因为吐蕃在元朝直属宣政院管辖，性质类似中书省直接管辖的今山东、山西、河北等地区，所以不设立行省机构。其他行省之下都有称作“路”的行政机构，管若干路的宣慰使司划区多称为“道”。吐蕃基本上没有路的行政建制。但其中两个宣慰使司都元帅府名义上也被看做是属于路的建置，分别叫“吐蕃等路宣慰使司都元帅府”、“乌思藏纳里速古鲁等三路宣慰使司都元帅府”。还有一个则名为“吐蕃等处宣慰使司都元帅府”，与上述第一个机构的全名只有一字之差。它们是统治“吐蕃三区”（或“吐蕃三道”）的最高地方机构。
在以上三个宣慰使司都元帅府中间，吐蕃等处宣慰使司都元帅府大约成立于至元初年（1264）。乌思藏纳里速古鲁孙宣慰使司都元帅府的前身“乌思藏路军民万户府”成立于至元四年或五年（1267或1268），约在1280年代乃有定名。吐蕃等路宣慰使司都元帅府成立最晚。至元二十年前后，它的名称是吐蕃招讨司，以后改为安抚司，成宗期间改为宣抚司，很可能直到元英宗或泰定帝时才最后定名。
吐蕃三道的划分，完全是在藏地传统的政治—地理结构的基础上形成的。藏人称青海为“朵（mDo），以今青海东部为“朵思麻”（mDo-smad），意思是“下朵”。吐蕃等处宣慰使司都元帅府辖地主要为朵思麻（西宁州除外）以及今甘肃西周部分地区，所以它简称朵思麻宣慰司。其治所在河州（今甘肃临夏）。下辖朵思麻路、河州路、洮州元帅府（在今甘肃临洮）、积石州元帅府（在今青海循化）、贵德州（在今青海）、礼店文州元帅府（治礼店，在今甘肃礼县）、松潘迭宕威茂州宣抚司（在今甘南川北）等地面。
吐蕃等路宣慰使司都元帅府的辖境，主要是朵甘思（mDo-khams）之地，即今川西理塘、甘孜等地区，所以简称朵甘思宣慰司。khams今译“康”，就是“西康”、“甘孜”等地名的来源。其下辖机构有朵甘思都元帅府，碉门（在今四川天全）、鱼通（在今四川康定）等处安抚使司，朵甘思、哈答（在今四川泰宁）、李唐（今四川理塘）、鱼通等处钱粮总管府：还有刺马儿刚招讨司，奔不招讨司，奔不儿亦思刚，亦思马儿甘万户府等。“刚”、“甘”都是藏语sgang音译，意即山岗。吐蕃古史有“朵甘思六岗”，剌马儿刚等地或即六岗地面之所在。
乌思藏纳里速古鲁孙宣慰使司都元帅府，所辖为吐蕃本部的前、后藏和阿里地区，简称乌思藏宣慰司。乌思即藏语dBus的音译，指前藏；藏即gTsang的音译，指后藏；纳里速古鲁孙藏文作mNgah-risskor-gsum，意即“阿里三围”，大概是一个很古老的地名，原指朗达玛系三王子在今西藏西部阿里地区建立的三个小王国。当时前藏的首府是拉萨，后藏的首府则是萨斯迦。
吐蕃本部的僧俗居民，约在1260年末完成括户之后被编为十三个万户。以后地方上的户口迭有变动，万户的设置也必然有增减调整。但“十三万户”却成了表示藏地居民的固定名词。汉文和藏文文献提到的乌思藏万户的数目要多于十三个，它们中间有：
“沙鲁田地里管民万户”，在今日喀则南的霞炉地方；“出密万户”，在今日喀则西南曲弥；“加麻瓦万户”和“札由瓦万户”，分别在今墨竹工卡西南的甲马和隆子东南的加玉；“拉兑洛万户”和“拉兑绛万户”，分别在“拉兑”（LJa-stod，即后藏西部）的南（lho）、北（byang）地区，即今定日、昂仁；“羊出万户”，在前后藏之间今羊卓雍湖一带。
又有“搽里八田地里管民万户”，即设立在搽里八派控制地区的万户；“迷儿军万户府”，即元代几次武装反抗朝廷的必里公教派所在地区万户；“思答笼剌万户”，“伯木古鲁万户”，“牙里不藏思八万户”，“绛出万户”（在今日喀则东北香曲河流域），则分别是置于思答笼派、伯木古鲁派、牙不藏派、香巴噶举派势力范围内的万户；“乌思藏田地里管民万户”，可能是由萨斯迦法王直属地区内的僧俗人口组成的。
此外还有一些万户情况不详，如“嗸笼答刺万户”。
上述这些万户大体可以归为两大类。一类是设置在各教派势力所在地区的万户组织，万户长的职位往往控制在各教派法王所从出的那些家族手里。另一类万户中不存在一个占绝对优势的政教合一的权力，因此在性质上也更接近于地域性的行政组织。
现在可以知道的万户，几乎全都分布在乌思、藏即前、后藏地区，“纳里三围”即阿里地区与乌思藏同时被元政府括户，似乎也应当有万户或者千户的建制。详细情况还有待进一步的研究。
十三万户所统辖的藏地民户，分为两大类。一类是寺属民户，另一类是一般民户，藏语分别称为拉德（lha-sde）和米德（mi-sde）。据藏文史籍，元代在藏地设置万户时，以六千户为拉德，四千户为米德。这就是说，当时人口的十分之六隶属于寺院，向其所属寺院负担封建义务；总人口的十分之四是一般民户，要承当政府摊派的各种赋役。拉德和米德中的绝大多数直接生产者，都是寺院或者世俗领主的世袭农奴。前后藏所设万户的一般民户总数在34000户左右，按它占总户数4／10的比例推算，则元代乌思藏地区的民户总数，至少应当在八九万之间。
从行政体制上看，乌思藏宣慰司与朵思麻宣慰司、朵甘思宣慰司是平级并行的行政建制。但因为乌思藏宣慰司所管地面是吐蕃本部，宣慰司最高长官一职在元前期和中叶又长期在帝师萨斯迦法王所自出的款氏家族控制下，所以这一道宣慰司的地位看起来就好像有一点特殊。
藏文史籍明确地载录了首任乌思藏三路军民万户释迦藏卜的这个职衔，“三路军民万户”采用的是对汉字逐个音译的形式，作zam-klu-gun-mindben-hu。这个机构后来改称宣慰司，藏文同样采取音译，写作swon-we-Se（“宣慰司”）。与此同时，从释迦藏卜开始，藏文史料又相当完整地记录了统治吐蕃本部的历任长官，他们都有“本禅”（dpon-chen，dpon译言“官人”，chen即“大”。这个词也被译作“本钦”）的官号。它的意思即“大官人”。本禅的官名未见于元以前的吐蕃当地官制中。它既然始于元代，就很像是蒙语“也客那颜”（“大官人”）的对译词，用来指称中央政府所属各官僚机构中为首的长官，如宣政院（藏文译写作son-bying-dben）的院使，藏文就写作rtsa-bahidpon-chen；以至治理吐蕃的内地中央王朝本身，也可以被叫做“本巴”（dpon-pa，即“官家”或“官人”）。本禅和本巴的官号或者特指名称，表明了从元朝开始内地中央政府在藏域所享有的政治权威。
那么，此种受中央政府任命统治藏地的历任本禅，与乌思藏宣慰司乃至其他两道宣慰司，究竟是什么样的关系呢？对这个问题，目前存在两种不同的看法。一种看法认为，本禅就是对乌思藏纳里速古鲁孙宣慰使司都元帅府的长官，即五名宣慰使中为首的那名宣慰使的别称。很可能蒙古人把这个为首的宣慰使径称为该机构的“大官人”，经藏语移译，遂有本禅之名。所以本禅政权也就是乌思藏宣慰司。另一种看法，则以为元代西藏存在着一个高于二三道宣慰司的本禅政府，它才是藏地最高的地方政权。从目前的研究来看，前一种意见似乎更稳妥。
乌思藏宣慰司的首席宣慰使之职，长期为萨斯迦教派的座主款氏家族所垄断，所以它被称为“萨斯迦本禅”。萨斯迦法王与萨斯迦本禅互为奥援，形成藏地中部势力最大的一个政教权力中心。但是它在吐蕃之境并非没有挑战者。元朝前期，它的对手主要是必里公派。萨斯迦在朝廷支持下击败了必里公派。元朝后期，帕木竹巴的势力日盛，终于压倒萨斯迦，成为前后藏各教派事实上的盟主。
1280年的必里公之乱始于他们攻毁一个对立教派寺院的行动（1285）。据说他们取得了与“西蒙古”的诸王的联盟。这个西蒙古诸王当然不可能是这时已在西亚立国的旭烈兀系，而大概是察合台系的诸王都哇。在他们的支持下，必里公与萨斯迦的冲突逐渐尖锐，乌思藏驿道因此堵塞。1290年，藏地的混乱局面迫使元廷命镇西武靖王铁木儿不花率部进征，与萨斯迦本禅阿格伦朵儿只班合攻必里公和“西蒙古”诸王亦邻真的联军。必里公军大败，贡巴（必里公派行政和军事长官）和亦邻真被擒，教派主寺被焚毁。
除必里公以外，前藏较强大的教派还有帕木古鲁和搽里八。1320年，自赏竹监藏（又译绛求坚赞）就任帕木竹巴万户的长官后，该教派的势力迅速上升，于是成为前藏各教派反抗萨斯迦肆行威福的中坚。1329年，袭封白兰王的八思巴侄孙琐南藏卜巡行前藏，一直住到1333年仍不离去。前藏诸教派首领会商对策，想要求白兰王移驻别地。搽里八首领说：“我的地方处于关隘要地。担当不起，不敢禀告。”必里公法王因与萨斯迦早有仇隙，也不敢首先陈述，所以对赏竹监藏说：“您是萨斯迦的大弟子，您说为宜。”结果是赏竹监藏在白兰王面前首先发难。他愤懑难抑地对白兰王说：“先前承侍了四年，您尚不满足。现在前藏人已山穷水尽，无能为力了。若还不知足，我们前藏所有首领就都充任白兰王您本人的侍从……我们全体的人马都来服侍你。”这样才把白兰王强行送走。与此同时，帕木竹巴和搽里八、牙不藏、必里公各派间也因抢夺地面不断发生摩擦、争执，甚至战争。
错综复杂的利益冲突，导致萨斯迦本禅利用帕木竹巴和搽里八、牙不藏之间的矛盾，下令传讯赏竹监藏。后者抗命不从，终被本禅撤职拘禁。赏竹监藏从被羁押处逃脱，于是爆发了本禅率领的各万户与帕木竹巴之间的战争。赏竹监藏交战获胜，巩固了称霸前藏的优势。1350年初，赏竹监藏派人到大都，为自己对抗萨斯迦本禅辩护，并请求朝廷赐还被本禅褫夺的万户职权、减免一半赋役。元廷赐万户所佩银字圆符二枚，准予除驿站差发外减免一半赋役。接着赏竹监藏又乘萨斯迦内部发生帝师二子囚禁本禅加瓦藏卜的变乱，出兵后藏，占领萨斯迦寺。加瓦藏卜本禅被救出后，表示愿意奏请皇帝，举荐赏竹监藏作本禅。后者傲慢地回答：“较之本禅，还是我目前的万户长职务好。我起誓，我根本不羡慕本禅职务。”1357年，他又从朝廷求得“大司徒”的封号和印玺。
因此，从1350年起，萨斯迦本禅虽然仍旧存在，但统治前、后藏的实际权力，早已转移到不屑称本禅、宁愿自称“第悉”（sDe-srid，译言“摄政”）的帕木竹巴派首领的手中。赏竹监藏在他的类似遗嘱的告后人书里说，“对待宣慰使司和各地大小首领，应像裁剪小孩的衣服一样临机处置”。乌思藏宣慰司在这个跋扈的“大司徒”眼中，已经完全没有什么权威可言了。
黄金家族曾按吐蕃佛教各派所统僧俗人户在各支成员间进行分封，由此与藏地人户结成领属与被领属的关系。这绝不是一般的“施主—福田”关系，而是按家产制的观念将藏地完全纳入元朝政治统治体系的一种方式。元代藏地的政教势力把元帝的“札撒”（圣旨）、宣政院的“札付”文书、朝廷颁发的金银字牌符和印章看做自己权力合法性的依据。他们要打倒敌对势力时，务求剥夺对方所有的这些权力象征。他们在与藏域的地方政权发生对抗时，往往要派人到朝廷为自己辩解，求得元廷对其行为的认可。直到元末，他们对中央政府承担的赋役和驿站差发，未经朝廷同意豁免，也不能擅自停止缴纳。“本禅”、“本巴”等词语的产生，有力地证明了内地中央王朝的政治权力及于藏域的事实在藏人政治观念中的反映。