清代档案是清代历朝中央及地方各种机构，在处理日常公务活动中形成的文书、图籍及档册等，是清代政务活动的原始记录。包括清官内阁大库档案、国史馆（清史馆）、方略馆及宫中各处庋藏的“大内档案”以及宫外其他中央机构和地方机构的档案，还包括部分个人档案。
清代档案的内容极其丰富，涉及清代政治、经济、军事、文化、外交、宗教、教育、司法、民族、风俗、天文、地理、气象、水利、地震、灾异、外国侵华、农民战争以及宫廷生活、皇族事务、典章制度等各个方面。
清代档案的发现。
清光绪二十四、五年（1898、1899年）间，内阁大库因年久失修，雨水渗漏，需要加以修缮。为便于施工，将库内所存档案移出一部分，暂存于大库北面的文华殿中，其余仍露积于大库垣内。后醇亲王摄政需查阅清初多尔衮摄政典礼旧档，检之不得，遂认为库内所存档案无用者太多，奏请焚毁，并获批准。时张之洞以大学士管理学部事务，奏请将大库所藏书籍拨交学部，设立学部图书馆，学部参事罗振玉参与交接之事。罗振玉“见庭中堆积红本题本，高若丘阜，皆依年月顺序，结束整齐”①，偶抽阅其中两件，其中一件为乾隆时漕运总督管干珍督漕时之奏折；另一件为乾隆时军机大臣阿桂征金川时之奏折，两者次第衔接。罗振玉“询何以积庭中。始知即奏请焚毁物也，私意此皆重要史稿，不应毁弃”②，亟建议张之洞奏请停止焚毁，并将拟焚之件拨交学部，存于国子监南学和学部大堂两处。
民国成立后，教育部接管了清学部所存档案。1913年教育部在国子监设历史博物馆筹备处，负责保管清代档案。1916年该处迁往午门，将原存国子监及学部的档案搬至午门和端门门洞中。但这批珍贵的档案并未得到妥善保管，只是将其中较为完整的挑出，放在午门门楼上，其余的则装入麻袋置于端门门洞中。1921年政府财政困难，教育部竟将存于端门门洞中的八千麻袋（约十五万斤）档案，以四千元价格卖给北京西单同懋增纸店作造纸原料。罗振玉得知此事，以三倍于原价的价钱，即一万二千元将档案购回，这批珍贵的清代档案才得以留存至今。这就是档案史上著名的“八千麻袋事件”。
清代档案的整理。
清代档案卷帙浩繁、种类繁多、内容复杂、形式多样，杂乱堆积在一起，不利于保管和利用，必须进行系统整理。
首先将档案区分全宗。全宗是指一个独立的机关、组织或著名人物在各项活动中形成的全部档案。全宗原则是当今世界档案学界所公认的档案整理原则。整理档案必须以全宗为单位，同一全宗的档案不得分散，不同全宗的档案不得混杂在一起。只有这样才能保持文件之间的历史联系，便于管理和提供利用。
区分全宗后，还要对档案进行分类，即将每个全宗的档案按照不同的标准分成不同的类，每类之下再分成不同的项，每项之下再分目。常用的分类方法有：按文件名称（文种）分类、按问题分类、按机构分类、按年代分类、按朝年分类等。
全宗内档案分类后，还要根据档案的不同情况进行立卷，即按照档案文件的事由、名称、作者、收发文机关、时间、地区等特征，将单份文件组成案卷。案卷是档案最基本的保管、统计和检索单位。清代档案的立卷分为详细立卷和简单立卷两种。详细立卷需将卷内文件逐件摘由、排列、编号，并填写“卷内文件目录”和“卷末备考表”。简单立卷则不需逐件摘由，仅排列顺序，并附上备考表。
经过上述整理后，还要编制案卷目录、人名卡片等检索工具，以做到有规可循、有目可查。
清代档案的收藏。
中国第一历史档案馆藏有清代档案约九百余万件（册）。包括清入关前天命前九年（1607年）及入关后顺治元年（1644年）至宣统三年（1911年）以及末代皇帝溥仪退位后，居住在紫禁城和寄居天津张园、静园时期（1912—1934年）的档案。包括内阁、军机处、宫中等七十三个全宗。除汉文档案外，还有满、蒙、藏等少数民族文字的档案以及英、日、俄、拉丁等外国文字的档案。
中国第一历史档案馆所存清代档案，几乎涉及清代历史的各个方面：内政方面，包括职官、官制、保警、礼仪、宫廷、陵寝、戊戌变法、、预备立宪等内容；军务方面，包括营制、武职官员之升迁调补、军事训练、军事工程等内容；外交方面，包括疆界订约、开埠通商、交聘往来等内容；镇压人民反抗方面，包括镇压太平天国、捻军、义和团运动、辛亥革命及其他反清斗争和秘密结社等内容；民族事务方面包括清入关前直至宣统末年为止，瑶、黎、蒙、回、藏、维、傣、高山、哈萨克等三十多个民族的情况；财政方面，包括赋税、盐务、捐输、库储、仓储、漕粮、经费、货币金融等内容；文教方面，包括有关科举、国子监、修书各馆、清末举办的各种学堂、文字狱等情况的档案以及少量戏曲档案；工业交通方面，包括驿站、台站、清末修建铁路、开办邮电业务等内容；司法方面，包括土地房屋纠纷、钱财债务纠纷、盗窃诈骗案、家庭婚姻纠纷、贪污受贿等刑事、民事案件的档案材料；天文地理方面，包括编纂、公布历书（时宪书）、记载日月星辰的变化以及日食、月蚀、地震等内容。
位于台湾省台北市郊外双溪的台湾故宫博物院是清代档案的另一集中保存中心。该院藏有清代档案二百零四箱。其中，宫中档三十一箱，军机处档四十七箱，清史馆档六十一箱，起居注册五十箱，本纪九箱，实录二箱，诏书一箱，图书，旧满洲档一箱，杂项档二箱，共计四十多万件。宫中档的内容，主要是满、汉文朱批奏折及其附件；军机处档主要是月折包和档册两大类；国史馆档包括清代国史馆及民国初年清史馆的档案，主要是纪、志、表、传的各种稿本及其有关资料。
四川省档案馆所藏清代档案共计十一万五千余卷，包括巴县、重庆府、川东道、建昌道等九个全宗。其中，巴县档案是迄今发现的我国年代最早、数量最多的清代地方政府档案，共十一万三千余卷，从乾隆二十二年（1757年）至宣统三年（1911年）长达一个半世纪的历史。
辽宁省档案馆存有清代档案二十余万卷。自天命、天聪（1616~1635年）至光绪、宣统（1875—1911年）的各朝文件都有保存，一部分为原存于沈阳故宫崇谟阁的玉牒、实录、满文老档、盛京内务府档和户口册等；一部分为伪满洲国时期“国立奉天图书馆”保存的奉天交涉总司、盛京将军和一些县的档案。
此外，山东省曲阜孔府藏有顺治至宣统年间的档案六千五百二十七卷。西藏自治区档案馆保存有大量的清代藏文档案。北京、吉林、黑龙江、内蒙古、青海等地方档案馆都收藏有数量不等的清代档案。
值得一提的是，至今尚有不少珍贵的清代档案流散于国外，散落世界各地。这部分档案主要存在于以下机构：英国公共档案馆、大不列颠博物馆、伦敦大学；美国国家档案局、国会图书馆、哈佛大学、斯坦福大学、日本东洋文库；原苏联科学院以及法国、荷兰等国家的一些档案馆和图书馆。
清代档案的公布。
青花云龙纹瓶汇编公布档案史料是开放利用清代档案的重要方式。清代档案汇编可以从不同角度、不同需要出发将档案史料编纂成书，出版发行。具有专题性强、内容集中、使用方便等优点，可使利用者不到档案馆即可阅读到所需档案史料，并有利于档案的长久、广泛流传。大多数档案文献汇编都经过编者的考证、加工、标点，有的还加有注释、按语、序言、插图、年表、凡例等，对读者有一定的指导和参考作用。许多档案文献汇编陆续出版发行，如《筹办夷务始末》、《帝国主义与中国海关》、《清三藩史料》、《清代外交史料》、《中法战争》、《辛亥革命》、《天地会》、《义和团档案史料》、《洋务运动》、《康熙起居注》、《戊戌变法档案史料》、《清末筹备立宪档案史料》、《清代中俄关系档案史料选编》、《第二次鸦片战争》等以及台湾出版的《宫中档·康熙朝奏折》、《宫中档·雍正朝奏折》、《宫中档·乾隆朝奏折》、《宫中档·光绪朝奏折》等等。
自1981年起发行的《历史档案》（季刊）杂志，是以公布明、清档案为主的资料性、学术性刊物，主要公布第一历史档案馆馆藏档案，并辟有“档案史话”、“档案馆介绍”、“档案介绍”、“档案书刊评价”等栏目。
台湾省故宫博物院自1969年起发行《故宫档案》（季刊），定期公布清代档案史料。
清代档案的史料价值。
保存至今的这些清代档案，是十七世纪初至二十世纪初，三百多年历史的真实记录，是我国保存下来的数量最多、最为集中的古代档案，是研究清代历史的第一手资料，清代学者章学诚曾高度评价档案的史料价值。档案是最真实、可靠的第一手史料，它能够“补史之缺，参史之错，详史之略，续史之无”。
我国自古以来就有利用档案编史修志的优良传统，通常存放档案之处即是编史修志之所。乾隆三十年十二月的起居注（汉文草本）就征引档案近二十种之多。清代学者龚自珍曾利用档案编纂《蒙古图志》；阮葵生每遇夜值之期，就“推长蜡三枝，竟夕披览（档案）不倦”，并借以写成《茶余客话》一书。
档案作为一种史料，也有其自身的局限性，即不完整性。就反映某一复杂的历史过程而言，对于某一具体过程，档案可能反映得很具体、细致、生动。但对于全过程，则常由于年代久远、天灾人祸以及自然损毁等原因，所反映的史实，或缺起始，或无结果，或缺少其中某一过程或环节，不像系统的历史著作能系统地反映历史事件的本末和全貌。此外，就整体而言，档案是原始的历史记录，是真实可信的。但并非每一份档案都可信，或其本身为赝品，或虽为真品，但由于种种复杂因素，其记载已严重失实。“尽信档不如无档”，因此，有时也需要利用图书等其他文献来补充档案的不足。
注释
①②参见罗振玉《集蓼编》。