朱由校的话，是李之藻所没有想到的，求极宫的事情他当然知道，在他看来，那就是一个喊出‘上下求索’‘君子无所不用其极’口号的一个‘国子监’而已。但想要接着了解一下，再深入的东西，却被锦衣卫拦住了，理由很简单，求极宫是大明的机密所在，事涉军事机密。而军事机密中的神弩机密，让锦衣卫一次损失了三十多人，这岂是一帮外国人或者外国人教徒能有所涉及的？
在李之藻看来，虽然外国的月亮并不是圆的，但他们的东西的确是值得学习的。不过皇上却无视这种知识，让他感到了，这种态度是危险的，一个国家如果连承认自己的短处的勇气都没有，那是一种严重的不负责任。最起码红衣大炮，是买人家国外的吧？
“皇上，草民斗胆请皇上在了解了洋人那些知识之后，再行定论。他们的知识，让他们可以远涉万里重洋，可以造出航行如此之远的船舶；更可以造出红衣大炮这种射程、威力都如此巨大的武器，若大明仍然以泱泱大国自居，一直固步自封，而断了交流学习那样只会让大明在这些知识方面和那些洋人越离越远。草民与徐尚书都曾经在那里学习过，故草民请皇上万勿如此轻视。”
“嗯，李之藻你的见解的确不凡，在大明能看到如此境界的，恐怕就你和徐爱卿等人了。洋人们在数学、物理、天文历法等方面，的确有可取之处，这点朕没有丝毫的否认，尺有所长、寸有所短，取长补短互通有无，这是一个国家必须要面对的，而整天以天朝上国自居，这是自欺欺人。若在科技上也一直的闭关锁国，那样的确是错误的、不可取的。但你这里面有些误会，朕的意思是，这些知识自然科学知识，目前大明比他们只强不差，他们所掌握的还远远差与大明。比如徐爱卿所学到的数学、几何等知识，相较求极宫目前传授的知识，应该比大明低了一个或者二个层次，目前而言，这种交流的迫切性还不高，若以天主教与交流而言，两害相权取其轻，朕选择的是拒绝。”
朱由校看了看李之藻，发现后者相当的吃惊，接着说，“更有一点，你也无须偷换概念，和西方国家的交流，和与天主教的交流，是两回事。朕当然需要大明去交流，但那是与这些国家的交流，而非天主教。天主教那里的教宗可以控制、影响这些国家的国王的登基、国策，这实在是朕无法接受的。天主教教宗若想与大明交流，只有一条，不能在大明传教，朕甚至可以将其当做一个政体、国体看。但传教，将视为对大明的宗教侵略，天主教可以以异教徒等对待其它的小国家，但想左右大明，这肯定是不可能的，这个关系你做为大明人可要搞明白了。”
李之藻的话的确是进步的，按着他的观点如果一直如此下去，中国开眼看世界，增进和世界科技的结轨，最起码的不会被世界所抛弃，这种思想可比被洋人打的无还手之力后的清朝，有一些人提出的师夷之技以制夷，要强的多了，也及时的多了。
但传教的目的是什么？传教目的说神圣点就是将福音带给他国人民，但真实情况呢？
如果要交流的话，朱由校当然的会选择西方的国家，比如英国、法国等国的皇室，他们代表着国家，而教廷却影响着他们，用宗教捆绑着他们，这显然是不正常的。
“振之，（李之藻字）皇上所传授的知识，比利玛窦等所知已经高了许多的层次，碍于皇上禁止对别国传授，故一直均无提及。”徐光启这时对李之藻解释说。
“皇上见解的确超凡入圣，知识更是学贯古今中西，草民只能用佩服两字形容了。但皇上不知如何对天主教是如此的戒备森严？天主教和佛教均为外国宗教，为何皇上仅以神肤色的不同而认定了天主教不适合在大明发展呢？或者天主教并没有给大明带来一点点的负面影响，他们每个传教士都在或多或少的在大明办着许许多多的善事，并将上帝的福音带到大明来。皇上如此，是否太过武断了。”李之藻对于天主教那是相当的忠诚的，想想看，连父母的葬礼他都能搞成天主教的，可见忠诚到了什么程度了。所以说出了类似大不敬的话来。
“因为天主教并不适合大明，”面对着如此，朱由校奇葩的没有生气，仍然语气平和的说着。在他看来只是正常的谈话而已，没有什么不同。更何况，刚才李之藻的见解，的确代表着先进士大夫。
“不适合？还请皇上明示。”李之藻一愣，没想到皇上没有发怒，反而如此说。
“朕谈到了人类的起源问题，大明是以女娲娘娘造人说，而天主教则是上帝造人，那人类的始祖就出现了两个，一是女娲娘娘，二是上帝。那大明人应该信谁的？难道去信造了白人的上帝而不是造了泥人的黄色人种的女娲娘娘？这是第一个不适合，祖宗的不适。”朱由校有点戏弄心里的说着。
“回皇上，《圣经》上已经注明了，黄种人是‘闪’的后裔，闪当时离开了欧洲到了亚洲，”李之藻咬着牙说了这话。
“李之藻，去查一下时间，闪出现的时间里，那时是我中华的何朝代，这种无稽之谈，也不要拿出来了。中国人是炎黄子孙，强行的拿过来一人过来当我们的祖宗，这样的事洋人拿着自己的圣经说事也就算了，但李之藻你做为一个大明人，却如此人云亦云，可真是数典忘祖了，你自己认白人当个祖宗，这点是你的自由，却还要把整个大明人的祖宗都否认掉了，可真是孝顺！身为汉人，一个人硬是过来自认祖宗，不仅仅肤色不同、语系不同，时间不对，这些你不仅仅的不去反驳，还到处的传播，你的脑子呢？老子化胡说没学过吗？这是在骂整个中国，岂有此理！”朱由校的确生气的说，这种被强认祖宗的话，一个中国人竟然能信，真是脑子进了大粪了。
“皇上息怒，草民惶恐”这一条李之藻当然也是不太信的，一个民族拿着自己的传说来到另一个民族说事，这的确是太说不过去了。现在被皇上抓住了，发了一通的火，也的确有些不自在。
“朕再来问你，你刚才对朕是三拜九叩，对朕口呼‘万岁’，这种礼节，天主教许可吗？每年祭孔典礼及丧葬祭拜之仪，对孔子称之为‘圣’人，甚至是祭拜祖先牌位之典礼及举行其它祀祖仪式，这些天主教许可吗？”平复了一下情绪，朱由校接连的问道。问这个不是没有目的的，天主教在中国传教的时候，的确遇到了这些问题，这是和天主教之教义：绝对禁止敬拜偶像及举行其它祭典，相冲突的。就是传教的第一个利玛窦，也不得不把自己当做了‘西儒’来打进了中国的土大夫圈里，开始了中国式的特色传教，把这些问题极大的忽视了。
但其死后，就有传教仕把这些严重和教义不符的交给了罗马教廷，教廷对这些一直反复着，最终到了康熙年间还在矛盾着，一是禁止，二是向中国的‘旧传统’低头，只要不妨碍教徒的根本信仰，可以参加祭孔。而其他的却没有解决，直到朱由校的前世。
听了这些话之后，李之藻大为惊奇，因为这正是众传教仕的矛盾之处，以前是听利玛窦的，但现在却得听‘龙华民’的，根本就不是一个意见，甚至是要彻底的杜绝此类和教义违背的事件，把利玛窦的一切完全的推翻。但皇上这话又如何作答？明摆着，皇上都说天主教不适合在大明了，若再把教义搬了出来，说不可以。那不明摆着同意了皇上的说法吗？若睁着眼睛说瞎话，那肯定是欺君了。这还真把李之藻难为死了。
“朕知道你不好回答，因为罗马教廷都还没有一个明确的回复，你更没有没法回答。朕以前说过，各个民族都有自己的祖先，都有自己的图腾，在白人的眼里，他们的祖先就是那七日可以造人的上帝。而在中华民族眼里，五千年的文明古国里，汉人的祖先就是伏羲女娲，黄河流域和长江流域，孕育了我们炎黄子孙。他们的传说里有无所不能的上帝、有着天国；而我们则有着三皇五帝，有着天宫，有着玉帝，有着三清教主等等。这些神话都是寄托着对先人的追思，和对图腾的崇拜。丢弃了自己的祖宗，而去崇拜别人的祖宗、崇拜别人的图腾，那是数典忘祖，是不孝。无论是你去信上帝还是他的儿子耶稣，或者是印度的佛，都是一样的，李之藻，朕是见你见识不凡，不想让你误入岐途，方如此解释，好自为之。”