那的恐慌，她一面派出急使与斡惕赤斤交涉，一面选将备兵，甚至想西迁以避兵锋。斡惕赤斤听到贵由已回到叶密立（又作也迷里，今新疆额敏）的消息，对自己的行动也很懊悔，遂返回了自己的营地。
斡惕赤斤称兵和林一事，加重了汗位虚悬引起的危机，贵由抵达汗庭后，脱列哥那不待宗王集会，便同她身边的大臣们做出了推举贵由为汗的决定。1246年春，他们向各方派出急使，请诸王和大臣们前来参加忽里勒台。东道和西道诸王以及大臣们相继起程前来。最先到达的是拖雷的长妻唆鲁禾帖尼（又作唆儿忽黑塔尼、唆鲁和帖尼，即庄圣皇后）及其诸子。拔都因对贵由不满，借口身体不好和脚病，没有赴会。代表术赤系参加大会的是斡儿答、昔班、别儿哥、别儿哥彻儿、唐兀惕和秃花帖木儿；察合台的儿子也速蒙哥、拜答儿，孙子不里、哈刺旭烈兀、也孙脱花（又作也孙都哇、也孙不花）等也从各自的封地前来。窝阔台的儿子阔端及其诸子、斡惕赤斤及其诸子、按只吉带及其他东道诸王也相继到来。同时还有各地区的长官和贵族。甚至还有来自欧洲的罗马教皇英诺森四世派遣的使者普兰·加尔宾及其使团，他们虽不是与会的成员，却有幸目睹了贵由即位典礼的盛况，为后人留下了一份得自旁观者的记录。
虽然脱列哥那运用她的权力和手段，广施馈赠和小恩小惠，拉拢和争取到了一些支持者，但忽里勒台推举大汗的程序还是不能废弃的。经过讨论，宗王们一致同意由窝阔台的一个儿子来接管治理国家的权力。窝阔台次子阔端表示了继承的愿望，理由是他的祖父一度曾提到过他；另有一些人则支持失烈门，认为他成年后会是一个治理国家的适当人选。讨论中，人们认为阔端身体不好，失烈门尚未成年，而贵由是长子，有处理祸福危难的经验，又素以英武、严峻、刚毅和善驭下属知名，是个合适的人选，其母脱列哥那也属意于他，唆鲁禾帖尼及多数大臣也同意这一选择。贵由本人则照例以各种理由和借口推脱一番，然后就正式做出决定。
贵由的即位典礼于1246年8月24日在月儿怯灭土（哈喇和林西）举行。这次大会盛况空前，参加典礼的长官和呈送贡品的使臣就有四千多人。为他们准备的帐幕有二千多座，大帐周围已无可停驻之地，广阔的原野也变得狭窄了，人的食物和饮料供应都很紧张，马匹的饮料更为缺乏。但典礼仍进行得有条不紊。人们照例摘掉帽子，放松腰带，举行萨满教仪式，然后由斡儿答和也速蒙哥分别拉着贵由的手，把他扶上汗位。接着是敬酒，跪拜大汗和出门拜日。最后就是连续数日的宴饮和庆祝，并把各方呈来的贡品和礼物、府库的金银珠宝等赏赐给诸王和大臣。主持赏赐的是唆鲁禾帖尼，她以自己的才智、持重和无可责难的言行在这次忽里勒台上享有最大的威望。
庆祝活动结束后，开始处理政务。首先是审理斡惕赤斤兵进和林之事。因为它事关重大，不能由异姓审理，贵由把这一案件交给了斡儿答和蒙哥。他们查清问题后，按照札撒处死了斡惕赤斤。
不久，察合台去世。按照成吉思汗的意图和察合台的安排应由察合台的长子木秃坚（又作抹土干、蔑惕干、木阿秃干）的儿子哈刺旭烈兀接管封地治理权，也速蒙哥也无异议。但作为蒙古大汗，贵由对此进行了干预。因为他与察合台之子也速蒙哥关系友好亲密，于是便以“有子怎能让孙子当继承人，为理由，剥夺了哈剌旭烈兀的继承权，让也速蒙哥做了察合台封地的最高领主。
窝阔台死后，脱列哥那执政期间，“诸王各自为政，贵人们分别依附他们当中的一个；因此他们在国土上宣写敕令，散发牌子”②。贵由下令对这一违反札撒的行为进行整顿，收回了他们所发出的牌子和旨令，放在他们面前。只有唆鲁禾帖尼和她的儿子们可以感到满意和自豪，因为他们任何人都没有做过任何一件违反札撒的事。大汗贵由表扬了他们，把他们当做应该学习的榜样。同时他又确认：“一如合罕（指窝阔台）即位时维护其父之札撒，不许丝毫改动其律文，因此同样地，己父之札撒和律文也不应任意损益增删。”③并降旨说：“凡盖有合罕玺印的诏书，不必向他奏告就可签署通过。”④
脱列哥那的宠臣法迪玛依仗摄政皇后的威势，姿意妄为，陷害大臣，激起了宗王、贵族、大臣的普遍不满。贵由即位后，重新起用老臣镇海、牙刺瓦赤等，处死了脱列哥那派往汉地的奥都剌合蛮。同时，由于有人告发法迪玛盅害阔端，致使他病势愈发沉重；阔端也遣使汗庭，要求一旦他遭到不测，请大汗为他报仇。不久，传来了阔端的死讯。在镇海的协助下，贵由决定处死法迪玛。脱列哥那极力保护，贵由的态度也十分坚决。最后，法迪玛被以严酷的刑罚处死。
朝中的事务安排就绪后，他分别向汉地、伊朗、河中（中亚以撒马尔罕为中心的阿姆河、锡尔河中间的地区）等处派出将领和军队，也派出治理汉地的长官。第二年（1247），贵由借口叶密立气候对他的健康有利，从漠北起程，带领人马浩浩荡荡地西进。人们猜测，这是因为拔都拒绝拥戴他，他心怀不满，西进的目的是讨伐拔都。唆鲁禾帖尼意识到了这一点，她向拔都处派出急使，提醒他早做准备。于是拔都也整军，东进相迎。1248年春，贵由行至距别失八里（今新疆吉木萨尔破城子）一周之程的横相乙儿之地，病逝。
史载贵由凶悍、残暴，拒听臣下建议；崇奉基督教，压抑穆斯林；而在挥霍和滥赏方面又超过了他的父亲。他虽然处死了脱列哥那的宠臣和妄图夺取汗位的逆臣，却未能从根本上改变脱列哥那执政时期造成的混乱局面。加之他的即位引起了阔端、失烈门的不满；擅自改变察合台关于继承人的安排，导致了哈喇旭烈兀与也速蒙哥的矛盾；甚至其他左翼诸王也心生疑忌；西征拔都，使术赤、窝阔台两系关系进一步恶化。这一切都加剧了黄金家族内部的矛盾与分裂，也预示着蒙古国汗位继承将呈现更加复杂的局面，出现更加尖锐激烈的斗争。
注释
①拔都是长子，西征军的统帅。在西征期间的一次诸王宴会上，他在宴会正式开始之前先饮了几杯酒，引起了贵由和察合台之孙不里的不满。他们在说了拔都很多坏话后离席而去。事后，拔都遣使将此事告至窝阔台处，窝阔台斥责了贵由，由此二人有隙。
②③《世界征服者史》上册《贵由登上汗位》。
③《史集》第二卷《窝阔台合罕的儿子贵由汗纪》第二部分《记贵由登临汗位》。