农民起义军的各自为政造成了天下混乱的局面。
方国珍与张士诚
元末大起义开始以后，经过优胜劣汰，留下了可成霸业的几支，初期最著名的是公元1348年起兵于浙东的方国珍和公元1353年起兵于高邮的张士诚。方国珍是浙江黄岩人，“世以贩盐浮海为业”。至正初年，方国珍的仇人向官府告发方国珍私通海盗、坐地分赃。方国珍杀了仇人，带领家属和邻里逃命到海中，集结了数千人，屡败元军，并占据庆元、台州、温州等沿海地区，成为元末拥军割据的一支实力，称雄浙东20年。张士诚，泰州白驹场人（今属江苏东台），出身亭户，“以操舟运盐为业”。因受富户及弓兵们的欺侮，愤而与弟士义、士德、士信等谋，举兵反元。在攻克高邮后，以高邮为都城，国号大周，自称诚王，建元天裙。公元1354年，元丞相脱脱率百万大军围高邮，因被右丞哈麻所劾，削职远徙，元军大乱。张士诚乘机反攻，取得高邮战役的重大胜利。公元1356年张士诚南下，据有平江（苏州）、湖州、杭州等地区，迁都平江。
红巾军北伐
至正十五年（公元1355年）二月，刘福通将韩山童的儿子韩林儿从砀山夹河迎至亳州称帝，国号大宋，改元龙凤。又利用“明王出世”的宣传效果，称韩林儿为“小明王”。中原各地的红巾军一时都接受了大宋政权的领导。
至正十七年（公元1357年），刘福通作出重大战略决策，分兵三路北伐：东路军以占领山东的毛贵为主力，直插河北，指向元京城大都，中路军由关先生（关铎）、破头潘（潘诚）为统帅，绕道山西，转攻河北，形成对大都的迂回包围；为了分散元军对东路和中路的压力，又组织了西路军作策应，由白不信、李喜喜、李武、崔德等经潼关和武关入陕西。
由毛贵率领的东路军，曾一度进攻到离大都不过百多里的枣林（今北京通县西南）和柳林等地。但由于孤军深入，被元军所败，毛贵最后撤回济南，东路军北伐失败了。
刘福通被杀
中路军占领了大同、上都等重要城市，大大震撼了元朝腐朽的统治，又转战辽东各地，直入高丽。西路军在陕西受到挫折。公元1358年，一部分红巾军进入四川，一部分红巾军攻占了甘肃，宁夏等地。
红巾军三路进军的同时，刘福通也于公元1358年5月攻占汴梁，把韩林儿从安丰（今安徽寿县）迁来，宣布以汴梁为首都，出现了北方红巾军全盛的时代。当北伐各路失利之时，宋都汴梁也受到元军的围攻。公元1359年8月，元朝察罕帖木儿部攻下了汴梁，韩林儿、刘福通撤退到安丰。公元1363年2月，张士诚部下大将吕珍乘机围安丰，刘福通被杀害。朱元璋解安丰围后，迎韩林儿到滁州居住。公元1366年12月，朱元璋派廖永忠迎接韩林儿到应天，在瓜步（今江苏六合东南）渡江时船沉，韩林儿淹死，以龙凤纪年的宋政权至此结束。
朱元璋的强大
公元1352年2月，定远土豪郭子兴起义于濠州，自称红军。闰三月，出身贫苦、曾为游方僧的朱元璋也参加到这支队伍中来。公元1355年郭子兴死，朱元璋掌握了这支军队的实际领导权，并归大宋政权统辖。公元1355年6月，朱元璋南渡长江，夺取了太平路（今安徽当涂）一带大片地区。次年三月，他又亲率水陆大军攻克集庆路（今南京），改名应天府。他以应天为根据地，逐渐发展壮大，成为当时起义军中的一支劲旅。攻下集庆前后，朱元璋对封建士人逐步采取了优容的态度，以李善长为帅府都事，汪广洋为帅府令史，陶安为令史。攻取集庆的策略就是陶安和冯国用等人建议的。元池州学正朱升还向朱元璋提出“高筑墙、广积粮、缓称王”的策略。后来刘基、宋濂等儒士也得到朱元璋的特别重用，这是他取得成功的重要原因。在农业生产上他开始设置营田司，又令将士屯田，“且耕且战”，“及时开垦，以收地利”，保证军粮供应，恢复社会生产。
古代风景画鉴赏兼并豪杰
公元1358年12月，朱元璋亲自统率10万大军包围了婺州，元守将开城迎降。朱元璋在婺州置中书浙东行省。接着朱元璋的浙东驻军，先后占领了诸暨、衢州和处州（今浙江丽水），东南一带被孤立的元军据点次第消灭。这时朱元璋的占领地区东北邻张士诚，西邻陈友谅，东南邻方国珍，南邻陈友定。
公元1360年闰五月，陈友谅勾结张士诚，准备顺流而下东西夹击朱元璋的根据地应天府。朱元璋采纳了刘基的主张，设好埋伏，打败了陈友谅。张士诚慑于形势，未敢出动。
公元1363年，陈友谅竭尽全力，企图与朱元璋决一胜负，因而爆发了著名的鄱阳湖水战。当时陈友谅拥兵60万，大舰数十艘，而朱元璋只有20万人，用小船。朱元璋采用火攻，把陈友谅用铁索联在一起的大舰焚毁了不少。激战的结果，陈友谅中流矢丧命，其子陈理突围奔回武昌，朱元璋取得全胜。公元1364年，朱元璋又亲率大军征武昌，陈理请降，陈友谅的割据政权灭亡。
朱元璋在收拾了陈友谅之后，回师东进。公元1365年，他派遣徐达为大将军，先攻取高邮、淮安，又攻占湖州、杭州。到公元1367年9月攻克平江（今苏州），张士诚被俘送应天，自缢死。
公元1357年，朱元璋遣兵调将，分三路进讨方国珍，从陆上海上对方国珍形成了一个大包围。方国珍计穷势屈，不得不投降。
明朝的建立
在当时的历史条件下，朱元璋建立起来的政权只能维持原来的生产关系，在社会改革上他所能做到的仅是“旧政有不便者，吾为汝除之”。这样做的结果，在他的文武官员中培植了一批新的封建地租剥削者，随着政治地位的变化，这些领导成员也就变成拥有众多庄田佃户的封建地主了。公元1364年正月，朱元璋即吴王位，设置百官，建立了一整套封建统治机构。
吴元年（公元1367年12月），朱元璋正式即皇帝位。第二年即公元1368年正月，改元洪武，定国号为明，以应天府为京师，开始了明朝的历史。