元带给世人惊奇的不仅有稳定的政治，而且还有它的思想与宗教的繁荣。
理学的发展
蒙古灭金后，北方虽然有很多儒士，但理学思想的广为传播还是赵复被俘到北方之后的事。赵复，字仁甫，德安（湖北安陆）人，人称江汉先生，是朱熹门生谢梦先的学生。公元1234年，他被蒙古军俘至燕（今北京），受到忽必烈的召见。后来在燕京设立了太极书院，专门请他讲授程朱理学的书目、宗旨、师承关系，培养了一大批理学家。
许衡、刘因、吴澄被称为元代三大理学家。许、刘主朱学，吴则调和朱、陆二派。三家虽互有矛盾，但基本观点完全继承宋代理学，并无多少创造。儒学作为维护封建统治的官方哲学，在元朝同样受到最高统治者的称颂。元武宗给孔子加上了“大成至圣文宣王”的头衔。元朝统治者把儒学定为“国是”，从朝廷考试到州县学校的教学，一律以程朱对孔孟理论的注释为准，把朱熹的《四书集注》称为“圣经章句”。
反理学的斗士
尽管元朝统治者提倡理学和其他宗教思想，在元代思想界中仍然出现了一些反对理学的思想家。邓牧是其中突出的一个。
邓牧，字牧心，号文行，又自号“三教外人”，浙江钱塘人。南宋亡后，他隐居余杭大涤山中的洞霄宫，不仕元朝，是个有民族气节的思想家。他著有《伯矛琴》一书，猛烈抨击暴君酷吏。
他指出，皇帝是最大的掠夺者和剥削者，大小官吏都是吃人的豺狼。他还描绘了一个理想国，在那里有皇帝也有官吏，但都是民选出来为群众办事的人，而不是特权阶级。在理想国里无战争，人人劳动，自食其力。
邓牧这种乌托邦思想，在当时是有积极意义的。由于时代和阶级的局限，他只能借用老聃的“小国寡民”的思想作为他的思想武器，终于陷入逃世的幻觉之中。
古代风景画鉴赏宗教的兴盛
从成吉思汗以来，蒙古统治者信奉传统的萨蛮教，但对其他各种宗教，也都采取宽容态度，只要不危及其统治，都予以保护和利用。
喇嘛教是佛教传入西藏后与西藏原有的本教相互影响、融合而形成的一个教派，在11世纪至13世纪期间，由于吐蕃新兴封建领主的支持，日渐兴盛。
自元世祖起，元朝历代皇帝后妃都尊喇嘛为帝师，并亲自受戒。因此，喇嘛们受到特别的尊崇和优待。
佛教在内地的各宗派，在元代也都十分兴盛。元代刻的佛教大藏经在佛教经典的传布上是一件大事，后来的明藏、清藏，都是以此为基础而修纂的。元代的道教，除了张天师的嫡系称为正一教外，还有全真教、真大道教和太一教等流派。全真教势力最大，教主丘处机（长春真人）曾应成吉思汗之召到过中亚等地，其弟子李志常据实写了一部《长春真人西游记》，是研究中西交通史的珍贵史料。
不仅本国宗教得到了极大发展，外来的宗教也在元朝获得了一席之地，这在中国历史可谓少有。元代把基督教称为也里可温，亦称也立乔，意为信仰基督之人。元代中国的基督教有两派。一派是聂士脱里派，是随着波斯商人由泉州、广州各沿海城市传入内地的；另一派是天主教的圣方济各派，在公元1292年前后，教皇曾派遣意大利传教士约翰·孟德高维奴来北京传教，任第一任天主教总主教。元代基督教在全国各地都有信徒，在沿海城市和内地都有教堂。
伊斯兰教在元代也是随着阿拉伯人、波斯人和突厥人东来的。他们信奉伊斯兰教，散处各地，元人称之为“回回”。其传教士在元代官文书中称为答失蛮。此是波斯文音译，意为学者。此外，摩尼教、婆罗门教、犹太教也都是在唐宋之际逐渐传入，而在元代也有所传播。摩尼教是波斯人摩尼在三世纪时创造的宗教，吸收祆教、基督教、佛教等思想资料而形成自己的教义，七世纪末传入中国，也叫明教、末尼教、明尊教。
元代泉州一带有摩尼教活动。婆罗门教在泉州曾建立寺院，俗称番佛寺。犹太教亦称为“一赐乐业教”（即以色列的音译），在开封和大都都有他们的踪迹。《马可波罗行记》中就有关于犹太教徒的记载。