汤若望是一名德国传教士，顺治皇帝也尊称他为“玛法（爷爷的意思”。
众人都想铲除汤若望
汤若望在中国竭力传播基督教，但对于绋教、道教占主导地位的中国来说，这是十分困难的，并遭到很多势力的阻挠和破坏。钦天监（清代掌管天文历法的官员）杨光先就是一位心术不正，专靠诽谤为职事的家伙，他先后把一百汤若望像多个无辜者投入监狱。杨光先信奉道教，从公元1660年开始，他就为反对基督教而四处活动，并发誓要从根本上铲除基督教；尤其是要铲除作为耶稣会北京教区区长的汤若望。
杨光先拉拢礼部尚书恩格德，诬蔑说由于汤若望为皇太子选择的葬日不吉，引起了董鄂妃早逝和顺治夭亡，要求汤若望为此负责。对于这莫须有的罪名，辅政大臣鳌拜却深信不疑，因为他信奉萨满教。四辅政大臣中的另外三位也都要求处罚汤若望。
对瘫痪之人的无情陷害
康熙三年（公元1664年）四月，汤若望突然患脑溢血而半身不遂，不能正常行走，说话也含混不清。在他丧失言语能力和反抗能力的情况下，杨光先趁机加以打击。他写了一本名为《不得已》的诽谤之书，公开宣布汤若望及其同伙南怀仁、布格里沃和马格拉斯，还有四名中国教徒都是煽动者，其罪名为谋逆罪、散布谬误的道德伦理和错误的天文历算。
汤若望及其同事被逮捕，由于有皇帝的命令，汤若望没被戴上枷锁，但他的同事每人都被九条铁链锁住。铁链十分沉重，使人坐卧不安，只能整天趴在地上。每个被关者都有五名卫兵昼夜看守，审问时还必须连续数小时跪对审判官，这对半瘫的汤若望来说是苦不堪言。
西方天文历法的胜利
当他们入狱时天空中出现了一颗彗星，在中国人看来是极其不祥之物，这是一种警告。并且还有一股巨大的沙暴刮遍北京，连刑部的大院都落满尘沙，于是刑部希望尽快结束这场审判。这时，狱中的南怀仁被突然松绑，他接到命令从牢窗的小孔中，计算下一个日食的时间和规模。刑部的官员企图让神甫在这种过于简陋的观测条件下工作，以使他们在计算上失误，从而证实基督徒在传播错误的天文历算。在狱中，南怀仁一直细心照料比他大26岁的危在旦夕的汤若望。在审判时，他充当汤若望的大脑和喉舌。南怀仁在狱中依照欧洲的历算学方法，由不能言语的汤若望当顾问，终于测出下一次日食的时间。同时中国和阿拉伯学者们也各依其法进行了测算。
中国天算学家预告：2点15分；
阿拉伯天算学家预告：2点30分；
耶稣会神甫预告：3点。
朝内的重要官员齐集观象台上，都想弄清在中国、阿拉伯和欧洲这三种天文计算中，究竟谁属谬误者？这对正遭到厄难的耶稣会神甫来说，则是生死攸关的问题。一名卫兵取下南怀仁的手铐脚链，放下脖子上的枷锁，教士们被允许在监牢内观察日食情况。汤若望仍然躺在牢内喘着粗气，不时陷入昏迷。真相大白的时刻逼近了，猛然间，一个站在时刻表前的人喊道：“现在是中国人测报的时刻，2点15分，无日食发生；16分、17分、18分……”大统历的计算方法被排除在正确之外。“现在是回回历的测报时间，2点30分”。然而太阳也并未出现丝毫影子；失望的观察者还在等待，5分、10分、15分……阿拉伯人也被击败了。“3点整，现在到了你们的预报时间”。牢内的大官盯着汤若望，恰巧此时他刚醒。3点整，第一线影子投到太阳上，这只是神甫们的第一个胜利。影子越来越火，逐渐遮盖了整个太阳，这又是一个胜利，因为神甫们预报将是日全食，而中国和阿拉伯学者都预报是日偏食。
邸报将神甫们的胜利消息传遍全国，大统历和回回历的天算家们被击败了。刑部官员们无视已经出现的事实，仍聚众决议欧洲历算学家的正确与否，可笑的是他们对西方的数学和天文学知识近乎茫然。南怀仁向中国官员保证，将准确报出昼夜一般长的春分时间，以此证明欧洲历算法的优越性。然而这些人就像被烫伤的小虫害怕再见到火一样，他们只知道谴责汤若望和他的科学。
老天相助，死里逃生
不久，汤若望被判斩刑，鳌拜将其改为凌迟。凌迟是中国最残酷的刑罚，即在人活着的时候就分割身体。汤若望将被一刀刀割死，为延长死亡过程，还要用烙铁和热油去止血；而他的同事则被判一百棍，驱逐出境。
正当汤若望的死刑判决被送到11岁的康熙皇帝面前时，上午十一时，天和地又开始发生变化。天空中又出现一颗彗星，拖着长长的尾巴；地面发生了一次大地震，持续长达三天，北京城和皇宫晃得像一条海上的船。监狱的墙塌了，卫兵们吓得惊惶失措，房屋在强震中像纸牌一样成片坍倒。土地到处出现大裂口，城墙多处毁坏，火灾四处蔓延。尤其令人可怕的是，一股飓风夹带着沙漠的黑云遮天盖地而来，皇宫内的大臣、贵戚和宫女都吓坏了。皇帝的祖母孝庄太皇太后带着小皇帝康熙跑到外边，住在瓦砾间的帐篷内，太皇太后哭着说：“这是天谴呀！”
在老天爷的无情打击下，辅政大臣们不得不退却，最后放弃处死汤若望的决定将他释放，汤若望就是这样死里逃生。