拓跋焘没有首先就干掉崔浩，他还在思考，可是崔浩手下的那些玩文字的公务员可就惨了。大家都知道，《资治通鉴》的作者未必是“司马光”，如此大的工程，他一个人无法完成，需要很多人加入一同贡献力量，崔浩的国史也是这样完成的。
所以拓跋焘先召见这些工作人员，拓跋焘神色恐怖，面目狰狞地看着这些人，让鲜卑贵族逐条反驳国史之中的缺失，本来编纂国史肯定会有不同的声音，这些都有待商榷，可是崔浩已经给“出版”了，这就等于逼着大家就范，很多人都已经看过了，错误也就铸成了，再也没有后悔药可吃了。
所以拓跋焘像一头暴走的狮子一样，下令屠杀所有参与编纂国史的公务员，剥夺政治权利终身，屠灭五族！
接下来拓跋焘又怀着愤怒的心情下令处死了崔浩。处死崔浩并不像处死那些小公务员一样简单，可以想象，作为多年的朋友和智囊，拓跋焘的心里是多么的矛盾，但是崔浩所犯下的罪行实在是太大了，根本不可能原谅，如果原谅了崔浩就相当于承认了《国史》的合法性，所以他非死不可。
年纪已经过了五十的崔浩从一个平民崛起，至此已经达到了人生的顶点。作为一个儒家学派的忠实信徒，他觉得自己死而无憾问心无愧，为了理想而死死得其所，不过他深深地为北魏帝国感到悲哀，本来他是想要让这个野蛮的民族更加的先进，但是他们拒绝进化，宁愿生活在野蛮之中，崔浩在被砍头之前黯然落泪。
拓跋焘是个英雄，他在千军万马之中从来没有皱过眉头，可是在面对文化巨变的时候却显得彷徨无计，好像是个小孩子。灭佛的事儿干得漂亮，但那只不过是个开始而已，他没有经受得住真正的挑战，而把这个机会留给了自己的子孙魏孝文帝拓跋宏。
崔浩死了两天之后，拓跋焘就开始后悔，总是在大臣们面前黯然神伤，反复地重复和强调一句话：“崔司徒可惜了！”