明朝灭亡以后，蒙古贵族率部众退归塞外，雄踞大沙漠南北，分裂成为漠北①、漠南②、漠西③三大部，互不相统。
漠南蒙古牧地东起吉林、黑龙江，西至贺兰山，北邻大沙漠，南接长城。漠南蒙古由科尔沁、喀喇沁、察哈尔、土默特、札鲁特、敖汉、奈曼、四子、阿噜科尔沁、翁牛特、浩齐特、苏尼特、鄂尔多斯、喀尔喀左翼等部组成。在蒙古三大部中，漠南蒙古同满洲各部地域相接，语言、文字、风俗习惯等方面相互影响④，最先与满洲贵族结盟。
同科尔沁、札鲁特联姻和结盟。
科尔沁部自明中叶即游牧于嫩江一带，在努尔哈赤统一女真各部的过程中，该部曾出兵助叶赫、哈达、乌拉、辉发等部，组成九部联军，与努尔哈赤为敌（万历二十一年，1593年）。努尔哈赤在击败九部联军后，科尔沁贝勒明安、莽古斯、翁果岱“遣使来通好，自是蒙古通使不绝（万历二十二年，1594年）”。
万历四十年（1612年）四月，科尔沁贝勒明安送女嫁努尔哈赤。万历四十二年（1614年）六月，科尔沁贝勒莽古斯送女与努尔哈赤之子四贝勒皇太极为妻，“四贝勒前往迎亲，会于辉发国呼尔奇山地方，遂大婚成礼”⑤。
后金天命八年（1623年）五月，科尔沁贝勒孔果尔之女嫁努尔哈赤。努尔哈赤诸妃“迎于五里之外”；同年九月，科尔沁贝勒噶尔斋之女嫁努尔哈赤十四子多尔衮，“杀九畜，置四桌，汗与诸福晋（满语妃）、诸贝勒、大臣坐八角殿，演百戏而宴之”⑥。
后金天命十年（1625年）二月，科尔沁贝勒斋桑之女（莽古斯孙女）嫁四贝勒皇太极。
后金天命十一年（1626年）六月，科尔沁贝勒翁果岱之子奥巴，因受察哈尔部威胁前往沈阳与后金结盟，“誓告天地”，努尔哈赤以侄女妻之。
札鲁特部驻牧在喜峰口外，万历四十二年（1614年）四月，该部贝勒钟嫩送女同努尔哈赤次子“古英巴图鲁贝勒⑦为婚”；该部内齐汗以妹嫁努尔哈赤第五子莽古尔泰；迨至年底该部贝勒巴拜将女嫁努尔哈赤第十子德格类。天命八年九月，札鲁特贝勒劳萨之女嫁努尔哈赤之孙瓦克达，瓦克达“前往十方寺迎接”⑧。天命五年（1620年）二月，后金遣使札鲁特，与钟嫩会盟，“刑白马、乌牛，对天盟誓”，其誓词曰：“蒙天眷祐，愿相盟好，同谋共处”，“我二国素与明国为仇，今将合谋征之”⑨。
征察哈尔。
在漠南各部中察哈尔实力最为雄厚，横行大漠南北。天命十年十一月，因“察哈尔之兵来围科尔沁”，努尔哈赤命莽古尔泰、皇太极、阿巴泰等“率精兵五千前往”，“出征贝勒至农安，正值察哈尔兵将攻科尔沁之际，闻金兵至，即连夜退去”。
后金天聪二年（1628年）初，察哈尔侵扰喀喇沁、鄂尔多斯等部，皇太极应喀喇沁、鄂尔多斯等部之请，发兵援助，在敖木轮大败依附察哈尔的多罗特部。同年九月，皇太极再次发兵，讨伐察哈尔，敖汉、奈曼、札鲁特、喀喇沁、科尔沁等部皆派兵参加，察哈尔部不支，拔帐西逃，从西喇木伦河（又名潢河）、老哈河一带撤出。
天聪五年（1631年）察哈尔部侵阿噜科尔沁。皇太极遣兵往援，该部首领林丹汗饱掠而去。翌年四月，皇太极约蒙古各部再征察哈尔，林丹汗率部众渡黄河西奔，窜至青海大草滩，部众散失十之七、八，所部解体。
天聪八年（1634年）五月，皇太极率军西征，一路之上收编察哈尔部众数万，林丹汗之叔茂奇塔特率部众投奔后金。皇太极行抵尚方堡得悉林丹汗死于痘症始撤军。天聪九年（1635年）四月，林丹汗妻苏泰太后、子额哲归降，皇太极遂将次女嫁额哲为妻。林丹汗的败亡及察哈尔的臣服，标志着漠南蒙古同满洲贵族结盟的最后完成。
健全法制。
天聪三年（1630年）皇太极派官员“颁敕于科尔沁、敖汉、奈曼、喀尔喀、喀喇沁五部，令悉遵我朝制度”。天聪八年（1635年），“定外藩禁令，凡夺人妇配他人者罚驼五十”，“如部长不察治，亦罚驼五、马五十”。
设立蒙古衙门。
在同漠南各部结盟的过程中，后金设立蒙古衙门，“专治蒙古诸部事”，“掌外藩之政令”，“制其爵禄”，“定其朝会”，“正其刑罚”。
崇德三年（1638年），清朝廷将蒙古衙门更名为理藩院。理藩院下设六个司，其中王会司、柔远司、旗籍司，负责朝贡、禄赐等事；典属司、来远司、理刑司，除负责蒙古各部封爵、会盟、喇嘛承袭外，还兼管西藏事务。
划定牧地。
争夺牧地是蒙古各部贵族长期混战的原因，为此清朝廷对漠南各部划定牧界。天聪八年（1635年）“遣大臣赴硕翁科尔，定蒙古牧地疆界”，明确规定，“既定界，越者坐侵犯罪；往来驻牧，务令会齐移动”。
编牛录，设旗、盟。
崇德元年（1636年），皇太极派遣内宏文院大学士希福、蒙古衙门承政尼堪等“往察哈尔、喀尔喀、科尔沁诸部稽户口，编牛录”，把漠南各部编为六盟、二十四部、四十九旗。每旗设一札萨克（即旗长）。由清朝廷从蒙古王公中简派，札萨克一职世袭罔替。旗下设章京、参领、佐领数名，协助札萨克处理旗内事务。旗上设盟，盟长由蒙古衙门请旨简任，盟长对各旗札萨克有监督之权，但无权干预旗务、发布命令。
在六盟、二十四部、四十九旗之外，还编有由清朝廷任命都统的蒙古八旗、土默特左、右二旗，此类旗直接隶属蒙古衙门，“官不得世袭，事不得自专，与各札萨克君国子民者不同”。
调蒙古各部从征。
满蒙结盟补充了后金兵力之不足。科尔沁贝勒明安及其子昂洪、多尔济、绰尔济等“天命十一年，从伐巴林、札鲁特诸部，天聪五年从伐明，攻大凌河”，“六年从上伐察哈尔”；奥巴在天聪二年从征察哈尔，“三年从征明，克遵化州，围北京；五年围大凌河，降其将祖大寿；六年从略大同、宣府边；八年复从征明”。顺治元年入关之战，“敖汉部长班第、巴林部长色布腾、阿噜科尔沁部长穆彰、土默特左翼善巴、奈曼部善丹、札鲁特部哲胃赫、四子部落多尔拜及札赍特、杜尔伯特、郭尔罗斯、科尔沁诸部皆从”。
以蒙古为长城。
我国北部历来是游牧部族出没、繁聚之地，自战国以来，历代中原统治者均以构筑、修葺长城的方式，阻挡游牧部族南下。一些游牧部族在进入中原后，也以修筑长城防犯其他游牧部族。满洲贵族通过与漠南各部结盟，挡住漠北各部的铁骑，至康熙年间又通过与漠北各部结盟，遏制准噶尔部东进的攻势。以蒙古各部“防御朔方”较土木所修长城“更坚”。
在同蒙古各部结盟的过程中，清朝统治者始终坚持恩威并施，“饥则哺之，寒则衣之，来则怀之”；“叛则讨之，遁则宥之，降则舍之”；“开诚布信”，“以求服其心”；“修其教，不易其俗，齐其政，不易其宜”。
注释
①漠北蒙古又称喀尔喀蒙古。
②漠南蒙古又称内蒙古。
③漠西蒙古又称厄鲁特蒙古。
④在女真文字失传后，满族在很长一段时间使用蒙古文，额尔德尼、噶盖所创满文（即老满文）即参照蒙文字头。
⑤《满文老档》上册，第27页
⑥《满文老档》上册，第567页。
⑦“古英巴图鲁”系代善赐号，译为“无畏勇猛”。
⑧《满文老档》上册，第562页。
⑨《满文老档》上册，第13l页。
⑩《满文老档》上册，第648～649页。