至元十三年二月，南宋文武官员出杭州城，各以宋朝所授职衔行谒见礼于元军大营。他们“谒见”的，乃是攻灭他们父母之邦的元军统帅伯颜。本月，伯颜以元廷的授权，任命元“浙西都督府”进驻杭州。三月，伯颜入杭州城。南方大国昔日的都城，现在成为元“行中书省”的治地。江南“新主”开始收缴宋百官诰命符印，罢废宋官府，“阅实”宋国库，“检括”所藏各种珍异宝玩，籍没宋室礼器、祭器、仪仗、户籍档案和大量图书。宋王室收藏的历代名画、法帖等也悉数北运，使北方宫廷中的儒臣们大开眼界。元廷召伯颜偕宋君臣入朝。三月十二日，伯颜遣人向宋皇室宣诏。当宣诏人读到元廷对宋幼主、太后免于系绳于颈、牵羊于手表示亡国之臣向征服者献诚的时候，幼帝的母后全氏涕泪沾襟，对儿子说：“蒙圣天子慈仁，留你一条活路，应当朝京阙礼拜致谢。”幼帝拜毕，母子一起乘轿，“即日俱出宫”。只有谢后生病，留杭未行，但不久后还是被驱北上。临行之际，赵氏母子求见伯颜。伯颜以“未入朝，无相见之礼”回绝。
古代隐居者南宋朝廷降元不久，江淮西部尚未被元军攻克的诸城，很快因防区统帅夏贵出降而尽为元有。江淮东部则在戍守扬州的防区统帅李庭芝指挥下固守。谢太后、幼主先后遣使至城下命李庭芝投降，他回答：“奉诏守城，未闻有诏谕降也。”宋皇室北觐途中，谢太后又写信劝降说：“如今我和少主都已经臣服，你还在为谁守城呢？”李庭芝命弓箭手从城上射退信使，出兵劫持“圣驾”，失败。不久，元军围攻扬州。元将阿术遣使持忽必烈诏书谕降。李庭芝斩使焚诏，誓以必死。
1276年盛夏，扬州附近诸城多力竭纳款，扬州城里也很快粮尽。士兵至有烹子而食的现象。正在这时，出逃到南方的宋流亡小朝廷召李庭芝南下。李庭芝乃与姜才出城，想经泰州入海南航，结果被元追兵包围在泰州城中。留守扬州的朱焕早已萌生降意，李庭芝和姜才一走，即以孤城投元。李庭芝、姜才被泰州降将出卖，在元营不屈死节。扬州一失，淮东宋军残部人心动摇，元军乘势尽得其地。
杭州城被元军占领以前，宋廷匆匆封幼帝的两个庶弟赵罡、赵呙为益王、广王，分镇福州、泉州。两王在宋廷奉表请降的次日逃离杭州，稍后取海道进入福建。于此前一日晚间出走的丞相陈宜中，也往投二王谋复国之举。1276年6月中，益王赵星在福州即帝位，后来被称为端宗。弟赵晶再受封为卫王。南宋流亡小朝廷建立。杭州投降前出使元营，被伯颜羁留军中的文天祥，在北解途中逃脱，这时也辗转来投赵罡。这个流亡政权力图凭借福建，规复两浙和赣南。江西、两浙地区闻闽廷颁诏，也“在在起应。蜂屯蚁附”。东南地区南宋残部的抗元斗争，由是形成两次声势较大的短暂高潮。
闽廷建立之初，即分遣诸军，企图收复两浙沦陷各城。不少降元州城重新起兵，而且连军攻元，“民多应之”，一时造成云从景附的振奋局面。宋军势力，曾经到达江西东南部。但是不出两个月，抗元宋军先后失败。元军反而渡过钱塘江，完全克灭两浙的残余势力，又在秋末分三路进攻闽广。流亡政权遂从福州取海道南逃。元军全线向南推进，到1277年初，宋在福建的势力几乎陷于崩溃。正在这时，元廷为集中精力应付西北诸王之乱。撤回征宋军队戍守中原。于是宋军绝处逢生，乘机在福建和江西展开第二次规模较大的抗元攻势。如果说前一次攻势是据闽攻浙，那么这一次是退据广东而攻闽、赣。流亡政府已差不多是在作困兽之斗了。
在江西的攻势，主要是由文天祥指挥的。他自从参加流亡政府以后，一直在前线督师。先开府南剑（治今福建南平），复移治汀州（今福建长汀），执行据汀攻赣的战略任务。1276年秋末，他分军进宁都、雩都（今江西于都），联络赣州城里的抗元力量，准备“结约取赣”。江西各地义军起而响应。但是由于元军大举进攻福建，文天祥不得不抽回兵力以抵御元兵东来。江西的宋军失去相互应援，阵脚大乱，纷纷败绩。1277年6月，乘元军主力北归，文天祥从梅州（今广东梅县）北逾梅岭，再次进入江西。宋军连下会昌、雩都、兴国，收复赣州、吉州大部。江西其他地区也多有呼应的行动。荆湖、闽广甚至江淮都有抗元力量与文天祥联络，愿意受其节制。这时候，南宋流亡小朝廷的政治影响迅速扩大。
然而二次入赣的声势持续不过两个月，便被元军摧败。至元十四年（1277）七月，元廷立行中书省于江西，专事进讨。八月，元军袭攻文天祥设在兴国的指挥部，“又击走之，追四百里，及之空坑。降其众廿余万”。文天祥差不多是只身脱走，妻妾儿子都被元军俘去。江西战局至是骤然逆转。其他地区的义兵亦都被击灭。
江西绥靖后，元军一路逾梅岭进击广东；另一路扫荡福建，从那里进入广东。这段时间，益王政权由潮州移驻广州浅湾内的秀山，再奔井澳（即今澳门以南诸小岛所在洋面），遇风舟败，军士死过半。继而又避追兵入海至七洲洋（今海南岛以东的南中国海域）。次年春，还广州，又移硐洲岛（在今湛江外的洋面上）。四月，赵罡受惊吓死于硐洲。张世杰、陆秀夫等拥立8岁的卫王赵爵为帝。六月，张世杰率军欲收复雷洲（治今广东海康），失败。于是奉帝昺移师至广州湾内的新会南百里洋面上的厓山。这时他还有舟船800余艘，士卒万人。
即使到大难临头的时刻，这个小朝廷仍不肯放弃内斗。文天祥过去曾要求带兵入朝护驾，被陈宜中拒绝。益王死前不久，他在硐洲东南海滨的乾溪山（船癔）上表，自劾兵败江西之罪，再次请入朝，仍不许。他只好在潮州、惠州一带领残军坚持抗元。
就在广王政权移驻厓山的同一个月，即至元十五年（1278）六月，元廷召汉地最著名的世侯之一张柔的儿子张弘范，委以蒙古、汉军都元帅，命他往歼广王政权。张弘范荐李恒为副帅，率水陆军2万，灭宋残部。十二月张弘范至潮阳。前军击溃自潮阳走海丰的文天祥，擒之。至元十六年（1279）正月，元军从潮阳循海路往压山，途中命囚系随军的文天祥修书招降张世杰。文天祥乃书《过零丁洋》诗授之，留下了“人生自古谁无死，留取丹心照汗青”的名句。
至元十六年二月初，张弘范、李恒两军会合后，对宋厓山水师发起总攻。激战经日，宋兵全军溃败。陆秀夫仗剑驱妻子人海。自己背了广王赵昺跳入水中自沉。张世杰率10余艘船舰连夜突出重围趋交趾而去，途中遇飓风船坏，溺死。南宋流亡小朝廷灭亡。
厓山之役的前一个月，宋合州钓鱼城（为合州治所，在今四川合川东北）守帅王立出降。至是，南宋的疆域，基本上全为元王朝据有。
南宋的历史就这样结束了。不过它却因为文天祥的慷慨殉国而拥有了一个悲壮的尾声。这个尾声，至少让那些目睹耳闻宋室君臣北觐耻辱的人们对这个堂堂大朝不至于完全蔑视。
亡宋的少帝、太后和宋室官僚于至元十三年（1276）四月到达忽必烈的驻夏地上都。五月初一，就是赵显的庶弟益王在福州宣布登基的同一天，赵显和他的太后母亲及由从前的宰相等高级官僚充任的“祁请使”，奉命到上都城西的元王朝太庙礼拜。五月二日，忽必烈正式接见被他打败的亡国君臣。接见的地方在上都城南的草地帐殿里。赵显被封为“瀛国公”。然后举行国宴庆祝平宋。宋朝的君臣也奉命参加，实际上是把侮辱作为荣耀赐给他们。忽必烈对南宋的降将一向很有一点看不起。他曾问他们：“你们为什么投降得如此容易？”诸将回答：“宋有权臣贾似道擅断政柄，总是优容礼待文士，而就是轻视武官。臣等早已有不平之心，心离体解，所以都望风而款降啊！”忽必烈大概是用蒙语作答，让董文忠译成汉语说：“即使贾似道真的轻视你们这班人，那也仅只是贾似道一人的过错而已。而你们的君主又有什么对不起你们的呢？即使事实如你们所说，那么贾似道轻视你们也确实是有道理的。”不过，在那天宴会的场合下，忽必烈还不至于这样奚落他们。他只是好奇地问以宋宰相身份担任“祁请使”的吴坚：“你年纪已很大，为什么还要当丞相治理朝政？”吴坚回答，因为朝中人都逃走了，所以他才当上丞相。他连忙要求忽必烈准许他归老。
蒙古人参加宴会自然“众皆欢甚”，但也有人体味出其中的辛酸，聪睿的察必皇后就心中不乐。忽必烈问：“我现在平定江南，从此天下没有战争。大家都喜欢，只有你不高兴，这是为什么？”察必跪下来说：“我听说自古无千年之国。但愿不要让我的子孙也落到今天赵官家母子的地步，那就是最大的幸运了！”忽必烈把宋国库中的宝物都展放在殿庭上，叫察必来看。察必看一眼就走。忽必烈叫人追问她想要什么，她说：“宋人贮蓄这些宝物传给子孙，子孙守不住它们，现在归于我家。我不忍心拿走其中任何一件东西！”
古代人物图鉴赏与宋皇室不一样，文天祥却在屈辱的处境中庄敬自重，以四年被囚禁的苦难谱写了一首“正气歌”。
被元军俘获不久，他就被押到元军前线统帅张弘范处。张弘范一心想劝他投降，文天祥的回答就是反复“请死”。压山战后，张弘范问他：“国家已经灭亡。现在杀身成仁，谁来替你记录？”文天祥回答：“人臣以死来表达自己的心迹，哪管记录不记录。”
至元十六年十月，文天祥被元朝押至大都。与文天祥同样是状元宰相的留梦炎先去劝降，受到一顿痛斥。然后是亡国之君“瀛国公”来劝，文天祥一见即“北面拜号”，乞求“圣驾”回驭，不让赵显开口。于是轮到元朝当国的权臣阿合马（回回人）视狱。文天祥长揖不拜，径自就座。阿合马当时正气焰冲天，问他：“你把我当做什么人？”文天祥答：“刚刚听人说，宰相要来。”阿合马问：“既然知道我是宰相，为什么不下跪？”答曰：“南朝宰相见北朝宰相，为什么要跪？”阿合马不高兴，对左右随行人说：“这个人的死生还在我手中。”文天祥说：“亡国之人，要杀便杀，说什么在你手中不在你手中？”阿合马悻悻而归。
于是元朝将文天祥长期关押起来，想由此逐渐消磨他的意志。但事经两三年，文天祥不改初衷。至元十九年（1282）十二月，忽必烈亲自召见文天祥，以元朝宰相或枢密使的高官劝他投效元朝。文天祥仍长揖不肯跪拜，声言“天祥为宋状元宰相。宋亡，惟可死，不可生”。同月，忽必烈决定处死他。文天祥得到消息，镇定地说：“吾事了矣！”神态高扬而不稍变。至刑场，又写下两首诗。其二曰：“衣冠七载混毡裘，憔悴形容似楚囚。龙驭两宫崖岭月，貔貅万灶海门秋。天荒地老英雄散。国破家亡事业休。惟有一灵忠烈气，碧空长共暮云愁。”乃从容受刑，死时47岁。