青花云龙纹瓶清军攻占怀远、临淮、凤阳三城后，打通了淮河的航道，隔断了淮北捻军和淮南捻军及太平军的联系，张乐行、龚得树等在淮南只据有定远一个孤立据点。一月三十日（2月21日），捻军东出苏北敌后，一举占领苏北重镇清江浦（今淮阴）。战后，太平天国将张乐行由征北主将晋封为沃王。从闰三月下旬（5月中旬）至六月中旬（8月上旬），经近3个月的激战，捻军击退清军对定远的围攻。然后，捻军和太平军转攻凤阳、寿州，未果。随后，捻首龚得树、孙葵心率数万人随陈玉成部南下，谋解安庆之围。十月二十八日（12月10日），孙葵心在桐城西南桂车河战斗中牺牲。咸丰十一年二月四日（1861年3月14日），龚得树在湖北罗田松子关中炮身亡。安庆于八月一日（9月5日）失守后，陈玉成鉴于淮北捻军力量还相当强大，直隶、山东等省农民起义此伏彼起，为“广招兵马，早复皖城”，再援天京，先派太平军马融和部北上，继派捻军首领张乐行等率部北渡淮河，后又派扶王陈得才、遵王赖文光、启王梁成富、祜王兰成春等率部向西北远征。张乐行和苏添福等将定远移交给太平军后，于十一月二卜四日（11月25日）率全部人马返回淮北颍上地区。至此，捻军和太平军在淮河沿岸的联合作战宣告结束。
张乐行进驻颍上后，于十二月中旬（1862年1月中旬）开始，与太平军马融和部、原在颍州的捻军姜台凌部以及苗沛霖的团练共同围颍州城。不久，胜保奉命由豫入皖。捻军、太平军在腹背受敌的情况下。于同治元年三月中旬（4月中旬）撤离颍州，退入太和境内。时苗沛霖叛变，四月十七日（5月15日），陈玉成率三千人北走寿州，被苗沛霖诱捕，解送颍州胜保军营。张乐行、马融和得讯，率部往救未能成功。五月八日（6月4日），陈玉成牺牲后，马融和率部西走河南，投奔西北太平军；张乐行则率部返回雉河集，同其他捻军一起，与淮北的清军展开顽强战斗。
陈玉成牺牲后，太平军在皖南的根据地丧失殆尽，淮北捻军的处境更加困难。不久，僧格林沁率马步兵数千人南下，并于五月三十日（6月26日）攻占河南商丘马牧集以南的金楼寨。此时，原来对付太平军的李续宜、袁甲三等部也转旗北上，协同僧军及豫、苏、鲁清军共同对付淮北的捻军。七月二十五日（8月20日），清廷进一步命钦差大臣僧格林沁统辖山东、河南剿捻军务，在清军重兵围攻的形势下，张乐行等未能及时转移，而是集众20万于雉河集一带，进行防御战。经数月战斗，清军相继占领毫北和毫东地区。同治二年（1863年）初，清军在苗沛霖团练配合下向雉河集挺进。这时，为分散敌人的兵力，张乐行命张宗禹率部突围，自己则率部东走宿州。但清军步步进逼，捻军接连失利，捻首韩四万；刘玉渊、苏添福、苏添才等被俘遇害。二月五日（3月23日）夜，张乐行率20余人逃至蒙城、宿州交界的西洋集，为叛徒出卖。次日，张乐行及其子张喜、义子王琬儿等被清军杀害；姜台凌、孙葵心等向清军乞降，亦被处死。
张乐行牺牲后，捻军余部在张宗禹、任化邦率领下，离开淮北，转战于湖北、河南、山东，后进抵豫陕边界，拟与进入西北的太平军会合，太平天国封张宗禹为梁王，任化邦为鲁王，张禹爵（张乐行侄）为幼沃王。这时由扶王陈得才统率的西北太平军为解天京之围，正在东返途中。同治三年三月下旬（1864年4月下旬），西北太平军在河南西部的淅川、内乡等地先后与捻军会师，众达数十万，随即分四路向东南进发。在鄂东地区，联军遭到清军的阻击，未能抵天京外围。天京陷落后，太平军士气低落。战斗力大减，在与清军战斗中，屡受挫折。十月十七日（11月5日），在安徽霍山黑石渡，扶王陈得才部与僧格林沁部激战，损失惨重，祜王兰成春被叛徒出卖牺牲，马融和等投降，陈得才见大势已去服毒自杀。
霍山战后，遵王赖文光和淮王邱远才等部太平军，与捻军张宗禹、任化邦部，在鄂北地区会合。接着，他们在鄂豫边境进行合并和改编，推赖文光为首领；确定沿用太平天国的年号和封号；军队以太平军军制重新整编，但沿用捻军的编制，仍以五色旗区分，下设大旗小旗；根据捻军骑兵较多和北方地势平坦等特点，决定易步为骑，增加骑兵，减少步兵，在战术上采取流动作战方针。两军合并后，史称新捻军，逐渐形成一支约有十余万人的骑兵军团，奔驰于豫、鲁、苏之间，予清军以沉重打击。同治四年四月二十四日，（1865年5月18日），联军在山东菏泽高楼寨一举歼灭清王朝在北方的主力军蒙古马队，击毙科尔沁郡王僧格林沁。
高楼寨战役后，清廷改派曾国藩为钦差大臣，命其率湘、淮军北上攻打捻军。曾国藩上任后，改变以往清军狂奔穷追的战略，提出“重点设防”、“布置河防”和“查圩”等战略方案。“重点设防”就是在安徽临淮、山东济宁、河南周家口和江苏徐州四个城市设置重兵防守；又在四省的十三个府州（江苏的淮安、徐州、海州；安徽的庐州、凤阳、颍州、泗州、河南的归德、陈州；山东的兖州、沂州、曹州、济宁）驻扎少量军队，作为第二道防线，图谋“变尾追之局，为拦头之师，以有定之兵，制无定之寇”⑤。“布置河防”，就是东面以山东的运河，西面以河南沙河、贾鲁河，北面以黄河，南面以淮河，构成一个包围圈，在此四河的河岸上，驻扎军队，构筑长墙工事，以阻击捻军。“查圩”就是以地方团练在农村实行坚壁清野，进行登记和清查，实行连坐法，以切断捻军和群众的联系，肃清后方。他本人则坐镇徐州，以逸待劳地来对付捻军。
但是，捻军不顾曾国藩的围追堵截，继续采用流动作战的方针，到处打击敌人。捻军在高楼寨战役后，乘胜进军皖北，返回蒙毫地区。此后，捻军驰骋于皖北、河南、湖北之间，不断打击曾国藩的防堵军。同治五年八月十六日（1866年9月24日）夜，捻军在汴南突破沙河、贾鲁河防线，胜利进入山东河套区。曾国藩因“剿捻无功”，退回两江总督原任；清廷改派李鸿章继任攻捻主将。
捻军虽屡败清军，但在政治上提不出新的号召，又没有比较巩固的根据地，因而斗争形势日益艰险。赖文光深感“独立难持，孤军难战”⑥，为扩大势力，并拟在四川建立革命政权，遂于九月十二日（10月20日）在河南许州将捻军分为东西两支：一支由遵王赖文光、鲁王任化邦率领，在中原地区继续坚持斗争，然后由湖北入川，是为东捻军；一支由梁王张宗禹、幼沃王张禹爵率领，挺进西北，往联回众，再由陕甘入川，是为西捻军。
东捻军三万余人在赖文光率领下，由许州出发，向东北越黄河故道入鲁西南，拟挺进山东腹地，以扩充兵员和筹集粮饷，但因清军阻截，未能突破运河防线，遂折而向西，经河南达鄂东北。不久，东捻军连克麻城、云梦、应城，在德安（今安陆）、安陆（今钟祥）等地区转战，准备西入川陕。李鸿章急调清军围剿：命湘军鲍超部进襄阳、樊城地区；淮军刘铭传部与豫军张曜部扼鄂豫交界；安徽巡抚英翰率皖军驻皖西；湖北巡抚曾国荃驻武胜关，以六千新湘勇为游击之师；妄图将东捻军消灭于尹隆河一带。东捻军采取流动战术，伺机打击疲惫之敌。十二月六日（1867年1月11日），东捻军在安陆府臼口镇附近罗家集，全歼新湘勇四营二千余人，重伤清提督郭松林。十二月二十一日（1月26日），东捻军在德安府杨家河，再击败清军，阵斩淮军总兵张树珊及副将刘登朝、郭有容等数百人。同治六年正月十五日（1867年2月19日），东捻军在安陆府尹隆河附近，将淮军刘铭传部包围，杀其部将总兵唐殿魁、田履安及副将李锡曾、胡衡煦等；刘铭传失魂落魄，与其部将、幕僚“俱脱冠服坐地待死”。但正在此时，湘军鲍超部从东捻军侧背发动猛攻，捻军损失二万余人。于是，东捻军放弃进兵川陕计划。由湖北枣阳进入河南，于五月（6月）攻入山东登、莱地区。从此，东捻军被李鸿章淮军围困于黄河南岸、运河东岸、胶莱河两岸和六塘河北岸的地区内。在此严峻形势下，东捻军虽进行顽强战斗，但始终未能突破清军防线。十月二十四日（11月19日），在江苏赣榆战斗中，东捻军受挫，鲁王任化邦被叛徒杀害。十一月二十九日（12月24日），赖文光率军在山东寿光海滨洋河、弥河之间，与清军主力决战，死伤3万余人，太平天国首王范汝增、列王徐昌先殉难。赖文光率千余人南下苏北，抵扬州东北湾头瓦窑铺。十二月十一日（1968年1月5日），淮军吴运兰部往攻，赖文光伤重被俘，于十六日（10日），在扬州英勇就义。
以梁王张宗禹为首的西捻军约六万余人，于同治五年九月十五日（1866年10月23日）从河南许州出发长驱入陕。十二月十八日（1867年1月23日），在西安近郊灞桥一卜里坡，西捻军大败清军，阵斩汉中镇总兵肖德扬、记名提督杨德胜、道员肖德纳等，击溃陕西巡抚刘蓉所部主力，进逼西安。清廷急派陕甘总督左宗棠为钦差大臣，督办陕甘军务；在左宗棠未入陕前，先派提督刘松山率部分湘军入陕。刘部于年底到达西安。同治六年二月（1867年3月），西捻军与刘松山军在西安附近交战失利，遂沿渭水南岸西进，于二月十五日（3月20日），在陕西鄙县渡过渭水进抵渭北。五月十三日（6月14日），左宗棠统军自湖北樊城起程，分三路人陕。左宗棠采取“先捻后回”、“先秦后陇”的作战计划，派军先割断回民起义军和西捻军的联系，力图把西捻军围困在渭河北岸的泾、洛两水之间，予以歼灭，然后再向回民起义军进攻。西捻军见各路敌军日逼，便于九月二卜七日（10月24日）由蒲城东南北上白水，突破包围罔后，经中部（今黄陵）、洛川，驰入陕北。十月十九日（11月14日），西捻军与回民起义军相配合，在中部大败湘军悍将刘松山部，随后乘胜连占绥德、安塞、延川等县城。就在这时，张宗禹接到东捻军救援书信。
为解除东捻军的危局。张宗禹率西捻军二万余人，于十一月中旬（12月上旬）由绥德急速南下。十一月二十二日（12月17日），大军在陕西宜川东面壶口一带履冰抢渡黄河成功，然后以破竹之势经山西吉州、乡宁、临汾、垣曲，越太行、王屋山入豫北济沅，再由怀庆、新乡等地入冀南，复沿直隶中部北上，经顺德、保定、易州，于同治七年一月（1868年2月）进抵北京近郊卢沟桥。西捻军突人京畿，清廷大震，急令各地勤王。时东捻军业已失败，西捻军已成深入敌后的孤军，在各路清军包围的困境中，西捻军突围南下，二月二十四日（3月16日）在冀中饶阳东北地区遭清军袭击，幼沃王张禹爵、淮王邱远才殉难。张宗禹率军继续南进，重返豫北。三月二十日（4月12日），西捻军在滑县击败清军。接着从东昌城南李海务渡口渡过运河，进入黄河以北、运河以东、天津减河以南的直隶、山东地区。在这里，西捻军曾几次沿运河东岸北上进攻天津，均为清三口通商大臣崇原的洋枪队击退，遂滞留渤海之滨地区休整。这时，清军各部十余万人，先后达直鲁地区，完成对西捻军的包围。西捻军在方圆六七百里地区内，继续流动作战，忽而北上，忽而南下，虽把清军拖得疲累不堪，但几次抢渡运河以突破重围却均未成功。五月二十七日（7月16日），西捻军在直隶吴桥遭清军伏击，伤亡千余人；六月七日（7月26日），与清军战于山东商河东北的沙河镇，又损员三四千人；六月十二日（7月31日）在洛阳玉林镇与清军激战，将士阵亡六七千人，梁王张宗禹负伤，率余部突围。六月十六日（8月4日）、二十七日（15日），西捻军两次抢渡运河失败后，退往茌平西南广平镇。二十八日（16日），西捻军在茌平南镇，与清军阻击部队激战，张宗禹之兄张宗道、弟张宗先、子张葵儿等数千将士壮烈牺牲；张宗禹突围而出，至徒骇河边，“穿秫凫水，不知所终”⑦。至此，捻军起义失败。
注释
①中国近代史资料丛刊《捻军》，神州国光社1953年版，第2册，第100页。
②《近代史资料）》1963年1期，第26～27页。
③④江地：《捻军史论丛》，人民出版社1981年版，第89页。
⑤《曾文正公全集·奏稿》第22卷，第68页。
⑥《中国通史参考资料·近代部分》，中华书局1980年第2版，上册第281页。
⑦《捻军》第2册，第108页。